Poc va durar la bonança econòmica d’ambdues potències. Les continuades desavinences entre espanyols i portuguesos, sumades al desastres que van suposar les guerres a Europa durant el segle XVI, tindran una forta repercussió en el comerç internacional de les espècies decantant-se, aquest, a favor dels habitants del nord d’Europa, sobretot anglesos i holandesos. Els primers faran mans i mànigues per adquirir-ne el control, sobretot en creure que la nou moscada combatria, amb els seus efectes medicinals, la malaltia coneguda avui dia com influenza (tipus de grip de greus conseqüències i molt encomanadissa) i que aleshores assolava les illes.