Ehnaton személyével kapcsolatban rengeteg alapvető kérdésre nincs válasza senkinek. Nem tudni, hogy anyja honnan is származott, azt sem, hogy hol töltötte gyermekkorát, hogy tizenhét évnyi uralkodás után meghalt-e, vagy tovább élt? Volt-e társuralkodója, és ha Szemenhkaré az volt, az kije volt neki? Ki volt Ay, aki a negyedik Amarnai uralkodóként ismert. És vajon hol és mikor temették el Ehnatont? Sírja Amarnában megépült, de a mai kutatások szerint nem temették oda. Ez nem tény, csak feltevés, mivel a múmia hiányzik, a tárgyi bizonyítékok pedig nagyon hiányosak.