III. Amenhotep és Ehnaton mindvégig jó viszonyban maradtak, és elképzelhető, hogy Ámon híveit csak az idősebb fáraó iránti tisztelet tartotta vissza attól, hog nyíltan fellépjenek Ehnaton ellen. III. Amenhotep és Tiye gyakran meglátogatták fiukat; mindkettejüknek volt saját palotája Ahet-Atonban. Nem véletlen, hogy Ehnaton hatalma azután indul hanyatlásnak, miután apja meghal és már nem tudja támogatni őt.