TŁO: Czynniki transkrypcyjne (TF) regulują transkrypcję genów i odgrywają kluczową rolę w różnych procesach biologicznych, takich jak odgrywają kluczową rolę w różnych procesach biologicznych, takich jak rozwój, cykl komórkowy progresja cyklu komórkowego, różnicowanie komórek i supresja nowotworów. Identyfikacja cis-regulacyjnych związanych z genami kodującymi TF jest kluczowym krokiem w zrozumieniu sieci regulacyjnych genów. W tym celu zastosowaliśmy podejście genomiki porównawczej podejście do genomiki porównawczej, aby zidentyfikować domniemane elementy cis-regulacyjne związane z genami genami kodującymi TF u kręgowców. OPIS: Stworzyliśmy bazę danych o nazwie TFCONES (Transcription Factor Genes & Associated COnserved Noncoding ElementS) (http://tfcones.fugu-sg.org) która zawiera wszystkie ludzkie, mysie i fugu geny kodujące TF i zachowane niekodujące elementy (CNE) z nimi związane. CNE zostały zidentyfikowane przez dopasowania gen po genie ortologicznych loci genów kodujących TF przy użyciu MLAGAN. My przewidzieliśmy również domniemane miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych w obrębie CNE. A znaczna część CNE człowieka-fugu zawiera eksperymentalnie zdefiniowane miejsca wiązania dla aktywatorów i represorów transkrypcji, co wskazuje, że większość CNE może funkcjonować jako CNE może funkcjonować jako transkrypcyjne elementy regulacyjne. Geny kodujące TF które są zaangażowane w rozwój układu nerwowego, są generalnie wzbogacone o CNE człowieka-fugu. Użytkownicy mogą pobierać geny kodujące TF i powiązane z nimi CNEs przeprowadzając wyszukiwanie słów kluczowych lub wybierając rodzinę białek wiążących DNA. WNIOSEK: Konserwowane elementy niekodujące zidentyfikowane w TFCONES reprezentują katalog katalog wysoce priorytetowych domniemanych elementów cis-regulacyjnych genów kodujących TF i są kandydatami do testów funkcjonalnych. --- Genomy Metazoan zawierają tablice wysoce konserwatywnych elementów niekodujących (HCNE) które obejmują rozwojowe geny regulatorowe i definiują domeny regulacyjne. Opisujemy opisujemy Ancora http://ancora.genereg.net, zasób internetowy, który zapewnia dane i narzędzia do badania genomowej organizacji HCNE dla wielu genomów. Ancora zawiera przeglądarkę genomu, która pokazuje lokalizacje HCNE i oferuje nowe wykresy gęstości HCNE jako potężne narzędzie do odkrywania rozwojowych genów regulatorowych i rozróżniania ich elementów regulacyjnych i domen.
Lista dostępnych baz danych zawierających informacje o konserwatywnych elementach niekodujących.
Ancora i TFCONES.