Hydru přemohl až hrdina Hérakles, kterému to jako úkol zadal král Eurystheus. S tímto úkolem mu pomáhal Ioláos a to proto, že Hydra měla také svého pomocníka - obrovského raka. Héraklés zapálil les za lernskými bažinami, aby Hydře znemožnil ústup. A poté začal zapálenými šípy ostřelovat Hydru. Jakmile se na něj Hydra vrhla, tak jí usekl hlavu, ale z té narostly hned další dvě. V tu chvíli se Héraklovi navíc zakousl do nohy obří rak, kterého však zneškodnil Ioláos. Po mrtvém rakovi se Hydra ohlédla, čehož Héraklés využil, vytrhl hořící strom a upálil jí hlavu tak, že se již žádná nová hlava neobjevila. Stejným způsobem se vypořádal i s ostatními hlavami, včetně té nesmrtelné. Tělo mrtvé Hydry rozsekal a zakopal hluboko do země. Z Hydřiny žluči si zakalil šípy, protože rány jimi způsobené byly nezhojitelné.