Odpowiedź komórek eukariotycznych na tworzenie się podwójnego pęknięcia nici (DSB) w chromosomalnym DNA jest wysoce konserwatywna. Jedną z najwcześniejszych odpowiedzi na tworzenie DSB jest fosforylacja C-końcowego ogona histonów H2A zlokalizowanych w nukleosomach w pobliżu nukleosomach w pobliżu pęknięcia. Wariant histonu H2AX i histon rdzeniowy H2A są fosforylowane u ssaków. fosforylowane odpowiednio u ssaków i pączkujących drożdży. Wykazaliśmy, że fosforylację wariantu histonu H2Av indukowaną przez DSB u Drosophila melanogaster. H2Av jest członkiem rodziny wariantów histonowych H2AZ. Ser137 w obrębie motywu SQ zlokalizowanego w pobliżu C-końca H2Av był fosforylowany w odpowiedzi na promieniowanie gamma zarówno w komórkach hodowli tkankowej, jak i larwach. Fosforylacja była wykryta w ciągu 1 minuty od napromieniowania i wykrywalna już po 0,3 Gy ekspozycji na promieniowanie. ekspozycji na promieniowanie. Fotochemicznie indukowane DSB, ale nie ogólne uszkodzenia oksydacyjne uszkodzenie lub nacięcie DNA wywołane promieniowaniem UV, spowodowało fosforylację H2Av, sugerując że fosforylacja jest specyficzna dla DSB. Komórki dysku imaginalnego od Drosophila wyrażające zmutowany allel H2Av z usuniętym jego C-końcowym ogonem, a zatem a zatem niezdolne do fosforylacji, były bardziej wrażliwe na indukowaną promieniowaniem apoptozę niż kontrole typu dzikiego, co sugeruje, że fosforylacja H2Av jest ważna dla naprawy DSB indukowanych promieniowaniem. Te obserwacje sugerują że oprócz pełnienia funkcji histonu H2AZ, H2Av jest również funkcjonalnym homologiem funkcjonalnym homologiem H2AX u Drosophila. --- Aby poradzić sobie z zablokowanymi przez ultrafiolet C (UVC) widełkami replikacyjnymi i wznowić syntezę DNA i wznowić syntezę DNA, komórki albo przechodzą syntezę translecji DNA (TLS) przez wyspecjalizowane polimerazy DNA lub tolerują uszkodzenia przy użyciu mechanizmów rekombinacji homologicznej (HR). Aby uzyskać wgląd w to, jak komórki radzą sobie z indukowanymi przez UVC replikacji, przeanalizowaliśmy molekularny przesłuch między polimerazami DNA TLS polimerazami DNA TLS Polη i Rev1, białkiem MDC1 związanym z naprawą pęknięć dwuniciowych (DSB) i białkiem białkiem MDC1 i szlakiem FANC. Opisujemy trzy nowe funkcjonalne interakcje, które występują w odpowiedzi na uszkodzenia DNA indukowane przez UVC. Po pierwsze, Polη i Rev1, których optymalna ekspresja i / lub relokalizacja zależą od rdzenia FANC kompleksu FANC, działają przed FANCD2 i są wymagane do prawidłowej relokalizacji monoubikwitynylowanego FANCD2 (Ub-FANCD2) do ognisk subjądrowych. Po drugie, podczas fazy S, Ub-FANCD2 i MDC1 relokalizują się do uszkodzonych przez UVC obszarów jądrowych lub ognisk jednocześnie, ale niezależnie od siebie. Po trzecie, Ub-FANCD2 i MDC1 są niezależnie wymagane do optymalnej relokalizacji BRCA1. Podczas gdy fosforylacja RPA32 (p-RPA32) i tworzenie się ognisk RPA były zmniejszone równolegle z fosforylacją H2AX i ogniskami MDC1 w napromieniowanych UVC komórkach pozbawionych szlaku FANC MDC1 było związane ze zwiększoną indukowaną przez UVC fosforylacją Ub-FANCD2 i FAN. Ub-FANCD2 i ogniskami FANCD2, a także poziomami p-RPA32 i ogniskami p-RPA32. Na podstawie poprzednich obserwacji proponujemy, że szlak FANC uczestniczy w ratowaniu zablokowanych przez UVC widełek replikacyjnych w połączeniu z TLS, utrzymując integralność regionów ssDNA i zachowując stabilność genomu i zapobieganie powstawaniu DSB, których rozwiązanie wymagałoby interwencji MDC1. wymagałoby interwencji MDC1. --- Wiele supresorów nowotworów odgrywa ważną rolę w szlaku uszkodzeń DNA. Białko palca cynkowego białko palca 668 (ZNF668) zostało niedawno zidentyfikowane jako jeden z potencjalnych supresorów nowotworów w raku piersi. supresorów nowotworów w raku piersi, ale jego funkcja w odpowiedzi na uszkodzenia DNA jest nieznana. W niniejszym raporcie donosimy, że ZNF668 jest regulatorem naprawy DNA. ZNF668 upośledza przeżycie komórek po uszkodzeniu DNA bez wpływu na ATM/ATR kaskadę sygnalizacji uszkodzeń DNA. Jednak rekrutacja białek naprawczych do DNA uszkodzeń DNA jest zmniejszona. W odpowiedzi na IR, knockdown ZNF668 zmniejsza interakcję Tip60-H2AX i upośledza hiperacetylację histonu H2AX indukowaną IR, osłabiając w ten sposób relaksację chromatyny. relaksację chromatyny. Upośledzona relaksacja chromatyny powoduje zmniejszoną rekrutację białek naprawczych do uszkodzeń DNA, wadliwą rekombinację homologiczną (HR) i upośledzone przeżycie komórek po IR. Ponadto, knockdown ZNF668 zmniejszyło fosforylację RPA i jego rekrutację do ognisk uszkodzeń DNA w odpowiedzi na na promieniowanie UV. Zarówno w odpowiedzi na uszkodzenia IR, jak i UV, relaksacja chromatyny przeciwdziałała upośledzonemu ładowaniu białek naprawczych i defektom naprawy DNA w komórkach z niedoborem ZNF668 U2OS, wskazując, że utrudniona dostępność chromatyny w miejscach pęknięć DNA pęknięcia DNA spowodowały defekty naprawy DNA obserwowane przy braku ZNF668. Nasze odkrycia sugerują, że ZNF668 jest kluczową cząsteczką, która łączy relaksację chromatyny z odpowiedzią na uszkodzenia DNA w kontroli naprawy DNA. --- Uszkodzenia DNA aktywują szlaki sygnałowe, które prowadzą do modyfikacji lokalnej chromatyny i rekrutacji białek naprawy DNA. chromatyny i rekrutacji białek naprawczych DNA. Wiele białek naprawczych DNA o aktywności ligazy ubikwityny są rekrutowane do miejsc uszkodzenia DNA, gdzie ubikwitynują histony i inne substraty. Uważa się, że ubikwitynacja histonów ubikwitynacja histonów odgrywa kluczową rolę w pośredniczeniu w odpowiedzi na uszkodzenie DNA. odpowiedź. Obecnie donosimy, że białko polycomb BMI1 jest szybko rekrutowane do miejsca uszkodzenia DNA, gdzie utrzymuje się przez ponad 8 godzin. lokalizacja BMI1 w miejscach uszkodzeń jest zależna od nienaruszonych ATM i ATR i wymaga fosforylacji H2AX i rekrutacji RNF8. BMI1 jest wymagany do ubikwitynacji indukowanej uszkodzeniem ubikwitynacji histonu H2A przy lizynie 119. Utrata BMI1 prowadzi do do upośledzonej naprawy dwuniciowych pęknięć DNA przez homologiczną rekombinację i akumulacji komórek w stanie G(2)/M. Dane te potwierdzają kluczową rolę BMI1 w komórkowej odpowiedzi na uszkodzenia DNA. --- Regulacja epigenetyczna składa się z wielu różnych modyfikacji, które określają aktywne i nieaktywne stany chromatyny. Warunki takie jak różnicowanie komórek lub ekspozycja na stres środowiskowy wymagają skoordynowanych zmian w ekspresji genów. ekspresji genów. Aby zinterpretować dane epigenomiczne, potrzebne jest spektrum różnych połączonych ze sobą zestawów danych, począwszy od sekwencji genomu i pozycji histonów, wraz z ich modyfikacjami i wariantami, aż po wyniki transkrypcyjnych regionów genomu. Poniżej przedstawiamy narzędzie Podbat (Baza danych pozycjonowania i narzędzie do analizy), które zawiera dane z różnych źródeł i umożliwia szczegółową analizę całego zakresu modyfikacji chromatyny jednocześnie. modyfikacji chromatyny jednocześnie. Podbat może być używany do analizy, wizualizacji, przechowywania i udostępniania danych epigenomicznych. Wśród innych funkcji, Podbat umożliwia oparte na danych określanie regionów genomu o zróżnicowanym zajęciu białek lub ekspresji RNA za pomocą ukrytych modeli Markowa. Porównania między zestawami danych są ułatwione, aby umożliwić badanie kompleksowego systemu modyfikacji chromatyny systemu modyfikacji chromatyny, niezależnie od techniki generowania danych. Każdy organizm z sekwencjonowanym genomem. Przykładem możliwości Podbat jest ponowną analizę wszystkich dotychczas opublikowanych danych dotyczących całego genomu dla wariantu histonu H2A.Z w drożdżach rozszczepialnych wraz z innymi markerami histonowymi, a także danymi fenotypowymi z kilku źródeł. z kilku źródeł. Ta metaanaliza doprowadziła do nieoczekiwanego odkrycia H2A.Z w regionach kodujących genów kodujących białka zaangażowane w regulację mejozy i genów. regulację mejozy i odpowiedzi na stres genotoksyczny. Ta inkorporacja była częściowo niezależne od inkorporującego H2A.Z remodelera Swr1. Zweryfikowaliśmy Zweryfikowaliśmy niezależną od Swr1 rolę H2A.Z po stresie genotoksycznym in vivo. Podbat jest oprogramowaniem open source, które można bezpłatnie pobrać ze strony www.podbat.org, rozpowszechnianym na licencji licencji GNU LGPL. Podręczniki użytkownika, dane testowe i instrukcje są dostępne na stronie internetowej a także repozytorium dla modułów wtyczek opracowanych przez strony trzecie. Podbat wymaga języka Java w wersji 1.6 lub nowszej. --- Toxoplasma gondii jest obligatoryjnym pasożytem wewnątrzkomórkowym. Toksoplazmoza jest nieuleczalna ze względu na zdolność do różnicowania się z szybko replikującego się stadium tachyzoitu do postaci utajonej cysty (stadium bradyzoitu). Regulacja genów związana z różnicowaniem Toxoplasma obejmuje modyfikację histonów, ale bardzo niewiele wiadomo na temat białek histonowych u tego wcześnie rozgałęziającego się eukarionta. Tutaj opisujemy charakterystykę trzech histonów H2A, wariantów H2AX i H2AZ oraz kanonicznego H2A1. H2AZ jest pomniejszym członkiem H2A pasożyta. H2A1 i H2AX mają motyw SQ, ale tylko H2AX ma kompletny SQ(E/D)varphi (gdzie varphi oznacza resztę hydrofobową), o której wiadomo, że jest fosforylowana w odpowiedzi na uszkodzenie DNA DNA. Pokazujemy, że nowy wariant H2B oddziałuje z H2AZ i H2A1, ale nie z H2AX. Immunoprecypitacja chromatyny (ChIP) ujawniła, że H2AZ i H2Bv są wzbogacone w aktywne geny, podczas gdy H2AX jest wzbogacony w geny represyjne, jak również cichego elementu powtórzonego TgIRE. Podczas uszkodzenia DNA wykryliśmy wzrost fosforylacji fosforylacji H2AX, jak również wzrost transkrypcji h2a1 i h2ax. My stwierdziliśmy, że ekspresja h2ax, ale nie h2a1 lub h2az, wzrasta w bradyzoitach generowanych in vitro. Podobną analizę przeprowadzono na dojrzałych bradyzoitach generowanych in vivo, które są zatrzymane w G0, wykazały, że h2az i h2ax ulegają ekspresji, ale h2a1 nie, co jest zgodne z ideą, że h2a1 jest kanonicznym ortologiem histonu w pasożycie. ortologiem kanonicznego histonu w pasożycie. Wzrost H2AX, który lokalizuje się w wyciszonych obszarach obszarów podczas różnicowania bradyzoitów, jest zgodny ze spokojną naturą tego etapu cyklu życiowego. Nasze wyniki wskazują, że wczesne rozgałęzienie eukariotyczny pasożyt Toxoplasma zawiera nukleosomy o nowym składzie, który prawdopodobnie wpłynie na wiele aspektów biologii pasożyta, w tym na klinicznie ważny proces różnicowania bradyzoitów. --- Zwiększony stres oksydacyjny został powiązany z rakotwórczością tarczycy. W tym artykule artykule badamy, czy oksydacyjne uszkodzenia DNA i naprawa DNA różnią się w gruczolaka pęcherzykowego (FA) i raka pęcherzykowego tarczycy (FTC). Tworzenie 7,8-dihydro-8-oksoguaniny (8-OxoG) analizowano za pomocą immunohistochemii w 46 FA, 52 FTC i 18 prawidłowych tkankach tarczycy (NT). Ekspresja mRNA genów naprawy DNA DNA OGG1, homologu Mut Y (MUTYH) i endonukleazy III (NTHL1) analizowano metodą PCR w czasie rzeczywistym w analizowano metodą PCR w czasie rzeczywistym w 19 FA, 25 FTC i 19 NT. Indukcję i naprawę oksydacyjnych uszkodzeń DNA badano w szczurzych komórkach FRTL-5 po napromieniowaniu dożylnym. Ponadto, aktywacja punktów kontrolnych uszkodzeń DNA (ataxia telangiectasia mutated (ATM) i rodziny histonów H2A, członek X (H2AFX (H2AFX)) oraz wskaźnika proliferacji (MIB-1) określono ilościowo w 28 nieoksyfilnych i 24 oksyfilnych FTC. Zwiększone jądrowe i cytozolowe tworzenie 8-OxoG wykryto w FTC w porównaniu z gruczolaka pęcherzykowego, przy czym stwierdzono, że cytozolowe tworzenie 8-OxoG odzwierciedla utlenianie RNA utlenianie RNA. Wykryto znaczące obniżenie poziomu enzymów naprawy DNA w FTC w porównaniu z FA. Eksperymenty in vitro odzwierciedlały odkrycia w FTC z aktywacją punktu kontrolnego DNA wywołaną stresem oksydacyjnym i obniżeniem poziomu OGG1, MUTYH i NTHL1 w komórkach FRTL-5, efekt, który jednak był odwracalny po 24 h. Dalsza analiza wariantów FTC wykazała zmniejszone oksydacyjne uszkodzenia DNA, trwałą aktywację punktu kontrolnego i zmniejszoną proliferację w oksyfilnych vs nieoksyfilnym FTC. Nasze dane sugerują patofizjologiczny scenariusz nagromadzenie nienaprawionych uszkodzeń DNA/RNA w FTC vs zrównoważone uszkodzenia DNA/RNA i naprawy w FA. Ponadto badanie to dostarcza pierwszych dowodów na różnice w obronie przed stresem oksydacyjnym w wariantach FTC z możliwymi implikacjami dla odpowiedzi terapeutycznej i wyników prognostycznych. --- Struktura chromatyny odgrywa kluczową rolę w większości procesów związanych z metabolizmem DNA. Modyfikacje chromatyny związane z regulacją transkrypcji są stosunkowo dobrze scharakteryzowane i uważa się, że są wynikiem kodu na białkach histonowych (kod histonowy). białek histonowych (kod histonowy). Kod ten obejmuje fosforylację, ubikwitylację, sumoilację, acetylację i metylację, uważa się, że reguluje dostępność chromatyny dostępność chromatyny poprzez zakłócanie kontaktów chromatyny lub poprzez rekrutację białek niehistonowych do chromatyny. Ostatnie dowody sugerują, że takie mechanizmy są również zaangażowane w wykrywanie uszkodzeń DNA i naprawę DNA. Jedną z najbardziej dobrze scharakteryzowanych modyfikacji jest powstawanie podwójnych pęknięć nici DNA (DSBs). (DSBs), co skutkuje fosforylacją histonu H2AX (tzw. gamma-H2AX) na chromatynie otaczającej uszkodzenie DNA. Ogólnie uważa się, że uważa się, że fosforylacja histonu H2AX jest wymagana do stężenia i stabilizacji białek naprawczych DNA na uszkodzonej chromatynie. Fosforylacja fosforylacja tego histonu wydaje się odgrywać rolę zarówno w niehomologicznym end-joining (NHEJ) i ścieżkach naprawy rekombinacji homologicznej (HR). Jednakże, wybór ścieżki naprawy może zależeć od lub indukować dodatkowe modyfikacje potranslacyjne wpływające na inne białka histonowe niezbędne do do ukończenia całego procesu naprawy DNA. Co ciekawe, nawet w przypadku nieobecności DSB, dochodzi do modyfikacji histonów. Rzeczywiście, po ekspozycji na promieniowanie UV, acetylacja histonów ma miejsce i uważa się, że ułatwia proces naprawy przez wycięcie nukleotydu (NER). (NER) poprzez promowanie dostępności chromatyny do czynników naprawczych. czynników naprawczych. Niniejszy przegląd koncentruje się na najnowszych danych charakteryzujących funkcję modyfikacji histonów w różnych procesach naprawczych. modyfikacji histonów w różnych procesach naprawczych i omawia, czy kombinacja takich modyfikacji może kombinacja takich modyfikacji może być znakiem rozpoznawczym określonego szlaku naprawy DNA. DNA. --- Fakt, że eukariotyczne DNA jest upakowane w chromatynie, stanowi fizyczną barierę barierę dla enzymów i czynników regulacyjnych, aby dotrzeć do cząsteczki DNA w celu replikacji, transkrypcji, rekombinacji i naprawy. Chociaż większość badań w tej dziedzinie w tej dziedzinie koncentrowała się na tym, jak chromatyna reguluje transkrypcję, istnieje nacisk na badanie roli chromatyny w odpowiedzi na uszkodzenia DNA. DNA. Zidentyfikowano dwa główne mechanizmy remodelowania chromatyny, a mianowicie, kompleksy remodelujące chromatynę zależne od ATP i posttranslacyjne modyfikacje histonów (PTMs). modyfikacje (PTM). PTM stanowią odwracalne kowalencyjne modyfikacje w resztach aminokwasowych aminokwasowych, takich jak fosforylacja seryny i treoniny, acetylacja lizyny acetylacja, metylacja lizyny i argininy oraz ubikwitylacja lizyny, między innymi inne. Co więcej, skład nukleosomów może być modyfikowany przez włączenie wariantów histonów, które są łączone w nukleosomy niezależnie od replikacji DNA. replikacji DNA. Fosforylacja wariantu histonu H2AX (gammaH2AX) jest jednym z najlepszych przykładów z najlepszych przykładów PTM histonów w odpowiedzi na indukcję uszkodzeń DNA, ale wiele innych zostało niedawno ujawnionych. W tym przeglądzie skupiamy się na i podsumowujemy najbardziej znane PTM histonów zaobserwowane w naprawie przez wycięcie (wycięcie zasady i wycięcie nukleotydów) oraz naprawy pęknięć dwuniciowych (niehomologiczne łączenie końców i rekombinacja homologiczna). rekombinacja homologiczna). W skrócie, wzajemne oddziaływanie między remodelery chromatyny i czynniki naprawy DNA są omawiane w odniesieniu do mechanizmów odpowiedzi na uszkodzenia DNA mechanizmy odpowiedzi na uszkodzenia DNA. --- Warianty histonu H2A generują różnorodność w strukturze i funkcjach chromatyny, ponieważ nukleosomy zawierające wariant histonów H2A mają zmienione właściwości fizyczne, chemiczne i biologiczne. właściwości biologiczne. H2A.Z jest ewolucyjnie starożytnym i wysoce konserwatywnym wariantem H2A, który reguluje procesy od ekspresji genów do odpowiedzi na uszkodzenia DNA. odpowiedź na uszkodzenia DNA. Tutaj odkrywamy, że nieustrukturyzowana część C-końcowego ogona ogona H2A.Z jest wymagana dla normalnych funkcji tego wariantu histonu w pączkujących drożdży. Zidentyfikowaliśmy również nową izoformę splicingową ludzkiego genu H2A.Z-2, która koduje C-końcowe skrócone białko H2A.Z, które jest podobne do do mutantów skrócenia, które zidentyfikowaliśmy w drożdżach. Krótkie formy H2A.Z w komórkach zarówno w komórkach drożdży, jak i ludzkich, są luźniej związane z chromatyną niż białka białka o pełnej długości, co wskazuje na konserwatywną funkcję C-końcowego ogona H2A.Z w regulacji asocjacji H2A.Z z chromatyną. w regulowaniu asocjacji H2A.Z z nukleosomami. --- Ino80 i Swr1 są zależnymi od ATP enzymami remodelującymi chromatynę, które zostały zaangażowane w naprawę DNA. Tutaj pokazujemy, że Ino80 jest wymagany do cyklu komórkowego adaptacji punktu kontrolnego w odpowiedzi na trwałe pęknięcie podwójnej nici DNA (DSB). Niepowodzenie komórek pozbawionych Ino80 w ucieczce przed zatrzymaniem punktu kontrolnego koreluje z niezdolnością do utrzymania wysokiego poziomu fosforylacji histonu H2AX i zwiększoną inkorporacją wariantu histonu Htz1p do chromatyny otaczającej DSB. Inaktywacja Swr1 eliminuje indukowaną uszkodzeniem DNA inkorporację Htz1p i przywraca fosforylację H2AX oraz adaptację punktu kontrolnego. My proponujemy, aby Ino80 i Swr1 działały antagonistycznie w chromatynie otaczającej DSB i że regulują one inkorporację różnych wariantów histonu H2A które mogą promować lub blokować adaptację punktu kontrolnego cyklu komórkowego. --- Naprawa DNA chroni neurony przed spontanicznymi lub związanymi z chorobą uszkodzeniami DNA. uszkodzeniami. Dysfunkcje tego mechanizmu leżą u podstaw rosnącej listy zaburzeń neurodegeneracyjnych. Mutacja degeneracji komórek Purkinjego (PC) powoduje utratę ekspresji nna1 i jest związana z postnatalną degeneracją komórek Purkinjego. PC. Ta degeneracja PC dramatycznie wpływa na architekturę jądrową i zapewnia doskonały model do wyjaśnienia mechanizmów jądrowych zaangażowanych w cały szereg zaburzeń neurodegeneracyjnych. Zastosowaliśmy immunocytochemię dla wariantów histonów i składników odpowiedzi na uszkodzenie DNA, test transkrypcji in situ i hybrydyzację in situ telomerów. hybrydyzację in situ telomerów do analizy zmian w architekturze chromatyny i funkcji. Wykazaliśmy, że fosforylacja H2AX, sygnał uszkodzenia DNA DNA oraz trimetylacja histonu H4K20, znaku represyjnego, w rozległych domenach genomu rozległych domenach genomu są epigenetycznymi cechami charakterystycznymi chromatyny w degenerujących się PC. Te modyfikacje histonów są związane z dużą skalą reorganizacją chromatyny, grupowaniem telomerów i indukowanym heterochromatyną wyciszaniem genów. wyciszaniem genów, z których wszystkie są kluczowymi czynnikami w degeneracji PC. Ponadto, ataksja i 53BP1, dwa składniki szlaku naprawy DNA, nie koncentrują się w uszkodzonym chromatynie. nie koncentrują się w uszkodzonych przedziałach chromatyny, mimo że poziomy ekspresji ich genów kodujących poziomy ekspresji ich genów kodujących były nieznacznie podwyższone. Chociaż mechanizm mechanizm, za pomocą którego utrata funkcji Nna1 prowadzi do neurodegeneracji PC jest nieokreślony, postępująca akumulacja uszkodzeń DNA na terytoriach chromosomów nieodwracalnie upośledza globalną transkrypcję genów i wydaje się wyzwalać degenerację i śmierć PC degenerację i śmierć. --- W Saccharomyces cerevisiae histon łącznikowy HHO1 jest zaangażowany w naprawę DNA. U wyższych eukariontów istnieje wiele wariantów histonu łącznikowego H1, ale ich zaangażowanie w odpowiedź na uszkodzenie DNA jest nieznane. Aby rozwiązać tę kwestię zbadaliśmy wrażliwość na czynniki genotoksyczne w komórkach DT40 kurczaka pozbawionych specyficznych wariantów wariantów H1. Spośród sześciu mutantów wariantu H1, tylko komórki H1R(-/-) DT40 wykazywały zwiększoną wrażliwość na czynnik alkilujący - metanosulfonian metylu (MMS). Wrażliwość komórek H1R(-/-) na MMS nie była zwiększona przez inaktywację Rad54. Rad54. Komórki H1R(-/-) DT40 wykazywały również: (i) zmniejszenie skuteczności celowania w geny skuteczność, (ii) upośledzoną wymianę chromatyd siostrzanych oraz (iii) akumulację aberracji chromosomalnych indukowanych IR w fazie G2, z których wszystkie wskazują na zaangażowanie H1R w szlak rekombinacji homologicznej (HR) za pośrednictwem Rad54. Ruchliwość H1R, ale nie H1L w jądrze zmniejszyła się po leczeniu MMS i naprawa pęknięć dwuniciowych generowanych przez I-SceI pozostała niezmieniona w komórkach H1R(-/-), co sugeruje, że H1R integruje się ze szlakami naprawy za pośrednictwem HR na poziomie struktury chromosomu. Wszystkie te odkrycia dostarczają pierwszych genetyczne dowody na to, że specyficzny wariant H1 odgrywa unikalną i ważną rolę w odpowiedzi na uszkodzenia DNA u kręgowców. odpowiedzi na uszkodzenia DNA u kręgowców. --- Członek rodziny białek histonowych X (H2AFX) jest ważny w utrzymaniu struktury chromatyny i stabilności genetycznej. Warianty genetyczne w H2AFX mogą zmieniać funkcje białka, a tym samym ryzyko zachorowania na raka. W tym badaniu kliniczno-kontrolnym genotypowaliśmy cztery powszechne polimorfizmy pojedynczego nukleotydu (tj. -1654A > G [rs643788], -1420G > A [rs8551] i -1187T > C [rs7759] w regionie promotora H2AFX oraz 1057C > T [rs7350] w regionie nieulegającym translacji 3' (UTR)) u 467 pacjentek ze sporadycznym raka piersi i 488 osób z grupy kontrolnej wolnych od raka. Wszystkie kobiety były w wieku <lub=55 lat. Stwierdziliśmy, że znacznie zwiększone ryzyko raka piersi było związane z wariantami genotypów w promotorze H2AFX skorygowany iloraz szans [OR] = 1,80, 95% przedział ufności [CI] = 1,38-2,34 dla -1654AG/GG; OR = 1,40, 95% CI = 1,07-1,83 dla -1420GA/AA; oraz OR = 1,65, 95% CI = 1,26-2,16 dla -1187TC/CC. Ponadto liczba wariantów alleli w haplotypach promotora była związana ze zwiększonym ryzykiem raka piersi raka piersi w sposób zależny od dawki (OR = 6,08, 95% CI = 3,25-11,38; OR = 6,83, 95% CI = 3,83-12,18; i OR = 23,61, 95% CI = 3,95-140,99 odpowiednio dla jednego, dwóch i trzech alleli wariantu (odpowiednio (P (trend) \ < 0,0001). Wiek wystąpienia raka piersi znacząco zmniejszał się wraz ze wzrostem liczby wariantów alleli (P (trend) = 0,024). Jednak efektów tych nie zaobserwowano w przypadku polimorfizmu 3'UTR 1057C > T. Dlatego uważamy, że polimorfizmy promotora H2AFX mogą przyczyniać się do etiologii sporadycznego raka piersi u młodych kobiet rasy białej kobiet. Większe badania asocjacyjne i powiązane badania funkcjonalne są uzasadnione aby potwierdzić te odkrycia.
Jakie warianty histonów odgrywają rolę w odpowiedzi na uszkodzenia DNA?
Głównie H2A.X, ale H2A.Z i H1R są również związane z uszkodzeniami DNA.