TŁO: Białka zawierające selenocysteinę (Sec), selenoproteiny, są ważną grupą białek ważną grupą białek obecnych we wszystkich 3 królestwach życia. Wraz z szybki postęp badań nad selenoproteinami w erze postgenomicznej, zastosowanie metod bioinformatycznych do identyfikacji selenoprotein w nowo sekwencjonowanych gatunkach staje się coraz ważniejsze. sekwencjonowanych gatunkach staje się coraz ważniejsze. Chociaż selenoproteiny u człowieka i innych kręgowców, badania prymitywnych selenoprotein bezkręgowców bezkręgowców są rzadko opisywane poza owadami i nicieniami. nicienie. WYNIK: Bardziej zintegrowany obraz ewolucji selenoprotein został skonstruowany przy użyciu kilku reprezentatywnych gatunków z różnych epok ewolucyjnych. Używając SelGenAmic, zidentyfikowano 178 genów selenoprotein u 6 bezkręgowców. zidentyfikowano u 6 bezkręgowców: Amphimedon queenslandica, Trichoplax adhaerens, Nematostella vectensis, Lottia gigantean, Capitella teleta i Branchiostoma floridae. Stwierdzono, że Amphioxus ma najbardziej obfite i zróżnicowane selenoproteiny. wariantów selenoprotein spośród wszystkich obecnie scharakteryzowanych zwierząt, w tym specjalną selenoproteinę P (SelP) posiadającą 3 powtarzające się domeny podobne do Trx i Sec na N-końcu i 2 reszty Sec na C-końcu. Struktura tego genu sugeruje istnienie dwóch różnych strategii rozszerzania liczby Sec w SelP w celu zachowania i transportu selenu. Ponadto Ponadto u gąbek zidentyfikowano nowe eukariotyczne selenoproteiny podobne do AphC. WNIOSEK: Porównanie różnych gatunków zwierząt sugeruje, że nawet najbardziej prymitywne zwierzęta posiadają selenoproteiny. prymitywne zwierzęta posiadają zakres i różnorodność selenoproteomów podobną do ludzi. W historii ewolucji pojawiło się tylko kilka nowych selenoprotein, a kilka zostało utraconych. zostało utraconych. Co więcej, masowa utrata selenoprotein u nicieni i owadów owadów prawdopodobnie nastąpiła niezależnie w izolowanych częściowych gałęziach ewolucyjnych. --- Selenoproteiny są zróżnicowaną grupą białek, zwykle błędnie identyfikowanych i w bazach danych sekwencji. Obecność w ramce kodonu UGA (stop) w sekwencji kodującej genów selenoprotein wyklucza ich identyfikację i prawidłową adnotację. Wbudowane kodony UGA są przekodowane, aby kotranslacyjnie selenocysteiny, rzadkiego aminokwasu zawierającego selen. Rozwój rozwój eksperymentów ad hoc i, ostatnio, podejść obliczeniowych pozwoliły na skuteczną identyfikację i charakterystykę selenoproteomów rosnącej liczby gatunków. Obecnie opisano dziesiątki rodzin selenoprotein a kolejne są odkrywane w niedawno zsekwencjonowanych gatunkach. gatunków, ale prawidłowa adnotacja genomowa nie jest dostępna dla większości tych genów. tych genów. SelenoDB to długoterminowy projekt, którego celem jest zapewnienie, poprzez eksperymentalnych i obliczeniowych, automatycznych i ręcznie i ręcznie wyselekcjonowanych adnotacji genów selenoprotein, białek i elementów SECIS i elementów SECIS. Wersja 1.0 bazy danych zawiera wstępny zestaw eukariotycznych eukariotycznych, ze szczególnym uwzględnieniem ludzkiego selenoproteomu, dla natychmiastowej inspekcji przez badaczy selenu lub włączenia do bardziej ogólnych baz danych. bazy danych. SelenoDB jest dostępna bezpłatnie pod adresem http://www.selenodb.org. --- W kodzie genetycznym UGA służy jako sygnał stop i kodon selenocysteiny, ale nie są dostępne żadne metody obliczeniowe do identyfikacji jego funkcji kodującej. W konsekwencji większość genów selenoprotein jest błędnie przypisana. Zidentyfikowaliśmy geny selenoprotein w zsekwencjonowanych genomach ssaków metodami, które opierają się na identyfikację struktur RNA insercji selenocysteiny, potencjał kodowania kodonów kodonów UGA i obecności homologów zawierających cysteinę. Ludzki selenoproteom składa się z 25 selenoprotein.
Ile selenoprotein jest zakodowanych w ludzkim genomie?
25. 15kDa, DI1, DI2, DI3, GPx1, GPx2, GPx3, GPx4, GPx6, SelH, SelI, SelK, SelM, SelN, SelO, SelP, SelR, SelS, SPS2, SelT, TR1, TR2, TR3, SelV i SelW.