Ondan sonra Naxçıvanda işləyərkən müstəqilliyə gedən yolu açdı. Naxçıvanda Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin bayrağını dövlət bayrağı elan etmişdir və atılmış digər addımlar ona xalqın məhəbbətini daha da artırmışdır. Bununla bərabər, o vaxt Azərbaycanda hakimiyyətdə olan AXC-Müsavat cütlüyü xalqın inamını tamamilə itirmişdi. Onların antimilli siyasəti xalqda böyük hiddət doğururdu. Bacarıqsızlıq, qeyri-peşəkarlıq nəticəsində ölkə demək olar ki, idarəolunmaz vəziyyətə düşmüşdü. Ölkəmizi xaos, anarxiya bürümüşdü, qeyri-qanuni silahlı birləşmələr küçələrdə əli silahlı gəzirdilər, insanları incidirdilər. O illərdə ölkəmizi kütləvi rüşvətxorluq bürümüşdü. Torpaqlarımızın işğal altına düşməsi, iqtisadi böhran, sənaye böhranı, hərbi böhran demək olar ki, ölkəmizin gələcək müstəqil həyatına böyük təhlükə yaradırdı. Belə olan halda əlbəttə ki, xalq öz ümidini Heydər Əliyevə bağlamışdı. Ona görə Yeni Azərbaycan Partiyasının yaradılması tarixi zərurət idi. Partiya yaradılandan sonra bütün cəmiyyətimizdə böyük dəstəyə malik oldu.