TŁO: Aby wyjaśnić mechanizmy zaangażowane w stwardnienie rozsiane (MS), my badaliśmy genetyczną regulację eksperymentalnego autoimmunologicznego zapalenia mózgu i rdzenia (EAE) u szczurów. szczurów, zakładając zachowanie patogennych szlaków. W tym badaniu skupiliśmy się na Eae23, pierwotnie zidentyfikowanym jako regulujący EAE w krzyżówce (LEW.1AV1xPVG.1AV1)F2 . Naszym celem było ustalenie, czy jeden lub więcej genów w regionie 67 Mb reguluje EAE i zdefiniowanie kandydujących genów ryzyka. METODOLOGIA/GŁÓWNE ODKRYCIA: Zastosowaliśmy analizę ilościowych loci cech o wysokiej rozdzielczości (QTL) w dziesiątym pokoleniu (G10) zaawansowanej linii krzyżówki (AIL) aby rozdzielić Eae23 na dwa QTL, które niezależnie regulują EAE, a mianowicie Eae23a i Eae23b. Stworzyliśmy szczep kongeniczny, aby zweryfikować wpływ tego regionu na chorobę. regionu na chorobę. Allele PVG w Eae23 spowodowały znaczną ochronę przed EAE i osłabionym zapaleniem / demielinizacją OUN. Poprawa choroby była towarzyszyły zwiększone poziomy komórek Foxp3 (+) w OUN wrodzonego szczepu szczepu w porównaniu do DA. Następnie skupiliśmy się na badaniu genów kandydujących w Eae23b, regionie 9 Mb powiązanym ze wszystkimi fenotypami klinicznymi. Tablice eksonowe Affymetrix zostały wykorzystane do zbadania ekspresji genów w Eae23b w szczepach rodzicielskich, gdzie żaden z nich nie wykazywał ekspresji różnicowej. Stwierdziliśmy jednak niższą ekspresję egzonu 4 genu ZEB1, który jest specyficzny dla wariantu splicingowego Zfhep1. ZEB1 jest represorem interleukiny 2 (IL2) zaangażowanym w rozwój komórek T. Wariancja Wariancja specyficzna dla splicingu skłoniła nas do następnej analizy ekspresji ZEB1 i jego dwóch wariantów splicingowych, Zfhep1 i Zfhep2, zarówno w węźle chłonnym, jak i śledzionie. My wykazaliśmy, że warianty splicingu ZEB1 ulegają różnej ekspresji; nasilenie EAE i wyższe poziomy IL2 były związane z regulacją w dół Zfhep1 i w górę Zfhep2. WNIOSKI/ZNACZENIE: Spekulujemy, że równowaga między wariantami splice ZEB1 może wpływać na regulację EAE. Dalsze badania funkcjonalne ZEB1 i wariantów splice mogą odkryć nowe ścieżki przyczyniające się do patogenezy MS i ogólnie stan zapalny. --- Szczur z samoistnym nadciśnieniem tętniczym (SHR) jest szeroko stosowanym gryzoniowym modelem nadciśnienia tętniczego i zespołu metabolicznego. Wcześniej zidentyfikowaliśmy tysiące cis-regulowanych loci cech ilościowych ekspresji (eQTL) w wielu tkankach przy użyciu panelu rekombinowanych szczepów wsobnych szczurów (RI) pochodzących od progenitorów Brown Norway i SHR. Te cis-eQTL reprezentują potencjalne loci podatności leżące u podstaw cech fizjologicznych i patofizjologicznych występujących u SHR. My ustaliliśmy priorytety 60 cis-eQTL i potwierdziliśmy zróżnicowaną ekspresję między szczepami rodzicielskimi za pomocą ilościowego PCR w 43 (72%) transkryptach eQTL. Analiza transkryptów cech ilościowych (QTT) w szczepach RI wykazała wysoce istotną korelację między obfitością transkryptów cis-eQTL a klinicznie klinicznie istotnymi cechami, takimi jak skurczowe ciśnienie krwi i poziom glukozy we krwi, z fizyczną lokalizacją podzbioru cis-eQTL kolokalizujących z "fizjologicznymi" QTL (pQTL) dla tych samych cech. Te kolokalizujące skorelowane cis-eQTLs (c3-eQTL) są bardzo atrakcyjne jako pierwotne loci podatności dla kolokalizujących pQTL. Ponadto, analiza sekwencji genów c3-eQTL zidentyfikowano polimorfizmy pojedynczych nukleotydów (SNP), które mogą wpływać na na powinowactwo wiązania czynnika transkrypcyjnego, splicing i funkcję białka. Te SNP, które potencjalnie zmieniają obfitość i stabilność transkryptu, reprezentują silne czynniki kandydujące leżące u podstaw nie tylko fenotypów ekspresji eQTL, ale również skorelowane cechy metaboliczne i fizjologiczne. Podsumowując, poprzez integrację sekwencji genomowej, eQTL i zbiorów danych QTT zidentyfikowaliśmy kilka genów, które są silnymi kandydatami pozycyjnymi dla patofizjologicznych cechy obserwowane w szczepie SHR. Odkrycia te stanowią podstawę do testów funkcjonalnych i ostatecznego wyjaśnienia molekularnych podstaw tych cech fenotypów metabolicznych i sercowo-naczyniowych.
Czy ilościowe loci cech wpływające na splicing (splicing QTL) są powiązane z chorobą?
Tak, mutacje w DNA, które wpływają na wzór splicingu genów, zostały powiązane w transkryptomicznych badaniach populacyjnych z wieloma chorobami.