Międzynarodowe konsorcjum FANTOM ma na celu stworzenie kompleksowego obrazu transkryptomu ssaków. transkryptomu ssaków, w oparciu o obszerną kolekcję cDNA i funkcjonalną adnotację funkcjonalnej adnotacji pełnometrażowych wzbogaconych cDNA. Poprzedni zbiór danych, FANTOM2, obejmował 60 770 wzbogaconych cDNA o pełnej długości. Adnotacja funkcjonalna ujawniła, że ten zbiór danych cDNA zawierał tylko około połowy szacowanej liczby mysich genów kodujących białka, wskazując, że pewna liczba cDNA nadal pozostało do zebrania i zidentyfikowania. Aby uzyskać kompletny katalog genów który obejmuje wszystkie przewidywane geny myszy, klonowanie i sekwencjonowanie pełnej długości wzbogaconych cDNA było kontynuowane od FANTOM2. W FANTOM3, 42,031 nowo nowo wyizolowanych cDNA poddano adnotacji funkcjonalnej, a adnotację 4,347 cDNA FANTOM2 została zaktualizowana. Aby uzyskać dokładną adnotację funkcjonalną, zautomatyzowaną adnotację poprzez wprowadzenie nowych programów do przewidywania sekwencji kodujących sekwencji kodującej i opracowaliśmy internetowy interfejs adnotacji w celu uproszczenie procedur adnotacji w celu zmniejszenia błędów ręcznej adnotacji. Zautomatyzowana sekwencja kodująca i przewidywanie funkcji zostały poprzedzone ręcznym i przegląd przez kuratorów-ekspertów. Łącznie 102 801 wzbogaconych cDNA myszy o pełnej długości cDNA myszy zostały opatrzone adnotacjami. Spośród 102 801 transkryptów, 56 722 zostało funkcjonalnie adnotowane jako kodujące białka (w tym transkrypty częściowe lub skrócone), zapewniając, zgodnie z naszą wiedzą, największe obecne pokrycie proteomu myszy przez pełnej długości cDNA. Całkowita liczba odrębnych transkryptów niekodujących białek wzrosła do 34 030. System adnotacji FANTOM3, składający się z zautomatyzowane przewidywanie obliczeniowe, ręczną kuratelę i ostateczną kuratelę ekspertów, ułatwił kompleksową charakterystykę transkryptomu myszy, a także może być zastosowany do transkryptomów innych gatunków.
Jaki był cel projektu FANTOM3?
 System adnotacji FANTOM3, składający się z automatycznego przewidywania obliczeniowego, ręcznej kurateli i ostatecznej kurateli ekspertów, ułatwił kompleksową charakterystykę transkryptomu myszy i może być stosowany do transkryptomów innych gatunków