اولین‌ اقدام‌ او در مقام‌ ریاست‌جمهوری‌، معرفی‌ محمدجواد باهنر به‌ عنوان‌نخست‌وزیر و پیشنهاد وی‌ به‌ مجلس‌ شورای‌ اسلامی‌ بود كه‌ در دوازدهم‌ مرداد ماه‌صورت‌ گرفت‌. باهنر در دوره‌ی‌ نخست‌وزیری‌ رجایی‌، وزیر آموزش‌ و پرورش‌ كابینه‌اش‌بود. باهنر نیز در چهاردهم‌ مرداد از مجلس‌ رأی‌ اعتماد گرفت‌. وزیران‌ كابینه‌اش‌ نیز درجلسه‌ علنی‌ مورخه‌ 1360/5/26 از مجلس‌ رأی‌ اعتماد گرفتند و بدین‌ ترتیب‌ یك‌ دولت‌تمام‌ عیار انقلابی‌ و مكتبی‌ قوه‌ مجریه‌ را در اختیار گرفت‌. رجایی‌ در این‌ مرحله‌ باامیدواری‌ به‌ همراهی‌ دولت‌ مكتبی‌ محمدجواد باهنر، در صدد ایجاد دولت‌ و جامعه‌ی‌آرمانی‌ اسلامی‌ خود بود.