MOTYWACJA: Analiza kontekstu genomowego, znana również jako profilowanie filogenetyczne, jest szeroko stosowana do wnioskowania o funkcjonalnych interakcjach między białkami, ale rzadko stosowana do niekodujących cis-regulacyjnych elementów DNA. Zastanawialiśmy się, czy to podejście podejście może zapewnić wgląd w niekodujące elementy niekodujące (UCNE). Elementy te są zorganizowane jako duże skupiska, tak zwane bloki regulacyjne genów (GRB) bloki regulacyjne genów (GRB) wokół kluczowych genów rozwojowych. Ich funkcje molekularne funkcje molekularne i przyczyny ich wysokiego stopnia zachowania pozostają enigmatyczne. enigmatyczne. WYNIKI: W specjalnym otoczeniu analizy kontekstu genomowego przeanalizowaliśmy losy GRB po duplikacji całego genomu w pięciu genomach ryb. Stwierdziliśmy że w większości przypadków wszystkie UCNE zostały zachowane razem jako pojedynczy blok, podczas gdy odpowiadające im geny docelowe były często zachowywane w dwóch kopiach, z których jedna była całkowicie całkowicie pozbawione UCNE. Ten wzór "zwycięzca bierze wszystko" sugeruje, że UCNE GRB funkcjonują w wysoce kooperatywny sposób. Proponujemy, aby mnogość interakcji między UCNE jest powodem ich ekstremalnej sekwencji sekwencji. INFORMACJE UZUPEŁNIAJĄCE: Dane uzupełniające są dostępne w Bioinformatics online oraz na stronie http://ccg.vital-it.ch/ucne/
Jak nazywane są ultra-zachowane pierwiastki, gdy tworzą skupiska?
Ultrakodujące elementy niekodujące (UCNE) są zorganizowane jako duże skupiska, tak zwane bloki regulacyjne genów (GRB) wokół kluczowych genów rozwojowych. Ich funkcje molekularne i przyczyny ich wysokiego stopnia zachowania pozostają enigmatyczne.