Elementy LINE-1 (L1) ssaków należą do nadrodziny autonomicznie replikujących się elementów retrotranspozycyjnych. replikujących się elementów retrotranspozycyjnych, które nie posiadają sekwencji LTR typowych dla retrowirusów i retrowirusopodobnych retrotranspozonów. (LTR) typowych dla retrowirusów i retrotranspozonów podobnych do retrowirusów. Nadrodzina nie-LTR jest bardzo stara, a elementy podobne do L1 są wszechobecne w naturze. w przyrodzie, występując w roślinach, grzybach, bezkręgowcach i różnych klasach kręgowców, od ryb po ssaki. Elementy L1 replikowały się i ewoluowały u ssaków przez co najmniej ostatnie 100 milionów lat i obecnie stanowią 20% lub więcej niektórych genomów ssaków. Dlatego elementy L1 prawdopodobnie miały głęboki, być może decydujący wpływ na ewolucję, strukturę i funkcję genomów ssaków. Elementy L1 zawierają sygnały regulacyjne i kodują dwa białka: jedno jest białkiem wiążącym RNA, a drugie prawdopodobnie funkcjonuje jako integraza-replikaza, ponieważ ma zarówno aktywność endonukleazy, jak i odwrotnej transkryptazy. i odwrotną transkryptazę. W niniejszej pracy dokonano przeglądu struktury i biologicznych biologicznych elementów L1, w tym ich regulacji, replikacji, ewolucji, i interakcje z ich ssaczymi gospodarzami. Chociaż każdy z tych procesów jest nie jest do końca poznany, to co wiadomo wskazuje, że stanowią one wyzwanie i fascynujące zjawiska biologiczne. i fascynujące zjawiska biologiczne, których rozwiązanie będzie kluczowe dla pełnego zrozumienia biologii ssaków. --- Maniok (Manihot esculenta Crantz), choć jest główną rośliną uprawną na świecie z ogromnym potencjałem potencjał, jest bardzo słabo zbadany. Niewiele wiadomo o strukturze i organizacji jego genomu. organizacji. Elementy transpozycyjne odgrywają kluczową rolę w ewolucji struktury genomu i mogą być wykorzystywane jako ważne narzędzia w genetyce stosowanej. Niniejszy artykuł ma na celu zbadanie różnorodności członków trzech głównych klas elementów transpozycyjnych w genomie manioku. transpozycyjnych w genomie manioku i w odniesieniu do podobnych elementów w innych roślinach. elementów w innych roślinach. Członkowie dwóch klas retrotranspozonów LTR, Ty1/copia-like i Ty3/gypsy-like oraz transpozonów typu Enhancer/Suppressor Mutator (En/Spm) zostali wyizolowani i scharakteryzowani. Analizy ujawniły 59 rodziny retrotranspozonów Ty1/copia, 26 rodzin retrotranspozonów Ty3/gypsy i 40 rodzin En/Spm w genomie manioku. W analizach porównawczych przewidywane sekwencje aminokwasowe dla tych klas transpozonów porównano z sekwencjami z sekwencjami pokrewnych elementów z innych gatunków roślin. Ujawniły one, że istniały że w genomie manioku występuje wiele linii retrotranspozonów podobnych do Ty1/copia. manioku i zasugerowały, że pionowa i pozioma transmisja jako źródło Mecops manioku mogą się wzajemnie nie wykluczać. Dla sieci elementów Ty3/gypsy widoczne były dwie grupy Megyps manioku, w tym linia Arabidopsis Athila. Jednak elementy podobne do En/Spm manioku (Meens) stanowiły pojedynczą grupę w sieci pojedynczą grupę w sieci roślinnych elementów En/Spm-podobnych. Hybrydyzacja Analiza hybrydyzacji potwierdziła obecność transpozonów w genomie manioku w średniej (Ty3/gypsy i En/Spm) do wysokiej (Ty1/copia) liczby kopii. W ten sposób genom manioku wykazano, że zawiera zróżnicowanych członków trzech głównych klas elementy transpozycyjne; jednak różne klasy wykazywały kontrastujące historie ewolucyjne.
Jakie klasy endogennych retroelementów są obecnie znane?
Endogenne retroelementy dzielą się na dwie odrębne klasy: retrotranspozony zawierające LTR (Long Terminal Repeats) i retrostranspozony pozbawione LTR.