Wiele mechanizmów regulacyjnych wymaga wysokiego stopnia specyficzności wiązania białko-DNA wiązania. Sekwencja nukleotydów nie daje odpowiedzi na pytanie, dlaczego białko wiąże się tylko z niewielkim podzbiorem białko wiąże się tylko z niewielkim podzbiorem wielu domniemanych miejsc wiązania w genomie w genomie, które dzielą ten sam motyw rdzenia. Podczas gdy efekty wyższego rzędu, takie jak dostępność chromatyny, kooperatywność i kofaktory, kształt DNA kształt DNA zyskał ostatnio uwagę jako kolejna cecha, która dostraja specyficzność wiązania DNA DNA niektórych rodzin czynników transkrypcyjnych. Nasza przeglądarka genomu dla adnotacji kształtu DNA (GBshape; dostępna bezpłatnie pod adresem http://rohslab.cmb.usc.edu/GBshape/) zapewnia mniejszą szerokość rowka, śmigło skręt, zwijanie, skręcanie helisy i przewidywania rozszczepienia rodnika hydroksylowego dla całych genomów 94 organizmów. Dodatkowe genomy można łatwo dodać za pomocą platformy GBshape. GBshape może być używany do wizualizacji adnotacji kształtu DNA jakościowo w formacie ścieżki przeglądarki genomu oraz do pobierania ilościowych wartości cech kształtu DNA w funkcji pozycji genomowej w rozdzielczości nukleotydowej. rozdzielczości. W zastosowaniach biologicznych ilustrujemy okresowość cech kształtu DNA DNA, które są obecne w sekwencjach zajętych przez nukleosomy człowieka, muchy i robaka. i robaków, a także wykazujemy podobieństwa strukturalne między miejscami startu transkrypcji w genomach czterech gatunków Drosophila.
Która baza danych przeglądarki genomów dla adnotacji kształtu DNA jest dostępna?
Przeglądarka Genome Browser for DNA shape annotations (GBshape; dostępna bezpłatnie pod adresem http://rohslab.cmb.usc.edu/GBshape/) zapewnia mniejszą szerokość rowka, skręt śmigła, rolkę, skręt helisy i przewidywania rozszczepienia rodnika hydroksylowego dla całych genomów 94 organizmów. Dodatkowe genomy można łatwo dodać za pomocą struktury GBshape. GBshape może być używany do jakościowej wizualizacji adnotacji kształtu DNA w formacie ścieżki przeglądarki genomu oraz do pobierania ilościowych wartości cech kształtu DNA w funkcji pozycji genomu z rozdzielczością nukleotydów.