وي تحصيلات حوزوي و دانشگاهي داشت و پس از گرفتن ليسانس، دوره فوق ليسانس را در رشته امور تربيتي گذراند. و دکتراي الهيات را آغاز کرد. محمد جواد باهنر، پس از پيروزي انقلاب اسلامي، مدتي نماينده مردم کرمان در مجلس خبرگان و نماينده مردم تهران در مجلس بود. او در کابينه شهيد رجايي، وزير آموزش و پرورش بود و پس از شهادت دکتر بهشتي، دبير کل حزب جمهوري اسلامي شد.