کابینه دوم علم، که در واقع در حکم ترمیم کابینه اول بود روز سه‌شنبه 30 بهمن 1341 به شاه معرفی شد و چون هنوز انتخابات دوره بیست‌ویکم مجلس شورای ملی انجام نشده بود، هیئت دولت جدید علم نیز از مجلس رأی اعتماد نگرفت. تغییرات کابینه دوم علم عبارت بودند از: دکتر محمد باهری وزیر دادگستری، به جای غلامحسین خوشبین، دکتر مهدی پیراسته وزیر کشور به جای سپهبد صادق عزیزی، نصرالله معینیان وزیر راه به جای مهندس داود رجبی، در کابینه جدید وزارت‌های بازرگانی و صنایع و معادن در هم ادغام شده و دکتر علی نقی‌ علیخانی وزیر آن شد. پست قائم‌‌مقامی نخست‌وزیر در سازمان برنامه و بودجه حذف شد. وزرای مشاور نخست‌وزیر نیز بر کنار شدند و به جای آنها به ترتیب جهانگیر تفضلی، دکتر غلامحسین خوشبین و سپهبد صادق امیر عزیزی به عنوان وزرای سه گانه مشاوران منصوب شدند.[8]