Badania starożytnych genomów hominidów można z definicji uznać za analizy metagenomiczne, ponieważ analizy, ponieważ reprezentują one mieszankę zarówno sekwencji hominoidalnych, jak i mikrobiologicznych w środowisku. Tutaj opisujemy molekularne wykrywanie krętków Treponema denticola krętka Treponema denticola w starożytnych ludzkich biopsjach tkanek Człowieka Lodu z epoki miedzi. 5,300-letniej naturalnej lodowej mumii z epoki miedzi. Początkowo dane metagenomiczne genomu Icemana zostały sprawdzone pod kątem bakteryjnego rybosomalnego RNA (rRNA) specyficznych odczytów. Poprzez uszeregowanie odczytów według obfitości, stosunkowo duża liczba odczytów rRNA najbardziej podobnych do T. denticola. Mapowanie sekwencji sekwencji metagenomu względem genomu T. denticola ujawniło dodatkowe odczyty najbardziej podobne do tego oportunistycznego patogenu. Wzór uszkodzeń DNA sugeruje starożytne pochodzenie tych sekwencji. The hematogenne rozprzestrzenianie się bakterii mikrobiomu jamy ustnej często opisywane w literaturze w najnowszej literaturze może już wyjaśniać obecność odczytów metagenomicznych specyficznych dla T. denticola w biopsji kości Icemana. Rozszerzyliśmy jednak nasze badanie badanie do próbki tkanki dziąsłowej Icemana i próbki wymazu z jamy ustnej i mogliśmy w ten sposób wykryć T. denticola i Porphyrimonas gingivalis, innego ważnego członka ludzkiej komensalnej mikroflory jamy ustnej. Podsumowując, badanie to wyraźnie podkreśla możliwość wykrycia mikroorganizmów związanych z chorobą przy stosowaniu podejść opartych na metagenomice na zbiorach danych starożytnych ludzkich szczątków. szczątków ludzkich. --- Około 80 sekwencji (gen 16s rybosomalnego RNA) bakteryjnego DNA w próbkach skóry i mięśni pobranych bezpośrednio od tyrolskiego lodowca i mięśni pobranych bezpośrednio od tyrolskiego człowieka lodu (3350-3100 lat p.n.e.) lub odzyskane podczas ekspedycji archeologicznej w 1992 r. na stanowisku alpejskim zostały przeanalizowano w celu uzyskania wskazówek dotyczących naturalnego procesu mumifikacji, który umożliwił na zachowanie zwłok neolitycznego pasterza/myśliwego przez ponad 5000 lat. lat. Dochodzenie było bardziej skomplikowane ze względu na fakt, że powierzchnia mumii została mumii została spryskana fenolem wkrótce po odkryciu (19 września 1991 r.), 1991). Nasze wyniki pokazują, że na powierzchni ciała nie pozostał żaden ślad mikrobiologicznego DNA. powierzchni ciała, podczas gdy nieleczona skóra nadal zawiera pozostałości dużej liczby bakterii należących do rodzajów bakterii należących do rodzajów Sphingomonas, Afipia, Curtobacterium, Microbacterium, Agromyces i innych. W porównaniu do nieleczonej skóry, mięsień lodowca jest również bardzo bogaty w bakteryjne DNA. Jednak to DNA pochodzi, z kilkoma wyjątkami, z gatunku Clostridium algidicarnis. Ostra różnica w składzie bakteryjnego DNA skóry i mięśni sugeruje, że pozostałości oryginalnej mikroflory zwłok tej ostatniej nie zniknęły podczas taphonomicznej historii człowieka lodu. Z drugiej strony, masowa obecność C. algidicarnis, przystosowanego do zimna sporowca, którego DNA było wcześniej (Ubaldi et al. [1998] Am. J. Phys. Anthropol. 107: 285-295) znalezione w miękkiej tkance naturalnie wysuszonego zwierzęcia. tkanka naturalnie wysuszonej mumii andyjskiej wskazuje, że hipoteza że zwłoki człowieka lodu uległy szybkiemu odwodnieniu pod wpływem ciepłego wiatru (föhn) nie jest już prawdopodobna. Wyniki najlepiej pasują do hipotezy (Bereuter et al. [1997] Chem. Eur. J. 7: 1032-1038), że ciało było najpierw pokryte śniegiem i lodem, a następnie uległo rozmrożeniu i ostatecznie wysuszeniu.
Wymień gatunki bakterii zidentyfikowane w tkankach icemana.
Krętki Treponema denticola
Clostridium perfringens
Clostridium ghonii
Clostridium sordellii
Eubacterium tenue
Bacteroides sp
Vibrio
Sphingomonas
Aphipia
Curtobacterium
Microbacterium
Agromyces