Ongeveer twee jaar na de oorspronkelijke film proberen kapitein Bogomil (Ronny Cox), Billy Rosewood (rechter Reinhold) en John Taggart (John Ashton) uit te zoeken wie er achter de 'Alfabetmisdrijven' zitten, een reeks overvallen op voornamelijk dure winkels (en één schietpartij) die zich onderscheidt door de enveloppen met monogram en de alfabetische volgorde die de overvallers achterlaten. De zaak wordt nog gecompliceerder door de nieuwe 'politieke' staat van dienst van de politie van Beverly Hills, onder leiding van de temperamentvolle nieuwe politiechef Harold Lutz (Allen Garfield), die alles in het werk stelt om bij de burgemeesters in een goed blaadje te blijven staan.<br />Terwijl hij een aanwijzing onderzoekt, wordt Bogomil neergeschoten door Karla Fry (Brigitte Nielsen), de rechterhand van Maxwell Dent (Jongen Prochnow). Als Axel (Murphy) in een nieuwsbericht over de schietpartij hoort, vliegt hij meteen naar Beverly Hills (waar hij zijn werk in Detroit verbergt door tegen zijn commandant te zeggen dat hij 'diep in het diep in DEEP undercover' ging in de creditcardfraudezaak waar hij aan werkte) om uit te zoeken wie Bogomil heeft neergeschoten en waarom. Hij doet zich voor als een undercover FBI-agent om langs Lutz te komen, en al snel legt hij het verband tussen de overvallen en Dent, die zijn wapenhandel met Midden-Amerika financiert. Nadat hij een poging tot roof in een bankgebouw heeft verijdeld, ontdekt Axel dat Dent van plan is ervandoor te gaan. Hij zou zijn laatste wapentransactie doen en iedereen uitschakelen, ook Dent en Karla.
Set approximately two years after the original film, Captain Bogomil (Ronny Cox), Billy Rosewood (Judge Reinhold), and John Taggart (John Ashton) are trying to figure out who is behind the "Alphabet Crimes", a series of mostly high end store robberies (and one shooting) distinctive by their monogrammed envelopes with an alphabetical sequence the assailants leave behind. Complicating matters is the new "political" state of the Beverly Hills police, headed by temperamental new police chief Harold Lutz (Allen Garfield), doing everything he can to stay on the Mayors good side.<br /><br />While investigating a lead, Bogomil is shot by Karla Fry (Brigitte Nielsen), the chief hench woman of Maxwell Dent (Jürgen Prochnow). Finding out about the shooting over a news report, Axel (Murphy) immediately flies out to Beverly Hills (covering his absence from his actual job in Detroit by telling his commanding officer he was going "deep deep deep DEEP undercover" on the credit card fraud case he had been assigned to) to help find out who shot Bogomil and why. Posing as an undercover FBI agent to get past Lutz, Axel soon starts making the connection between the robberies and Dent, who is financing his gun trade to Central America. Having foiled a robbery attempt at a bank depository, Axel soon uncovers that Dent is planning on making his getaway. Axel, Billy and Taggert track Dent to where he's making his final arms deal and take everyone down, including Dent and Karla.