Ehnaton halálának körülményeiről semmit nem tudunk, és ismerve a körülményeket, feltételezhetjük a legrosszabbat. Utódja, Szemenhkaré nem egészen egy évig állt a birodalom élén (az utolsó feljegyzett uralkodási éve a negyedik, amibe bele kell számolni a hároméves társuralkodást is) - feltehető, hogy azok, akik Ehnatont meggyilkolták, nem érték be a fiatal fáraó ,,kiegyezéspolitikájával," a részleges visszatéréssel a régi kerékvágásba, és radikálisabb változást akartak. Ezt csak a gyermekkorú, tehát könnyen irányítható Tutanhamon uralma alatt sikerült elérniük. Tutankhamon (i.e. 1333-1323) hétéves fiúként került a trónra. Uralkodásának kezdetén az új vallást elhagyták, noha teljes kirekesztése és üldözése sokkal későbbre datálható. A tényleges hatalom Ay-nál és a hadsereg parancsnokánál Horemhebnél volt.