Հովսեփյանը 2008-ից մինչև 2016 թվականի մարտը աշխատել է նույն պաշտոնում, որից հետո նշանակվել է Հայաստանի կառավարությանն առընթեր Պետական եկամուտների կոմիտեի (ՊԵԿ) նախագահ: Մամուլում մեծ աղմուկ էին բարձրացրել Բարձրաստիճան պաշտոնատար անձանց էթիկայի հանձնաժողով Հովհաննես Հովսեփյանի ներկայացրած հայտարարագրերը, որոնց համաձայն, ՊԵԿ նախագահի պաշտոնում նշանակմանը նախորդած հինգ տարիներին նա ստացել է 3 միլիոն 90 հազար դոլար նվիրատվություն: