Στην Ήπειρο, συνέβησαν αρχικά μεμονωμένοι εξισλαμισμοί. Στα μέσα περίπου του 17ου αιώνα, σύμφωνα με μεταγενέστερη μαρτυρία του Π. Αραβαντινού, εξισλαμίστηκαν οι Χριστιανοί σπαχήδες της Ηπείρου. Στη νότια Αλβανία ή βόρεια Ήπειρο έγιναν την περίοδο αυτή αρκετοί εξισλαμισμοί Ελλήνων ή Αλβανών Χριστιανών, λόγω των φορολογικών καταπιέσεων, της αδιαλλαξίας ορισμένων κληρικών κλπ. Όπως γράφει ο Αραβαντινός στη Χρονογραφία της Hπείρου, γύρω στα 1733 άρχισαν αθρόοι εξισλαμισμοί σε πολλά χωριά της Θεσπρωτίας (που αναφέρονται ονομαστικά) επειδή οι κάτοικοί τους δεν μπορούσαν να υποφέρουν τα δεινά της σκλαβιάς.