Znalezienie i scharakteryzowanie mRNA, ich miejsc startu transkrypcji (TSS) i powiązanych z nimi promotorów ich powiązanych promotorów jest głównym celem biologii postgenomowej. Komórki ssaków ssaków mają co najmniej 5-10 razy więcej TSS niż wcześniej sądzono, a głębsze sekwencjonowanie jest konieczne do wykrycia wszystkich aktywnych promotorów w danej tkance. Tutaj przedstawiamy nową metodę wysokoprzepustowego sekwencjonowania 5' cDNA DeepCAGE: połączenie metody Cap Analysis of Gene Expression z technologią sekwencjonowania o ultrawysokiej przepustowości. z technologią sekwencjonowania o ultra wysokiej przepustowości. Stosujemy DeepCAGE do scharakteryzowania 1,4 miliona milionów sekwencjonowanych TSS z hipokampa myszy i ujawniamy bogactwo nowych promotorów rdzenia promotorów, które są preferencyjnie wykorzystywane w hipokampie: Jest to najbardziej kompleksowy zestaw danych promotorów dla dowolnej tkanki do tej pory. Korzystając z tych danych przedstawiamy dowody wskazujące na kluczową rolę czynnika transkrypcyjnego Arnt2 w regulacji genów hipokampa. regulacji genów w hipokampie. DeepCAGE może również wykrywać promotory używane tylko w małym podzbiorze komórek w złożonej tkance.
Czym jest DeepCAGE?
Technologia analizy ekspresji genów (CAGE) została opracowana w celu wykrywania miejsc startu transkrypcji (TSS) i poziomów ekspresji poprzez wykorzystanie znaczników 5' cDNA i PCR. Doniesiono, że ilość szablonów jest proporcjonalna do wydajności amplifikacji PCR. CAGE został wykorzystany jako kluczowa technika do analizy aktywności promotora i znajdowania nowych transkryptów, w tym alternatywnych produktów splicingu i transkryptów niekodujących. DeepCAGE może być wykorzystywany do wysokowydajnej technologii sekwencjonowania następnej generacji. DeepCAGE może tworzyć znacznie głębsze zbiory danych transkryptomu i może ujawnić więcej szczegółów sieci regulacyjnej.