Ehnaton körülbelül társuralkodóvá történt kinevezésekor vette őt feleségül. Nefertiti hat lányt (Meritaten, Meketaten, Ankhenspaaten, Neferneferuaten, Neferneferure, Setepenre) szült férjének, de fiút nem. Két legidősebb lányuk – Meritaton és Maketaton – még a reformok kezdete idején, az Aton-hit kizárólagossá válása előtt született, a négy kisebb már az Aton tiszteletére épített új fővárosban Ahet-Atonban (,,Aton fényhegye").