Porównano domeny CH1 przeciwciał należących do następujących pięciu mysich klas mysich immunoglobulin (Ig) klas IgG1, IgG2a, IgG2b, IgG3 i IgA zostały porównane. Struktury domen CH1 IgG są, jak można się spodziewać, ogólnie podobne, ale wykazują lokalne zmiany konformacyjne. W porównaniu ze strukturami domeny IgG CH1 domena IgA CH1 wykazuje kilka znaczących różnic strukturalnych, które są konsekwencją insercji różnice strukturalne, które są konsekwencją insercji / delecji i specyficznych ograniczeń strukturalnych. W regionach różnic strukturalnych w domenach IgG CH1 przestrzenna zgodność reszt nie jest odzwierciedlona przez konwencjonalny numer sekwencji (Kabat). (Kabat) numer sekwencji. W związku z tym wyrównanie sekwencji i numeracja dla domen CH1 zostały zmienione, aby były zgodne z trójwymiarowymi wyrównaniami. --- Analiza porównawcza konformacji łańcucha głównego regionów hiperzmiennych L1, L2, L3, H1 i H2 w 17 strukturach immunoglobulin, które zostały dokładnie określone w wysokiej rozdzielczości. które zostały dokładnie określone w wysokiej rozdzielczości. Obejmuje to 79 regionów hiperzmiennych. Przeanalizowaliśmy również część regionu H3 w 12 z 15 domen 15 rozważanych tutaj domen VH. Na podstawie pozostałości w kluczowych miejscach 79 regionów hiperzmiennych można przypisać do jednej z 18 różnych struktur kanonicznych. kanonicznych. Pokazujemy, że 71 z tych hiperzmiennych regionów ma konformację która jest bardzo zbliżona do tego, co można zdefiniować jako "standardową" konformację każdej kanonicznej struktury. struktury kanonicznej. Te standardowe konformacje zostały szczegółowo opisane. Pozostałe osiem regionów hiperzmiennych ma niewielkie odchylenia od standardowych konformacji, które w sześciu przypadkach konformacji, które w sześciu przypadkach obejmują tylko rotację pojedynczej grupy peptydowej. grupy peptydowej. Większość hiperzmiennych regionów H3 ma tę samą konformację w części, która jest blisko szkieletu, a szczegóły tej konformacji są również szczegóły tej konformacji. --- IMGT/V-QUEST to wysoce spersonalizowany i zintegrowany system do standaryzowanej analizy rearanżowanych sekwencji nukleotydowych immunoglobulin (IG) i receptorów komórek T (TR). sekwencji nukleotydowych. IMGT/V-QUEST identyfikuje zmienne (V), różnorodność (D) i łączące (J) geny i allele poprzez dopasowanie do sekwencji genów i alleli IG i TR linii zarodkowej IMGT/V-QUEST. i sekwencjami alleli z katalogu referencyjnego IMGT. Nowe funkcje zostały dodane poprzez całkowite przepisanie w Javie. IMGT/V-QUEST analizuje partie sekwencji sekwencji (do 50) w jednym przebiegu. IMGT/V-QUEST opisuje mutacje V-REGION i identyfikuje pozycje hot spot w najbliższym germinalnym genie V. IMGT/V-QUEST może wykrywać insercje i delecje w przesłanych sekwencjach poprzez odniesienie do unikalnej numeracji IMGT. IMGT/V-QUEST integruje IMGT/JunctionAnalysis do szczegółowej analizy połączeń V-J i V-D-J, oraz IMGT/Automat do pełnej adnotacji V-J- i V-D-J-REGION. IMGT/V-QUEST wyświetla, w "widoku szczegółowym", wyniki i wyrównania dla każdej przesłanej sekwencji sekwencji indywidualnie, a w "widoku syntezy" wyrównania sekwencji, które w danym przebiegu wyrażają które w danym przebiegu wyrażają ten sam gen V i allel. Opcja "Zaawansowane parametry" pozwalają modyfikować domyślne parametry używane przez IMGT/V-QUEST i IMGT/JunctionAnalysis zgodnie z zainteresowaniami użytkowników. IMGT/V-QUEST jest dostępny bezpłatnie dostępny do badań akademickich na stronie http://imgt.cines.fr. --- IMGT, międzynarodowy system informacyjny ImMunoGeneTics http://imgt.cines.fr, został stworzony w 1989 roku przez Laboratoire d'ImmunoGénétique Moléculaire (LIGM) (Université Montpellier II i CNRS) w Montpellier we Francji. IMGT jest wysokiej jakości wysokiej jakości zintegrowany zasób wiedzy specjalizujący się w immunoglobulinach (IG), receptorach komórek T (TR), głównego kompleksu zgodności tkankowej (MHC) człowieka i innych kręgowców oraz powiązanych białek. kręgowców i pokrewnych białek układu odpornościowego (RPI) dowolnego gatunku które należą do nadrodziny immunoglobulin (IgSF) i do nadrodziny MHC (MhcSF). IMGT składa się z pięciu baz danych, dziesięciu narzędzi online i ponad 8 000 stron stron HTML z zasobami internetowymi. IMGT zapewnia wspólny dostęp do znormalizowanych danych z genomu, genetyki, proteomu i struktur trójwymiarowych. Dokładność i spójność danych IMGT są oparte na IMGT-ONTOLOGY, semantycznej specyfikacji terminów stosowanych w immunologii. semantycznej specyfikacji terminów stosowanych w immunogenetyce i immunoinformatyce. IMGT-ONTOLOGY obejmuje sześć głównych pojęć: IDENTYFIKACJA, KLASYFIKACJA, OPIS, NUMEROTACJA, ORIENTACJA i OBECNOŚĆ. W oparciu o te pojęcia, kontrolowane słownictwo i zasady adnotacji niezbędne do identyfikacji, klasyfikacji i identyfikacji, klasyfikacji, opisu i numeracji danych immunogenetycznych oraz do zarządzania wiedzą IMGT są zdefiniowane w Karcie Naukowej IMGT. IMGT. IMGT jest międzynarodowym punktem odniesienia w dziedzinie immunogenetyki i i immunoinformatyki dla badań medycznych (analiza repertuaru przeciwciał IG i miejsc rozpoznawania TR w chorobach autoimmunologicznych i zakaźnych, AIDS, białaczek, chłoniaków, szpiczaków), badań weterynaryjnych (repertuary IG i TR w gatunkach hodowlanych i dzikich), różnorodność genomu i badania ewolucji genomu ewolucji adaptacyjnych odpowiedzi immunologicznych, biotechnologia związana z inżynierią przeciwciał (jednołańcuchowe inżynierią przeciwciał (jednołańcuchowe zmienne fragmenty (scFv), wyświetlacze fagowe, biblioteki kombinatoryczne, chimeryczne, humanizowane i ludzkie przeciwciała), diagnostyka (wykrywanie i monitorowanie chorób resztkowych) i podejść terapeutycznych (przeszczepy, immunoterapia, wakcynologia). IMGT jest dostępny bezpłatnie pod adresem http://imgt.cines.fr. --- Na podstawie badań porównawczych znanych struktur i sekwencji przeciwciał argumentowano, że istnieje niewielki repertuar konformacji łańcucha głównego dla co najmniej pięciu z sześciu hiperzmiennych regionów przeciwciał, oraz że przyjęta konformacja że konkretna przyjęta konformacja jest określona przez kilka kluczowych konserwowanych reszt. Hipotezy te są obecnie wspierane przez rozsądnie udane przewidywania struktur większości hiperzmiennych regionów różnych przeciwciał, jak wykazało porównanie z ich później określonymi strukturami. --- TŁO: Standardowe schematy numeracji dla rodzin homologicznych białek umożliwiają na jednoznaczną identyfikację funkcjonalnie i strukturalnie istotnych reszt. i strukturalnie istotnych reszt, przekazywanie wyników dotyczących mutacji oraz systematyczną analizę zależności sekwencja-funkcja w rodzinach białek. Standardowe schematy numeracji zostały z powodzeniem wdrożone dla kilku rodzin białek, w tym laktamaz i przeciwciał, podczas gdy schemat numeracji dla rodziny strukturalnej strukturalnej rodziny dekarboksylaz zależnych od tiaminy-difosforanu (ThDP), dużej podrodziny z klasy klasy enzymów zależnych od ThDP, obejmującej pirogronian, benzoiloformian, dekarboksylazy kwasu 2-okso, indolopirogronianu i fenylopirogronianu, benzaldehydową liaza, syntazy acetohydroksykwasów i syntazy 2- sukcynylo-5-enolopirogroniano-6-hydroksy-3-cykloheksadieno-1-karboksylanowej Pomimo wysokiego podobieństwa strukturalnego między członkami zależnej od ThDP syntazy dekarboksylanowej (MenD). Pomimo wysokiego podobieństwa strukturalnego między członkami dekarboksylaz zależnych od ThDP, ich sekwencje są zróżnicowane i tworzą Pomimo wysokiego podobieństwa strukturalnego między członkami dekarboksylaz zależnych od ThDP, ich sekwencje są zróżnicowane, co utrudnia porównanie sekwencji członków rodziny białek. WYNIKI: Opracowaliśmy i zatwierdziliśmy standardowy schemat numeracji dla rodziny dekarboksylaz zależnych od ThDP. dekarboksylaz zależnych od ThDP. Profilowy ukryty model Markowa (HMM) został utworzony przy użyciu zestawu reprezentatywnych sekwencji z rodziny dekarboksylaz zależnych od ThDP. Dekarboksylaza pirogronianowa z S. cerevisiae (PDB: 2VK8) została wybrana jako referencyjna, ponieważ jest to dobrze scharakteryzowany enzym. Struktura krystaliczna o identyfikatorze PDB 2VK8 obejmuje strukturę mutanta ScPDC E477Q, kofaktory ThDP i Mg(2+), a także substrat w postaci analogu (2S)-2-h-hydroksylazy. analog kwasu (2S)-2-hydroksypropanowego. Bezwzględna numeracja tej sekwencji referencyjnej została przeniesiona na wszystkich członków rodziny białek dekarboksylazy zależnej od ThDP. rodziny białek. Następnie schemat numeracji został włączony do już ustanowionej bazy danych inżynierii enzymów zależnych od tiaminy-difosforanu (TEED) i został wykorzystany do systematycznej analizy funkcjonalnych i strukturalnych istotne pozycje w nadrodzinie dekarboksylaz zależnych od ThDP. WNIOSKI: Schemat numeracji służy jako narzędzie do wiarygodnego dopasowania sekwencji wyrównania sekwencji dekarboksylaz zależnych od ThDP oraz jednoznacznej identyfikacji i komunikacji odpowiednich pozycji. W ten sposób jest on podstawą dla systematycznej i zautomatyzowanej analizy właściwości zakodowanych w sekwencji, takich jak strukturalne i funkcjonalne znaczenie pozycji aminokwasów, ponieważ analiza konserwowanych pozycji, identyfikacja skorelowanych mutacji oraz określenie rozkładów aminokwasów specyficznych dla podrodziny zależy od wiarygodnych wielosekwencyjnych uliniowień i jednoznacznej identyfikacji kolumn uliniowienia. kolumn wyrównania. Metoda jest niezawodna i solidna i może być łatwo dostosowana do innych rodzin białek. do innych rodzin białek.
Jakie systemy zostały opracowane do numerowania reszt przeciwciał?
Najbardziej rozpowszechnionymi systemami numeracji przeciwciał są system Kabat, system Chothia oraz system numeracji IMGT.