При долната диспепсия се използват три групи медикаменти: пробиотици, спазмолитици и евентуално психотропни средства, които са насочени към моторните нарушения на червата (с уникална анатомия), въздействието върху дисбиозата (чест спътник на долната диспепсия) и осигуряване на емоционален комфорт. Нерядко в практиката се използва и т.нар. диагностика чрез лечение. Прилага се медикамент, който въздейства върху функционалните разстройства и не повлиява органичните нарушения. В диагностичната и терапевтичната стратегия използването на подобни медикаменти е богатство.