ალთაის ჰავა მკვეთრად კონტინენტურია. ზამთარი ცივია და ხანგრძლივი, იანვრის საშუალო ტემპერატურა — 15°-იდან (მთისწინეთში) — 28°-32°-მდეა (ცენტრალური ალთაის მთათაშუა ქვაბულებში). მაღალმთიან ზონაში ზაფხული ხანმოკლეა და გრილი, ივლისის საშუალო ტემპერატურა 14°-16° არ აღემატება.