Komórki białaczkowe pacjenta ze zdiagnozowaną przewlekłą białaczką szpikową (CML) wykazały złożoną rearanżację BCR-ABL1 ukrytą w prawidłowym kariotypie. Poprzednie badania molekularne wykazały, że 3' BCR uległ rekombinacji w nowym miejscu w zmiennym regionie nowym miejscu w zmiennym regionie locus immunoglobuliny lambda (IGL). Segment DNA mapujący bardzo blisko miejsca rekombinacji IGL/3' BCR rozpoznał wcześniej nieopisany polimorfizm insercyjny. Połączenie badań hybrydyzacji molekularnej i reakcji łańcuchowej polimerazy dalekiego zasięgu. wykorzystano do wyizolowania 6-kb pełnej długości długiego interspersyjnego elementu jądrowego (LINE lub L1), tutaj oznaczony jako L1 (IGL), który zajmuje 19% alleli w ogólnej populacji populacji. Chociaż nie można go sklonować, analiza sekwencji DNA metodą primer walking ustalono, że L1 (IGL) ma cechy charakterystyczne dla aktywnie elementu retrotranspozycyjnego. Element L1(IGL) ma region nieulegający translacji 5', dwie otwarte ramki odczytu (ORF-1 i ORF-2), region nieulegający translacji 3 ' i kończy się w ogonie poly-A. Porównaliśmy sekwencję DNA i przewidywaną sekwencję aminokwasową L1(IGL) z sekwencją konsensusową skompilowaną z siedmiu zgłoszonych aktywnych elementów L1. Analiza ta wykazała, że L1(IGL) ma wysoki potencjał do zaangażowanie w jeszcze nieokreśloną somatycznie i konstytucyjnie nabytą chorobę choroby, nie tylko poprzez mechanizmy rekombinacji, ale także poprzez zdarzenia retrotranspozycji. Ten pełnej długości element L1 mapuje się blisko w obrębie IGLlocus do L1.2, jednego z zaledwie dziewięciu aktywnych elementów L1, które zostały zgłoszone do tej pory. do tej pory. L1 (IGL) i L1.2 mapują w szerszym i dobrze rozpoznanym regionie genomu niestabilności na chromosomie 22. --- Typowy genom eukariotyczny zawiera bogatą różnorodność powtarzających się elementów. Najbardziej najbardziej obfite są retrotranspozony, ruchome retroelementy, które wykorzystują odwrotną transkryptazę i pośredni RNA, aby przenieść się do nowej lokalizacji w genomach komórkowych. genomów komórkowych. Zdecydowana większość powtarzalnych genomów ssaków pochodzi z retrotranspozonów. pochodzi z retrotranspozycji SINE (100-300 bp krótkich elementów jądrowych, które wywodzą się ze strukturalnych elementy jądrowe, które pochodzą ze strukturalnego 7SL RNA lub tRNA), LINE (7kb długi interspersyjny element jądrowy) i LTR (2-3 kb długie powtórzenia terminalne) superrodziny elementów transpozycyjnych. Szeroko określane jako "ewolucyjne złomowisko" lub "skamieliny", ta enigmatyczna "ciemna materia" genomu posiada wiele jeszcze do właściwości. --- Retrotranspozon znany jako long interspersed nuclear element-1 (L1) ma 6 kb długości. chociaż większość L1 w komórkach ssaków i innych komórek eukariotycznych jest skrócona. L1 zawiera dwie otwarte ramki odczytu, ORF1 i ORF2, które kodują białko wiążące RNA oraz białko o aktywności endonukleazy i odwrotnej transkryptazy, odpowiednio. W tej pracy zbadaliśmy wpływ pełnej długości L1-ORF2 i fragmentów ORF2 na ekspresję genu białka zielonej fluorescencji (GFP) po wstawieniu do wektora pEGFP-C1 za GFP. Wszystkie fragmenty ORF2 w orientacji sensownej hamowały ekspresję GFP bardziej niż w orientacji antysensownej, co sugeruje, że małe fragmenty ORF2 przyczyniają się do odmiennego hamującego wpływu tego ORF na ekspresję genów. Wyniki te dostarczają pierwszych dowodów że różne fragmenty o długości 280 pz mają różny wpływ na zakończenie transkrypcji genów. transkrypcji genu i że po wstawieniu w kierunku antysensownym, fragment 280-9 (fragment końca 3' ORF2) indukuje przedwczesne zakończenie transkrypcji co jest zgodne z efektem ORF2.
Jak długi, w kb (kilobazach), jest "długi przeplatany element jądrowy"?
Retrotranspozon znany jako long interspersed nuclear element-1 (L1) ma długość 6-7 kb,