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Pou adrese menas sou resif koray soti nan chanjman nan klima, prensip detèminasyon yo te enkòpore nan plan dekoupaj an zòn ki gen ladan reprezantasyon ak replikasyon abita kle nan pa gen zòn pran, ak pwoteksyon nan abita kritik tankou ajite rekreyasyon pwason ak plaj tòti fè nich. Yo te pwodwi ak modifye yon seri senaryo pou yon plan dekoupaj an plizyè itilizasyon, ki baze sou karakteristik byolojik, ekolojik, ak sosyoekonomik nan zòn nan, ki baze sou opinyon kominote lokal la. Nan 2007, Direktè Jeneral la nan Pwoteksyon Forest ak Konsèvasyon Nati Ministè forè a ak tèt la nan Distri a Wakatobi fòmèlman andose Plan Zonaj Pak Nasyonal Wakatobi la.
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Pour faire face aux menaces que font peser les changements climatiques sur les récifs coralliens, des principes de résilience ont été incorporés dans le plan de zonage, notamment la représentation et la reproduction des habitats clés dans les zones interdites à la capture et la protection de l’habitat essentiel, comme les concentrations de frai et les plages de nidification des tortues. Un certain nombre de scénarios pour un plan de zonage à usages multiples, basé sur les caractéristiques biologiques, écologiques et socio-économiques de la région, ont été élaborés et modifiés en fonction des contributions de la communauté locale. Dans 2007, le directeur général de la protection des forêts et de la conservation de la nature du ministère des Forêts et le chef du district de Wakatobi ont officiellement approuvé le plan de zonage du parc national de Wakatobi.