Ο αφρικανικός αιμορραγικός πυρετός είναι μια συστημική πάθηση που εμπλέκει πολλά όργανα, κυρίως όμως το λεμφικό σύστημα, τους όρχεις, τις ωοθήκες και το ήπαρ. Το ήπαρ εμφανίζει νεκρωτικές εστίες με πολλά έγκλειστα ηωσινόφιλα, διαφορετικά από αυτά του κίτρινου πυρετού. Εναποθέσεις ινώδους βρίσκονται στο νεφρικό σπείραμα, γεγονός που μπορεί να συνοδεύεται από διάχυτη ενδαγγειακή πήξη. Υπάρχει επίσης οίδημα και διάχυτη φλεγμονή στον εγκέφαλο.