Ĝi estas uzita en la produktado da diversaj organikaj peroksidoj kie dibenzoilperoksido estas alta volumenekzemplo. Ĝi estas utiligita en polimerigoj, kiel faruna blankigilo kaj kiel terapio por akneo. Peroxy-acidoj, kiel ekzemple peraceta acido kaj meta-chloroperoxybenzoic-acido estas ankaŭ produktitaj uzante hidrogenan peroksidon. Hidrogena peroksido estis uzita por kreado de organikaj peroksid-bazitaj eksplodaĵoj, kiel ekzemple acetona peroksido.