Zestaw 43 337 par połączeń splicingowych został wyodrębniony z GenBank genów ssaków genów ssaków. Sekwencje EST (expressed sequence tag) wspierają 22 489 z nich. Spośród nich 98,71% zawiera kanoniczne dinukleotydy GT i AG odpowiednio dla miejsc donorowych i akceptorowych. akceptora; 0,56% zawiera niekanoniczne pary miejsc splicingu GC-AG; a pozostałe 0,73% występuje w wielu małych grupach (o maksymalnym rozmiarze 0.05%). Badając te grupy zauważamy, że wiele z nich zawiera dinukleotydy splicingowe dinukleotydy przesunięte względem adnotowanego miejsca splicingowego o jedną pozycję. Po Po dokładnym zbadaniu takich przypadków przedstawiamy nową klasyfikację składającą się z tylko ośmiu zaobserwowanych typów par miejsc splicingowych (z 256 możliwych a priori kombinacji). możliwych kombinacji). Dopasowania EST pozwalają nam zweryfikować egzonową część miejsc splice ale wiele niekanonicznych przypadków może wynikać z błędów sekwencjonowania intronów. Pomysł ten Pomysł ten otrzymuje istotne wsparcie, gdy porównamy sekwencje ludzkich genów mających niekanoniczne miejsca splicingu zdeponowane w GenBank przez projekty sekwencjonowania genomów o wysokiej przepustowości (HTG). projekty sekwencjonowania genomu (HTG). Wysoki odsetek (156 ze 171) ludzkich niekanonicznych i niekanonicznych i wspieranych przez EST sekwencji miejsc splicingowych miała wyraźne dopasowanie w ludzkiej HTG. Można je sklasyfikować po korektach jako: 79 par GC-AG (z których jeden był błędem, który został skorygowany do GC-AG), 61 błędów, które zostały skorygowane do par kanonicznych GT-AG, sześć par AT-AC (z których dwie były błędami, które zostały skorygowane do do AT-AC), jeden przypadek został wyprodukowany z nieistniejącego intronu, siedem przypadków zostało znaleziono w HTG, które zostały zdeponowane w GenBank i wreszcie pozostały tylko dwa przypadki przypadki obsługiwanych niekanonicznych miejsc splicingu. Jeśli założymy, że że w przybliżeniu ta sama sytuacja jest prawdziwa dla całego zestawu przypisanych niekanonicznych miejsc splicingowych ssaków, to 99,24% par miejsc splicingowych powinno być GT-AG, 0,69% GC-AG, 0,05% AT-AC i wreszcie tylko 0,02% może składać się z innych typów niekanonicznych miejsc splotu. Przeanalizowaliśmy kilka cech EST i budujemy macierze wag dla głównych grup, które można włączyć do programów przewidywania genów. Przedstawiamy również zestaw zweryfikowanych przez EST kanonicznych miejsc splicingowych większy o dwa rzędy wielkości niż niż obecny (22 199 wpisów w porównaniu do około 600) i wreszcie zestaw 290 wspieranych przez EST niekanonicznych miejsc splicingu. Oba zestawy powinny być znaczące dla przyszłych badań mechanizmu splicingu.
Jaki jest odsetek niekanonicznych miejsc splicingowych w ludzkim genomie?
Od 1% do 2% ludzkich miejsc splicingowych nie zawiera kanonicznych dinukleotydów GT-AG.