Wiele osób z mnogimi lub dużymi gruczolakami jelita grubego lub wczesnym początkiem raka jelita grubego (CRC) nie ma wykrywalnych mutacji germinalnych w znanych genach predyspozycji do raka. genach predyspozycji do raka. Wykorzystując sekwencjonowanie całego genomu, uzupełnione o analizę powiązań i asocjacji, zidentyfikowaliśmy specyficzne heterozygotyczne warianty POLE lub POLD1 w kilku przypadkach gruczolaka wielopostaciowego i/lub raka jelita grubego, ale nie w żadnej grupie kontrolnej. kontroli. Warianty związane z podatnością, POLE p.Leu424Val i POLD1 p.Ser478Asn, mają wysoką penetrację, a mutacja POLD1 była również związana z predyspozycją do raka endometrium. z predyspozycją do raka endometrium. Mutacje mapują się do równoważnych miejsc w domenie korekty (egzonukleazy) polimeraz DNA ɛ i δ i są Przewiduje się, że powodują defekt w korekcji błędnie sparowanych zasad wstawionych podczas replikacji DNA. replikacji DNA. Zgodnie z tym przewidywaniem, guzy od nosicieli mutacji były stabilne mikrosatelitarnie, ale miały tendencję do nabywania mutacji podstawienia zasad mutacje, co zostało potwierdzone w testach funkcjonalnych drożdży. Dalsza analiza opublikowanych danych wykazała, że niedawno opisana grupa hipermutantów, stabilnych mikrosatelitarnie CRC jest prawdopodobnie spowodowana mutacjami somatycznymi POLE wpływającymi na domenę egzonukleazy. --- Opisujemy podejście do ukierunkowanego sekwencjonowania genomu, zwane oligonukleotydowo-selektywne sekwencjonowanie (OS-Seq), w którym modyfikujemy unieruchomiony trawnik starterów oligonukleotydowych sekwenatora DNA nowej generacji aby działał zarówno jako substrat do wychwytywania, jak i sekwencjonowania. Stosujemy OS-Seq do sekwencjonowania eksonów 10 lub 344 genów nowotworowych z próbek ludzkiego DNA. W naszej ocenie wydajności przechwytywania, >87% przechwyconej sekwencji pochodziło z zamierzonego regionu docelowego z pokryciem sekwencjonowania mieszczącym się w zakresie dziesięciokrotnym zakresie dla większości wszystkich celów. Warianty pojedynczych nukleotydów (SNV) wywołane z danych OS-Seq zgadzały się z >95% wariantów uzyskanych z sekwencjonowania całego genomu tego samego osobnika. sekwencjonowania tego samego osobnika. Zademonstrowaliśmy również odkrycie mutacji z próbki guza raka jelita grubego dopasowanej do normalnej tkanki. Ogólnie rzecz biorąc, pokazujemy solidną wydajność i użyteczność OS-Seq do analizy resekwencjonowania ludzkich genomów germinalnych i nowotworowych. ludzkich genomów zarodkowych i nowotworowych. --- Wstęp: Pacjent z 10 lub więcej gruczolakami jelita grubego stanowi wyzwanie diagnostyczne. wyzwanie diagnostyczne. Oprócz mutacji germinalnych w genach APC i MUTYH opisano tylko cztery przypadki mozaikowych mutacji APC. mozaikowych mutacji APC. CEL: Biorąc pod uwagę stosunkowo wysoką częstość mutacji APC de novo w rodzinnej polipowatości gruczolakowatej (ang. rodzinnej polipowatości gruczolakowatej (FAP), przeprowadzono badanie dotyczące tego, czy odsetek somatycznych mozaikowych mutacji APC jest obecnie niedoszacowany. METODY: Pomiędzy 1 stycznia 1994 r. a 31 grudnia 2005 r. przeprowadzono analizę mutacji germinalnych przeprowadzono u 599 kolejnych pacjentów z polipowatością coli skierowanych na diagnostyczne skanowanie APC przy użyciu kombinacji denaturującego żelu gradientowego elektroforezy w gradiencie denaturującym (DGGE) i testu skrócenia białka (PTT). Warianty były analizowane przez bezpośrednie sekwencjonowanie ze starterami flankującymi te używane do DGGE i PTT oraz ilościowo przy użyciu pirosekwencjonowania. WYNIKI: Analiza wyników genetyki molekularnej i danych rodzinnych 242 pacjentów z indeksem pacjentów z patogennymi mutacjami APC doprowadziła do identyfikacji 10 przypadków mozaiki (4%). przypadków mozaikowych (4%). Przejścia C>T zaobserwowano w miejscach CGA w czterech z 10 przypadków z mozaikowatością somatyczną, czyli znacznie więcej niż w 26 z 232 przypadków przypadków bez mozaiki (p = 0,02). Fenotypy pacjentów z mozaicyzmem somatycznym mozaikowatością somatyczną wahały się od złagodzonej postaci polipowatości jelita grubego do rozległej polipowatości z poważnymi objawami pozakomórkowymi. WNIOSKI: Mozaikowatość występuje w znacznej liczbie mutacji APC i szacuje się, że szacuje się, że jedna piąta przypadków FAP de novo jest mozaikowa. Klinicznie, nasilenie nasilenie objawów u potomstwa i ryzyko nawrotu u rodzeństwa pozornie sporadycznej polipowatości. u rodzeństwa pacjentów z pozornie sporadyczną polipowatością mogą być niedoszacowane z powodu mozaikowatości APC u rodziców. mozaikowatość. --- CEL: Rodzinna polipowatość gruczolakowata jest fenotypowo heterogenną chorobą predysponującą do raka jelita grubego. chorobą predysponującą do raka jelita grubego. Jest ona dziedziczona dominująco, gdy związana z genem APC i dziedziczona recesywnie, gdy jest związana z genem genem MUTYH. Poszukiwaliśmy zmian w linii zarodkowej APC i MUTYH u włoskich i greckich pacjentów z atenuowaną polipowatością, wariantem fenotypowym, którego przyczyna genetyczna w wielu przypadkach pozostaje nieznana. którego przyczyna genetyczna w wielu przypadkach pozostaje nieznana. METODY: Przebadaliśmy 26 niespokrewnionych pacjentów (i 16 krewnych) z wieloma gruczolakami jelita grubego (3-100, na podstawie analizy endoskopowej), u których badanie przesiewowe APC ujemne pod względem mutacji za pomocą testu skrócenia białka. Szukaliśmy rearanżacji APC przez multipleksową amplifikację sondy zależną od ligacji i mutacji MUTYH przez sekwencjonowanie. sekwencjonowanie. Przeprowadziliśmy badanie przesiewowe pięciu powtarzających się patogennych mutacji MUTYH w 501 włoskich i 144 greckich grupach kontrolnych. WYNIKI: Jeden pacjent okazał się nosicielem delecji całego genu APC; 4 z 25 (16%) pacjentów pacjentów wykazało bialleliczne i 3 z 25 (12%) monoalleliczne mutacje MUTYH. U heterozygotycznych nie znaleziono wariantów patogenetycznych w OGG1, MTH1, APE1, MSH2 i MSH6. Ocena częstości występowania mutacji MUTYH u zdrowych osób wykazała, że tylko Y165C i G382D osiągają częstotliwość subpolimorficzną. WNIOSEK: Pacjenci z atenuowaną polipowatością bez "konwencjonalnych" mutacji APC są genetycznie heterogenni, a fenotyp nie jest bezpośrednio związany z defektem linii defektem linii zarodkowej. Dlatego odpowiednie postępowanie z rodzinami wymaga dokładnych badań genetycznych i klinicznych. --- CEL: Istnieje znaczna zmienność genetyczna linii zarodkowej w genach szlaku angiogenezy geny szlaku angiogenezy, powodując w ten sposób międzyosobnicze różnice w zdolności angiogenezy i oporności na terapię antyangiogenną. Zbadaliśmy polimorfizmy polimorfizmy w genach zaangażowanych w angiogenezę zależną i niezależną od VEGF w celu przewidywania wyników klinicznych i odpowiedzi guza u pacjentów z przerzutowym rakiem jelita grubego raka jelita grubego (mCRC) leczonych bewacyzumabem i chemioterapią opartą na oksaliplatynie chemioterapią. PROJEKT EKSPERYMENTALNY: Łącznie 132 pacjentów leczonych bewacyzumabem pierwszego rzutu i FOLFOX lub XELOX zostało włączonych do tego badania. Genomowe DNA zostało wyizolowane z próbek pełnej krwi metodą PCR-RFLP lub bezpośredniego sekwencjonowania DNA. Punktami końcowymi były przeżycie wolne od progresji (PFS), przeżycie całkowite (OS) i odsetek odpowiedzi (RR). (RR). WYNIKI: Podrzędne allele EGF rs444903 A>G i IGF-1 rs6220 A>G były związane ze zwiększonym OS i pozostały istotne w wieloczynnikowej analizie regresji Coxa (HR: 0,52; 95% CI: 0,31-0,87; skorygowane P = 0,012 i HR: 0,60; 95% CI: 0,36-0,99; skorygowane P = 0,046, odpowiednio). Mniejszy allel HIF1α rs11549465 C>T był istotnie związany ze zwiększonym PFS, ale utracił znaczenie w analizie wieloczynnikowej. CXCR1 rs2234671 G>C, CXCR2 rs2230054 T>C, EGFR rs2227983 G>A i VEGFR-2 rs2305948 C>T przewidywały odpowiedź guza, z CXCR1 rs2234671 G>C pozostającym istotnym w testach wielokrotnych (P(act) = 0.003). WNIOSEK: W tym badaniu zidentyfikowaliśmy wspólne warianty linii zarodkowej w geny angiogenezy zależne i niezależne od VEGF przewidujące wyniki kliniczne i odpowiedź guza u pacjentów z mCRC otrzymujących chemioterapię pierwszego rzutu opartą na bevacizumabie i chemioterapię opartą na oksaliplatynie. --- Aby odkryć patogenne głębokie warianty intronowe u pacjentów z polipowatością gruczolakowatą jelita grubego polipowatością gruczolakowatą jelita grubego, u których w rutynowej diagnostyce nie zidentyfikowano mutacji germinalnych w genach APC lub MUTYH można zidentyfikować za pomocą rutynowej diagnostyki, przeprowadziliśmy systematyczną analizę APC w 125 niespokrewnionych przypadkach ujemnych pod względem mutacji. Ogólnie rzecz biorąc zidentyfikowaliśmy nieprawidłowe transkrypty u 8% pacjentów (przypadki rodzinne 30%; wczesna manifestacja 21%). U ośmiu z nich znaleziono dwa różne pseudoeksony out-of-frame składające się z insercji 167-bp z intronu 4 w pięciu rodzinach ze wspólnym haplotypem założycielskim. rodzin ze wspólnym haplotypem założycielskim i insercji 83-bp z intronu 10 u trzech pacjentów. trzech pacjentów. Tworzenie pseudoeksonów było spowodowane przez trzy różne heterozygotycznych mutacji germinalnych, które mają aktywować kryptyczne miejsca splicingu. miejsca. Podsumowując, kilka głębokich mutacji intronowych znacząco przyczynia się do spektrum mutacji APC. spektrum mutacji APC. Uzupełniająca analiza DNA i/lub docelowe sekwencjonowanie regionów intronowych należy rozważyć jako dodatkowe podejście do wykrywania mutacji u pacjentów z polipowatością. mutacji u pacjentów z polipowatością. --- CEL: Najnowsze dowody sugerują, że nowotworowe komórki macierzyste (CSC) są odpowiedzialne za kluczowe elementy za kluczowe elementy progresji i nawrotów raka jelita grubego. Warianty linii zarodkowej w genach CSC mogą skutkować zmienioną funkcją i/lub aktywnością genów, tym samym powodując międzyosobnicze różnice w zdolności pacjenta do nawrotu guza i chemiooporności. chemiooporności. Zbadaliśmy polimorfizmy linii zarodkowej w kompleksowym panelu genów CSC, aby przewidzieć czas do nawrotu nowotworu (TTR) u pacjentów z rakiem jelita grubego w stadium III i rakiem jelita grubego wysokiego ryzyka w stadium II. PROJEKT EKSPERYMENTALNY: Łącznie 234 pacjentów leczonych chemioterapią opartą na 5-fluorouracylu na University Southern opartą na 5-fluorouracylu na Uniwersytecie Południowej Kalifornii. University of Southern California. Próbki krwi pełnej analizowano pod kątem polimorfizmów linii zarodkowej w genach które zostały wcześniej powiązane z CSC okrężnicy (CD44, Prominin-1, DPP4, EpCAM, ALCAM, Msi-1, ITGB1, CD24, LGR5 i ALDH1A1) metodą PCR-RFLP lub bezpośredniego sekwencjonowania DNA. sekwencjonowanie DNA. WYNIKI: Podrzędne allele CD44 rs8193 C>T, ALCAM rs1157 G>A i LGR5 rs17109924 T>C były istotnie związane ze zwiększonym TTR (9,4 vs. 5,4 lat; HR, 0,51; 95% CI: 0,35-0,93; P = 0,022; 11,3 vs. 5,7 lat; HR, 0,56; 95% CI: 0,33-0,94; P = 0,022. CI: 0,33-0,94; P = 0,024, oraz 10,7 vs. 5,7 lat; HR, 0,33; 95% CI: 0,12-0,90; P = 0,023, odpowiednio) i pozostały istotne w analizie wieloczynnikowej stratyfikowanej według pochodzenia etnicznego. W rekurencyjnym podziale, specyficzny profil wariantu genu obejmujący LGR5 rs17109924, CD44 rs8193 i ALDH1A1 rs1342024 reprezentował podgrupę wysokiego ryzyka z medianą TTR wynoszącą 1,7 roku (HR, 6,71, 95% CI: 2,71-16,63, P < 0,001). WNIOSEK: Jest to pierwsze badanie identyfikujące powszechne warianty germinalne w genach w genach CSC jelita grubego jako niezależne markery prognostyczne dla pacjentów z rakiem jelita grubego w stadium III i pacjentów z rakiem jelita grubego w stadium II.
Czy warianty germinalne są powiązane z rakiem jelita grubego?
Tak. Sekwencjonowanie całego genomu (WGS) zastosowane w badaniach medycznych ujawniło, w jaki sposób warianty i mutacje linii zarodkowej mogą być związane z rakiem jelita grubego. Jest prawdopodobne, że ten poziom wiedzy można przełożyć na przewidywanie predyspozycji.