Падчас сезону 2011/12 Тоні выступаў пад кіраўніцтвам Юпа Хайнкеса, яго былога трэнера ў Леверкузене. Кроас разам са сваім партнёрам Басціянам Швайнштайгерам утварыў моцную лінію цэнтральнай часткі паўабароны. Ён адгуляў 51 матчаў ва ўсіх спаборніцтвах на працягу сезону, у тым ліку ўзяў удзел у фінале Лігі чэмпіёнаў, дзе «Баварыя» прайграла па пенальці лонданскаму «Чэлсі» на Альянц-Арэне.