TMPDB to baza danych eksperymentalnie scharakteryzowanych topologii transbłonowych (TM) topologie. Wersja 6.2 TMPDB zawiera łącznie 302 sekwencje białek TM, w tym z czego 276 to sekwencje alfa-helikalne, 17 beta-nitkowe i 9 alfa-helikalnych sekwencje z krótkimi helisami tworzącymi pory zakopane w błonie. Topologie TM w TMPDB zostały określone eksperymentalnie za pomocą krystalografii rentgenowskiej za pomocą krystalografii rentgenowskiej, NMR, techniki fuzji genów, metody dostępności podstawionej cysteiny cysteiny, eksperyment glikozylacji N-linków i inne metody biochemiczne. TMPDB byłby przydatny jako testowy i/lub treningowy zbiór danych w ulepszaniu proponowanych metod przewidywania topologii TM lub opracowania nowych metod o wyższej wydajności, oraz jako przewodnik zarówno dla bioinformatyków, jak i biologów, aby lepiej zrozumieć białka TM. TMPDB i jego podzbiory są swobodnie dostępne na następującej stronie internetowej następującej stronie internetowej: http://bioinfo.si.hirosaki-u.ac.jp/~TMPDB/. --- ExTopoDB to publicznie dostępna baza danych topologicznych modeli białek transmembranowych. modeli topologicznych białek transmembranowych. Zawiera ona informacje zebrane z badań w literaturze, które opisują zastosowanie metod biochemicznych do określania topologii α-helikalnych białek transbłonowych. Topologia białek Topologia białek transbłonowych jest bardzo ważna dla zrozumienia ich funkcji i ExTopoDB zapewnia aktualny, kompletny i kompleksowy zestaw danych dotyczących eksperymentalnie określonych topologii α-helikalnych białek transbłonowych. Informacje topologiczne są połączone z przewidywaniem topologii transbłonowej co skutkuje bardziej wiarygodnymi modelami topologicznymi. DOSTĘPNOŚĆ: http://bioinformatics.biol.uoa.gr/ExTopoDB.
Jakie bazy danych istnieją dla eksperymentalnie określonych topologii α-helikalnych białek transmembranowych?
ExTopoDB i TMPDB.