Ehnatonnak egy fiatalon meghalt fivéréről – Dhutmosze v. Thotmesz –, és több lánytestvéréről tudunk. Elképzelhető, hogy az édes- vagy féltestvére volt a későbbi társuralkodó, Szemenhkaré (egyes feltevések szerint III. Amenhotep gyermeke Szitamon királyi örökösnőtől), és Tutanhamon, akit szoktak Ehnaton és egy mellékfelesége (Kia) fiának is tekinteni.