A túlzott szervesanyag-felhalmozódás a felszíni vizekben az élet számára kedvezőtlen feltételeket teremt, elszaporodnak az algák és a cyanobaktériumok, ezek toxinokat termelnek, felborítják a víz oxigénháztartását. Ebben az oxigénhiányos állapotban könnyen megindul a rothadás, amely során mérgező gázok szabadulnak fel, például kénhidrogén, ammónia. A folyamatosan keletkező iszaptömeget időről időre el kell távolítani az egészséges életfolyamatokat biztosító, tiszta víz fenntartásához. Eddig ezt csak mechanikusan tudtuk megoldani, de az EM BIO használatával hasznos mikroorganizmusokat juttatunk a vízbe, amelyek elszaporodva segítenek a megvastagodott iszap lebontásában. Így tehát az EM-BIO használatával nemcsak az algapopulációt szorítjuk vissza, hanem csökkenthetjük a felhalmozódott iszap vastagságát.