Techniki genomiki porównawczej są wykorzystywane w analizach bioinformatycznych do identyfikacji strukturalnych i funkcjonalnych właściwości sekwencji DNA. Wraz ze wzrostem ilości dostępnych danych sekwencyjnych stale rośnie, zdolność do wykonywania analiz porównawczych na dużą skalę analiz porównawczych na dużą skalę staje się coraz bardziej istotna. Ponadto, rosnąca złożoność adnotacji cech genomowych oznacza, że należy zbadać nowe podejścia do wizualizacji genomów. wizualizacji genomu. Opracowaliśmy aplikację opartą na Javie o nazwie Sockeye, która wykorzystuje trójwymiarową (3D) technologię graficzną do ułatwienia wizualizacji adnotacji i ochrony wielu sekwencji. sekwencji. Oprogramowanie to wykorzystuje projekt bazy danych Ensembl do importowania sekwencji i adnotacji z kilku gatunków eukariotycznych. Użytkownik może dodatkowo importować własne sekwencje i dane adnotacji. Poszczególne obiekty adnotacji są wyświetlane w Sockeye przy użyciu niestandardowych modeli 3D. Pochodzące z Ensembl i zaimportowane sekwencje mogą być analizowane przy użyciu zestawu algorytmów algorytmów dopasowania wielokrotnego i parami. Wyniki tych analiz porównawczych są również wyświetlane w środowisku 3D Sockeye. Korzystając z interfejsu Java3D API do wizualizacji danych genomowych w środowisku 3D, jesteśmy w stanie kompaktowo wyświetlać porównania między sekwencjami. Zapewnia to użytkownikowi nowatorską platformę do wizualizacji i porównywania organizacji cech genomowych. --- Techniki o wysokiej przepustowości znacznie zwiększyły potencjał genomiki porównawczej, stawiając jednocześnie wiele nowych wyzwań. Jednym z z tych wyzwań wiąże się z efektywnym wydobywaniem dużej ilości wyprodukowanych danych i badanie krajobrazu zarówno konserwatywnych, jak i idiosynkratycznych regionów genomicznych w wielu genomach. Domeny zastosowania tych analiz są zróżnicowane: identyfikacja zdarzeń ewolucyjnych, wnioskowanie o funkcjach genów, wykrywanie wykrywanie genów specyficznych dla niszy lub profilowanie filogenetyczne. Insyght to narzędzie do wizualizacji genomu porównawczego narzędzie do wizualizacji genomu porównawczego, które łączy w sobie trzy komplementarne ekrany: (i) tabelę do dokładnego przeglądania wśród homologów, (ii) komparator ortologów funkcjonalnych adnotacji oraz (iii) widok organizacji genomu zaprojektowany w celu poprawy czytelność rearanżacji i charakterystycznych loci. Ten ostatni widok łączy symboliczne i proporcjonalne paradygmaty graficzne. Zsynchronizowana nawigacja między wieloma gatunkami i interoperacyjność między widokami są podstawowymi cechami Insyght. Insyght. Dostępny jest mechanizm filtrowania genów, który pomaga użytkownikowi zbudować biologicznie istotny zestaw genów według wielu kryteriów, takich jak obecność/nieobecność homologów i/lub różne adnotacje. Zilustrujemy użycie Insyght za pomocą scenariuszy. Obecnie obsługiwane są tylko bakterie i archeony. A publiczna jest dostępna pod adresem http://genome.jouy.inra.fr/Insyght. Narzędzie jest bezpłatnie do pobrania w celu analizy prywatnych zestawów danych.
Lista dostępnych narzędzi do wizualizacji genomu w genomice porównawczej
Insyght, Genomicus i Sockeye.