STRESZCZENIE: Obecnie dostępne metody wykrywania nieprawidłowości chromosomalnych na podstawie danych ekspresji mikromacierzy DNA danych ekspresji mikromacierzy DNA są uciążliwe i nieelastyczne. CAFE został opracowany w celu złagodzenia tych problemów. Jest on zaimplementowany jako pakiet R, który analizuje pliki Affymetrix *.CEL i jest wyposażony w elastyczne funkcje wykreślania, ułatwiając wizualizację nieprawidłowości chromosomalnych. DOSTĘPNOŚĆ I WDROŻENIE: CAFE jest dostępny pod adresem https://bitbucket.org/cob87icW6z/cafe/ jako pakiety źródłowe i skompilowane dla systemów Linux i Windows. Jest wydany na licencji GPL w wersji 3. CAFE będzie również będzie również dostępny bezpłatnie z Bioconductor. KONTAKT: sander.h.bollen@gmail.com lub nancy.mah@mdc-berlin.de INFORMACJE UZUPEŁNIAJĄCE: Dane uzupełniające są dostępne na stronie Bioinformatics online.
Który pakiet R jest używany do wykrywania nieprawidłowości chromosomalnych na podstawie danych z mikromacierzy?
CAFE to pakiet R do wykrywania poważnych nieprawidłowości chromosomalnych na podstawie danych z mikromacierzy ekspresji genów.