Czym jest TFBSshape?
Aby wykorzystać informacje o kształcie DNA podczas analizy specyficzności wiązania DNA TF, opracowano bazę danych TFBSshape do obliczania cech strukturalnych DNA z sekwencji nukleotydów dostarczonych przez bazy danych motywów. Baza danych TFBSshape może być używana do generowania map cieplnych i danych ilościowych dla cech strukturalnych DNA (tj. mniejszej szerokości rowka, rolki, skręcenia śmigła i skręcenia helisy) dla 739 zestawów danych TF z 23 różnych gatunków pochodzących z baz danych motywów JASPAR i UniPROBE. Jak wykazano dla podstawowych rodzin TF helisa-pętla-helisa i homeodomen, baza danych TFBSshape może być wykorzystywana do jakościowego i ilościowego porównywania specyficzności wiązania DNA blisko spokrewnionych TF, a tym samym do odkrywania różnych specyficzności wiązania DNA, które nie są widoczne na podstawie samej sekwencji nukleotydów.