Długie niekodujące RNA (lncRNA) zostały wykryte w prawie każdym typie komórek i i stwierdzono, że są one zasadniczo zaangażowane w wiele procesów biologicznych. Charakterystyka Charakterystyka lncRNA ma ogromny potencjał, aby przyspieszyć nasze kompleksowe zrozumienie procesów komórkowych i regulacji genów, wraz z implikacjami dla leczenia ludzkich chorób. Niedawne badanie ENCODE (Encyclopedia of DNA Elementów DNA) odnotowano 9 640 loci lncRNA w ludzkim genomie, co odpowiada około połowie liczby genów kodujących białka. Ze względu na tę liczbę i ich funkcjonalną różnorodność, kluczowe znaczenie ma zidentyfikowanie puli potencjalnie istotnych lncRNA na wczesnym etapie danego badania. W niniejszym przeglądzie oceniamy metody izolowania lncRNA przez immunoprecypitację i dokonujemy przeglądu zalety, wady i zastosowania trzech powszechnie stosowanych podejść - mikromacierzy, tablic kafelkowych i RNA-seq - do identyfikacji lncRNA zaangażowanych w regulację genów. regulacji genów. Przyglądamy się również sposobom, w jakie dane z publicznie dostępnych baz danych takich jak ENCODE mogą wspierać badanie lncRNA. --- TŁO: Zidentyfikowano ponad 10 000 długich intergenicznych niekodujących RNA (lincRNA) w ludzkim genomie. zidentyfikowanych w ludzkim genomie. Niektóre z nich zostały dobrze scharakteryzowane i uczestniczą w różnych etapach regulacji genów. W procesie posttranskrypcyjnym proces, inna klasa dobrze znanych małych niekodujących RNA lub mikroRNA (miRNA), jest bardzo aktywna w hamowaniu mRNA. Chociaż podobne cechy między mRNA i lincRNA zostały ujawnione w kilku ostatnich badaniach, a kilka wyizolowanych zaobserwowano kilka izolowanych związków miRNA-lincRNA. Pomimo tych postępów kompleksowy wzór regulacji miRNA lincRNA nie został wyjaśniony. METODY: W tym badaniu zbadaliśmy możliwą interakcję między dwiema klasami niekodujących RNA. klasami niekodujących RNA. Zamiast korzystać z istniejącej bazy danych długich niekodujących niekodujących, zastosowaliśmy metodę ab initio do adnotacji lincRNA wyrażonych w grupie prawidłowych tkanek piersi i guzów piersi. WYNIKI: Około 90 lincRNA wykazuje silną odwrotną korelację ekspresji z miRNA, które mają co najmniej jedno przewidywane miejsce docelowe. Te są statystycznie bardziej konserwatywne niż ich sąsiednie regiony genetyczne i inne przewidywane miejsca docelowe. regiony genetyczne i inne przewidywane miejsca docelowe. Kilka miRNA, które celują w te lincRNA odgrywa istotną rolę w raku piersi. WNIOSEK: Podobnie jak w przypadku hamowania mRNA, miRNA wykazują potencjał w promowaniu degeneracji lincRNA. degeneracji lincRNA. Związane z rakiem piersi miRNA mogą wpływać na ich docelowe lincRNA, powodując zróżnicowaną ekspresję w prawidłowych i złośliwych tkankach piersi. tkankach piersi. Sugeruje to, że regulacja miRNA lincRNA może być zaangażowana w proces regulacyjny w komórkach nowotworowych.
Jaka jest liczba długich niekodujących RNA w ludzkim genomie?
Według różnych szacunków liczba ludzkich długich niekodujących RNA wynosi obecnie od 10 000 do 20 000.