Częstość występowania zaburzeń metabolicznych (MD), zwłaszcza cukrzycy, gwałtownie wzrasta na całym świecie, prowadząc do rosnącego ryzyka chorób sercowo-naczyniowych i innych. na całym świecie, prowadząc do rosnącego ryzyka powikłań sercowo-naczyniowych i innych społecznie istotnych powikłań. Aby przyspieszyć odkrywanie biomarkerów MD, zaawansowana proteomika proteomika może zharmonizować metabolomikę. Rzeczywiście, szybki rozwój spektrometrii spektrometrii mas (MS) wyznaczył proteomikę jako wyłaniającą się platformę do badania proteomu osocza/surowicy w celu odkrycia biomarkerów nowej generacji biomarkerów, które można wykorzystać do oceny ryzyka, wczesnego wykrywania i prognozowania MD. Wstępna analityczna obróbka osocza/surowicy, taka jak kombinatoryczne biblioteki ligandów peptydowych biblioteki peptydów z chromatografią nano-cieczową połączoną z tandemowym MS lub wybranym monitorowanie reakcji sprzężone z instrumentami potrójnego kwadrupolu czasu przelotu są sprawdzone kliniczne techniki laboratoryjne do analiz ilościowych. Nowe strategie, takie jak SWATH™ MS, która pozwala nam systematycznie charakteryzować i określać ilościowo w złożonych próbkach biologicznych, mogą znacznie ulepszyć biomarkery MD nowej generacji, zwłaszcza biorąc pod uwagę biorąc pod uwagę mnogość kandydatów pochodzących z "bioreaktora" mikrobioty jelitowej wpływającej na początek i progresję MD. --- Publiczne zbiory danych proteomicznych Candida albicans, choć stale rosnące w ciągu ostatnich kilka lat, nadal mają bardzo ograniczoną obecność w repozytoriach online. Przedstawiamy tutaj utworzenie Atlasu Peptydowego C. albicans zawierającego prawie 22 000 odrębnych peptydów przy współczynniku fałszywych odkryć (FDR) wynoszącym 0,24%, które odpowiadają za ponad 2500 białek kanonicznych przy 1,2% FDR. Na podstawie danych z 16 eksperymentów osiągnęliśmy pokrycie 41% sekwencji otwartej ramki odczytu (ORF) C. albicans w bazie danych w bazie danych używanej do wyszukiwania. PeptideAtlas zapewnia kilka przydatnych funkcji, w tym funkcji, w tym kompleksowe wyszukiwanie białek i peptydów i narzędzia do wizualizacji, które stanowią solidną podstawę do badania podstawowych mechanizmów biologicznych kluczowych dla wirulencji i patogenezy, takich jak dimorfizm, adherencja i apoptoza. Co więcej, jest to cenne źródło wyboru kandydujących peptydów proteotypowych do ukierunkowanych eksperymentów proteomicznych poprzez monitorowanie wybranych reakcji (SRM) lub SWATH-MS. ZNACZENIE BIOLOGICZNE: Atlas peptydów C. albicans rozwiązuje problem wcześniejszej brak patogenów grzybiczych w projekcie PeptideAtlas. Reprezentuje najbardziej obszerną charakterystykę proteomu tego grzyba, która istnieje do dnia w tym dowody na istnienie niescharakteryzowanych ORF. Poprzez swój internetowy interfejs interfejs, PeptideAtlas wspiera badanie interesujących białek związanych z z podstawowymi mechanizmami biologicznymi kluczowymi dla wirulencji, takimi jak apoptoza, dimorfizm i adhezja. adherencja. Stanowi również cenne źródło do wyboru kandydujących peptydów proteotypowych peptydów do przyszłych (SRM) ukierunkowanych eksperymentów proteomicznych. Ten artykuł jest częścią wydania specjalnego zatytułowanego: Trendy w proteomice drobnoustrojów.
Jakie jest główne zastosowanie SWATH-MS w proteomice?
Za pomocą metody zwanej SWATH-MS można badać zestawy próbek pod kątem obecności i ilości zasadniczo dowolnego białka będącego przedmiotem zainteresowania.