در چنین شرایطی علم که احساس خطر کرده بود، از قبل، اقدامات پیشگیرانه‌ای به عمل آورده نیروهای انتظامی و نظامی را در شهر قم مستقر کرد. آنها در دومین روز عید که مصادف با 25 شوال 1382 ق سالگرد شهادت حضرت امام جعفر صادق (ع) بود، مجالس سوگواری را بر هم زدند، کماندوهایی که از تهران برای گرفتن زهر چشم از علما به قم اعزام شده بودند، اقدام به بر هم زدن تظاهرات و مجالس سوگواری کردند. کانون اصلی درگیری، مدرسه فیضیه قم بود. در مدرسة قیضیة مراسم سوگواری بر پا بود. در میان جمعیت شرکت کننده‌ عده‌‌ای از افراد ساواک و کماندوها با لباس مبدل شرکت کرده بودند. اینها مراسم را به هم زده و با سلاح‌های سرد به طلاب و شرکت‌کنندگان در مراسم حمله‌ور شدند. چون طلاب به مقابله برخاستند. در نتیجه به سلاح گرم متوسل شده و عده‌ی زیادی از طلاب علوم دینیه کشته شدند.[65] هم زمان با هجوم به مدرسه فیضیه، مدرسه طالبیه تبریز نیز مورد هجوم قرار گرفت.