Czym jest narzędzie wzbogacania adnotacji regionów genomowych (GREAT)?
Genomic Regions Enrichment of Annotations Tool (GREAT) to narzędzie do analizy funkcjonalnego znaczenia regionów cis-regulacyjnych zidentyfikowanych przez lokalne pomiary zdarzeń wiązania DNA w całym genomie. Podczas gdy poprzednie metody uwzględniały tylko wiązanie proksymalne do genów, GREAT jest w stanie odpowiednio uwzględnić odległe miejsca wiązania i kontrolować fałszywe wyniki dodatnie za pomocą testu dwumianowego w wejściowych regionach genomowych. GREAT zawiera adnotacje z 20 ontologii i jest dostępny jako aplikacja internetowa. Zastosowanie GREAT do zestawów danych z immunoprecypitacji chromatyny połączonej z masowo równoległym sekwencjonowaniem (ChIP-seq) wielu czynników związanych z transkrypcją, w tym SRF, NRSF, GABP, Stat3 i p300 w różnych kontekstach rozwojowych, pozwala odzyskać wiele funkcji tych czynników, które zostały pominięte przez istniejące narzędzia oparte na genach, i wygenerować testowalne hipotezy. Użyteczność GREAT nie ogranicza się do ChIP-seq, ponieważ może być również stosowana do otwartej chromatyny, zlokalizowanych markerów epigenomicznych i podobnych zestawów danych funkcjonalnych, a także zestawów genomiki porównawczej.