Але ў 1906 годзе ва ўніверсітэце здарыўся канфлікт Бенедыкта з кіраўніцтвам з-за прыхільнага стаўлення прафесара да тэорыі Дарвіна, і кіраўніцтва ўніверсітэта папрасіла сыйсці 73-гадовага прафесара на пенсію. Пасля фактычнага выгнання Дыбоўскі вяртаецца на радзіму, у Беларусь, у маёнтак сястры ў Войнава. Пачынаецца Першая сусветная вайна, і так як Львоў раней знаходзіўся на тэрыторыі Аўстра-Венгрыі, а Дыбоўскі з’яўляўся аўстрыйскім падданым у 81 год прафесара ссылаюць зноўку у Іркуцк, ад граха падалей. Мясцовыя ўлады, пры прыбыцці прафесара ў горад адмовіліся яго там размесціць, і патрабавалі этапіравання да Якуціі, ад Якуцкай ссылкі Дыбоўскага выратавала заступніцтва Пецярбургскай Акадэміі Навук і Імператарскага геаграфічнага таварыства. І Дыбоўскі вяртаецца назад у Беларусь. Пасля таго, як тэрыторыя Беларусі была поўнасцю занята немецкімі войскамі ён атрымаў дазвол акупацыйных улад на вяртанне ў Львоў.