Μετά τα μέσα όμως του 18ου αιώνα παρατηρήθηκε σε αρκετές περιπτώσεις μία προσπάθεια, αν όχι αποκλεισμού, τουλάχιστον περιορισμού της επέμβασης της Εκκλησίας στα εσωτερικά των κοινοτήτων. Τούτο δεν ήταν πάντα εφικτό, καθώς η Εκκλησία αντιδρούσε έντονα. Σε ορισμένες μάλιστα περιπτώσεις, οι αντιδράσεις αυτές προσέλαβαν έντονα ιδεολογικό - πολιτικό χαρακτήρα και κατέληξαν σε ανοιχτές συγκρούσεις, όπως στη Σμύρνη το 1819. Στην Κοζάνη από τα μέσα κιόλας του 18ου αιώνα είχαν συμβεί ισχυρές συγκρούσεις στις οποίες πρωτοστατούσε ο μητροπολίτης και οι οποίες προκάλεσαν τις επανειλημμένες παρεμβάσεις του Πατριαρχείου.