Wpływ inhibitorów deacetylazy histonów (HDACi) trichostatyny A (TSA) i maślanu sodu (NaBt) badano na ludzkich liniach komórkowych A549, HT29 i FHC. Globalna hiperacetylacja histonów, prowadząca do dekondensacji chromatyny interfazowej chromatyny, charakteryzowała się wzrostem dimetylacji H3(K9) i H3(K4) i acetylacji H3(K9). Poziomy wszystkich izoform białka heterochromatyny, HP1, zostały zredukowane po inhibicji HDAC. Obserwowanym zmianom w poziomach białek towarzyszyły zmiany w ich wzorcach międzyfazowych. W komórkach kontrolnych w komórkach kontrolnych, acetylacja H3(K9) i dimetylacja H3(K4) były znacznie zredukowane do cienka warstwa na obrzeżach jądra, podczas gdy TSA i NaBt powodowały regiony peryferyjne stały się intensywnie acetylowane w H3 (K9) i dimetylowane w H3(K4). Rozproszony wzór dimetylacji H3(K9) był stabilny nawet na jądrowych peryferiach komórek traktowanych HDACi. Po leczeniu TSA i NaBt, białka HP1 były repozycjonowane bardziej wewnętrznie w jądrze, będąc ściśle związane z przedziałami interchromatyny, podczas gdy centromeryczna heterochromatyna została przeniesiona bliżej peryferii jądra. Odkrycia te zdecydowanie sugerują dysocjację białek HP1 z peryferyjnie zlokalizowanych centromerów w hiperacetylowanym i dimetylowanym środowisku H3(K4). Wnioskujemy, że hamowanie deacetylaz histonowych spowodowało dynamiczną reorganizację chromatyny równolegle ze zmianami jej epigenetycznych modyfikacji ze zmianami w jej modyfikacjach epigenetycznych. --- Elementy Ty3/gypsy reprezentują jedną z najliczniejszych i najbardziej zróżnicowanych grup LTR-retrotranspozonów (LTRr). grupy LTR-retrotranspozonów (LTRr) w genomie Anopheles gambiae, ale ich dynamika ewolucyjna nie została szczegółowo zbadana. dynamika ewolucyjna nie została szczegółowo zbadana. Tutaj przeprowadzamy analizę in silico dystrybucję i obfitość pełnego zestawu 1045 kopii w zaktualizowanym AgamP3 kopii w zaktualizowanym zestawie AgamP3. Chromosomalna dystrybucja elementów Ty3/gypsy jest odwrotnie proporcjonalna do długości ramienia, przy czym gęstości są największe na X i większa na krótkich i długich ramionach obu autosomów. Biorąc pod uwagę biorąc pod uwagę różne heterochromatyczne i euchromatyczne przedziały genomu genomu, nasze dane sugerują, że względna obfitość Ty3/gypsy LTRrs wzdłuż każdego ramienia chromosomu jest określona głównie przez różne proporcje heterochromatyny, w szczególności heterochromatyny pericentrycznej, w stosunku do całkowitej długości ramienia długości ramienia. Dodatkowo, regiony punktu przerwania inwersji chromosomalnej 2La wydają się być rajem dla LTRrs. Elementy te są niedoreprezentowane ponad 7-krotnie w euchromatynie, gdzie 33% kopii Ty3/gypsy jest związanych z genami. genami. Euchromatyna na chromosomie 3R wykazuje szybszą rotację elementów Ty3/gypsy. elementów Ty3/gypsy, charakteryzującą się deficytem sekwencji prowirusowych i najniższą średnią rozbieżnością sekwencji dowolnego regionu autosomalnego analizowanego w tym badaniu. badania. Prawdopodobnie odzwierciedla to główną rolę selekcji oczyszczającej przeciwko dla zachowania dłuższych konserwowanych bloków syntenyc o znaczeniu adaptacyjnym zlokalizowanych w 3R. znaczenie adaptacyjne zlokalizowane w 3R. Chociaż niektóre Ty3/gypsy LTRrs wykazują dowody niedawnej aktywności aktywności, ważna frakcja to nieaktywne pozostałości stosunkowo starych insercji najwyraźniej podlegających dryfowi genetycznemu. Zgodnie z tymi przewidywaniami obliczeniowymi, analiza wskaźnika zajętości rzekomo starszych insercji w naturalnych populacjach sugeruje, że zdegenerowane kopie zostały zdegenerowane kopie zostały utrwalone w całym zakresie gatunkowym tego komara, a także są współdzielone z Anopheles arabiensis.
W których przedziałach jądrowych znajduje się heterochromatyna?
Przedział ten lokalizuje się w trzech głównych regionach: heterochromatynie peryferyjnej, heterochromatynie perinukleolarnej i heterochromatynie pericentromerycznej. Wyciszenie wydaje się być związane z trimetylacją lizyny 9 histonu H3 (H3K9me3), metylacją DNA i lokalizacją wyciszonego genu w specyficznym przedziale jądrowym wzbogaconym w te modyfikacje