Regulowana ekspresja genów na poziomie potranskrypcyjnym u wyższych eukariontów opiera się na sieci interakcji między białkami wiążącymi RNA (RBP) działających w obrębie wieloczynnikowych kompleksów rybonukleoprotein (RNP), w szczególności heterogenicznych rybonukleoprotein jądrowych (hnRNP) i kompleksów mRNP. Jesteśmy interakcje z udziałem białek hnRNP uczestniczących w kilku etapach przetwarzania mRNA (głównie etapach przetwarzania mRNA (głównie splicingu pre-mRNA) i HuR o ustalonej roli w stabilności/translacji związanej z w stabilności/translacji związanych z nimi mRNA. Białka hnRNP i HuR mają główną nukleoplazmatyczną główną lokalizację nukleoplazmatyczną i zdolność do przemieszczania się między jądrem a cytoplazmą. cytoplazmą. Przedstawiamy tutaj interakcje między hnRNP i białkami HuR, które zostały zidentyfikowane w kontekście izolowanych kompleksów hnRNP i mRNP. Zostało to wykonano poprzez zastosowanie testów immunoprecypitacji i pull-down na różnych frakcji subkomórkowych przygotowanych z komórek pochodzenia ludzkiego i mysiego, jak również badania lokalizacji in vivo. Zakres specyficznych powiązań HuR z hnRNP A1 wahadłowymi hnRNP A1 i A3 oraz nie wahadłowymi hnRNP C1/C2 został zidentyfikowany i przypisano dyskretne właściwości w odniesieniu do stabilności RNazy A i zwiększania soli, a także dystrybucji komórkowej. Prawdopodobieństwo biologicznego znaczenie tych skojarzeń zostało przetestowane w warunkach szoku cieplnego w rosnących komórkach, które wydawały się wpływać zarówno na dystrybucję subjądrową, jak i interakcję HuR z hnRNP. Ustanowienie rozległej asocjacji HuR ze składnikami hnRNP jądrowych kompleksów hnRNP/mRNP i cytoplazmatycznych mRNP wspiera jego szerszy udział w zdarzeniach przetwarzania mRNA niż początkowo przewidywano. --- SIRT1 jest plejotropowym białkiem, które odgrywa kluczową i wielofunkcyjną rolę w metabolizmie, starzeniu się i raku. metabolizm, starzenie się, długowieczność, reakcje na stres i raka, i stało się ważnym celem terapeutycznym w wielu chorobach. Ostatnie badania wykazały, że pre-mRNA SIRT1 ulega alternatywnemu splicingowi w celu wytworzenia różnych izoform, takich jak różne izoformy, takie jak SIRT1 pełnej długości i warianty SIRT1-∆Exon8. Poprzednie badania wykazały, że te warianty splicingu mRNA SIRT1 przekazują różne właściwości i funkcje białku, co z kolei może wyjaśniać wielofunkcyjną rolę SIRT1. Jednak mechanizmy leżące u podstaw regulacji alternatywnego splicingu SIRT1 pozostają do wyjaśnienia. Naszym celem jest jest poszukiwanie nowych szlaków, które regulują alternatywny splicing SIRT1. Tutaj opisujemy eksperymenty pokazujące, że HuR i TIA1/TIAL1, dwa rodzaje białek wiążących białka wiążące RNA, były zaangażowane w regulację alternatywnego splicingu SIRT1 pre-mRNA w warunkach normalnych i stresowych: HuR zwiększał SIRT1-∆Exon8 poprzez promowanie wykluczenia eksonu 8 SIRT1, podczas gdy hamowanie przez TIA1/TIAL1 wykluczenia eksonu 8 doprowadziło do obniżenia poziomu mRNA SIRT1-∆Exon8. Badanie to zapewnia nowy wgląd w sposób regulacji alternatywnego splicingu pre-mRNA SIRT1, co ma fundamentalne implikacje dla zrozumienia krytycznej i wielofunkcyjnej roli SIRT1. --- Wszechobecnie wyrażane białko wiążące RNA Hu antygen R (HuR) lub ELAVL1 jest jest zaangażowane w różne procesy biologiczne, a także jest powiązane z wieloma wieloma chorobami, w tym nowotworami. Pomimo wielu wcześniejszych badań nad HuR, wciąż pozostaje wiele do odkrycia na temat jego funkcji. Podejmujemy ważny krok w tym kierunku, przeprowadzając sieciowanie i eksperymenty immunoprecypitacji i sekwencjonowania RNA, a następnie obszerną analizę analizę obliczeniową w celu określenia charakterystyki miejsca wiązania HuR i wpływu na transkryptom. Ujawniliśmy, że HuR celuje głównie w bogate w uracyl odcinki jednoniciowe o różnej wielkości, z silną konserwacją struktury i składu sekwencji. zachowaniem struktury i składu sekwencji. Pomimo faktu, że miejsca HuR są obserwowane w regionach intronowych, nasze dane nie potwierdzają roli HuR w regulacji splicingu. Miejsca HuR w 3'-UTR pokrywają się w znacznym stopniu z przewidywanymi miejscami docelowymi miejscami docelowymi mikroRNA, co sugeruje wzajemne oddziaływanie między funkcjami HuR i mikroRNA. Analiza sieci wykazała, że zidentyfikowane cele zawierające miejsca wiązania HuR w 3' UTR są ze sobą silnie powiązane. --- Poliowirusowa proteaza 2A (2A(pro)) blokuje ekspresję genów gospodarza poprzez przeprogramowanie transkrypcyjne i potranskrypcyjne zdarzenia regulacyjne podczas infekcji. Tutaj wykazujemy, że ekspresja 2A(pro) indukuje selektywną translokację nukleo-cytoplazmatyczną translokację kilku ważnych białek wiążących RNA i czynników splicingowych. czynników splicingowych. Badania frakcjonowania subkomórkowego, wraz z mikroskopią immunofluorescencyjną ujawniły asymetryczną dystrybucję HuR i TIA1/TIAR w komórkach z ekspresją 2A(pro), która moduluje splicing ludzkiego Fas ekson 6. Zgodnie z tym wynikiem, knockdown HuR lub nadekspresja TIA1/TIAR, prowadzi do włączenia eksonu 6 Fas w komórkach z ekspresją 2A(pro). Dlatego, poliwirus 2A(pro) może celować w alternatywny splicing pre-mRNA poprzez regulację przemieszczanie białek między jądrem a cytoplazmą.
Czy białko HuR reguluje proces splicingu?
HuR i TIA1/TIAL1 są zaangażowane w regulację alternatywnego splicingu pre-mRNA SIRT1