اهداف و برنامه‌های دولت علم که قبلاً مشخص شده بود عبارت بود از: انجام اصلاحات موردنظر آمریکا، هموارسازی راه دیکتاتوری محمدرضا شاه و سرکوب مخالفین احتمالی. وی برای انجام اهداف و برنامه‌های تعیین شده به اقداماتی از قبیل: تمرکز قدرت در وجود شخص شاه و تنزل مقام نخست‌وزیری تا حد «نوکر و چاکر شاه»، سانسور شدید مطبوعات و رسانه‌ها، تضعیف و حذف مخالفان (در مرحله اول جبهه ملی و بعد روحانیون) و... دست زد. اما بی‌شک اولین اقدام بسیار مهم دولت علم تصویب لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی بود. مصوبه‌ای که آشکارا قانون اساسی مشروطیت را نقض می‌کرد، و باعث رویارویی جدی روحانیون به رهبری مرجع کمتر شناخته شده در آن دوره یعنی آیت‌الله خمینی با دولت و حکومت گردید، و نقطه شروعی شد برای تعارضات اساسی بین حکومت و روحانیت، هر چند دولت در پی مخالفت‌ها و فشارهای شدید روحانیون و در رأس آن امام مجبور به لغو مصوبه شد ولی این اقدام عقب‌نشینی موقت بود. زیرا رژیم مجبور بود برای بقای خود به خواسته‌های آمریکا جامه عمل بپوشاند. چنان‌که اندکی بعد از لغو مصوبه مذکور سعی در اجرای اصلاحات در قالب رفراندوم نمود. علما و روحانیون باز هم به رهبری امام در مقابل این عمل دولت واکنش نشان داده و آن را با دلایل قانونی رد و رفراندوم را تحریم نمودند. اما علی‌رغم این مخالفت‌ها «رفراندوم قلابی» در ششم بهمن 1341 برگزار و ظاهراً مفاد آن تصویب گردید.