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Pou kèk espès koray ak branch oswa morfoloji trilope (tankou Acropora, Pocilliopora, Orbicella), souvan fwagmantasyon ka bay popilasyon popilasyon ki trè klonal (oswa jenetikman idantik) nan kèk kote. Gamèt ki soti nan de paran koloni ki se menm klonaj yo pa pral fètilize, se konsa kolekte gamèt ki soti nan popilasyon trè klon pral gen chans bay bon pousantaj fètilizasyon. Pou rezon sa a, konesans nan estrikti klonaj se itil, men si li pa disponib, tou senpleman evite fè tout koleksyon ki sòti nan yon "lyann" oswa byen branje koloni branch tankou sa yo gen plis chans yo dwe klon. Si gen enkyetid sou klonalite segondè, gamèt yo ka kolekte epi melanje soti nan koloni ki omwen XN apa oswa nan sit ki tou pre si resous lojistik pèmèt.
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Pour certaines espèces de coraux présentant des morphologies ramifiées ou lobées (telles que Acropora, Pocilliopora, Orbicella), une fragmentation fréquente peut donner des populations parentales fortement clonales (ou génétiquement identiques) à certains endroits. Les gamètes des deux colonies parentes qui sont le même clone ne fertiliseront pas. Par conséquent, la collecte de gamètes appartenant à des populations très clonales donnera probablement de faibles taux de fertilisation. Pour cette raison, la connaissance de la structure clonale est utile, mais si elle n’est pas disponible, évitez simplement de créer toutes les collections à partir d’un «fourré» ou de colonies à ramifications étroitement groupées, car elles sont plus susceptibles d’être des clones. Si la clonalité est préoccupante, les gamètes peuvent être collectés et mélangés dans des colonies distantes d’au moins 10 ou dans des sites proches, si les ressources logistiques le permettent.