Bei der Behandlung können Schmerzen oder Blutungen an der Einstichstelle der Akupunkturnadeln auftreten. Das ist bei etwa 10 von 100 Behandlungen der Fall und in manchen Situationen Bestandteil der Therapie. Schwere Nebenwirkungen (wie z. B. Infektionen oder die Verletzung von Gewebe oder Organen durch die Nadeln) sind meist auf Anwendungsfehler zurückzuführen und kommen in Deutschland extrem selten vor.