مدتی پس از این اخطارها و تهدید‌ها بود که علم دستور دستگیری سران جبهه ملی و تعدادی از طرفداران فعال این جبهه را، که عمدتاً از دانشجویان دانشگاه تهران بودند. صادر کرد. بلافاصله این عده دستگیر و در زندان‌های قزل‌قلعه و قصر محبوس شدند. با دستگیری سران جبهه ملی علم احساس می‌کرد مهمترین گروه اپوزیسیون کشور نابود گشته در حالی که در این دوره مهمترین گروه اپوزیسیون روحانیون بودند که به رهبری آیت‌الله خمینی شدیدترین مخالفت‌ها و مبارزات را با رژیم پهلوی و دولت علم انجام دادند و آغاز این مبارزات لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی بود.