Szereg obserwacji wykazujących związek między architekturą jądrową a procesami takimi jak ekspresja genów, doprowadziło do powstania szeregu nowych technologii do badania pozycjonowania chromosomów. Podczas gdy niektóre z tych rekonstruują interakcje międzycząsteczkowe, inne zwiększyły naszą zdolność do wizualizacji chromosomów in situ. zdolność do wizualizacji chromosomów in situ. Tutaj opisujemy strategię opartą na oligonukleotydach i PCR do fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (FISH) oraz platformę bioinformatyczną, która umożliwia tę technologię. platformę bioinformatyczną, która umożliwia rozszerzenie tej technologii na dowolny organizm, którego genom został zsekwencjonowany. Sondy oligonukleotydowe są odnawialne, wysoce wydajne i zdolne do solidnego znakowania chromosomów w komórkach hodowlach komórkowych, utrwalonych tkankach i metafazach. Nasza metoda daje badaczom precyzyjną kontrolę nad docelowymi sekwencjami i pozwala na pojedyncze i wielokolorowe obrazowanie regionów w zakresie od dziesiątek kilobaz do megabaz z ten sam podstawowy protokół. Przewidujemy, że technologia ta doprowadzi do zwiększenia zdolności do wizualizacji chromosomów interfazowych i metafazowych.
Przedstawienie wizualizacji genomów za pomocą sond FISH oligopaint.
Sondy Oligopaint to fluorescencyjnie znakowane, jednoniciowe oligonukleotydy DNA, które mogą być wykorzystywane do wizualizacji regionów genomu o wielkości od kilkudziesięciu kilobaz do wielu megabaz. W połączeniu z fluorescencyjną hybrydyzacją in situ (FISH) i platformą bioinformatyczną, technologia ta może zostać rozszerzona na każdy organizm, którego genom został zsekwencjonowany. Sondy oligonukleotydowe są odnawialne, wysoce wydajne i zdolne do trwałego znakowania chromosomów w hodowli komórkowej, utrwalonych tkankach i rozrostach metafazowych. Metoda ta daje badaczom precyzyjną kontrolę nad sekwencjami, w które celują i pozwala na jedno- i wielokolorowe obrazowanie regionów chromosomalnych. Oczekuje się, że technologia ta doprowadzi do zwiększenia możliwości wizualizacji chromosomów międzyfazowych i metafazowych.