Aby utrzymać funkcję i stabilność genomu, sekwencja DNA i jej organizacja w chromatynie w chromatynie muszą być powielane podczas podziału komórki. Zrozumienie, w jaki sposób kopiowane są całe chromosomy są kopiowane pozostaje głównym wyzwaniem. Tutaj używamy wychwytywania powstającej chromatyny (NCC) do profilowania dynamiki proteomu chromatyny podczas replikacji w ludzkich komórkach. komórkach ludzkich. NCC opiera się na znakowaniu biotyną-dUTP replikującego się DNA, oczyszczaniu powinowactwa i proteomice ilościowej. oczyszczanie i proteomikę ilościową. Porównanie powstającej chromatyny z dojrzałą chromatyną postreplikacyjną, zapewniamy dynamikę asocjacji dla 3,995 białek. białek. Maszyneria replikacyjna i 485 czynników chromatynowych, takich jak CAF-1, DNMT1 i SUV39h1 są wzbogacone w powstającą chromatynę, podczas gdy 170 czynników w tym histon H1, DNMT3, MBD1-3 i PRC1 wykazują opóźnioną asocjację. To koreluje z usuwaniem H4K5K12diAc i akumulacją H3K9me1, podczas gdy H3K27me3 i H3K9me3 pozostają niezmienione. Wreszcie, łączymy wzbogacenie NCC z eksperymentalnie wyprowadzonymi prawdopodobieństwami chromatyny, aby przewidzieć funkcję w powstającej chromatynie chromatynie dla 93 niescharakteryzowanych białek i identyfikujemy FAM111A jako czynnik replikacji czynnik wymagany do ładowania PCNA. Razem zapewnia to obszerne zasoby do zrozumienia utrzymania genomu i epigenomu.
Czym jest ukierunkowane wychwytywanie chromatyny (T2C)?
Targeted Chromatin Capture (T2C) jest wydajnym, łatwym i niedrogim narzędziem o wysokiej rozdzielczości (fragment restrykcyjny) do badania zarówno kompartmentalizacji genomu, jak i sieci interakcji chromatyny dla określonych regionów genomowych w wysokiej rozdzielczości, zarówno w badaniach klinicznych, jak i nieklinicznych.