W przewlekłej białaczce limfocytowej z komórek B (CLL), stadium Rai, gen immunoglobuliny mutacji, nieprawidłowości chromosomalne, ekspresja CD38 i ZAP-70 zostały jako markery prognostyczne. W tym badaniu, aby zrozumieć molekularne podstawy nieprawidłowości chromosomalnych prowadzących do progresji nowotworu, 90 pacjentów z CLL zostało podzielono na grupy o złym rokowaniu (z delecją 11q i trisomią 12) i dobrym rokowaniu (z prawidłowym kariotypem). rokowanie (z prawidłowym kariotypem i delecją 13q) i oceniono ich wyniki kliniczne. został oceniony. Profile ekspresji genów 35 próbek CLL o złym rokowaniu (delecja 11q n=9; trisomia 12, n=5) i dobrym rokowaniem (delecja 13q, n=13; prawidłowy kariotyp, n=8). kariotyp, n=8) analizowano przy użyciu mikromacierzy oligonukleotydowych. Znaczenie analiza mikromacierzy (SAM) zidentyfikowała 27 genów o różnej ekspresji między tymi dwiema podgrupami ze znaczną nadekspresją ATF5 i nadekspresją CDC16, PCDH8, SLAM, MNDA i ATF2 u pacjentów z CLL ze złym wynikiem wynikiem. Ekspresja genu ATF5 w CLL była dalej badana ze względu na jego rolę w regulacji progresji cyklu komórkowego/różnicowania i apoptozy. Nadekspresja nadekspresję ATF5 potwierdzono metodą PCR w czasie rzeczywistym przy użyciu 39 próbek CLL z grup z grup o słabych i dobrych wynikach. ATF5 ulegał znaczącej (p<0,001) nadekspresji w grupie ze złym wynikiem. Ponadto, ekspresja ATF5 była znacząco wyższa w grupie z delecją 11q i trisomią 12 w porównaniu z grupami z delecją 13q i prawidłowym kariotypem. i grup z prawidłowym kariotypem. Nadekspresja ATF5 była również związana z istotnie (p=0,04) krótszym czasem do rozpoczęcia leczenia. Podobnie, ekspresja nadekspresji pięciu genów również korelowała z dłuższym czasem leczenia. Zatem, ten raport pokazuje, że ATF5 może być jednym z kluczowych genów zaangażowanych w zwiększoną proliferację i przeżycie w delecji 11q lub trisomii 12, podczas gdy CD16, CD86, SLAM, MNDA i ATF2 mogą być zaangażowane w zmniejszoną proliferację komórek CLL z delecją 13q. komórek CLL z delecją 13q lub prawidłowym kariotypem. --- Zmutowane białko ataksji teleangiektazji (ATM) jest głównym aktywatorem białka białka p53 w odpowiedzi na dwuniciowe pęknięcia DNA. Mutacje w genie ATM zostały wcześniej wykryte w przewlekłych białaczkach limfocytowych z komórek B (B-CLL), ale ich znaczenie kliniczne jest nieznane. Przeanalizowaliśmy 155 guzów CLL i znaleźliśmy 12% z mutacjami ATM i 4% z mutacjami TP53; 2 guzy zawierały mutacje w obu genach. mutacje w obu genach. Retrospektywna analiza wybranych próbek wykazała że mutacje ATM były zwykle obecne w momencie diagnozy. W porównaniu z pacjentami z genami ATM/TP53 typu dzikiego, pacjenci z mutacjami ATM mieli statystycznie istotnie statystycznie krótszy czas przeżycia całkowitego i wolnego od leczenia. Chociaż obecne w w obu podgrupach mutacji IGVH, mutacje ATM były związane z niezmutowanymi genami IGVH genami IGVH i dostarczały niezależnych informacji prognostycznych w analizie wieloczynnikowej. analizie wieloczynnikowej. Mutacje w genie ATM skutkowały upośledzoną odpowiedzią na uszkodzenia DNA in vitro. DNA in vitro. Guzy z mutacjami ATM tylko częściowo korelowały z guzami z utratą allelu ATM poprzez utratą allelu ATM poprzez delecję 11q i, co ciekawe, te guzy z delecją 11q z drugim allelem ATM typu dzikiego miały zachowaną odpowiedź na uszkodzenie DNA DNA. Większość pacjentów z mutacjami ATM była oporna na leki chemioterapeutyczne uszkadzające DNA leki chemioterapeutyczne i jako takie mogą odnieść korzyści z terapii, które które omijają szlak ATM/p53. --- TŁO: Przewlekła białaczka limfocytowa (CLL) jest zwykle uważana za nowotwór złośliwy z komórek B. Istnieje jednak duża zmienność w odniesieniu do potrzeby terapii, czasu do progresji choroby i odpowiedzi na leczenie. Ta kliniczna wynika częściowo z biologicznej heterogeniczności białaczek poszczególnych pacjentów. białaczkami poszczególnych pacjentów. Chociaż wiele dowiedzieliśmy się o tej biologicznej przy użyciu podejść genomicznych, nie jest jasne, czy takie wysiłki w wystarczającym stopniu oceniły biologiczną i kliniczną heterogeniczność w CLL. CLL. METODY: W celu zbadania zakresu zmienności genomowej w CLL oraz biologicznych i klinicznych atrybutów genomowych i klinicznych atrybutów klasyfikacji genomowej w CLL, oceniliśmy 893 unikalnych próbek CLL z piętnastu publicznie dostępnych zestawów danych profilowania ekspresji genów zestawów danych. Zastosowaliśmy nienadzorowane podejścia, aby podzielić dane na podgrupy, oceniliśmy szlaki biologiczne i aberracje genetyczne, które były związane z podgrupami z podgrupami, a także porównaliśmy dane prognostyczne i kliniczne między podgrupami. podgrupami. WYNIKI: Stosując podejście nienadzorowane, ustaliliśmy, że do zdefiniowania podgrupy CLL potrzeba około 600 próbek. CLL, aby zdefiniować spektrum różnorodności ekspresji genomowej CLL. ekspresji. Zidentyfikowaliśmy siedem genomowo zdefiniowanych podgrup CLL, które mają odmienne właściwości biologiczne, są związane z określonymi delecjami i amplifikacjami chromosomalnymi delecjami i amplifikacjami chromosomowymi oraz wykazują znaczne różnice w molekularnych markerach prognostycznych i klinicznych. molekularnych markerach prognostycznych i wynikach klinicznych. WNIOSKI: Nasze wyniki wskazują, że badania koncentrujące się na małej liczbie próbek pacjentów prawdopodobnie zapewniają stronnicze spojrzenie na biologię CLL. Te mogą mieć istotne implikacje w identyfikacji pacjentów, którzy powinni być którzy powinni być leczeni określonymi terapiami celowanymi, które mogą być skuteczne przeciwko komórkom CLL komórek, które opierają się na określonych szlakach biologicznych. --- Niedawno opracowane molekularne testy prognostyczne u pacjentów z wczesną przewlekłą białaczką limfocytową (B-CLL) w stadium Bineta Bineta (B-CLL) są kosztowne i często wymagają wysokiego poziomu wiedzy technologicznej. wiedzy technologicznej. Najnowsze dane dostarczają dowodów na znaczenie prognostyczne odsetka komórek rozmazanych w B-CLL. W naszym badaniu przeanalizowaliśmy potencjał prognostyczny tego nowego markera w kohorcie 100 pacjentów z CLL. Odsetek wahał się od 0% do 70% (mediana 21%). Pacjenci z <lub=20% komórek smugowych (zgodnie z analizą ROC) mieli znacznie krótszy czas do pierwszego leczenia i całkowity czas przeżycia niż pacjenci z >20% komórek smugowych komórek. Wieloczynnikowa analiza regresji Coxa zidentyfikowała odsetek komórek smugowych komórek, stadium według Bineta i ekspresję CD38 jako niezależne markery prognostyczne. niezależnymi markerami prognostycznymi. Odsetek komórek smugowych był istotnie niższy u CD38+, ZAP-70+ i niezmutowanych pacjentów z IgVH. Połączona analiza odsetka komórek z ekspresją CD38 dostarczyła uzupełniających informacji prognostycznych identyfikując trzy podgrupy pacjentów z dobrym, pośrednim i złym rokowaniem. Porównując profile ekspresji genów w podgrupie 12 pacjentów zidentyfikowaliśmy osiem genów o różnej ekspresji w grupach z wysokim i niskim odsetkiem komórek komórek smugowych, co sugeruje rolę tych różnie wyrażanych genów, szczególnie dla Tribbles homolog 2 (Trib2), w progresji choroby u pacjentów z wysokim pacjentów z CLL wysokiego ryzyka. Podsumowując, nasze dane potwierdzają wcześniejsze badania pokazujące, że proste i niedrogie mikroskopowe wykrywanie komórek smugowych na rozmazach krwi przygotowanych do rutynowych celów diagnostycznych jest nowym niezależnym czynnikiem przewidującym całkowite przeżycie w CLL. --- Przeanalizowano status mutacyjny i konfigurację rearanżacji genu immunoglobuliny ciężkiej (IGHV) analizowano u 85 serbskich pacjentów z przewlekłą białaczką limfocytową (CLL). białaczką limfocytową (CLL). Stwierdzono, że 55,3% przypadków należało do zmutowanych, a 44,7% do niezmutowanej CLL, przy czym w niezmutowanej podgrupie dominowała choroba postępująca. WYKORZYSTANIE GENU IGHV przypominało to uzyskane dla krajów śródziemnomorskich, z wyjątkiem niedostatecznej reprezentacji podgrupy IGHV4 w naszej kohorcie. TŁO: Przewlekła białaczka limfocytowa (CLL) wynika z klonalnej ekspansji dojrzałych limfocytów B. dojrzałych limfocytów B i charakteryzuje się skrajną heterogennością kliniczną. Jednym z najbardziej wiarygodnych markerów prognostycznych w przewlekłej białaczce limfocytowej (CLL) jest status mutacyjny genów immunoglobulin ciężkich zmiennych (IGHV), który definiuje 2 podgrupy, zmutowaną CLL (M-CLL) i niezmutowaną CLL (U-CLL), o różnym przebiegu klinicznym. różnym przebiegiem klinicznym. Stronnicze wykorzystanie genu IGHV między klonami M-CLL i U-CLL, a także różnice populacyjne w repertuarze genów IGHV. zgłaszane. PACJENCI I METODY: W niniejszym badaniu status mutacji i konfiguracja genów IGHV-IGHD-IGHJ u 85 serbskich pacjentów zostały przeanalizowane przy użyciu łańcucha odwrotnej reakcji łańcuchowej odwrotnej transkryptazy-polimerazy (RT-PCR) i sekwencjonowania. WYNIKI: Stwierdzono, że 55,3% przypadków należało do M-CLL, a 44,7% należało do U-CLL, z postępującą chorobą dominującą w niezmutowanym podzbiorze. Najczęściej najczęściej ulegała ekspresji podgrupa IGHV3 (55,7%), a następnie IGHV1 (27,3%), IGHV4 (12,5%), IGHV5 (2,3%), IGHV2 (1,1%) i IGHV6 (1,1%). Rozkład podgrup IGHD był następujący: IGHD3, 39,1%; IGHD2, 21,8%; IGHD6, 12,6%; IGHD1, 10,3%; IGHD4, 8%; IGHD5, 6,9%; i IGHD7, 1,1%. Najczęściej występującym genem IGHJ był IGHJ4 (48,9%), a następnie IGHJ6 (28,4%), IGHJ3 (11,4%) i IGHJ5 (11,4%). W 15,3% przypadków, sekwencje aminokwasowe ciężkiego regionu determinującego komplementarność 3 (VH CDR3) można było przypisać do wcześniej zdefiniowanych stereotypowych klastrów. WNIOSKI: Nasze badanie wykazało silną korelację między statusem mutacji genu IGHV a przebiegiem klinicznym CLL. Wykorzystanie genu IGHV było porównywalne do uzyskanego dla krajów śródziemnomorskich, z wyjątkiem podgrupy IGHV4, która była niedostatecznie reprezentowana w naszej kohorcie. --- Ekspresja CD38 w komórkach nowotworowych została zidentyfikowana jako ważny czynnik prognostyczny w przewlekłej białaczce limfocytowej z komórek B (B-CLL). Chociaż CD38 jest zaangażowany w funkcje efektorowe limfocytów T, wartość prognostyczna limfocytów T CD38+ nie została jeszcze w B-CLL. W niniejszym badaniu poziomy ekspresji CD38 w komórkach B-CLL i limfocytach T od 204 pacjentów analizowano za pomocą cytometrii przepływowej i skorelowane z klinicznymi i molekularnymi parametrami ryzyka. Ekspresja CD38 znacząco różniła się w klonie nowotworowym u pacjentów z niskim i zaawansowanym stadium zaawansowanym stadium, niezależnie od płci pacjentów. W przeciwieństwie do tego, ekspresja CD38 była ogólnie wyższa w limfocytach T od kobiet w porównaniu z mężczyznami pacjentów, ale wzrastała tylko u pacjentów płci męskiej w sposób zależny od stadium. U mężczyzn, połączona analiza CD38 w komórkach T i komórkach B-CLL zidentyfikowała 4 podgrupy podgrupy z istotnie różnym czasem przeżycia bez leczenia. Analiza wieloczynnikowa z uwzględnieniem stadium Rai i molekularnych parametrów ryzyka klonu nowotworowego klonu nowotworowego zidentyfikowała poziomy ekspresji CD38 w komórkach T jako niezależny czynnik prognostyczny czynnik prognostyczny u pacjentów płci męskiej. Połączona analiza CD38 w B-CLL i komórkach T jest w przewidywaniu wyników leczenia pacjentów z B-CLL płci męskiej niż każdy z tych parametrów sam parametr. Konieczne są dalsze badania w celu wyjaśnienia mechanizmów leżących u podstaw specyficznej dla płci roli limfocytów T CD38+ w B-CLL. --- Przewlekła białaczka limfocytowa (CLL) jest heterogenną chorobą wykazującą zmienny przebieg kliniczny i wskaźniki przeżycia. Status mutacyjny regionów regionów zmiennych łańcucha ciężkiego immunoglobulin (IGHV) komórek CLL oferuje użyteczne przydatnych informacji prognostycznych dla pacjentów wysokiego ryzyka, ale czas i koszty ekonomiczne pierwotnie uniemożliwiały jego rutynowe stosowanie w warunkach klinicznych. Zamiast tego, alternatywne markery statusu IGHV, takie jak białko związane z zeta (ZAP70) lub poziomy informacyjnego RNA. Przedstawiamy podejście metabolomiczne oparte na (1)H-NMR metabolomikę w celu zbadania profili metabolicznych surowicy we wczesnym stadium, nieleczonych pacjentów z CLL (stadium A wg Bineta) sklasyfikowanych na podstawie statusu mutacji IGHV lub ZAP70. Profile metaboliczne pacjentów z CLL (n=29) wykazywały wyższe stężenia pirogronianu i glutaminianu oraz obniżone stężenia izoleucyny w porównaniu z grupą kontrolną (n=9). Różnice w profilach metabolicznych między niezmutowanymi (UM-IGHV; n=10) i zmutowanymi pacjentami IGHV (M-IGHV; n=19) zostały przy użyciu częściowej analizy dyskryminacyjnej metodą najmniejszych kwadratów (PLS-DA; R(2)=0,74, Q(2)=0,36). Pacjenci z UM-IGHV mieli podwyższony poziom cholesterolu, mleczanu, urydyny i fumaranu oraz obniżony poziom pirydoksyny, glicerolu, 3-hydroksymaślanu i metioniny. Modele PLS-DA uzyskane z klasyfikacji ZAP70 wykazały stosunkowo słabe wartości dobroci dopasowania, sugerując, że status mutacji IGHV lepiej koreluje z profilami metabolicznymi związanymi z chorobą. związanymi z chorobą profilami metabolicznymi. Nasze wyniki podkreślają przydatność metabolomiki opartej na (1)H-NMR metabolomiki jako potencjalnego nieinwazyjnego narzędzia prognostycznego do identyfikacji biomarkerów stanu choroby CLL biomarkerów stanu chorobowego.
Jaka jest najważniejsza podklasyfikacja rokowania w przewlekłej białaczce limfocytowej?
Status mutacji genów immunoglobulin ciężkich zmiennych (IGHV) definiuje dwa podgrupy: zmutowaną i niezmutowaną CLL. Niezmutowani pacjenci z CLL wykazują krótsze przeżycie wolne od progresji i przeżycie całkowite niż zmutowani pacjenci z CLL.