Σε όλη τη μακρά διάρκεια της Οθωμανικής κυριαρχίας, πολλοί οικισμοί ερημώθηκαν (742 από το 1700 ως το 1800) για διάφορους λόγους. Για παράδειγμα, ο Κρητικός πόλεμος (1645 - 1669) προκάλεσε δημογραφική καταστροφή στο Χάνδακα (Ηράκλειο) και ιδίως στη Σητεία, η οποία ερημώθηκε για περισσότερο από δύο αιώνες. Μεγάλες δημογραφικές καταστροφές προκάλεσε και ο επταετής Αγώνας για την εθνική ανεξαρτησία. Αντίστροφα την περίοδο αυτή δημιουργήθηκαν νέοι οικισμοί. Πρόκειται για σημαντικά ζητήματα της ιστορικής δημογραφίας η έρευνα των οποίων πρέπει να γίνεται επί τη βάσει όλων των διαθέσιμων πηγών.