Długie niekodujące RNA (lncRNA) są kluczowymi regulatorami stanu chromatyny, ale natura i miejsca interakcji RNA-chromatyna są w większości nieznane. natura i miejsca interakcji RNA-chromatyna są w większości nieznane. Tutaj wprowadzamy izolację chromatyny przez oczyszczanie RNA (ChIRP), gdzie oligonukleotydy kafelkowe oligonukleotydy pobierają specyficzne lncRNA ze związanymi sekwencjami białek i DNA, które są wyliczane przez głębokie sekwencjonowanie. ChIRP-seq trzech lncRNA ujawnia, że miejsca zajmowania RNA w genomie są ogniskowe, specyficzne dla sekwencji i liczne. Drosophila roX2 RNA zajmuje męskie ciała genów sprzężonych z chromosomem X z tendencją wzrostową w kierunku końca 3', osiągając szczyt w miejscach CES. Ludzka telomeraza RNA TERC zajmuje telomery i geny szlaku Wnt. HOTAIR lncRNA preferencyjnie zajmuje motyw DNA bogaty w GA DNA, aby zarodkować szerokie domeny zajętości Polycomb i lizyny histonu H3 27 trimetylacji. Zajęcie HOTAIR występuje niezależnie od EZH2, co sugeruje kolejność kierowania przez RNA obłożeniem Polycomb. ChIRP-seq ma ogólne zastosowanie do oświetlania przecięcia RNA i chromatyny z nowo odkrytą precyzją w całym genomie.
Czym jest sekwencjonowanie ChiRP-seq (izolacja chromatyny przez oczyszczanie RNA)?
ChiRP-seq (Chromatin Isolation by RNA Purification sequencing) to metoda, w której oligonukleotydy kafelkowe pobierają określone lncRNA z związanymi sekwencjami białek i DNA, które są wyliczane przez głębokie sekwencjonowanie. ChIRP-seq trzech lncRNA ujawnia, że miejsca zajmowania RNA w genomie są ogniskowe, specyficzne dla sekwencji i liczne. ChIRP-seq ma ogólne zastosowanie do oświetlania przecięcia RNA i chromatyny z nowo odkrytą precyzją w całym genomie.