Αλλά και ο Χριστόδουλος πηγαίνοντας στην Πάτμο δεν έμεινε εκεί για μεγάλο χρονικό διάστημα. Αφού καθιέρωσε τους πιο αυστηρούς κανόνες μοναστικής ζωής, κάνοντας το νησί μια μικρή και σχεδόν ανεξάρτητη Πολιτεία, όπου μόνο μοναχοί μπορούσαν αρχικά να ζουν, αποσύρθηκε και πάλι δυτικότερα, στον Εύριπο της Εύβοιας, όταν είδε πως ο κίνδυνος των Τούρκων επεκτεινόταν στα νησιά που βρίσκονταν απέναντι στα Μικρασιατικά παράλια. Στον Εύριπο θα συντάξει τον Μάρτιο του 1093 τον Κωδίκελλο και τη Μυστική του Διαθήκη, όπου όριζε γενικό κληρονόμο του το μοναχό Αρσένιο Σκηνούρη, στον οποίο μεταβίβαζε τη μονή της Πάτμου με όλες τις κτήσεις και τα περιουσιακά του στοιχεία: