MOTYWACJA: Wiązanie czynnika transkrypcyjnego (TF) może być dokładnie badane in vivo za pomocą eksperymentów ChIP-exo i ChIP-Nexus. Tylko część mechanizmów wiązania TF jest jeszcze w pełni poznana, a dokładna znajomość miejsc wiązania i wzorców i wzorców wiązania TF jest kluczem do zrozumienia wiązania, które nie jest wyjaśnione przez proste modele macierzy wag pozycyjnych. Eksperymenty ChIP-exo/Nexus mogą również zaoferować wgląd w wpływ polimorfizmu pojedynczego nukleotydu (SNP) w miejscach wiązania TF na ekspresję genów docelowych. na ekspresję genów docelowych. Jest to ważny mechanizm działania dla SNP powodujących choroby w niekodujących regionach genomu. WYNIKI: Opisujemy program PeakXus do wywoływania pików, który został specjalnie zaprojektowany do wykorzystać zwiększoną rozdzielczość ChIP-exo/Nexus i opracowany w celu w celu przyjęcia jak najmniejszej liczby założeń dotyczących danych, aby umożliwić odkrycie nowych wzorców wiązania. Stosujemy PeakXus do eksperymentów ChIP-Nexus i ChIP-exo przeprowadzonych zarówno na Homo sapiens, jak i na liniach komórkowych Drosophila melanogaster. My pokazujemy, że PeakXus konsekwentnie znajduje więcej pików pokrywających się z sekwencją rozpoznawania specyficzną dla TF niż opublikowane metody. Jako przykład zastosowania pokazujemy, jak PeakXus może być połączony z unikalnymi identyfikatorami molekularnymi (UMI) do pomiaru wpływu SNP pokrywającego się z miejscem wiązania TF na wiązanie TF in vivo. wiązanie TF in vivo. DOSTĘPNOŚĆ I WDROŻENIE: Kod źródłowy PeakXus jest dostępny pod adresem https://github.com/hartonen/PeakXus KONTAKT: tuomo.hartonen@helsinki.fi lub jussi.taipale@ki.se. --- Informacje o autorze: (1)Institute for Medical and Human Genetics, Charité-Universitätsmedizin Berlin, Augustenburger Platz 1, Berlin, 13353, Niemcy. (2)Berlińskie Brandenburskie Centrum Terapii Regeneracyjnych (BCRT), Charité-Universitätsmedizin Berlin, Augustenburger Platz 1, Berlin, 13353, Niemcy. (3) Centre for Genomic Regulation (CRG), The Barcelona Institute of Science and Technology, Dr. Aiguader. Technology, Dr. Aiguader 88, Barcelona, 08003, Hiszpania. (4) Universitat Pompeu Fabra (UPF), Barcelona, Hiszpania. (5)Wydział Biologii, Uniwersytet Johannesa Gutenberga w Moguncji, Ackermannweg 4, Mainz, 55128, Niemcy. (6) Instytut Biologii Molekularnej, Ackermannweg 4, Moguncja, 55128, Niemcy. (7)Instytut Bioinformatyki, Wydział Matematyki i Informatyki, Freie Universität Berlin, Arnimallee 14, Berlin, 14195, Niemcy. (8)Labor für Pädiatrische Molekularbiologie, Charité-Universitätsmedizin Berlin, Augustenburger Platz 1, Berlin, 13353, Niemcy. (9)Institute for Medical and Human Genetics, Charité-Universitätsmedizin Berlin, Augustenburger Platz 1, Berlin, 13353, Niemcy. peter.robinson@jax.org. (10)Berlin Brandenburg Center for Regenerative Therapies (BCRT), Charité-Universitätsmedizin Berlin, Augustenburger Platz 1, Berlin, 13353, Niemcy. peter.robinson@jax.org. (11)Instytut Bioinformatyki, Wydział Matematyki i Informatyki, Wolny Uniwersytet w Berlinie. Science, Freie Universität Berlin, Arnimallee 14, Berlin, 14195, Niemcy. peter.robinson@jax.org. (12)Max Planck Institute for Molecular Genetics, Inhestr. 63-73, Berlin, 14195, Niemcy. peter.robinson@jax.org. (13)Obecny adres: The Jackson Laboratory for Genomic Medicine, 10 Discovery Drive, Farmington, 06032, CT, USA. peter.robinson@jax.org.
Które potoki są używane do analizy danych z eksperymentów ChIP-nexus?
PeakXus i Q-nexus umożliwiają kompleksowe odkrywanie miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych na podstawie eksperymentów ChIP-nexus.