Ο Χριστόδουλος φάνηκε ότι ηρέμησε για λίγο. Γρήγορα όμως διαπίστωσε ότι οι μοναχοί του στην Κω ενοχλούνταν απ’ τις συχνές δοσοληψίες με τους κατοίκους της περιοχής, που τα κτήματά τους καθώς συνόρευαν με τα ακίνητα της μονής, γίνονταν αφορμή για διαμάχες μεταξύ τους, που βύθιζαν τους μοναχούς στην «τύρβη των βρασμών των βιωτικών», αποσπώντας τους απ’ τον καθαρά ασκητικό τους προορισμό. Αποφάσισε, λοιπόν, ν’ αλλάξει καταφύγιο και διάλεξε τη μικρή κι ερημική Πάτμο, που παρουσίαζε κάποια ασφάλεια απ’ τις επιδρομές των Τούρκων και είχε γι’ αυτόν ιδιαίτερη σημασία, ως ο τόπος που δέχτηκε άλλοτε τον αγαπημένο μαθητή του Χριστού Ιωάννη τον Θεολόγο. Δεν χάνει καιρό , ξαναφεύγει για την Κωνσταντινούπολη, όπου εκλιπαρεί πάλι τον Αυτοκράτορα («προσήλθε τη βασιλεία μου εκλιπαρών μάλα περιπαθώς», τονίζει στο Χρυσόβουλλό του ο Αυτοκράτορας) να δεχτεί να πάρει την Πάτμο ελεύθερη με βασιλική δωρεά και να αποδώσει σαν αντάλλαγμα στο δημόσιο τη νεοϊδρυμένη μόνη της Κω με όλες τις κτήσεις της. Ο Αλέξιος Κομνηνός έδωσε τελικά τη συγκατάθεσή του υπογράφοντας το περίφημο Χρυσόβουλλο του Απριλίου του 1088, με το οποίο όριζε να περιέλθουν στο δημόσιο όλα τα ακίνητα της Κω, τα αποκτηθέντα απ’ τον Χριστόδουλο, ο δε μοναχός αυτός να γίνει κύριος ολόκληρης της Πάτμου, απαλλαγμένης από φορολογικές και άλλες υποχρεώσεις.