Κατά τη διάρκεια του πολέμου, συμμετέχει στο μαρτύριο του Σερβι­κού λαού και της Εκκλησίας του. Προς το τέλος του πολέμου διώκεται από τους κομμουνιστές, και καταφεύ­γει σε πτωχά, απόμακρα μοναστήρια, όπου καταφέρνει να συνεχίσει την αρξαμένη ήδη μετάφραση πατερικών και αγιολογικών κειμένων (Μέγα Συ­ναξαριστή) και να συντάξει τα σχόλια του στα Ευαγγέλια και τις επιστολές του Παύλου, τα όποια συνεχώς συ­μπλήρωνε και μετά τον πόλεμο και τα όποια εκδόθηκαν μεταξύ των ετών 1970-1978, σε πολλούς τόμους. Τελικά, με την επικράτηση στην εξουσία του κομμουνιστικού καθεστώτος στη Γι­ουγκοσλαβία το 1945, συλλαμβάνεται και φυλακίζεται, και παρ’ ολίγο να τουφεκισθεί ως «εχθρός του λαού» από το ολοκληρωτικό καθεστώς του Ιωσήφ Μπρόζ Τίτο και της απάνθρω­πης ιδεολογίας του άθεου μαρξισμού, που κατέρρευσε τόσο τραγικά, βυθί­ζοντας εκ νέου το σερβικό λαό και τη ζωντανή Εκκλησία του σε μία άβυσσο δοκιμασιών. Στερημένος όλων των ανθρωπίνων δικαιωμάτων, πολιτικών και θρησκευτικών, ο πατήρ Ιουστίνος ζούσε υπό επιτήρηση σ’ ένα μικρό γυναικείο μοναστήρι, στο Τσέλιε, κοντά στην πόλη Βάλιεβο της Σερβίας, μέχρι το τέλος της επίγειας ζωής του, το 1979. Κάθε μέρα τελούσε την Θεία Λειτουργία, και υπήρξε ο πνευματικός πατέρας των μοναζουσών, των ευλαβών πιστών και πολλών νέων φοιτητών, παραμένο­ντας ταυτόχρονα η «κεκρυμμένη συνείδησης της Σερβικής Εκκλησίας, αλλά και της μαρτυρικής Ορθοδο­ξίας εν γένει», όπως ελέχθη σχετικά από τον καθηγητή Πανεπιστημίου και Ακαδημαϊκό της Ακαδημίας Αθηνών, Ιωάννη Καρμίρη.