Spektrometria mas jest szeroko stosowana w bioanalizie, w tym w dziedzinach metabolomiki i proteomiki, do jednoczesnego pomiaru dużej liczby cząsteczek w złożonych próbkach biologicznych. cząsteczek w złożonych próbkach biologicznych. Zanieczyszczenia rutynowo występują w w tych próbkach, na przykład pochodzące z rozpuszczalników lub plastikowych naczyń. Identyfikacja tych zanieczyszczeń ma kluczowe znaczenie dla umożliwienia ich usunięcia przed analizą danych, w szczególności w celu utrzymania ważności wniosków wyciągniętych z jedno- i wielowymiarowych analiz statystycznych. jedno- i wielowymiarowych analiz statystycznych. Chociaż podjęto wysiłki w celu w widmach masowych, informacje te są fragmentaryczne, a ich dostępność jest stosunkowo ograniczona. dostępność jest stosunkowo ograniczona. W odpowiedzi na potrzeby społeczności bioanalitycznej, w tym miejscu informujemy o stworzeniu obszernej, ręcznie ręcznie dobrze opisanej bazy danych obecnie znanych zanieczyszczeń małych cząsteczek. DOSTĘPNOŚĆ: Baza danych zanieczyszczeń spektrometrii mas (MaConDa) jest swobodnie dostępna za pośrednictwem wszystkich popularnych przeglądarek lub za pomocą serwisu internetowego MaConDa http://www.maconda.bham.ac.uk. --- Niedopasowane masy są często obserwowane w eksperymentalnych widmach mas peptydów podczas przeszukiwania bazy danych za pomocą programu ProFound. Porównanie między teoretycznymi i eksperymentalnymi widmami mas standardowych białek pokazuje że zanieczyszczenie odpowiada za większość niedopasowanych mas. W tej analizie retrospektywnej, 100 najbardziej prawdopodobnych mas zanieczyszczających, wymienionych w kolejności ich prawdopodobieństwa. wymienionych w kolejności ich prawdopodobieństwa, zostało statystycznie odfiltrowanych z 118 różnych eksperymentalnych map odcisków palców mas peptydów (PMF). Większość zakłócających mas pochodzi z autolizy trypsyny i ludzkich keratyn. Odjęcie znanych zanieczyszczeń od surowych danych i użycie czystszych mas do może poprawić identyfikację białek za pomocą PMF. --- Hodowla komórkowa jest podstawowym narzędziem w proteomice, gdzie komórki ssaków są są hodowane in vitro przy użyciu pożywki wzrostowej często uzupełnionej 5-15% FBS. Zanieczyszczenie białkami bydlęcymi jest trudne do uniknięcia z powodu przylegania do plastikowego naczynia i hodowanych komórek. Wygenerowaliśmy peptydy z surowicy bydlęcej przy użyciu czterech metod przygotowania próbek i przeanalizowaliśmy peptydy za pomocą LC-MS/MS o wysokiej dokładności masowej. Rozróżnienie między peptydami bydlęcymi i ludzkimi jest trudne ze względu na znaczne nakładanie się identycznych sekwencji peptydów tryptycznych. sekwencji peptydów tryptycznych. Pułapki w interpretacji, różne strategie przeszukiwania baz danych w celu zminimalizować błędne identyfikacje i rozszerzoną bazę danych zanieczyszczeń. przedstawiono. --- Immunoprecypitacja (IP) i koimmunoprecypitacja (co-IP) są kluczowymi technikami do badania interakcji białko-białko. Metody te wykorzystują unieruchomione białko A lub białko G do izolacji antygenów docelowych związanych z przeciwciałem. Główną wadą Wadą tradycyjnych IP i co-IP jest to, że warunki stosowane do elucji do elucji wytrąconego antygenu uwalniają również przeciwciało, zanieczyszczając w ten sposób antygen i niszcząc nośnik przeciwciała. Aby przezwyciężyć te problemy opisujemy dwie metody generowania nośnika przeciwciała wielokrotnego użytku poprzez sieciowanie przeciwciało z unieruchomionym białkiem A lub białkiem G, lub poprzez bezpośrednie połączenie go do żywicy (patrz Schemat 1). Sieciowanie przeciwciał można wykonać w ciągu 1 godziny, podczas gdy łączenie przeciwciał wymaga 4 godzin. IP lub co-IP odbywa się poprzez inkubację żywicy przeciwciała z próbką białka. żywicy z próbką białka. Płukania i elucje są przeprowadzane w kolumnie kolumnie wirówkowej, aby zmniejszyć straty żywicy i skrócić czas testu. Białka docelowe są eluowane 0,1 M glicyną (pH 2,8), a związane z żywicą przeciwciało jest ponownie wyrównane w soli fizjologicznej buforowanej fosforanami (PBS) do ponownego użycia. Nasze badania wykazały, że skuteczność immobilizacji dla metody sprzęgania przeciwciał była podobna dla kilku gatunków przeciwciał. Ponadto zilustrowaliśmy, że stosowanie obu metod unieruchamiania przeciwciał daje wyniki IP i co-IP podobne do tradycyjnych protokołów, ale eliminuje do tradycyjnych protokołów, ale eliminuje zanieczyszczenie ciężkimi i lekkimi łańcuchami przeciwciał. zanieczyszczenia.
Powszechnym problemem w proteomice jest zanieczyszczenie próbek egzogennymi białkami (często pochodzącymi od innych gatunków). Białka te można znaleźć w określonych bazach danych. Wymień niektóre zanieczyszczenia.
Niektóre typowe zanieczyszczenia w proteomice to proteazy (używane do trawienia białek), keratyny (zwykle ze skóry), białka pochodzące z surowicy pożywki hodowlanej i przeciwciała, jeśli są używane w eksperymencie.