Gravaj urboj de la nabatea imperio estis la ĉefurbo Petra en la hodiaŭa Jordanio, Bostra en la hodiaŭa Sirio kaj la komerca metropolo Hegra (hodiaŭ Mada'in Salih). Arkeologie relative bone esploritaj krome estas la urboj Avdat (Oboda), Mamŝit (Mampsis), Nicana (Nesana) kaj Ŝivta (Soboda) en la hodiaŭa Israelo. Oboda, Elusa (Ĥaluca) kaj Nesana supozeble estis la unuaj komercaj centroj de la nabateanoj. Nur poste fondiĝis la pliaj centroj Rehovot, Mampsis kaj Sobata.