A régi rendszer hívei Thébában maradtak, ami annyiban volt hátrányos, hogy a fáraó nem tudta ,,szemmel tartani" őket. Helyettük egy teljesen új hivatalnokréteg épült ki, sokan egyszerű származásúak voltak. Ők feltétel nélkül támogatták a fáraót és reformjait, de befolyásuk a városra korlátozódott. A hadsereg sem állt Ehnaton mellett; a főparancsnok Horemheb nem volt a reformok fanatikus híve. A katonai ügyeket Ehnaton alatt egyébként is elhanyagolták, a fáraó egyetlen hadjáratot sem vezetett, templomai faláról (a korai időket leszámítva) teljességgel hiányzik az a szimbolikus jelenet, amikor a fáraó lesújt ellenségeire.