El Archivo es publicà durant set anys, fins a 1893, però els nous càrrecs eclesiàstics que ocupà Chabàs l'obligaren a deixar-ho estar. En efecte, en 1891 fou nomenat canonge de la catedral de València i un poc més tard arxiver capitular, de forma que a partir de llavors la sistematització de l'enorme fons arxivístic de la seu valentina ocupà els seus esforços prioritaris. I, ultra això, continuà publicant altres treballs, com l'edició del manuscrit Antigüedades de Valencia (1895) de Josep Teixidor, que havia restat inèdit des de 1767, un opúscul sobre Arnau de Vilanova (1899), una interpretació sobre la iconografia de la porta romànica de la catedral de València (1899), un exemplar estudi sobre la Génesis del derecho foral valenciano (1902) o les primeres edicions modernes de La brama dels llauradors de l'horta de València de Jaume Gassull (1901) i L'Espill de Jaume Roig (1905). Finalment, a més a més, ocupà els darrers anys de la seua vida en la confecció de l'Episcopologio valentino, un vast estudi sobre la història del cristianisme a la diòcesi de València, del qual només pogué publicar el primer volum (1909), des del segle I al XIII.