بعد از رفراندوم رویارویی و تعارضات بین روحانیون و حکومت وارد مرحله تازه‌ای گردید. زیرا از یک سو امام به هیچ‌وجه قصد سازش و سکوت نداشت. و از سوی دیگر دولت علم که متوجه کانون و عمق خطری که در مقابل دولت وی و انجام برنامه‌هایش قرار گرفته بود، شده بنابراین سعی در اعمال محدودیت بیشتر و کنترل شدید‌تر بر آن بر آمد: اعزام طلاب به خدمت وظیفه سربازی، تبلیغات شدید علیه روحانیت، گماردن نیروهای امنیتی و انتظامی در داخل و اطراف حوزه‌های علمیه و... اما در پی گسترش مخالفت‌ها سرانجام در دوم فروردین به دستور وی مدرسه فیضیه قم و طالبیه تبریز مورد هجوم قرار گرفت.