Le loyer annuel versé, calculé conformément à la circulaire du Premier ministre du 28 janvier 1993, s'élève à 6 % du coût-plafond. Invariable pendant neuf ans, il est ensuite revalorisé tous les trois ans en fonction de la valeur locative réelle des locaux. Cette valeur est estimée par le service local de France Domaine et ne peut pas excéder la variation de l'indice du coût de la construction publié par l'INSEE intervenue sur cette période.