علم از طریق گزارش‌های ساواک در جریان کامل این سخن‌رانی قرار می‌گیرد.[81] و صبح روز بعد (14/3/1342) آن را به اطلاع شاه می‌رساند. وی ضمن گزارش به شاه گفت که به نظر او صبر و تحمل در برابر این اعمال دیگر مصلحت نیست و بهتر است آیت‌الله خمینی، جهت زهر چشم گرفتن از دیگر روحانیون دستگیر شود. شاه با وجود این که از سخن‌رانی امام در روز عاشورا سخت عصبانی بود اما در صدور حکم دستگیری امام مردّد بود. با این حال اصرار علم باعث شد تا عصر روز 14 خرداد دستور دستگیری امام صادر شود. پیرو همین دستور نیروهای انتظامی و امنیتی حدود ساعت 4 بامداد، پانزدهم خرداد 1342، با محاصرة خانة امام، ایشان را دستگیر و با انتقال به تهران در پادگان قصر زندانی کردند.[82] هم زمان تعداد دیگری از علما مانند آیت‌الله قمی در مشهد و آیت الله محلاتی در شیراز نیز دستگیر شدند.