Ostatnie dane powiązały niedotlenienie, klasyczną cechę mikrośrodowiska guza mikrośrodowiska, z funkcją określonych mikroRNA (miRNA); jednak, czy niedotlenienie wpływa na inne typy transkryptów niekodujących jest obecnie transkryptów jest obecnie nieznane. Zaczynając od profilowania ekspresji w całym genomie, po raz pierwszy wykazujemy po raz pierwszy funkcjonalny związek między niedoborem tlenu a modulacją długich niekodujących transkryptów z regionów ultrakonserwowanych, określanych jako regiony transkrybowane-ultrakonserwowane (T-UCR). Co ciekawe, kilka T-UCR, odtąd nazwanych "niekodującymi transkryptami indukowanymi hipoksją". niekodujące transkrypty" (HINCUT), są również nadeksprymowane w próbkach klinicznych próbkach od pacjentów z rakiem jelita grubego. Pokazujemy, że te T-UCR są głównie jądrowe i że czynnik indukowany hipoksją (HIF) jest przynajmniej częściowo odpowiedzialny za indukcję kilku członków tej grupy. Jeden specyficzny HINCUT, uc.475 (lub HINCUT-1) jest częścią zachowanego intronu genu kodującego białko gospodarza, O genu kodującego białko gospodarza, O-związaną transferazę N-acetyloglukozaminy, która jest ulega nadekspresji w nowotworach nabłonkowych. Zgodnie z hipotezą, że T-UCR pełnią ważną funkcję w powstawaniu nowotworów, HINCUT-1 wspiera proliferację komórek proliferację komórek szczególnie w warunkach niedotlenienia i może mieć kluczowe znaczenie dla optymalnej O-GlcNAcylacji białek, gdy napięcie tlenu jest ograniczone. Nasze dane dają pierwszy wgląd w nową funkcjonalną sieć hipoksyjną obejmującą transkrypty kodujące białka i niekodujące RNA (ncRNA) z kategorii T-UCR. --- CELE: Rozwój raka jelita grubego (CRC) charakteryzuje się wieloma zmianami genetycznymi. Transkrybowane regiony ultrakonserwowane (T-UCR) są podzbiór 481 sekwencji dłuższych niż 200 bp, które są absolutnie konserwowane między ortologicznymi regionami genomów człowieka, szczura i myszy i są aktywnie aktywnie transkrybowane. Niedawno udowodniono w systemach nowotworowych, że zróżnicowane T-UCR mogą zmieniać cechy funkcjonalne komórek nowotworowych. Profilowanie w całym genomie ujawniło, że T-UCR mają różne sygnatury w ludzkiej białaczce i raku. białaczce i raku. METODY: W naszym badaniu zbadaliśmy poziomy ekspresji uc.43, uc.73, uc.134, uc.230, uc.339, uc.388 i uc.399 w 54 próbkach pierwotnych raków jelita grubego i 15 próbkach sąsiadujących tkanek nienowotworowych metodą PCR w czasie rzeczywistym. Poziomy ekspresji T-UCR były również skorelowane z powszechnie stosowanymi cechami kliniczno-patologicznymi CRC. WYNIKI: Poziomy ekspresji uc.73 (p = 0,0139) i uc.388 (p = 0,0325) były znacząco obniżone w tkance CRC, a uc.388 (p = 0,0325) znacząco obniżone w tkance CRC, a uc.73 wykazywał dodatnią korelację z całkowitym przeżyciem (p = 0,0315). Niższa ekspresja uc.388 była związana z dystalną lokalizacją CRC (p = 0,0183), ale nie było korelacji T-UCR ze stadium klinicznym, stopniem zaawansowania i średnicą guza. zaobserwowano. WNIOSEK: Nasze wstępne wyniki sugerują, że uc.73 i uc.388 mogą być potencjalnymi biomarkerami diagnostycznymi i prognostycznymi u pacjentów z CRC. --- W ostatnich latach nowatorskie podejścia i nowe technologie ujawniły zaskakujący poziom złożoności transkryptomu wyższych eukariontów. Duża transkrypcji jest reprezentowana przez białkowe niekodujące RNA (ncRNA), które powstają z "ciemnej materii". RNA (ncRNA), które powstają z "ciemnej materii" genomu. Skupienie się na takich sekwencjach ujawniło liczne podtypy RNA z kilkoma funkcjami w przetwarzaniu RNA i regulacji ekspresji genów. RNA i regulacji ekspresji genów, a badania głębokiego sekwencjonowania sugerują że wiele z nich pozostaje jeszcze do odkrycia. Niniejszy przegląd daje obraz stanu wiedzy na temat stanu wiedzy na temat nowej klasy długich ncRNA znanych jako regiony transkrybowane-ultrakonserwowane (T-UCR). Najnowsze badania pokazują, że są one znacząco zmienione w dorosłych przewlekłych białaczkach limfocytowych, rakach i dziecięcych nerwiakach neuroblastoma, co prowadzi do hipotezy, że regiony UCR mogą odgrywać rolę w i obiecujące innowacyjne przyszłe podejścia terapeutyczne oparte na T-UCR. T-UCR. --- Wiele wysiłków w badaniach nad rakiem koncentruje się na niewielkiej części naszego genomu, która koduje mRNA. Jednak ostatnio uznano, że mikroRNA również przyczyniają się do w decydujący sposób przyczyniają się do powstawania nowotworów. Badania wykazały również, że epigenetyczne przez hipermetylację wysp CpG mikroRNA z aktywnością supresora nowotworów jest powszechną cechą ludzkiego raka. jest powszechną cechą ludzkiego raka. Znaczenie innych klas niekodujących innych klas niekodujących RNA, takich jak długie intergeniczne ncRNA (lincRNA) i transkrybowane regiony regiony transkrybowane (T-UCR) jako zmienione elementy w neoplazji, jest również zyskuje uznanie. Dlatego zastanawialiśmy się, czy istnieją inne ncRNA ulegają inaktywacji związanej z hipermetylacją wysp CpG w komórkach nowotworowych. Skupiliśmy się na małych nukleolarnych RNA (snoRNA), podzbiorze ncRNA o szerokim zakresie funkcji komórkowych, takich jak różnorodne funkcje komórkowe, takie jak chemiczna modyfikacja RNA, przetwarzanie pre-RNA i kontrola alternatywnego splicingu. Przeszukując bazy danych snoRNA i literatury naukowej, wybraliśmy 49 snoRNA, które miały wyspę CpG w obrębie ≤ 2 Kb lub które zostały przetworzone z genu gospodarza z wyspą 5'-CpG. Bisulfitowe sekwencjonowanie genomowe wielu klonów w normalnej błonie śluzowej okrężnicy i linii komórkowej linii komórkowej raka jelita grubego HCT-116 wykazało, że 46 snoRNA było jednakowo metylowane w obu próbkach: całkowicie niezmetylowane (n = 26) lub w pełni metylowane (n = 20). Co najciekawsze, związane z genem gospodarza wyspy 5'-CpG snoRNA SNORD123, U70C i ACA59B były hipermetylowane w komórkach nowotworowych, ale nie w odpowiadających im prawidłowych tkankach. komórkach nowotworowych, ale nie w odpowiadającej im prawidłowej tkance. Hipermetylacja wysp CpG była związana z transkrypcyjnym wyciszeniem odpowiednich snoRNA. Wyniki platformy mikromacierzy metylacji DNA w kompleksowej kolekcji normalnych tkanek, linii komórek nowotworowych i pierwotnych nowotworów złośliwych wykazały, że zaobserwowana hipermetylacja snoRNA była wspólną cechą różnych typów nowotworów, w szczególności białaczek. typów nowotworów, szczególnie w białaczkach. Ogólnie rzecz biorąc, nasze odkrycia wskazują na istnienie nowej podklasy ncRNA, snoRNA, które są celem inaktywacji epigenetycznej w ludzkim raku. inaktywacji w ludzkim raku. --- Różne klasy niekodujących RNA, w tym mikroRNA, zostały niedawno są zaangażowane w proces nowotworzenia. W tym badaniu zbadaliśmy ekspresję i przypuszczalne funkcje nowej klasy niekodujących RNA znanych jako transkrybowanych regionów ultrakonserwowanych (T-UCR) w neuroblastoma. Profilowanie ekspresji profilowanie ekspresji ujawniło korelacje między specyficznymi poziomami ekspresji T-UCR a ważnymi parametrami kliniczno-genetycznymi, takimi jak stan amplifikacji MYCN status. Funkcjonalne podejście genomiczne oparte na integracji wielopoziomowych danych transkryptomicznych transkryptomu zostało zaadaptowane w celu uzyskania wglądu w funkcje T-UCR. Przypisanie T-UCR do procesów komórkowych, takich jak odpowiedź TP53, różnicowanie i proliferacja zostały zweryfikowane przy użyciu różnych modeli komórkowych systemów komórkowych. Po raz pierwszy nasze wyniki definiują krajobraz ekspresji T-UCR w neuroblastomie neuroblastoma i sugerują powszechne zaangażowanie T-UCR w różne procesy komórkowe, które są deregulowane w neuroblastomie. procesy komórkowe, które ulegają deregulacji w procesie nowotworzenia.
Czy transkrybowane regiony ultrakonserwowane są zaangażowane w raka?
Tak, wydaje się, że istnieje powszechne zaangażowanie T-UCR (Transcribed - UltraConserved Region) w różne procesy komórkowe, które są deregulowane w procesie nowotworzenia. Transkrybowane regiony ultrakonserwowane (T-UCR) to podzbiór 481 sekwencji dłuższych niż 200 bp, które są całkowicie konserwowane między ortologicznymi regionami genomów człowieka, szczura i myszy i są aktywnie transkrybowane. Niedawno udowodniono w systemach nowotworowych, że różnie wyrażone T-UCR mogą zmieniać cechy funkcjonalne komórek złośliwych.