Vrcholem potíží spalovny se státními úřady mohou být dva nedávno řešené případy, i mediálně propírané. První se týká nespálených pytlů s nebezpečným zdravotnickým odpadem, za což Ekotermex dostal čtvrtmilionovou pokutu. Druhý – řešený nyní před soudem – zase nepovoleného způsobu spalování několika tun kondenzátorů a následného úniku nebezpečných látek do ovzduší.