Globalny widok wszystkich podstawowych histonów w drożdżach zapewnia tandemowa spektrometria mas nienaruszonych histonów H2A, H2B, H4 i H3. Pozwoliło to na szczegółową scharakteryzowanie >50 różnych form histonów i ich półilościową ocena w mutantach delecyjnych gcn5Delta, spt7Delta, ahc1Delta i rtg2Delta, wpływających na kompleksy remodelujące chromatynę SAGA, SLIK i ADA. Metoda podejście spektrometrii masowej "top down" wykryło dramatyczne spadki acetylacji na H3 i H2B w komórkach gcn5Delta w porównaniu z typem dzikim. Dla H3 w komórkach typu dzikiego, tandemowa spektrometria mas ujawniła bezpośrednią korelację między wzrostem trimetylacji Lys(4) a stanami acetylacji 0, 1, 2 i 3 histonu H3. Wyniki pokazują szeroki zakres od 10 do 80% poziomów trimetylacji Lys(4) na ogonach H3 zawierających odpowiednio 0 lub 3 acetylacje. Wzajemność między tymi znakami chromatyny była widoczna, ponieważ komórki gcn5Delta wykazywały 30% spadek w poziomach trimetylacji na Lys(4), oprócz spadku poziomów acetylacji na H3 w chromatynie masowej. Delecja Set1, metylotransferazy Lys(4), była związana z powiązanym zanikiem zarówno metylacji Lys(4), jak i Lys(14) i Lys(18) lub Lys(23) acetylacji na H3. Podsumowując, zdefiniowaliśmy "zestaw podstawowy" form histonów obecnych w chromatynie drożdży przy użyciu aktualnego podejścia masowego spektrometryczne, które zarówno szybko profiluje globalne zmiany, jak i bezpośrednio sonduje łączność modyfikacji na tym samym histonie. --- Aby uzyskać pełniejszą charakterystykę białek przewidywanych przez DNA (w tym ich modyfikacje potranslacyjne) podejście "top-down" wykorzystujące wysoką rozdzielczość tandemowej MS jest tutaj przedstawione poprzez jego zastosowanie do metanogenów zarówno w trybie zarówno w trybie opartym na hipotezach, jak i w trybie odkrywania, przy czym ten ostatni zależy od nowych automatyzacji dla nienaruszonych białek. Z białkami wyizolowanymi z rybosomów i lizatów całych komórek Methanococcus jannaschii (około 1800 genów) przy użyciu metody frakcjonowania białek 2D, 72 produkty genowe zostały zidentyfikowane i scharakteryzowano ze 100% pokryciem sekwencji poprzez automatyczną fragmentację nienaruszonych jonów jonów białkowych w niestandardowym hybrydowym spektrometrze mas z kwadrupolem i transformacją Fouriera. Znaleziono trzy nieprawidłowe miejsca startu i dwie modyfikacje, z których jedna została określona dla MJ0556. dla MJ0556, białka o masie 20 kDa z nieznaną metylacją przy około 50% zajętości w komórkach fazy stacjonarnej. Podejście separacyjne w połączeniu z hybrydowym spektrometrem mas z transformacją kwadrupolową/Fouriera umożliwiło ukierunkowane i wydajne porównanie histonów z M. jannaschii, Methanosarcina acetivorans (największy genom archeonów, 5,8 Mb) i drożdży. Odkrycie to ujawniło uderzającą różnicę w potranslacyjnej regulacji pakowania DNA u Eukarya vs Archaea. Badanie to ilustruje znaczący krok ewolucyjny dla narzędzi MS dostępnych do charakteryzacji białek WT ze złożonych proteomów bez proteolizy. proteomów bez proteolizy. --- Chromatyna jest wysoce ustrukturyzowanym kompleksem nukleoproteinowym zbudowanym z białek histonowych i DNA, który kontroluje prawie wszystkie procesy zależne od DNA. Plastyczność chromatyny jest regulowana przez różne związane z nią białka, modyfikacje potranslacyjne na histonach (hPTM) i metylację DNA, które działają w skoordynowany sposób, aby wymuszają specyficzny "krajobraz chromatyny", z regulacyjnym wpływem na ekspresję genów. ekspresję genów. Spektrometria mas (MS) pojawiła się jako potężna strategia analityczna do wykrywania PTM histonów, ujawniając interakcje między sąsiednimi PTM i umożliwiając badania przesiewowe dla ich czytelników w sposób kompleksowy i ilościowy. Tutaj przedstawiamy przegląd ostatnich osiągnięć najnowocześniejszej proteomiki opartej na spektrometrii mas proteomiki opartej na spektrometrii mas do szczegółowej jakościowej i ilościowej jakościowej i ilościowej charakterystyki modyfikacji potranslacyjnych histonów, wariantów histonów, i globalnych interaktomów w określonych regionach chromatyny. To streszczenie podkreśla jak postępy w wysokiej rozdzielczości MS, od analizy "Bottom Up" do "Top Down", wraz z absorpcją metod proteomiki ilościowej przez biologów chromatyny metody proteomiki ilościowej przez biologów chromatyny, sprawiły, że MS stała się ugruntowaną metodą w dziedzinie epigenetyki, umożliwiając pozyskiwanie oryginalnych informacji, wysoce komplementarnych do tych oferowanych przez bardziej konwencjonalne testy oparte na przeciwciałach. --- Ostatnie postępy technologiczne pozwoliły na wysoce wyrafinowane badania oparte na spektrometrii mas badania kodu histonowego oparte na spektrometrii mas, które przewidują, że kombinacje modyfikacji potranslacyjnych (PTM) na białkach histonowych skutkuje określonymi wyniki biologiczne, w których pośredniczą białka efektorowe rozpoznające takie znaczniki. Chociaż poczyniono znaczne postępy w identyfikacji i i charakterystyce PTM histonów, pełne zrozumienie złożoności kodu kodu histonów będzie wymagało pełnego zrozumienia wszystkich modyfikacji, które przypuszczalnie przyczyniają się do tego. Tutaj, stosując podejście top-down spektrometrii masowej do identyfikacji PTM na histonach pełnej długości, donosimy, że lizyna 37 z histonu H2B jest dimetylowana u pączkujących drożdży Saccharomyces cerevisiae. Poprzez generowanie przeciwciała specyficznego dla modyfikacji i szczepów drożdży, które zawierają mutacje w domniemanym miejscu metylacji, dostarczamy dowodów na istnienie tego znaku istnieje in vivo. Co ważne, pokazujemy, że ta reszta lizyny jest wysoce konserwowana przez ewolucję i dostarczamy dowodów, że to zdarzenie metylacji występuje również u wyższych eukariontów. Identyfikując nowe miejsce metylacji histonów metylacji, badanie to przyczynia się do naszego ogólnego zrozumienia złożonej liczby modyfikacji histonów, które przyczyniają się do funkcji chromatyny. --- Ostatnie postępy w oprzyrządowaniu do spektrometrii mas, takie jak FTICR i OrbiTrap, umożliwiły generowanie widm o wysokiej rozdzielczości całych białek. białek. Podczas gdy metody te oferują nowe możliwości wykonywania badań "top-down" badania białek, narzędzia obliczeniowe do analizy danych top-down są wciąż rzadkie. wciąż niewystarczające. W tym artykule badamy zastosowanie ujednolicania widm do problemu identyfikacji form białek w widmach masowych top-down (tj, identyfikacji modyfikacji, mutacji, insercji i delecji). My pokazujemy, w jaki sposób wyrównanie spektralne skutecznie odkrywa formy białek nawet w w obecności licznych modyfikacji i jak algorytm ten można rozszerzyć, aby odkrywania izomerów pozycyjnych z widm mieszanin izobarycznych form białek. --- Metylacja histonu H4 przy lizynie 20 (K20) jest powiązana z aktywacją aktywację transkrypcji, wyciszanie genów, tworzenie heterochromatyny, mitozę, i naprawę DNA. Jednak niewiele wiadomo o tym, jak ta modyfikacja jest regulowana lub w jaki sposób przyczynia się do tych różnorodnych procesów. Etykietowanie metaboliczne i odgórna spektrometria mas ujawniają, że nowo zsyntetyzowany H4 jest stopniowo metylowany w K20 podczas faz G (2), M i G (1) cyklu komórkowego w procesie, który w dużej mierze jest nieunikniony. proces, który jest w dużej mierze nieunikniony i nieodwracalny. Około 98% nowych H4 ulega dimetylacji w ciągu dwóch do trzech cykli komórkowych, a obrót metylacji K20 in vivo jest niewykrywalna. Nowy H4 jest metylowany niezależnie od wcześniejszej acetylacji, a acetylacja zachodzi głównie na K20-dimetylowanym H4, obalając hipotezę, że metylacja K20 antagonizuje acetylację H4 i hamuje transkrypcję epigenetycznie. Pomimo sugestii, że jest to wymagane do normalnej mitozy i progresji cyklu komórkowego, metylacja K20 przebiega normalnie podczas leczenia kolchicyną. Co więcej, opóźnienia w syntezie PR-Set7 i metylacji K20 które towarzyszą zmienionej progresji cyklu komórkowego podczas leczenia maślanem sodu maślanu sodu wydają się być wtórne do hiperacetylacji histonów lub innych efekty maślanu, ponieważ wyczerpanie PR-Set7 nie wpłynęło na cykl komórkowy cyklu komórkowego. Łącznie nasze dane zapewniają obiektywną perspektywę regulacji i funkcji metylacji K20. --- Spektrometria mas (MS) szybko staje się niezbędnym narzędziem do analizy modyfikacji potranslacyjnych (PTM) białek. analizy modyfikacji potranslacyjnych (PTM) białek, a w szczególności histonów, które regulują procesy fizjologiczne. Bardziej tradycyjne podejście polegające na poszukiwaniu modyfikacji na peptydach, a nie na nienaruszonych białkach (top-down). białek (top-down) okazało się przydatne do znajdowania miejsc fosforylacji, acetylacji i ubikwitynacji, i miejsc ubikwitynacji. Dzięki zastosowaniu nowoczesnego oprzyrządowania i różnych technik opartych na MS, peptydy i ich PTM mogą być scharakteryzowane w przy jednoczesnym zachowaniu wysokiej czułości i specyficzności. W uzupełnieniu do bottom-up MS, ostatnie postępy w technologii MS, takie jak spektrometria mas z transformacją Fouriera (FTICR), umożliwiły badanie nienaruszonych białek i ich modyfikacji. W trybie on-line i off-line instrumenty do separacji białek sprzężone z FTICR-MS pozwalają na charakterystykę PTM wcześniej niewykrywalnych w podejściach oddolnych. Wykorzystanie zastosowanie unikalnych technik fragmentacji w FTICR-MS zapewnia realną opcję dla badania labilnych modyfikacji. W tym rozdziale przedstawiamy szczegółowy opis narzędzi analitycznych - w szczególności spektrometrii mas - które są wykorzystywane do charakteryzowania modyfikacji peptydów i białek. Badamy również zastosowanie tych technik spektrometrii mas do badania PTM na histonach za pomocą podejścia proteomicznego bottom-up i top-down. --- Zastosowanie wysokoprzepustowej metody Top-Down MS do całego proteomu wymaga jeszcze nie ustalonego modelu przetwarzania danych. Ponieważ Top-Down staje się możliwe na dużą skalę, przedstawiamy nasz najnowszy potok oprogramowania przeznaczony do uchwycenia pełnej wartości nienaruszonych danych białkowych w sposób zautomatyzowany. Dla nienaruszonego wykrywania masy, łączymy algorytmy przetwarzania danych MS1 zarówno z izotopowo rozdzielonych (FT) i rozdzielonych pod względem stanu ładunku (pułapka jonowa) danych LC-MS, które są następnie łączone z ich jonami fragmentów w celu przeszukiwania bazy danych za pomocą ProSight. Zautomatyzowane określanie izoform ludzkiej keratyny i tubuliny jest jednym z rezultatów. wynikiem. Zoptymalizowane pod kątem zawiłości całych białek, nowe moduły oprogramowania wizualizują dane w skali proteomu w oparciu o czas retencji LC i intensywność i intensywności nienaruszonych mas oraz umożliwiają selektywne wykrywanie PTM w celu automatycznego przesiewania pod kątem acetylacji, fosforylacji i metylacji. Funkcjonalność oprogramowania została została zademonstrowana przy użyciu porównawczych danych LC-MS ze szczepów drożdży oprócz ludzkich komórek poddanych stresowi chemicznemu. Kontynuujemy te postępy jako kluczowy aspekt realizacji Top-Down MS w skali proteomicznej. --- Histony eukariotyczne służą jako prototypowe przykłady potranslacyjnej złożoności z różnorodnymi modyfikacjami (PTM) na wielu różnych resztach, które składają się na "kod histonowy". Aby pomóc bardziej efektywnie złamać ten kod zademonstrować nową strategię charakteryzacji białek, w której pełne opisy PTM są uzyskiwane przez wyszukiwanie w bazie danych zamiast ręcznej interpretacji bogatych w informacje danych z wysokorozdzielczej tandemowej spektrometrii mas (MS/MS). Utworzono bazę danych zawierającą prawie 50 000 zmodyfikowanych sekwencji histonu H4 i z 91 jonami fragmentacyjnymi pochodzącymi z dysocjacji wychwytu elektronów histonu o masie +112 Da (w porównaniu z masą niezmodyfikowaną) selektywnie gromadzonych w kwadrupolu hybrydowym spektrometrze mas z transformacją Fouriera. Prawidłowa forma na szczycie listy wskazywała na dimetylację w Lys20, acetylację na N-końcu i acetylację w Lys16. acetylację w Lys16 (oddzieloną od trimetylacji, Deltam = 0,036 Da). A statystyczna ujawnia krytyczną rolę dokładności masy i że "izomery" PTM "izomery" PTM są wyszukiwane jako następne najlepsze dopasowania. Możliwość zastosowania do form H4 z maksymalnie sześcioma PTM jest zademonstrowana, z rozszerzalność na inne histony (np. H2A, H2B, H3) i inne klasy białek. Przewidywane. --- Bezmetalowy system LC/RPLC o słabej interakcji kationowymienno-hydrofilowej został opracowany dla czułego, wysokoprzepustowego MS top-down. Tutaj przedstawiamy wyniki analizy PTM histonów rdzeniowych, ze szczególnym uwzględnieniem histonu H4, przy użyciu tego systemu. Z zaledwie ∼24 μg na kolumnę histonów rdzeniowych (H4, H2B, H2A i H3) oczyszczonych z ludzkich fibroblastów, zidentyfikowano 41 izoform H4, z typem i lokalizacją PTM jednoznacznie zmapowanych dla 20 z tych wariantów. W porównaniu do w porównaniu z odpowiednimi badaniami offline zgłoszonymi wcześniej, online słabe kationy wymiana-hydrofilowa interakcja LC / RPLC platforma oferuje znaczną poprawę w czułości, z kilkoma rzędami wielkości redukcji w próbce i skróceniu ogólnego czasu analizy. Zgodnie z naszą najlepszą wiedzy, niniejsze badanie stanowi pierwszą charakterystykę online 2-D LC-MS/MS mieszaniny histonów rdzeniowych na poziomie nienaruszonego białka. --- Proteomika ilościowa koncentruje się w dużej mierze na korelacji obfitości białek, i dynamiki poprzez opracowanie metod, które są skoncentrowane na ekspresji białek (np. (np. znacznik powinowactwa kodowany izotopowo, znacznik izobaryczny do względnej i bezwzględnej kwantyfikacji itp. kwantyfikacji względnej i bezwzględnej itp.) Metody te skutecznie wykrywają zmiany w białek, ale nie zapewniają kompleksowej perspektywy różnorodności białek, takich jak histony. białek, takich jak histony, które są regulowane przez modyfikacje potranslacyjne. modyfikacje potranslacyjne. Tutaj opisujemy charakterystykę zmodyfikowanych form histonu H4 komórek HeLa histonu H4 z zakresem dynamicznym >10(4) przy użyciu metody spektrometrii masowej ściśle Top Down w połączeniu z dwoma wymiarami chromatografii cieczowej. Ten zwiększony zakres dynamiczny umożliwił precyzyjną charakterystykę i kwantyfikację 42 form unikalnie zmodyfikowanych przez kombinacje metylacji i acetylacji acetylacji, w tym tych z trimetylowaną Lys-20, monometylowaną Arg-3, i nową dimetylowaną Arg-3 (każda <1% wszystkich form H4). Analizy ilościowe analizy ujawniły różne trendy w obłożeniu miejsca acetylacji w zależności od stan metylacji Lys-20. Ponieważ obie modyfikacje są dynamicznie regulowane przez cykl komórkowy, jednocześnie badaliśmy acetylację i kinetykę kinetykę metylacji w trzech fazach cyklu komórkowego i wykorzystaliśmy te dane do statystycznie ocenić solidność naszej analizy ilościowej. Ta praca stanowi najbardziej kompleksową analizę form histonu H4 obecnych w ludzkich komórkach. w ludzkich komórkach. --- Ostatnie osiągnięcia w spektrometrii masowej top down umożliwiły identyfikację blisko spokrewnionych warianty histonów i ich zmodyfikowane formy mogą być identyfikowane i oznaczane ilościowo z niespotykaną dotąd precyzją. bezprecedensową precyzją, ułatwiając wysiłki na rzecz lepszego zrozumienia, w jaki sposób histony przyczyniają się do epigenetycznej regulacji transkrypcji genów i innych procesów jądrowych. procesów jądrowych. Dlatego też kluczowe jest, aby nienaruszone profile MS dokładnie odzwierciedlały poziomy wariantów i zmodyfikowanych form obecnych w danym typie komórki lub stanie komórki aby w pełni wykorzystać te wysiłki. Tutaj pokazujemy, że częściowe utlenianie reszt Met i Cys w próbkach histonów przygotowanych konwencjonalnymi metodami konwencjonalnymi metodami, wraz z utlenianiem, które może narastać podczas przechowywania lub podczas zautomatyzowanej nanoprzepływowej jonizacji elektrorozpryskowej, utrudnia analizę MS poprzez zmianę nienaruszonego profilu MS, jak również utrudniając potranslacyjną lokalizację modyfikacji po MS/MS. Opisujemy również zoptymalizowaną procedurę utleniania kwasu nadmrówkowego, która omija te problemy bez katalizowania dodatkowych utleniania lub zmiany poziomów modyfikacji potranslacyjnych powszechnych w histonach. MS i MS/MS histonów rdzenia komórek HeLa potwierdziły, że Met i Cys były jedynymi utlenionymi resztami oraz że całkowite utlenienie przywróciło rzeczywiste nienaruszone stosunki obfitości i znacznie jakość danych MS/MS. Pozwoliło to na jednoznaczne wykrycie na poziomie nienaruszonej cząsteczki poziomie nienaruszonej cząsteczki, nowych kombinatorycznie zmodyfikowanych form H4, które byłyby zostałyby pominięte. Utlenianie poprawiło również separację ludzkich histonów rdzeniowych histonów za pomocą chromatografii w odwróconej fazie i zmniejszyło poziomy form indukowanych solą obserwowanych w ESI-FTMS. Metoda ta stanowi prosty i łatwo zautomatyzowane środki zwiększające dokładność i czułość analiz top down analiz kombinatorycznie zmodyfikowanych form histonów, które mogą być również korzystne dla analiz top down lub bottom up innych białek. --- Szczegółowa charakterystyka składu aminokwasowego (aa) rekombinowanego histonu histonu H3 (Xenopus laevis) i jego mono-, di- i trimetylowanych izoform Lys-9 przeprowadzono metodą ESI/FT-ICR-MS. Zmierzone masy cząsteczkowe tych czterech białek nie zgadzały się z tymi przewidywanymi na podstawie opublikowanej sekwencji dzikiego histonu H3 typu dzikiego. Przy użyciu MS/MS z dysocjacją aktywowaną kolizją i dysocjacją wychwytu elektronów wychwytu elektronów, trzy substytucje aa (Gly102Ala, Cys110Ala i Gly111Ala) zostały jednoznacznie zidentyfikowane w każdym białku przez bazę danych białek i sekwencjonowanie znaczników peptydowych de novo. Ponadto określono poprzez dokładny pomiar masy i generowanie składu pierwiastkowego, że Lys-9, do której przyłączone są grupy metylowe, nie jest w rzeczywistości lizyną. Zamiast tego zidentyfikowano ją jako chemiczny analog lizyny - aminoetylocysteiny - w metylowanych białkach. Po włączeniu tych trzech podstawień aa i aminoetylocysteiny do sekwencji białka sekwencji, ponownie obliczone masy cząsteczkowe czterech białek były całkowicie zgodne z wartościami zmierzonymi w zakresie 1 ppm. Ta praca demonstruje moc top-down MS dla szczegółowego potwierdzenia strukturalnego rekombinowanych białek, nawet bez wcześniejszych informacji o białek, nawet bez wcześniejszych informacji o podstawieniach aa lub modyfikacjach. --- Stany transkrypcyjne są tworzone i utrzymywane przez interakcję i modyfikacji potranslacyjnej (PTM) kilku białek chromatyny, takich jak histonów i białek o wysokiej ruchliwości (HMG). Wśród nich, HMGA1a, małe białko białko jądrowe związane z heterochromatyną zostało wykazane jako potranslacyjnie modyfikowane, a niektóre z tych PTM zostały powiązane z apoptozą i rakiem. apoptozą i rakiem. W komórkach nowotworowych, PTMs HMGA1a różnią się między przerzutowymi i nieprzerzutowymi komórkami i komórkami bez przerzutów, co sugeruje istnienie kodu PTM HMGA1a analogicznego do "kodu histonowego". W tym badaniu poszerzamy obecną wiedzę poprzez kompleksową charakterystykę PTM na HMGA1a oczyszczonym z ludzkich komórek przy użyciu zarówno nanoprzepływowej chromatografii cieczowej, jak i aktywowanej zderzeniowo dysocjacji pośredniczonej Bottom Up i dysocjacji z przeniesieniem elektronów ułatwionej środkowej i Top Down spektrometrii mas (MS). Stwierdziliśmy, że HMGA1a jest wszechobecnie modyfikowany wieloma typami modyfikacji, takimi jak metylacja, acetylacja i fosforylacja, w tym znalezienie nowych miejsc. Podczas gdy Bottom Up MS zidentyfikował niższy poziom miejsca modyfikacji, Top i Middle Down MS zostały wykorzystane do identyfikacji najbardziej najczęściej występujących form modyfikowanych kombinatorycznie. Co ciekawe, chociaż zidentyfikowaliśmy kilka pojedynczych miejsc modyfikacji poprzez nasze analizy Bottom Up i Middle Down i Middle Down MS, stwierdzamy, że stosunkowo niewiele kombinatorycznie zmodyfikowanych form dominuje w populacji. w populacji poprzez proteomikę Top Down. Główne kombinatoryczne PTM, które znajdujemy poprzez podejście Top Down to N-końcowa acetylacja, metylacja Arg25 wraz z fosforylacją trzech najbardziej C-końcowych reszt serynowych w głównie w formie difosforylowanej. Niniejszy raport przedstawia jedną z najbardziej szczegółowych analiz HMGA1a do tej pory i ilustruje siłę wykorzystania połączonego wysiłku MS wysiłek. --- Podstawowy zestaw form białkowych wyrażanych przez ludzkie komórki z rodziny genów H2B został określony za pomocą spektrometrii mas Top Down. Wykorzystując dysocjację wychwytu elektronów Dysocjacja elektronów dla MS/MS izoform H2B, bezpośrednie dowody na ekspresję niezmodyfikowanych H2B.Q, H2B.A, H2B.K/T, H2B.J, H2B.E, H2B.B, H2B.F i monoacetylowanych H2B.A uzyskano z asynchronicznych komórek HeLa. H2B.A była najbardziej obfitą formą z ogólnym profilem ekspresji nie zmieniającym się znacząco w komórkach zatrzymanych w mitozie przez kolchicynę lub podczas fazy S, G2, G2/M i G1. fazy cyklu komórkowego. Umiarkowana hiperacetylacja członków rodziny H2B była zaobserwowano po leczeniu maślanem sodu. --- Modyfikacja H3 w asynchronicznych komórkach HeLa została sprofilowana przy użyciu spektrometrii mas Top Down spektrometrii mas. Zaobserwowano szeroki rozkład gatunków różniących się o 14 Da i zawierających mniej niż 3% niezmodyfikowanego białka zaobserwowano dla wszystkich trzech wariantów. Gatunki do +168 Da zaobserwowano dla H3.1, a fragmentację wszystkich gatunków przez dysocjację wychwytu elektronów (ECD) ujawniła około 5% metylację K4 i około 50% dimetylację K9. K14 i K23 były głównymi miejscami acetylacji. H3.3 był nieznacznie hipermodyfikowany z wierzchołkiem przesunięty o około +14 Da w porównaniu do H3.1. H3.1 (50% i 15%) z komórek traktowanych kolchicyną było monofosforylowanych i difosforylowanych, odpowiednio, z równoważną modyfikacją S10 i S28. --- Analiza Top Down ujawniła, że co najmniej czternaście genów kodujących histon H2A jest ulegają koekspresji w komórkach HeLa. Charakterystyka tych gatunków ujawniła, że wszystkie z wyjątkiem H2A.Z i H2A.F/Z były alfa-N-acetylowane, H2A.O i H2A.C,D,I,N,P były najliczniejsze. najbardziej obfite, a te przekraczające około 10% obfitości nie posiadały modyfikacji posttranslacyjnych. modyfikacji potranslacyjnych. Ta jednoznaczna identyfikacja form H2A ilustruje zalety spektrometrii masowej Top Down i zapewnia globalną perspektywę perspektywę regulacji H2A w cyklu komórkowym.
Jakie są zalety odgórnej analizy spektrometrycznej histonów?
Spektrometria mas top down jest sposobem na analizę nienaruszonych białek, umożliwiając w ten sposób: charakterystykę izoform i analizę modyfikacji potranslacyjnych.