L’autor explica que la idea de Flors per a l’Algernon va sorgir molt abans d’escriure el conte i la novel·la arran d’una pregunta que es va formular: “Què passaria si es pogués augmentar de manera artificial la intel·ligència humana?”. Quatre anys més tard va conèixer un noi amb Retard Mental i el protagonista de la novel·la va començar a agafar cos en la imaginació de Daniel Keyes. L’autor volia aventurar una hipòtesi i dur-la fins a les darreres conseqüències i va idear aquest personatge colossal que es diu Charlie Gordon. Després de moltes provatures pel que fa a la tècnica narrativa, finalment Keyes es va decidir pels “Informes de Progrés”, una mena de diari en què el protagonista anotaria els canvis que aniria experimentant, les seves sensacions, emocions i reflexions. A partir d’aquests ingredients la novel·la va començar a agafar cos.