Sebagian besar cholangiocarcinoma(kanker saluran empedu) dapat berkembang tanpa penyebab yang jelas. Kendati demikian, kanker ini terjadi ketika sel dalam saluran empedu mengalami mutasi pada DNA-nya. Akibatnya, sel tumbuh tidak terkendali dan membentuk tumor atau sel kanker dalam jumlah banyak.