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Papa l’, Anton, te soti nan peyi Almay. Li te marye ak manman l’ Maria Tippenhauer, yon ayisyen ki te gen san alman nan venn li tou. Daprè pwòp pawòl Werner Jaegerhuber se grann li Betsy Foucher ki te reveye konsyans li sou mitoloji vodou ki se prensipal sous enspirasyon mizik li yo. Li te etidye konpozisyon nan konsèvatwa Voigt nan vil Hambourg soti nan lane 1915 pou rive nan lane 1922.
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Son père, Anton, originaire d'Allemagne, avait épousé Maria Tippenhauer, Haïtienne, elle aussi d'ascendance allemande. Au dire de Werner, c'est sa grand-mère maternelle, Betsy Fouché, qui éveilla sa conscience à la mythologie du vaudou, principale source d’inspiration de sa musique. Jaegerhuber étudie la composition au conservatoire Voigt de Hambourg de 1915 à 1922.