如何在蛋白质设计中应用同源模建方法？请在回答中包含三个要点：1) 选择合适的模板；2) 建模过程中的关键步骤；3) 模型评估方法，并且整个回答由三个句子组成。
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在蛋白质设计中应用同源模建方法，首先需选择与目标蛋白具有较高序列同源性的已知结构蛋白作为模板。接着，通过序列比对、建模工具运用和结构对接等关键步骤完成模型的构建，确保模型的准确性和合理性。最后，利用验证软件评估模型质量，如检查立体化学性质、能量最小化和验证重要残基之间的相互作用，确保模型的可靠性可以用于后续的蛋白质功能研究和药物设计。
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