Pozytywna rola i zastosowanie bardzo dokładnych pomiarów masy w proteomice jest dobrze udokumentowana. proteomice są dobrze udokumentowane. Nowa generacja hybrydowych urządzeń FTMS i Q-TOF w tym LTQ-Orbitrap (OT), jest niezwykła pod względem ich zdolności do rutynowego uzyskiwania statystycznej dokładności masy od jednocyfrowej do subppm przy przy zachowaniu wysokiej czułości analitycznej. Zastosowanie kalibratorów masy (blokada mas) w celu zmniejszenia błędu systematycznego pomiarów masy do ładunku zostało również w celu zmniejszenia błędu systematycznego pomiarów masy do ładunku. przez producentów przyrządów. Oceniliśmy użycie jednego z takich kalibratora w OT (np. polidimetylocyklosiloksan, PCM) w celu zbadania jego wpływu na szybkość adnotacji fosfopeptydów i stwierdziliśmy, że brakuje mu odporności w normalnych warunkach laboratoryjnych. w normalnych warunkach laboratoryjnych. W związku z tym opracowaliśmy strategię poprawy jego poprzez zwiększenie zewnętrznej obfitości cząsteczek kalibranta w powietrzu laboratoryjnym. w powietrzu laboratoryjnym. Spowodowało to bardziej niezawodne działanie zaprogramowanej funkcji rekalibracji masy funkcji rekalibracji masy blokady, o czym świadczy poprawa zarówno statystycznej dokładności masy i szybkości adnotacji peptydów. --- Dokładność masy jest kluczowym parametrem w eksperymentach proteomicznych, poprawiającym specyficzność i wskaźniki sukcesu identyfikacji peptydów. Postępy w umożliwiają obecnie rutynowe uzyskiwanie danych o wysokiej rozdzielczości w eksperymentach proteomicznych. w eksperymentach proteomicznych. Aby skompensować odchylenia w kalibracji przyrządu, często stosuje się związek o znanej masie. często stosuje się związek o znanej masie. Ta "masa blokująca" zapewnia wewnętrzny wewnętrzny wzorzec masy w każdym widmie. Tutaj wykorzystujemy złożoność typowych mieszanin peptydów w proteomice, aby wyeliminować wymóg fizycznej masy blokującej. fizycznej masy blokującej. Stwierdzamy, że dryft skali masy jest przede wszystkim funkcją wymiarów m/z i czasu elucji. m/z i wymiarów czasu elucji. Używając podzbioru peptydów o wysokim poziomie zaufania identyfikacji peptydów z pierwszego przeszukiwania bazy danych, które skutecznie zastępują dla masy blokady, stworzyliśmy globalny matematyczny problem minimalizacji. My wykonujemy jednoczesne dopasowanie w dwóch wymiarach przy użyciu funkcji, której parametryzacja jest automatycznie dostosowywana do złożoności analizowanej mieszaniny peptydów. analizowanej mieszaniny peptydów. Odchylenie masy peptydów wysokiego zaufania od ich obliczonych wartości jest następnie minimalizowane globalnie jako funkcja zarówno wartości m/z, jak i czasu elucji. czasu elucji. Wynikowa funkcja rekalibracji działa tak samo lub lepiej niż niż dodanie masy blokującej z powietrza laboratoryjnego do widm LTQ-Orbitrap. Ta "programowa programowa" drastycznie poprawia dokładność pomiaru masy w porównaniu z pomiarem masy bez masy blokującej (nawet 10-krotnie), bez żadnych kosztów eksperymentalnych związanych z fizyczną masą blokującą. fizycznej masy blokady i jest zintegrowany z ogólnodostępnym potokiem analizy MaxQuant ( www.maxquant.org ). --- Niedawny trend w stosowaniu dokładnych masowych badań przesiewowych o wysokiej rozdzielczości (HRAMS) dla testów kontroli antydopingowej zarówno w sportach z udziałem ludzi, jak i zwierząt, ze względu na znacznej poprawy w spektrometrii mas o wysokiej rozdzielczości pod względem czułości, dokładności masy, rozdzielczości masy i stabilności masy. Zgłoszono szereg metod HRAMS do wykrywania pozostałości wielu leków w moczu ludzkim lub końskim. ludzkim lub końskim moczu. Ponieważ krew stała się powszechną matrycą do analizy kontroli dopingowej, zwłaszcza w sportach konnych. kontroli antydopingowej, zwłaszcza w sportach konnych, potrzebna jest czuła, szybka i szeroka metoda przesiewowa do wykrywania dużej liczby leków w próbkach krwi koni byłaby pożądana. byłaby pożądana. Niniejszy artykuł przedstawia rozwój metody chromatografii cieczowej o wysokiej rozdzielczości spektrometrii mas (LC-HRMS) dla próbek osocza koni próbek osocza koni, aby objąć ponad 320 zabronionych substancji w jednym analitycznym. Próbki osocza rozcieńczono i przetworzono metodą ekstrakcji do fazy stałej. ekstrakcję. Ekstrakty zostały następnie przeanalizowane za pomocą LC-HRMS w trybie jonizacji elektrospray. trybie jonizacji z elektrorozpylaniem. Zastosowano rozdzielczość masową 60 000. Benzyldimetylofenyloamonium zostało użyte jako wewnętrzna masa blokująca. Cele leków zostały zidentyfikowane na podstawie czasu retencji i dokładnej masy, z tolerancją masy tolerancji masy ±3 ppm. W 13-minutowym przebiegu można było wykryć ponad 320 docelowych leków. Przedstawiono dane walidacyjne, w tym czułość, specyficzność, odzysk z ekstrakcji i precyzję. precyzję. Ponieważ metoda wykorzystuje spektrometrię mas z pełnym skanowaniem, teoretycznie teoretycznie można włączyć nieograniczoną liczbę celów leków. Ponadto, uzyskane dane HRAMS można ponownie przetworzyć retrospektywnie w celu wyszukania leków które nie były celem w czasie analizy.
Dlaczego masa blokady jest używana w pomiarach Orbitrap?
Masa blokująca jest związkiem o znanej masie i jest używana do kompensacji dryftów w kalibracji przyrządu.