Wysoce konserwatywne sekwencje w miejscu splicingu 5' i miejscu rozgałęzienia intronów Introny zależne od U12 są ważnymi determinantami splicingu przez zależne od U12 spliceosomy. W niniejszym badaniu zbadano fenotypy splicingu in vivo mutacji w sekwencji konsensusu miejsca rozgałęzienia intronu F zależnego od U12 z ludzkiego minigenu NOL1 (P120). Intron F zawiera w pełni konsensusową sekwencję sekwencję miejsca rozgałęzienia (UUCCUUUAAC). Mutacje w każdej pozycji zostały przeanalizowane pod kątem ich wpływ na splicing zależny od U12 in vivo. Mutacje w większości pozycji skutkowały w większości pozycji skutkowały znacznym zmniejszeniem prawidłowego splicingu zależnego od U12. Zaobserwowane defekty obejmowały zwiększone poziomy niesplicowanego RNA, aktywację kryptycznych miejsc splicingowych zależnych od U2 5' i 3' oraz aktywację kryptycznych, zależnych od U12 miejsc rozgałęzienia/3' miejsc splicingowych. Zaobserwowano silną korelację między przewidywaną termodynamiczną stabilnością miejsca rozgałęzienia: U12 snRNA i prawidłowym splicingiem splicingiem zależnym od U12. Brak szlaku polipirymidynowego między miejscem rozgałęzienia a miejscem splicingu 3' intronów zależnych od U12 i obserwowana zależność od interakcje parowania zasad dla prawidłowego splicingu zależnego od U12 podkreślają znaczenie interakcji RNA/RNA podczas rozpoznawania intronów zależnych od U12 i właściwego wyboru miejsca splicingu.
Jaka jest sekwencja konsensusu miejsca rozgałęzienia w intronach zależnych od U12?
Sekwencja konsensusu miejsca rozgałęzienia w intronach zależnych od U12 to UUCCUUUAAC.