Pseudofam (http://pseudofam.pseudogene.org) to baza danych rodzin pseudogenów oparta na rodzinach białek z bazy danych Pfam. Zapewnia zasoby do analizowania struktury rodzin pseudogenów, w tym narzędzia do zapytań, statystyczne podsumowania statystyczne i wyrównania sekwencji. Aktualna wersja Pseudofam zawiera ponad 125 000 pseudogenów zidentyfikowanych z 10 genomów eukariotycznych i uszeregowanych w obrębie prawie 3000 rodzin (około jedna trzecia wszystkich rodzin w PfamA). Pseudofam wykorzystuje zrównoleglony algorytm wyszukiwania homologii na dużą skalę (zaimplementowany jako rozszerzenie potoku PseudoPipe) do identyfikacji pseudogenów. pseudogenów. Każdy zidentyfikowany pseudogen jest przypisywany do swojej macierzystej rodziny białek a następnie dopasowywany do siebie nawzajem poprzez przeniesienie domeny macierzystej z rodziny Pfam. Pseudogeny otrzymują również dodatkowe dodatkowe adnotacje oparte na ontologii, odzwierciedlające ich sposób tworzenia i późniejszą historię. późniejszą historię. W szczególności, nasza adnotacja podkreśla związek rodzin pseudogenów z rodzin pseudogenów z cechami genomu, takimi jak duplikacje segmentowe. Ponadto Ponadto, rodziny pseudogenów są powiązane z kluczowymi statystykami, które identyfikują które identyfikują rodziny odstające o nietypowym stopniu pseudogenizacji. Statystyki pokazują również pokazują również, w jaki sposób liczba genów i pseudogenów w rodzinach koreluje między różnych gatunków. Ogólnie rzecz biorąc, podkreślają one fakt, że rodziny opiekuńcze mają tendencję do wzbogacania się o dużą liczbę pseudogenów.
Czy pseudogeny są wzbogacone o rodziny białek opiekuńczych?
Tak, rodziny domowe są zwykle wzbogacone o dużą liczbę pseudogenów.