Miejsca rozpoznawania enzymów restrykcyjnych i modyfikujących typu II w genomach kilku bakterii są rozpoznawane jako motywy półpalindromowe i są unikane w znacznym stopniu. znacznym stopniu. Kluczową ideą analizy słów kontrastowych w odniesieniu do miejsc rozpoznawania RMS polega na tym, że niedostatecznie reprezentowane słowa są prawdopodobnie wybierane przeciwko. Zaczynając od nadreprezentowanych lub niedoreprezentowanych słów odpowiadających miejscom rozpoznawania RMS w określonych kladach, można podkreślić specyficzność nieznanych systemów R-M. nieznanych systemów R-M. Wśród znanych enzymów restrykcyjnych, które są opisane w bazie danych REBASE systemów restrykcji i modyfikacji, wiele z ich miejsc miejsc rozpoznawania jest wciąż niescharakteryzowanych. Ostatecznie motywuje to do badań mające na celu ocenę zdarzeń horyzontalnego transferu RMS w mikroorganizmach poprzez analizę tendencyjności użycia słów w dobrze określonych regionach genomowych. A Model probabilistyczny jest zbudowany na łańcuchu Markowa pierwszego rzędu. Statystyki dotyczące k-sąsiedztwa słowa jest przeprowadzana w celu oceny biologicznego znaczenia motywu genomowego. biologicznego znaczenia motywu genomowego. Zaimplementowano wydajne procedury zliczania słów i statystyki są wykorzystywane do oceny znaczenia poszczególnych słów w dużych sekwencjach. w dużych sekwencjach. Na podstawie zestawu najczęściej unikanych słów i zgodnie z kodowaniem zgodnie ze standardami kodowania IUPAC, przedstawiono sugestie dotyczące sugestie dotyczące potencjalnych sekwencji rozpoznawania. W niektórych przypadkach porównanie unikanych palindromicznych u bakterii spokrewnionych taksonomicznie pokazuje wzorzec pokrewieństwa ich systemów R-M. pokrewieństwa ich systemów R-M. Aby wzmocnić tę analizę, pierwotna struktura struktury białek wszystkich systemów R-M typu II znanych w REBASE zostały porównane z bazą danych nr-GENBANK. Połączenie tych analiz ujawniło kilka interesujących przykładów możliwego horyzontalnego transferu systemów R-M.
Wymień rodzaje unikanych słów w genomach bakterii
Krótkie sekwencje palindromiczne (palindromy 4, 5 i 6 bp) są unikane na statystycznie istotnym poziomie w genomach kilku bakterii, w tym w całkowicie zsekwencjonowanych genomach Haemophilus influenzae i Synechocystis sp. oraz w kompletnym genomie archeonu Methanococcus jannaschii. Palindromy odpowiadające miejscom działania enzymów restrykcyjnych innych gatunków są również unikane, choć w mniejszym stopniu, co sugeruje, że w trakcie ewolucji bakteryjny DNA był narażony na działanie szerokiego spektrum enzymów restrykcyjnych, prawdopodobnie w wyniku transferu bocznego, w którym pośredniczyły mobilne elementy genetyczne, takie jak plazmidy i profagi. Wydaje się, że słowa palindromiczne gromadzą się w DNA, gdy zostanie ono odizolowane od systemów modyfikacji restrykcyjnej, co wykazano w przypadku genomów organellarnych.