Istnieje duże zainteresowanie niezawodnymi sposobami uzyskiwania bezwzględnych liczebności białek w skali całego proteomu. W tym celu zaproponowano metody kwantyfikacji LC-MS/MS, w których gdzie wszystkie zidentyfikowane białka mają przypisaną szacunkową szacowaną liczebność. Przedstawiono kilka wariantów tego podejścia do kwantyfikacji na podstawie liczby zliczeń widm na białko lub intensywności piku MS1. intensywności. Wyposażony w kilka zestawów danych reprezentujących rzeczywiste biologiczne środowiska biologiczne, zawierające dużą liczbę dokładnie określonych ilościowo białek referencyjnych. białek referencyjnych, oceniamy pięć popularnych, tanich i łatwych do wdrożenia metod kwantyfikacji metod kwantyfikacji (bezwzględna ekspresja białka, wykładniczo zmodyfikowany wskaźnik obfitości białka, intensywność piku MS1). Indeks Obfitości Białka, Indeks Bezwzględnej Kwantyfikacji Oparty na Intensywności, Top3, i MeanInt). Nasze wyniki pokazują znacznie lepsze szacunki obfitości po wdrożeniu dokładnie określonych ilościowo białek referencyjnych; to znaczy przy użyciu z użyciem standardowych peptydów znakowanych stabilnym izotopem lub standardowej mieszanki białek, aby wygenerować odpowiednio skalibrowany model kwantyfikacji. Pokazujemy, że tylko metoda Top3 jest wprost proporcjonalna do obfitości białka w pełnym zakresie kwantyfikacji i jest preferowaną metodą. zakresie kwantyfikacji i jest preferowaną metodą w przypadku braku referencyjnego pomiarów białek referencyjnych. Dodatkowo wykazujemy, że metody kwantyfikacji oparte na są związane z większymi błędami niż metody oparte na intensywności piku MS1. niż metody oparte na intensywności piku MS1. Ponadto badamy wpływ błędnie rozszczepionych, zmodyfikowanych i współdzielonych peptydów, i współdzielonych peptydów, a także wielkość białka i liczbę zastosowanych białek referencyjnych na dokładność kwantyfikacji. białek referencyjnych na dokładność kwantyfikacji.
Co oznacza skrót iBAQ w analizie proteomicznej?
iBAQ oznacza kwantyfikację bezwzględną opartą na intensywności.