Genomika porównawcza pozostaje kluczową strategią badania ewolucji organizacji genów. organizacja genów, a prymat ten jest wzmacniany przez rosnącą liczbę pełnych sekwencji genomów dostępnych w publicznych repozytoriach. sekwencji genomowych dostępnych w publicznych repozytoriach. Pomimo tego wzrostu, narzędzia bioinformatyczne dostępne do wizualizacji i porównywania genomów oraz do wnioskowania o ewolucyjnych pozostają ograniczone do dwóch lub trzech genomów na raz, tym samym ograniczając tym samym zakres i charakter pytania, które można zbadać. Przedstawiamy Genomicus, nową przeglądarkę syntenii, która może reprezentować i porównywać nieograniczoną liczbę genomów w szerokim ujęciu filogenetycznym. Ponadto, Genomicus zawiera zrekonstruowaną organizację genów przodków, co znacznie ułatwia interpretację danych. znacznie ułatwiając interpretację danych. DOSTĘPNOŚĆ: Genomicus jest dostępny bezpłatnie do użytku online pod adresem http://www.dyogen.ens.fr/genomicus, natomiast dane można pobrać ze strony ftp://ftp.biologie.ens.fr/pub/dyogen/genomicus. --- Serwer sieciowy Genomicus (http://www.genomicus.biologie.ens.fr/genomicus) jest narzędzie wizualizacyjne pozwalające na porównywanie genomów w czterech różnych rodzajach (kręgowce, grzyby, metazoany i rośliny). Zapewnia dostęp do informacji genomicznych informacji od istniejących gatunków, a także zawartości genów przodków i kolejności genów dla kręgowców i roślin kwitnących. Tutaj przedstawiamy nowe funkcje dostępne dla genomu kręgowców, ze szczególnym uwzględnieniem nowych narzędzi graficznych. Interfejs do bazy danych został ulepszony, dostępne są teraz dwa narzędzia do porównywania genomów genomów (KaryoView i MatrixView) oraz narzędzia do porównywania wielu genomów (Phyloo). narzędzia do porównywania wielu genomów (PhyloView i AlignView) proponują trzy nowe rodzaje reprezentacji i bardziej intuicyjne menu. i bardziej intuicyjne menu. Te nowe rozwiązania zostały wdrożone dla portalu Genomicus dedykowanego kręgowcom. Pozwala to na analizę 68 istniejących genomów zwierząt, a także 58 zrekonstruowanych genomów przodków zrekonstruowanych genomów przodków. Serwer Genomicus zapewnia również dostęp do rzędów genów przodków, aby ułatwić ewolucyjne i porównawcze badania genomiczne, a także obliczeniowo przewidywane interakcje regulacyjne, dzięki reprezentacji elementów niekodujących z ich domniemanymi celami genowymi.
Czym jest Genomicus?
Genomicus został opracowany jako baza danych i przeglądarka do badania syntezy genów w genomach współczesnych i przodków. Pozwala na łatwą porównawczą wizualizację genomu w >150 genomach eukariontów i w czterech różnych rodzajach (kręgowce, grzyby, metazoany i rośliny). Zapewnia sposób na zbadanie informacji przestrzennych związanych z organizacją genów w genomach i między nimi oraz relacji czasowych związanych z ewolucją genów i genomów. Dla określonego rodzaju kręgowców zapewnia również dostęp do rekonstrukcji kolejności genów przodków i informacji o zachowanych elementach niekodujących. Moduły graficzne Genomicus pokazują, w jaki sposób jest on w stanie ujawnić zróżnicowaną utratę i wzmocnienie genów, duplikacje segmentowe lub genomowe oraz ułatwić badanie ewolucji locus poprzez relacje homologiczne. Serwer Genomicus zapewnia dostęp do kolejności genów przodków, a także obliczeniowo przewidywanych interakcji regulacyjnych, dzięki reprezentacji konserwowanych elementów niekodujących z ich domniemanymi celami genowymi.