Tο γεγονός αυτό δεν σήμανε μόνο το τέλος της Ενετικής κυριαρχίας στην πιο σημαντική και πιο παλαιά κτήση της στην ανατολική Μεσόγειο, αλλά είχε και σοβαρές συνέπειες για το ίδιο το νησί: Υλικές καταστροφές, πληθυσμιακή αιμορραγία (οι κάτοικοι του νησιού από 200.000 περίπου χιλιάδες που ήταν πριν μειώθηκαν σε 135.000), βαριά φορολογία, αθρόους, όπου όμως εντείνεται η εμπορική διείσδυση των Ευρωπαίων, αλλά και η δράση των πειρατών, που κάνει ανασφαλή τον πλου των εμπορικών πλοίων και ταλαιπωρεί τους νησιώτες. Έξαρση της πειρατείας στη θάλασσα, αλλά και της ληστείας στην ξηρά. Oι κλέφτες, γίνονται επικίνδυνοι για τον Τουρκικό, ενίοτε όμως και για τον Χριστιανικό πληθυσμό.