Հավանորեն ծնվել է 660-ական թվականներին։ Կրթվել ու մեծացել է Հայոց ոստան Դվինում, քաղաքի ավագ քահանայի ընտանիքում։ Ուսանել է Դվինի հայոց կաթողիկոսարանում։ Այնուհետև բավական ժամանակ հոգևոր կրթություն է ստացել Գեղարքունյաց գավառի Մաքենեցոց վանքում՝ վանահայր Սողոմոնի մոտ, ապա, այն ժամանակ Հայաստանում մեծ հռչակ վայելող Սյունյաց վարդապետարանում՝ Մովսես Քերթողի մոտ։ 13-րդ դարի պատմիչ Ստեփանոս Օրբելյանը հայտնում է, որ դավանաբանության վերաբերյալ Ստեփանոս Սյունեցին վիճաբանություն է ունենում իշխան Սմբատ Բագրատունու հետ, և քանի որ հմուտ չէր փիլիսոփայական արտաքին գիտությանը (աշխարհիկ գիտություններ), իշխանը նրան տգետ է անվանում և կամենում հալածել: Ստեփանոսն ուսումնառության է մեկնում Կոստանդնուպոլիս, ապա Աթենք և Հռոմ, սերտում հունարեն ու լատիներեն գրականություն և դպրություն, յուրացնում երաժշտական արվեստը, խորացնում իր իմացությունը աստվածաբանության ու մատենագրության մեջ: