Die LGV Sud-Est ist zusätzlich durch zwei Anschlussstrecken mit dem übrigen Schienennetz verbunden. Ein 15 km langer Abzweig führt von Pasilly nach Aisy-sur-Armançon, wo er auf die Hauptstrecke nach Dijon trifft. Auf dieser verkehren Züge in Richtung Lausanne und Bern. Der 6 km lange Abzweig von Mâcon nach Pont-de-Veyle wird von Zügen in Richtung Genf und Savoyen befahren. Daneben gibt es drei weitere Anschlussstellen, die von Dienstzügen und bei Umleitungen genutzt werden (bei Saint-Florentin sowie in den Bahnhöfen Le Creusot und Mâcon-Loché).