La restanta kontribuo de Scheidemann al la orgenliteraturo kaj al baroka muziko ĝenerale estis liaj ĥoralkomponaĵoj, kiuj skvis tri ĝeneralajn tipojn: kantfirmaj ĥoralaranĝoj, kiuj estis frua speco de ĥoralpreludo; "monodiaj" ĥoralaranĝoj, kiuj imitis la enmodan stilon de monodio – voĉkanta solo super basso continuo – sed por solorgeno; kaj ellaboritaj ĥoralfantaziaĵoj, nova invento baziĝanta sur la klavarila stilo de Sweelinck, kiuj utiligas la eblecojn de la evoluanta Germana barokorgeno. Krom tiuj ĥoralaranĝoj li ankaŭ skribis komponaĵoj pri la magnifikato, kiuj ne nur estas de multparta, sed ankaŭ en cikla formo, formo kiu poste nur estis en uzo en la 19-a jarcento.