Η περίοδος επώασης είναι 3 με 9 ημέρες στον ιό Marburg και 3 με 18 ημέρες στον ιό Ebola. Η έναρξη της νόσου είναι απότομη, με ισχυρό πονοκέφαλο, πόνο στην πλάτη και μυϊκούς πόνους και μερικές φορές και πόνο στην κοιλιά. Σ' αυτό το στάδιο η ασθένεια δεν διαφοροποιείται εύκολα από την ελονοσία, τον τυφοειδή πυρετό και άλλες βακτηριακές λοιμώξεις, ρικετσιώσεις ή ιώσεις. Περίπου στην τρίτη ημέρα εμφανίζεται ναυτία, εμετός και ακατάσχετη διάρροια με βλεννώδη και αιματηρό περιεχόμενο. Η διάρροια μπορεί να συνεχίσει για αρκετές ημέρες. Ένα κηλιδοβλατιδώδες εξάνθημα εμφανίζεται στον κορμό και εξαπλώνεται και στο υπόλοιπο σώμα. Την 4η με 5η ημέρα η κατάσταση του ασθενούς γίνεται κρίσιμη, με υψηλό αδιάκοπο πυρετό και αλλαγή του επιπέδου συνείδησης, που περιλαμβάνει σύγχυση, επιθετικότητα ή λήθαργο. Εμφανίζονται αυθόρμητες αιμορραγίες σε θέσεις ενέσεων, όπως και αιματέμεση, μέλαινες κενώσεις, αιμοπτύσεις και σε ασθενείς σε κύηση, αυτόματη έκτρωση με μαζική αιμορραγία. Η νεφρική ανεπάρκεια μπορεί να είναι το τελικό γεγονός. Ο θάνατος συμβαίνει από την 8η μέχρι την 17η ημέρα, συνήθως την 8η με 9η. Η ανάρρωση συνοδεύεται από αίσθημα κόπωσης, ανορεξία, απώλεια βάρους, απώλεια μαλλιών και συχνά από ψυχολογικά προβλήματα.