Největší nevýhodou karoserie sedanů ve srovnání s vozy s vyklápěcími pátými dveřmi (Škoda Octavia) je omezený přístup k obvykle obrovskému kufru. Bora není výjimkou, ani její objemný zavazadlový prostor (oproti svému předchůdci Ventu se smrskl o 45 litrů) není nejlépe přístupný. Zdobí jej však praktická a estetická chromovaná lišta na namáhané hraně kufru a propojení s interiérem, kterým lze nákladový prostor ještě zvětšit. Vzorové je čalounění.