Wcześniej wykazano, że zaburzenie RAD26 w szczepie drożdży W303-1B skutkuje szczepem, który ma niedobór naprawy sprzężonej z transkrypcją (TCR), czyli preferencyjnej naprawy transkrybowanej nici wyrażonego genu nad transkrybowaną nicią i resztą genomu. RAD26 koduje białko, które jest homologiczne do białka B zespołu Cockayne'a (CSB) i jest członkiem rodziny SWI2/SNF2. SWI2/SNF2 zależnych od DNA ATPaz zaangażowanych w przebudowę chromatyny. Podobnie jak mutant rad26, komórki od pacjentów z zespołem Cockayne'a są wadliwe w TCR. My zbadaliśmy rolę rad26 w TCR poprzez zakłócenie RAD26 w dwóch szczepach laboratoryjnych laboratoryjnych i, co niezwykłe, nie zaobserwowaliśmy żadnego wpływu na TCR. Nasze wyniki wskazują, że samo zaburzenie RAD26 jest niewystarczające do upośledzenia TCR. Zatem, W303-1B musi już posiadać mutację, która wraz z zakłóceniem RAD26, powoduje niedobór TCR. Sugerujemy, że inne geny są zmutowane w komórkach zespołu Cockayne'a które przyczyniają się do niedoboru TCR. Co zaskakujące, delecja RAD26 powoduje ekspresję genów, które są tłumione przez flankujące elementy delta transpozonu, fenotyp Spt(-). Wydaje się, że elementy delta zaburzają lokalną strukturę chromatyny. Ekspresja genów flankowanych przez elementy delta w mutantach rad26Delta jest zgodna z rolą Rad26 w chromatynie remodelingu chromatyny. --- Wyspecjalizowany szlak naprawy przez wycinanie nukleotydów, znany jako naprawa sprzężona z transkrypcją (transcription-coupled (TCR) przeciwdziała toksycznym skutkom uszkodzeń DNA w transkrypcyjnie aktywnych genach. aktywnych transkrypcyjnie genach. Skupiska aktywnych genów w bogatych w geny domenach chromosomalnych przewiduje, że miejsca TCR są nierównomiernie rozmieszczone w genomie. Aby wyjaśnić organizację genomu i chromosomalną lokalizację TCR, my wyizolowaliśmy fragmenty DNA obejmujące miejsca naprawy za pośrednictwem TCR z napromieniowanej UV-C napromieniowanych promieniami UV-C komórek xeroderma pigmentosum grupy C, które mogą naprawiać tylko transkrybowaną nić aktywnych genów. Ten DNA został użyty jako sonda molekularna do wizualizacji TCR w normalnych rozsiewach metafazowych za pomocą odwrotnej fluorescencji in situ hybrydyzacji in situ. Podczas gdy miejsca naprawy DNA w normalnych ludzkich komórkach są równomiernie równomiernie rozmieszczone w genomie, TCR jest silnie zlokalizowany w określonych domenach chromosomalnych. domenach chromosomalnych. W szczególności, skupiska miejsc TCR zostały zidentyfikowane na pasmach bogatych we wczesne replikacje genów i regionach telomerowych kilku chromosomów. Chromosomy o wysokiej gęstości genów, takie jak chromosom 19 i domeny bogate w GC kilku chromosomów (pasma T) są preferencyjnymi lokalizacjami TCR. Nasze wyniki pokazują, że wewnątrzgenomowa lokalizacja TCR przypomina nierównomierną rozkład ludzkiego transkryptomu, wysp CpG i hiperacetylowanych histonów, wzmacniając podstawowy związek między naprawą DNA, transkrypcją i organizacją jądrową w złożonym genomie. organizacją jądrową w złożonym genomie. --- 7,8-dihydro-8-oksoguanina (8-oxoG) jest najczęstszą zmianą mutagenną powodowaną przez stres oksydacyjny. przez stres oksydacyjny. Komórki eukariotyczne wykorzystują specyficzną glikozylazę DNA, OGG1, do do usuwania 8-oksoG z DNA. Łagodny fenotyp myszy bez OGG1 został przypisany istnienie alternatywnych szlaków, w tym zespołu Cockayne'a B (CSB), w celu usunięcia 8-oksoG. My badaliśmy aktywność naprawy i transkrypcji przy zmianach 8-oksoG za pomocą zrekonstruowanego systemu transkrypcji (RTS; polimeraza RNA II, TBP, TFIIA, TFIIB, TFIIE, TFIIF i TFIIH), a także w ekstraktach komórkowych i in vivo. Wszystkie mierzalna aktywność naprawcza przy zmianach 8-oksoG ma miejsce w kierunku 3'od zmiany, co wskazuje na wycięcie zasady od zmiany, wskazując na aktywność naprawy przez wycięcie zasady (BER) i znikomą rolę naprawy przez wycinanie nukleotydów (NER). Chociaż wykazano, że 8-oksoG jest preferencyjnie usuwany z transkrybowanej nici, eksperymenty in vitro z oczyszczonymi czynnikami transkrypcyjnymi z oczyszczonymi czynnikami transkrypcyjnymi nie zidentyfikowały określonego bloku dla polimerazy RNA polimerazy II w miejscu uszkodzenia. Zaobserwowano jednak słaby blok w miejscu uszkodzenia podczas transkrypcji przeprowadzonej z RTS, jak również z ekstraktami komórkowymi. RNA polimerazę RNA II zidentyfikowano w miejscu uszkodzenia na zablokowanych szablonach. Komórki typu dzikiego, a także komórki niosące ukierunkowane mutacje genów wymaganych do do usunięcia 8-oksoG, zostały transfekowane wektorem ekspresji lucyferazy zawierającym zmianę 8-oksoG. Nie zaobserwowano znaczącej niedrożności w zmianach 8-oksoG. zaobserwowano w tym podejściu in vivo. W eksperymentach kontrolnych wydłużanie transkrypcji została całkowicie zablokowana przez cisplatynę. --- Naprawa przez wycinanie nukleotydów (NER), która usuwa różne uszkodzenia helisy DNA. z DNA, jest inicjowana przez dwa różne mechanizmy wykrywania uszkodzeń DNA. Naprawa sprzężona z transkrypcją (TCR) usuwa uszkodzenia z aktywnej nici transkrybowanych genów. transkrybowanych genów i zależy od białka CSB z rodziny SWI/SNF. Globalna naprawa genomu (GGR) usuwa uszkodzenia obecne w innych miejscach genomu i zależy od rozpoznawania uszkodzeń przez kompleks XPC/RAD23/Centrin2. Obecnie nie jest dobrze w jakim stopniu obie ścieżki przyczyniają się do utrzymania genomu i przetrwania komórek w rozwijającym się organizmie. w rozwijającym się organizmie wystawionym na działanie światła UV. Tutaj pokazujemy, że eukariotyczny NER, zainicjowany przez dwa odrębne podszlaki, jest dobrze zachowany u nicienia nicieni Caenorhabditis elegans. U C. elegans, zaangażowanie TCR i GGR w odpowiedź odpowiedzi na uszkodzenia DNA wywołane promieniowaniem UV zmienia się podczas rozwoju. W komórkach zarodkowych i wczesnych zarodkach stwierdzamy, że GGR jest głównym szlakiem przyczyniającym się do normalnego rozwoju i przeżycia po napromieniowaniu UV, podczas gdy w późniejszych stadiach rozwojowych w późniejszych etapach rozwoju zaangażowany jest głównie TCR. Ponadto zidentyfikowaliśmy cztery ISWI/Cohesin i cztery czynniki remodelujące chromatynę z rodziny SWI/SNF, które są zaangażowane w UV w sposób zależny od etapu rozwoju. Te badania in vivo badania silnie sugerują, że zaangażowanie różnych szlaków naprawy i białek remodelujących chromatynę w indukowanej promieniowaniem UV naprawie DNA zależy od stadium rozwojowego komórek. stadium rozwojowego komórek. --- Zbadaliśmy rolę drożdżowego czynnika inicjacji transkrypcji IIE (TFIIE) w eukariotycznej naprawie sprzężonej z transkrypcją (ang. eukariotycznej naprawie sprzężonej z transkrypcją (TCR), preferencyjnym usuwaniu uszkodzeń DNA uszkodzeń DNA z transkrybowanych nici genów nad sekwencjami nietranskrybowanymi. TFIIE może rekrutować czynnik inicjacji/naprawy transkrypcji TFIIH do polimerazy RNA polimerazy II (RNA pol II) w celu ułatwienia usuwania promotora. Po ekspozycji na promieniowanie UV, kompleks elongacyjny RNA pol II jest blokowany w miejscach uszkodzeń DNA wywołanych promieniowaniem UV i może być rozpoznawany przez białka naprawcze białka naprawcze, umożliwiając w ten sposób TCR. Gen TFA1 koduje dużą podjednostkę TFIIE. TFIIE. Określiliśmy, w jaki sposób mutacje warunkowe TFA1 wpływają na naprawę DNA. W szczególności, znaleźliśmy sprawne TCR u wrażliwego na ciepło mutanta tfa1 w temperaturze w temperaturze nieprzepuszczalnej, podczas której wzrost jest zahamowany, a ogólna transkrypcja RNA pol II jest zahamowana. Wykazaliśmy, że transkrypcja genu RPB2 była zmniejszona, ale łatwo wykrywalna w wrażliwym na ciepło mutancie tfa1 w temperaturze nieprzepuszczalnej i tym samym dowodzimy, że TCR występuje w ekspresjonowanym genie pod nieobecność TFIIE in vivo. Wykazujemy, że TCR występuje nawet przy niskich poziomach transkrypcji. --- Komórka eukariotyczna napotyka ponad milion różnych rodzajów uszkodzeń DNA dziennie. Szlak naprawy przez wycinanie nukleotydów (NER) jest jednym z najważniejszych mechanizmów naprawy DNA. mechanizmów naprawczych, który usuwa szerokie spektrum różnych uszkodzeń DNA. DNA. NER działa poprzez dwie podścieżki: globalną naprawę genomu (GGR) i naprawa sprzężona z transkrypcją (TCR). GGR naprawia uszkodzenia DNA w całym w całym genomie i jest inicjowana przez kompleks HR23B/XPC, podczas gdy proces CSB TCR usuwa uszkodzenia DNA z aktywnie transkrybowanej nici. aktywnie transkrybowanej nici. Sekwencja zdarzeń i rola poszczególnych białek NER są obecnie szeroko dyskutowane. są obecnie szeroko dyskutowane. Białka NER uczestniczą również w innych procesach komórkowych, takich jak replikacja, transkrypcja, utrzymanie chromatyny i obrót białkami. obrót białkami. Defekty w NER leżą u podstaw poważnych zaburzeń genetycznych: xeroderma pigmentosum (XP), zespół Cockayne'a (CS) i trichotiodystrofia (TTD). --- Komórki macierzyste, jeden z progenitorów raka, istnieją głównie w stanie spoczynku. stanie spoczynku. Zatem zrozumienie mechanizmów naprawy DNA i mutagenezy w takich zatrzymanych komórkach zatrzymanych komórkach może pomóc w rozwikłaniu złożonego procesu nowotworzenia. Dwa główne mechanizmy nukleotydów (NER) są znane z usuwania nieporęcznych zmian fizycznych lub chemicznych z DNA. chemicznych z DNA. Naprawa sprzężona z transkrypcją (TCR) działa wyłącznie na transkrybowanej nici ekspresjonowanych genów, podczas gdy globalna naprawa genomowa (GGR) jest jest odpowiedzialna za wszechobecną naprawę genomu. Pośrednio wykazano, że wykazano, że podczas gdy TCR funkcjonuje w komórkach w stanie spoczynku, GGR nie. Aby jednoznacznie wyjaśnić to zjawisko, dostosowaliśmy ilościowy test PCR (QPCR) do badania naprawy uszkodzeń spowodowanych promieniowaniem UV przez TCR i GGR w spokojnych i proliferujących komórkach. My przedstawiamy dowody na to, że naprawa nietranskrybowanych cichych regionów genomu i naprawa nietranskrybowanej nici aktywnych genów przebiega przez dwa odrębne mechanizmów w komórkach w stanie spoczynku; zamiast przez GGR, który, jak sądzono który, jak sądzono, obejmuje oba te mechanizmy. Zatem nasze odkrycia sugerują istnienie alternatywnego szlaku NER w komórkach w stanie spoczynku. Proponowane podkategorie NER są następujące: (i) TCR, odpowiedzialny za utrzymanie transkrybowanych nici; (ii) GGR, odpowiedzialna za wszechobecną naprawę genomu; oraz (iii) naprawa nici nietranskrybowanych (ang. non-transcribed strand (NTSR), odpowiedzialna głównie za naprawę NTS w zatrzymanych komórkach. komórkach. W komórkach w stanie spoczynku jest oczywiste, że funkcje TCR i NTSR oraz GGR są zatrzymane. zatrzymane. W konsekwencji dochodzi do akumulacji mutacji w czasowo niemych genach i niekompletna lub niedoskonała naprawa transkrybowanych genów w spoczynkowych komórkach macierzystych, może stanowić źródło mutacji powodujących raka. --- Mechanizm naprawy przez wycinanie nukleotydów (NER) jest głównym szlakiem odpowiedzialnym za usuwanie wielu różnych nieporęcznych uszkodzeń z genomu. Zidentyfikowano dwa różne NER, tj. sprzężony z transkrypcją i globalny szlak naprawy genomu. globalne ścieżki naprawy genomu. W przypadku uszkodzeń DNA indukowanych przez światło ultrafioletowe zarówno naprawa sprzężona z transkrypcją i globalna naprawa genomu są niezbędne do nadania odporności na działanie cytotoksyczne. Aby uzyskać dalszy wgląd w udział podścieżek NER w naprawie dużych uszkodzeń i zapobieganiu ich skutkom biologicznym mierzyliśmy szybkość naprawy dG-C8-AF w aktywnych i nieaktywnych genach w normalnych ludzkich komórkach. w aktywnych i nieaktywnych genach w normalnych komórkach ludzkich, komórkach XP-C (tylko naprawa sprzężona z transkrypcją) i komórkach XP-A (naprawa całkowicie sprzężona z transkrypcją). naprawy) i komórkach XP-A (całkowicie pozbawionych NER) wystawionych na działanie NA-AAF. Komórki XP-C są tylko nieznacznie bardziej wrażliwe na NA-AAF niż normalne komórki i, podobnie jak normalne komórki komórki, są w stanie odzyskać syntezę RNA stłumioną przez leczenie. W przeciwieństwie do tego W przeciwieństwie do tego, komórki XP-A są wrażliwe na NA-AAF i niezdolne do odzyskania od inhibicji syntezy RNA syntezy RNA. Naprawa dG-C8-AF w aktywnym genie ADA przebiega dwufazowo i bez dwufazowy sposób i bez specyficzności nici, z podklasą zmian szybko szybko naprawianych w ciągu pierwszych 8 godzin po leczeniu. Naprawa w nieaktywnym genie 754 zachodzi wolniej niż w genie ADA. W komórkach XP-C naprawa dG-C8-AF w genie ADA jest ograniczona do nici transkrybowanej i zachodzi z prędkością o połowę mniejszą niż w normalnych komórkach. szybkości naprawy obserwowanej w normalnych komórkach. Naprawa w nieaktywnym genie 754 w komórkach XP-C jest praktycznie nieobecna. Zgodnie z tymi wynikami stwierdziliśmy, że naprawa replikacji w XP-C jest drastycznie zmniejszona w porównaniu z normalnymi komórkami i zniesiona przez alfa-amanitynę, co wskazuje, że w naprawie w komórkach XP-C pośredniczy tylko przez naprawę sprzężoną z transkrypcją. Nasze dane sugerują, że dG-C8-AF jest celem dla naprawy sprzężonej z transkrypcją i że ta ścieżka naprawy jest głównym szlak naprawy jest główną drogą do odzyskania zahamowania syntezy RNA, nadając oporność na cytotoksyczne działanie NA-AAF. Pomimo tego, naprawa dG-C8-AF w aktywnych genach genach w normalnych komórkach przez naprawę sprzężoną z transkrypcją i globalną naprawę genomu nie jest addytywna, ale zdominowana przez globalną naprawę genomu. Wskazuje to, że podzbiór uszkodzeń, które są zdolne do zatrzymania polimerazy RNA II i są, zatem substratem dla TCR, są również zmianami, które są bardzo skutecznie rozpoznawane przez globalny system naprawy genomu. --- Zablokowanie elongacji transkrypcji przez polimerazę RNA II (pol II) w miejscu uszkodzenia DNA na transkrybowanej nici uruchamia sprzężoną z transkrypcją naprawę DNA (TCR), która szybko usuwa uszkodzenia DNA na transkrybowanej nici (TCR), który szybko usuwa uszkodzenia DNA na transkrybowanej nici ekspresjonowanego genu i umożliwia wznowienie transkrypcji. Aby przeanalizować wpływ uszkodzeń DNA wywołanych promieniowaniem UV na elongację transkrypcji, system elongacji transkrypcji in vitro z wykorzystaniem pol II i szablonów oligo(dC)-ogonowych zawierających zawierające dimer cyklobutanu pirymidyny (CPD) lub fotoprodukt 6-4 (6-4PP) w określonym miejscu. miejscu. Wyniki wykazały, że pol II włączał nukleotydy naprzeciwko CPD i 6-4PP, a następnie zatrzymuje się. Pol II tworzyła stabilny trójskładnikowy kompleks składający się z pol II, matrycy uszkodzeń DNA i powstającego transkryptu. transkryptu. Ponadto, obrazowanie za pomocą mikroskopii sił atomowych ujawniło, że pol II zatrzymał się w uszkodzonym regionie. Odkrycia te mogą stanowić podstawę do analizy etapu inicjacji TCR. --- Uszkodzenie DNA powoduje regulację w górę kilku genów zaangażowanych w różne procesy fizjologiczne komórkowe procesy fizjologiczne, takie jak mechanizm naprawy przez wycięcie nukleotydu (NER) mechanizm, który radzi sobie z szerokim zakresem zmian DNA, w tym rakotwórczymi dimerami pirymidyny (PD) indukowanymi światłem ultrafioletowym (UV). Istnieją dwie podścieżki NER: naprawa sprzężona z transkrypcją (TCR), która jest specyficzna dla transkrybowanych nici (TS) aktywnych genów i globalnej naprawy genomowej (GGR) która naprawia nietranskrybowane sekwencje DNA (NTD) i nietranskrybowane nici (NTS) ekspresjonowanych genów. Aby wyjaśnić rolę zależnej od promieniowania UV syntezy białek de novo w naprawie wycięcia nukleotydów w pączkujących drożdżach, zbadaliśmy wpływ inhibitora syntezy białek, cykloheksymidu, na usuwanie PD. PD. Komórki w fazie logarytmicznej, jak również zsynchronizowane komórki G(1) poddano działaniu leku krótko przed napromieniowaniem UV i bezpośrednio po nim, a naprawę uszkodzonego DNA uszkodzonego DNA oceniano za pomocą techniki wydłużania primerów o wysokiej rozdzielczości. Wyniki pokazują, że w obu warunkach komórkowych, hamowanie zależnej od UV syntezy białek de novo przez cykloheksymid upośledza wycięcie naprawę transkrypcyjnie aktywnych genów GAL10 i URA3, z większym wpływ na nici nietranskrybowane. Wskazuje to, że synteza białek de novo za pośrednictwem UV synteza białek jest wymagana do skutecznej naprawy przez wycięcie nukleotydów, ale nie do preferencyjnej naprawy TS. Z drugiej strony, cykloheksymid nie wpływał wpływał na naprawę obu nici represjonowanego genu GAL10 lub nietranskrybowanego regionu promotora genu URA3, pokazując, że indukowana UV synteza de nie jest wymagana do usunięcia PD z transkrypcyjnie nieaktywnych sekwencji DNA. nieaktywnych sekwencji DNA. Łącznie, dane te pokazują, że pomimo faktu, że NTD i NTS są normalnie naprawiane przez podścieżkę GGR, ich zapotrzebowanie na zależnej od UV syntezy białek de novo jest różne, co może sugerować różnicę w przetwarzaniu uszkodzeń UV w tych nietranskrybowanych sekwencjach genomu. sekwencjach genomu. --- U ludzi uszkodzenia DNA, takie jak dimery pirymidynowe w nici matrycowej genów transkrybowanej przez polimerazę RNA II są naprawiane szybciej niż te w nici kodującej i nietranskrybowanych regionach genomu. nici kodującej i nietranskrybowanych regionach genomu. Zjawisko to, określane jako (i) wymaga aktywnej transkrypcji, (ii) nie wymaga produktu genu XPC, który (ii) nie wymaga produktu genu XPC, który jest niezbędny dla ogólnych/podstawowych reakcji naprawy (iii) wymaga białek CSA i CSB. Opracowaliśmy system modelowy in in vitro, który składa się z oczyszczonych ludzkich czynników naprawy wycięcia i substratu DNA substratu DNA analogicznego do bąbla transkrypcyjnego kończącego się na dimerze cyklobutanu dimeru tyminy. W tym systemie dimer tyminy był wycinany niezależnie od XPC. Co więcej, dimer tyminy w podłożu zawierającym pęcherzyki był usuwany około 3 razy szybciej przez nukleazę naprawy wycięcia odtworzoną z lub bez XPC, w porównaniu z usuwaniem dimeru tyminy ze sparowanej zasady dupleksu przez cały zestaw czynników nukleazy wycinającej. Wyniki te zapewniają wgląd w mechanizm naprawy sprzężonej z transkrypcją u ludzi. --- Naprawa sprzężona z transkrypcją (TCR) jest ogólnie obserwowana jako szybsze lub bardziej skuteczniejsze usuwanie niektórych rodzajów uszkodzeń DNA z transkrybowanych nici transkrybowanych genów w porównaniu do nici nietranskrybowanych. Zostało wyraźnie wykazano, że jest to podszlak naprawy przez wycinanie nukleotydów (NER) w E. coli, drożdżach i komórkach ssaków. Badania genetyczne i biochemiczne wskazują, że jest to wysoce złożony proces wysoce złożonym procesem i wymaga udziału szlaku NER, kompleksu polimerazy kompleksu polimerazy RNA i dodatkowych czynników. Wczesnym wydarzeniem w TCR jest prawdopodobnie blokowanie elongacji kompleksu polimerazy RNA przez uszkodzenia obecne w nici w transkrybowanych niciach ekspresjonowanych genów. Niezależnie od tego, czy TCR jest zaangażowany w szlaki naprawy lub naprawę powszechnych form uszkodzeń oksydacyjnych jest mniej jasne. Niniejszy przegląd koncentruje się na opisie możliwych mechanizmów TCR w E. coli i komórkach ssaków. --- Niniejszy przegląd dotyczy rewersji nonsensownej mutacji argE3 (ochre) do prototrofu prototrofii w szczepie E. coli AB1157 jako systemu informacyjnego do wykrywania mutacji wykrywania mutacji. Szczep AB1157 posiada mutacje argE3 (ochra), hisG4 (ochra) i thr-1 (bursztyn) oraz supresor bursztynu supE44 na swoim chromosomie. Fenotyp Arg(+) można przywrócić przez (i) dowolną substytucję zasady w miejscu argE3, która zmienia nonsensowny kodon UAA na dowolny sensowny triplet nukleotydów lub na UAG rozpoznawany przez supresor bursztynu supE44, lub (ii) mutacje supresorowe umożliwiające odczyt kodonu nonsensownego UAA. System oparty na rewersji argE3 → Arg(+) umożliwia (i) określenie poziomu spontanicznej lub indukowanej mutacji; (ii) określenie podstawień zasad (analiza supresorów); (iii) badanie naprawy sprzężonej z transkrypcją (ang. naprawy sprzężonej z transkrypcją (TCR), ponieważ cele uszkodzeń DNA znajdują się na transkrybowanej lub kodującej nici DNA; (iv) wykrywanie mutacji wynikających z uszkodzeń jednoniciowego DNA. z uszkodzeń jednoniciowego DNA. Niniejszy przegląd koncentruje się na badaniach przeprowadzonych od wczesnych lat 90. do chwili obecnej z zastosowaniem systemu wykrywania mutacji opartego na AB1157. system wykrywania mutacji. Ostatnio system ten został wykorzystany do uzyskania nowych danych na temat procesów mutagenezy indukowanej metanosulfonianem metylu i naprawy DNA w mutantach E. coli alkB. coli mutantach alkB-. --- Naprawa sprzężona z transkrypcją (TCR), specjalna podścieżka wycinania nukleotydów (NER, ang. (NER), szybko usuwa zmiany blokujące transkrypcję z aktywnej nici z nici transkrypcyjnej aktywnych genów. W tym badaniu oceniliśmy znaczenie szlaku TCR w indukcji aberracji chromosomalnych i apoptozy u izogenicznych apoptozy w izogenicznych liniach komórkowych chomika chińskiego, które różnią się wydajnością TCR wydajnością. AA8 jest rodzicielską linią komórkową, która jest wydajna w genomie ogólnej naprawie 6-4 fotoproduktów indukowanych promieniowaniem UV-C (6-4 PP) i naprawie naprawy dimeru cyklobutanu pirymidyny (CPD) z nici transkrypcyjnej aktywnych genów. aktywnych genów. Komórki UV61 (homolog chomika ludzkiego zespołu Cockayne'a (CS) grupy B) pierwotnie wyizolowane z AA8, wykazują biegłą naprawę 6-4 PP ale wykazują niedobór w usuwaniu CPD przez szlak TCR. Po napromieniowaniu UV-C w fazie G1, UV61 wykazały dramatyczny wzrost odpowiedzi apoptotycznej w porównaniu z komórkami w porównaniu do komórek AA8. Zniesienie TCR przez leczenie alfa-amanityną (inhibitorem inhibitorem polimerazy RNA II) w komórkach AA8 również skutkowało podwyższoną odpowiedzią apoptotyczną odpowiedź apoptotyczną, taką jak obserwowana w komórkach UV61 leczonych samym UV. To sugeruje, że brak TCR jest w dużej mierze odpowiedzialny za zwiększoną odpowiedź apoptotyczną w komórkach UV61. w komórkach UV61. Ponadto, aberracje chromosomalne i wymiana chromatyd siostrzanych (SCE) wymiana chromatyd (SCE) indukowana przez UV były również wyższe w komórkach UV61 niż w komórkach AA8 posiadających TCR. Badanie to pokazuje, że zwiększone aberracji chromosomalnych i śmierci apoptotycznej w komórkach UV61 wynika z ich niezdolności do usunięcia CPD z nici transkrypcyjnej aktywnych genów i sugeruje ochronną rolę TCR w zapobieganiu zarówno chromosomalnym aberracji i apoptozy indukowanej przez uszkodzenia DNA. Ponadto, analiza cytometrii przepływowej analiza i przebieg czasowy pojawiania się komórek apoptotycznych sugerują, że konwersja uszkodzeń UV-DNA w aberracje chromosomalne poprzedza i determinuje proces apoptozy. proces apoptozy. --- Naprawa sprzężona z transkrypcją (TCR) jest podszlakiem naprawy przez wycinanie nukleotydów (NER). (NER), który działa specyficznie na zmiany w transkrybowanej nici wyrażonych genów. Po raz pierwszy opisany w komórkach ssaków, TCR został następnie udokumentowany w Escherichia coli. W tym organizmie polimeraza RNA zatrzymana w miejscu uszkodzenia jest przemieszczana przez czynnik sprzęgający naprawę transkrypcji, Mfd. Białko to rekrutuje czynnik NER UvrA, a następnie oddysocjowuje od DNA. UvrA wiąże UvrB, a złożony kompleks UvrAB* inicjuje naprawę. U mutantów pozbawionych aktywnego Mfd, TCR jest nieobecny. Gen transkrybowany przez polimerazę RNA bakteriofaga T7 polimerazę RNA bakteriofaga T7 w E. coli również wymaga Mfd dla TCR. Białko CSB (brakujące lub wadliwe w komórkach pacjentów z zespołem Cockayne'a, grupa dopełniacza B) jest niezbędne dla TCR u ludzi. CSB i jego homologi u wyższych eukariontów są prawdopodobnie funkcjonalnymi odpowiednikami prawdopodobnie funkcjonalnymi odpowiednikami Mfd. --- Naprawa sprzężona z transkrypcją (TCR) jest szlakiem przeznaczonym do usuwania uszkodzeń z matrycowych nici aktywnie transkrybowanych genów. Chociaż szczegółowy mechanizm szczegółowy mechanizm TCR nie został jeszcze poznany, uważa się, że jest on uruchamiany gdy translokacyjna polimeraza RNA zostaje zatrzymana na uszkodzeniu lub nietypowej strukturze w DNA. Konwencjonalne testy dla TCR wymagają wysokich dawek uszkodzeń DNA dla analizy statystycznej naprawy w poszczególnych niciach sekwencji DNA o wielkości od kilkuset zasad do 30kb. Elektroforeza żelowa pojedynczej komórki elektroforezy żelowej (Comet) pozwala na wykrycie jedno- lub dwuniciowych na 10-100-krotnie wyższym poziomie rozdzielczości. Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ hybrydyzacja fluorescencyjna in situ (FISH) w połączeniu z testem Comet (Comet-FISH) zapewnia podwyższony poziom czułości do oceny naprawy w określonych sekwencjach DNA sekwencjach DNA komórek poddanych działaniu fizjologicznie istotnych dawek genotoksyn. Podejście to ujawnia również zlokalizowaną podatność na pękanie chromosomów w komórkach w komórkach osób z nadwrażliwością na promieniowanie lub chemioterapię. Kilka grup zgłosiło preferencyjną naprawę w transkrypcyjnie aktywnych genach lub domenach chromosomalnych. transkrypcyjnie aktywnych genach lub domenach chromosomalnych przy użyciu Comet-FISH. Dominująca interpretacja zachowania DNA w teście Comet zakłada, że DNA jest ułożone w pętle i miejscach przyłączenia matrycy; że superzwinięte, nieuszkodzone pętle są zawarte w macierzy jądrowej i pojawiają się w "główkach" Cometa, a "ogonki" Cometa składają się z rozluźnionych pętli DNA zawierających jedno lub więcej pęknięć. Zgodnie z tym modelem modelu, lokalizacja sond FISH w głowach Komety oznacza, że pętle zawierające docelowe sekwencje są wolne od uszkodzeń. Oznacza to, że preferencyjna naprawa wykryta przez Comet-FISH może obejmować duże domeny chromosomalne domeny zawierające zarówno sekwencje transkrybowane, jak i nietranskrybowane. Dokonujemy przeglądu istniejące dowody i omawiamy implikacje w odniesieniu do obecnych modeli dla molekularnego mechanizmu TCR. --- Naprawa przez wycinanie nukleotydów (NER) jest wieloetapowym procesem zdolnym do usuwania różnych zmian zniekształcających DNA z genomów prokariotycznych i eukariotycznych. W W komórkach eukariotycznych proces ten wymaga ponad 30 białek do przeprowadzenia różnych etapów, tj. rozpoznawania uszkodzeń DNA, nacinania pojedynczej nici i wycięcie fragmentu DNA zawierającego uszkodzenie i naprawa DNA syntezy/ligacji DNA. NER może działać za pośrednictwem dwóch podścieżek: globalnej naprawy genomu (GGR) i wyspecjalizowany szlak sprzężony z aktywną transkrypcją (naprawa sprzężona z transkrypcją, TCR) i skierowany na uszkodzenia DNA w aktywnej nici transkrybowanej nici aktywnych genów. Zarówno in vivo, jak i w hodowanych komórkach szybkie usuwanie uszkodzeń blokujących transkrypcję przez TCR ma kluczowe znaczenie dla uniknięcia od śmiertelnych skutków zahamowania transkrypcji Najdelikatniejszym etapem w NER jest rozpoznawanie uszkodzeń DNA w ich różnych kontekstach chromatynowych kontekście chromatyny, a mechanizm rozpoznawania uszkodzeń w GGR i TCR jest zasadniczo różny i wymaga specyficznych białek. W GGR, XPC-HR23B jest niezbędny do tworzenia kompleksu nacięcia. W TCR produkty genu zespołu Cockayne'a (CS) są kluczowymi graczami w rozpoznawaniu zatrzymanej polimerazy RNA, która jest przypuszczalna struktura sygnalizacyjna do naprawy transkrybowanych nici. W tym badaniu, pokazujemy, że zakres odzyskiwania transkrypcji zahamowanej przez UV i TCR ściśle zależy od ilości białka CSB, a także ilości uszkodzeń DNA obecnych w komórce. obecnego w komórce. Wskazuje to, że stosunek między częstością uszkodzeń DNA a stężeniem białka CSB w komórce jest raczej krytyczny dla ostrej odpowiedzi komórkowej, tj. odpowiedzi komórkowej, tj. odzyskiwania zahamowanej transkrypcji po uszkodzeniu DNA a tym samym przeżycia komórki. --- Naprawa sprzężona z transkrypcją (TCR) i globalna naprawa genomowa (GGR) indukowanych promieniowaniem UV badano w genach GAL1-10 drożdży. Zarówno TCR za pośrednictwem Rpb9 i Rad26 są ograniczone do transkrybowanych nici, inicjując w miejscach upstream około 100 nukleotydów od aktywującej sekwencji upstream sekwencji wspólnej dla obu genów. Jednak miejsca inicjacji TCR nie korelują z miejscami startu transkrypcji lub skrzynkami TATA. GGR za pośrednictwem Rad16 ściśle koreluje z pozycjonowaniem nukleosomów, gdy geny są represjonowane i są powolne w rdzeniu nukleosomu i szybkie w DNA łącznikowym. Indukcja transkrypcji zwiększa GGR w rdzeniu nukleosomowego DNA, szczególnie w nukleosomach wokół i przed miejscami startu transkrypcji. Ponadto, gdy geny były indukowane, GGR był wolniejszy w regionach transkrybowanych niż w regionach poprzedzających. Wreszcie, jednoczesna delecja RAD16, RAD26 i RPB9 spowodowała brak wykrywalnej naprawy we wszystkich miejscach wzdłuż analizowanego regionu. Nasze wyniki sugerują że (a). TCR może być inicjowany przez aktywator transkrypcji, prawdopodobnie poprzez ładowanie polimerazy RNA II, a nie przez inicjację transkrypcji lub wydłużenie per se; (b). TCR i GGR wzmocnione zaburzeniem nukleosomów są głównymi przyczynami GGR są głównymi przyczynami szybkiej naprawy w regionach wokół i przed miejscami rozpoczęcia transkrypcji (c). maszyny transkrypcyjne mogą utrudniać dostęp czynników NER do DNA DNA w przypadku braku czynnika sprzęgającego transkrypcję i naprawę; oraz (d). niż GGR, w którym pośredniczy Rad16 i TCR, w którym pośredniczą Rad26 i Rpb9, nie ma innego szlak naprawy wycięcia nukleotydu istnieje w tych genach transkrybowanych przez polimerazę RNA II transkrybowanych przez polimerazę II RNA. --- Naprawa sprzężona z transkrypcją (TCR) jest szlakiem naprawy przez wycinanie nukleotydów (NER). który jest przeznaczony do naprawy w transkrybowanej nici aktywnego genu. Szlak ogólna naprawa genomu jest nazywana globalną naprawą genomu (GGR). Elc1, drożdżowy homolog drożdży, homolog czynnika elongacji ssaków elonginy C, okazał się być składnikiem kompleksu ligazy ubikwityny, który zawiera Rad7 i Rad16, dwa czynniki, które są szczególnie wymagane dla GGR. Sugeruje się również, że Elc1 być obecny w innym kompleksie ligazy ubikwityny, który nie zawiera Rad7 i Rad16 i jest zaangażowany w indukowaną promieniowaniem UV ubikwitylację i późniejszą degradację RNA polimerazy II. Tutaj pokazujemy, że delecja elc1 zwiększa wrażliwość na promieniowanie UV komórek z niedoborem komórek z niedoborem TCR, ale nie wpływa na wrażliwość na promieniowanie UV komórek typu dzikiego i z niedoborem GGR. typu dzikiego i komórek z niedoborem GGR. Komórki usunięte dla elc1 wykazują normalny NER w transkrybowanej nici aktywnego genu, ale nie mają wykrywalnego NER w nie transkrybowanej nici. Elc1 nie wpływa na mutagenezę indukowaną promieniowaniem UV, gdy TCR jest aktywny. operacyjny, ale odgrywa ważną rolę w zapobieganiu mutagenezie, jeśli TCR jest uszkodzony. Co więcej, poziomy białek Rad7 i Rad16 nie są znacząco obniżone w komórkach elc1, a nadekspresja Rad7 i Rad16 pojedynczo lub jednocześnie w komórkach elc1 nie przywraca naprawy w nie transkrybowanej nici aktywnego genu. Nasze wyniki sugerują, że Elc1 nie ma funkcji w TCR, ale odgrywa ważną rolę w GGR. Co więcej, rola Elc1 w GGR może nie być zależna od roli Rad7 i Rad16. --- Specjalny szlak naprawy przez wycięcie, określany jako naprawa sprzężona z transkrypcją (TCR), jest ukierunkowany na usuwanie uszkodzeń DNA z transkrybowanych nici ekspresjonowanych genów. Zatrzymanie transkrypcji w miejscu uszkodzenia zostało zaproponowane jako pierwszy etap inicjacji TCR. etap inicjacji TCR. Na poparcie tego modelu, silna korelacja między zatrzymaniem transkrypcji przez zmianę in vitro a TCR tej zmiany in vivo stwierdzono w większości analizowanych przypadków. TCR został zgłoszony dla oksydacyjnych uszkodzenia DNA; jednak bardzo niewiele wiadomo o tym, jak często występujące i spontaniczne uszkodzenia DNA, takie jak depurynacja i deaminacja zasad, wpływają na wpływa na progresję kompleksu transkrypcyjnego. Wcześniej ustaliliśmy, że uszkodzenie oksydacyjne, glikol tyminowy, jest znaczącą blokadą transkrypcji przez polimerazę T7 RNA (T7 RNAP), ale nie ma wykrywalnego wpływu na transkrypcję przez polimerazę RNA polimerazę II (RNAP II) w odtworzonym systemie ze wszystkimi wymaganymi czynnikami. Inna zmiana oksydacyjna, 8-oksoguanina, tylko nieznacznie blokowała T7 RNAP i powodowała, że RNAP II na krótko zatrzymywał się na uszkodzeniu przed jego ominięciem. Ponieważ miejsce abazy jest etapem pośrednim w naprawie uszkodzeń oksydacyjnych, było to zainteresowanie, aby dowiedzieć się, czy zatrzymał transkrypcję. Stosując testy transkrypcji in vitro i substratów zawierających specyficznie umiejscowione uszkodzenie, odkryliśmy, że miejsce abazy w transkrybowanej nici stanowi 60% blokadę dla transkrypcji przez T7 RNAP, ale prawie całkowite zablokowanie transkrypcji przez RNAP II ssaków. Miejsce abazy w nici nietranskrybowanej nie blokowało żadnej z polimeraz. żadnej z polimeraz. Nasze wyniki wyraźnie wskazują, że miejsce abazy jest znacznie silniejszym silniej blokuje transkrypcję niż glikol tyminowy lub 8-oksoguanina. Ponieważ dominujący model TCR postuluje, że tylko zmiany, które blokują RNAP będą podlegać TCR, nasze odkrycia sugerują, że miejsce abazy może być wystarczające do zainicjowania TCR in vivo. --- Wiele różnych szlaków komórkowych ewoluowało w celu ochrony genomu przed szkodliwymi skutkami uszkodzeń DNA, które wynikają z ekspozycji na czynniki chemiczne i fizyczne. czynniki chemiczne i fizyczne. Wśród nich jest proces zwany naprawą sprzężoną z transkrypcją (transcription-coupled repair (TCR), który katalizuje usuwanie uszkodzeń DNA z transkrybowanej nici ekspresjonowanych genów. transkrybowanych genów, co często skutkuje preferencyjnym usuwaniem uszkodzeń z tej nici w stosunku do jej nietranskrybowanego odpowiednika. Uszkodzenia podlegające temu obejmują dimery cyklobutanopirymidynowe, które są normalnie naprawiane przez naprawę przez wycinanie nukleotydów (NER) i glikole tyminowe (TG), które są usuwane głównie przez naprawę przez wycięcie zasady (BER). Podczas gdy mechanizm leżący u podstaw TCR nie jest całkowicie jasny, wiadomo, że jego ułatwienie wymaga białek wykorzystywanych przez inne szlaki naprawcze, takie jak NER. Uważa się również, że sygnałem dla TCR jest zablokowana polimeraza RNA, która powstaje, gdy uszkodzenie DNA uniemożliwia jej translokację podczas wydłużania transkrypcji. Chociaż istnieje wyraźna rola dla niektórych białek NER w TCR, udział białek BER jest mniej jasny. Aby zbadać to dalej, zbadaliśmy usuwanie 7-metyloguaniny (7MeG) i 3-metyloadeniny (3MeA) z genu reduktazy dihydrofolianowej (dhfr) mysich linii komórkowych, które różnią się fenomenem naprawy. linii komórkowych, które różnią się fenotypami naprawy. 7MeG i 3MeA stanowią dwie główne N-metylopuryny powstające w DNA po ekspozycji na czynniki metylujące metylujących. W komórkach ssaków, glikozylaza alkiladeninowa DNA (Aag) jest jest głównym enzymem wymaganym do naprawy tych zmian poprzez BER, a ich usuwanie z całego genomu jest dość szybkie. Nie ma obserwowalnego TCR tych uszkodzeń w określonych genach w komórkach sprawnie naprawiających DNA; jednak jest to możliwe, że szybka naprawa tych adduktów przez BER maskuje wszelkie TCR. Naprawa 3MeA i 7MeG badano w komórkach pozbawionych Aag, NER lub zarówno Aag, jak i NER w celu określić, czy szybka ogólna naprawa maskuje TCR. Wyniki pokazują, że zarówno 3MeA, jak i 7MeG są usuwane bez odchylenia nici z genu dhfr komórek z niedoborem BER (Aag ) i linii komórek mysich z niedoborem NER. Ponadto, naprawa 3MeA w w tym regionie jest wysoce zależna od Aag, ale naprawa 7MeG jest równie wydajna w liniach komórkowych z deficytem BER i NER. Co uderzające, przy braku zarówno BER, jak i NER, ani 7MeG, ani 3MeA nie są naprawiane. naprawiane. Wyniki te pokazują, że NER, ale nie TCR, przyczynia się do naprawy 7MeG i 3MeA. naprawy 7MeG i w mniejszym stopniu 3MeA. --- Uszkodzenia DNA są preferencyjnie naprawiane w transkrybowanej nici wielu aktywnych genów. genów. Chociaż koncepcja naprawy DNA połączonej z transkrypcją została powszechnie akceptowana, jej mechanizmy pozostają nieuchwytne. Niedawno donieśliśmy, że w komórkach jajnika chomika chińskiego, podczas gdy indukowane światłem ultrafioletowym dimery cyklobutanu dimery pirymidynowe (CPD) są preferencyjnie naprawiane w transkrybowanej nici genu reduktazy dihydrofolianowej, CPD są skutecznie naprawiane w obu niciach locus fosforybozylotransferazy adeninowej (APRT), w transkrybowanym lub nietranskrybowanym genie APRT (1). Wyniki te sugerują, że transkrypcja może zależeć od kontekstu genomowego. Aby przetestować tę hipotezę skonstruowaliśmy transfekcyjne linie komórkowe zawierające pojedynczy, aktywnie transkrybowany gen APRT, zintegrowany w różnych miejscach genomu. Mapowanie naprawy CPD w zintegrowanych genach APRT w trzech transfekcyjnych liniach komórkowych ujawniło dwa różne wzorce naprawy, albo preferencyjną naprawę CPD w transkrybowanej nici, albo bardzo słaba naprawa w obu niciach. Podobną kinetykę trawienia nukleazą mikrokokową dla wszystkich trzech transfekowanych domen genu APRT i endogennego locus APRT. APRT. Nasze wyniki sugerują, że zarówno wydajność, jak i specyficzność nici naprawy aktywnie transkrybowanego genu są głęboko zależne od kontekstu genomowego kontekst genomowy, ale nie odzwierciedlają zmian w strukturze nukleosomalnej pierwszego rzędu. --- Wykorzystaliśmy niereplikujący się rekombinowany adenowirus, Ad5MCMVlacZ, który wyrażający gen reporterowy beta-galaktozydazy, w celu zbadania zarówno konstytutywnej, jak i indukowanej naprawy indukowaną naprawę DNA uszkodzonego przez promieniowanie UV w komórkach jajnika chomika chińskiego CHO-AA8 chomika chińskiego oraz w zmutowanych komórkach CHO-UV61, które mają niedobór naprawy sprzężonej z transkrypcją (TCR). Gospodarz (HCR) aktywności beta-galaktozydazy dla napromieniowanych UV komórek Ad5MCMVlacZ była znacznie zmniejszona w nienapromieniowanych komórkach CHO-UV61 w porównaniu z komórkami do tej w nienapromieniowanych komórkach CHO-AA8, co sugeruje, że naprawa w transkrybowanej nici transkrybowanej nici uszkodzonego przez UV genu reporterowego w nietraktowanych komórkach wykorzystuje TCR. Wcześniejsze napromieniowanie komórek niskimi fluencjami UV spowodowało przejściowe wzmocnienie HCR dla ekspresji genu reporterowego uszkodzonego przez UV w komórkach CHO-AA8 ale nie w komórkach CHO-UV61 z niedoborem TCR. Wyniki te sugerują obecność indukowalnego szlaku DNA w komórkach CHO, który wynika z wzmocnienia TCR lub mechanizmu, który obejmuje szlak TCR. --- Naprawa sprzężona z transkrypcją, ukierunkowana naprawa transkrybowanych nici aktywnych genów, jest wadliwa. aktywnych genów, jest wadliwa w bakteriach, drożdżach i ludzkich komórkach niosących mutacje odpowiednio w mfd, RAD26 i ERCC6. Prawdopodobnie inne czynniki są również wyjątkowo zaangażowane w sprzężenie transkrypcja-naprawa. Niedawno opisano defekt w naprawie sprzężonej z transkrypcją dla mutantów naprawy niedopasowania Escherichia coli i ludzkich linii komórek nowotworowych z mutacjami w genach naprawy niedopasowania. My zbadaliśmy usuwanie uszkodzeń DNA wywołanych promieniowaniem UV w szczepach drożdży zmutowanych w genach naprawy niedopasowania w celu potwierdzenia defektu naprawy sprzężonej z transkrypcją w tym systemie. transkrypcji w tym systemie. Ponadto określiliśmy udział genu naprawy niedopasowania MSH2 do naprawy sprzężonej z transkrypcją przy braku globalnej naprawy genomowej wykorzystując mutanty rad7 delta. Określiliśmy również, czy niezależna od rad26 naprawa sprzężona z transkrypcją obserwowana w mutantach rad26 delta i rad7 delta rad26 delta zależy od MSH2, badając niedobory naprawy w mutantach rad26 delta msh2 delta i rad7 delta rad26 delta msh2 delta mutantów. Znaleźliśmy żadnych defektów w naprawie sprzężonej z transkrypcją spowodowanych mutacjami w genach naprawy niedopasowania geny MSH2, MLH1, PMS1 i MSH3. Wydaje się, że drożdże różnią się od bakterii i ludzkich komórek pod względem zdolności do naprawy sprzężonej z transkrypcją na tle mutantów naprawa zmutowanego tła. --- Wykazano, że defekty w naprawie niedopasowania DNA prowadzą do zwiększonej niestabilności genomu. niestabilności i mutowalności genomu. Niedawno odkryliśmy, że ludzkie komórki wadliwe w genie naprawy niedopasowania DNA naprawy niedopasowania DNA, hMSH2, miały niedobór w naprawie sprzężonej z transkrypcją (TCR). naprawy (TCR) zarówno oksydacyjnych uszkodzeń DNA, w tym glikoli tyminowych, jak i uszkodzeń DNA indukowanych promieniowaniem UV. Jednak w mutancie hMLH1 zaobserwowano jedynie zmniejszenie TCR uszkodzeń UV. W tym badaniu sprawdziliśmy, czy TCR glikoli tyminowych w Saccharomyces cerecisiae wymaga również genów zaangażowanych w naprawę niedopasowania DNA. naprawę niedopasowania DNA. Stwierdziliśmy, że komórki drożdży zawierające mutacje w MSH2 były w usuwaniu glikoli tyminowych z transkrybowanej nici genu RPB2, podczas gdy komórki RPB2, podczas gdy komórki z mutacjami w MLH1 lub PMS1 wykazywały prawie normalny poziom TCR tyminy. normalne poziomy TCR glikoli tyminowych. Co ciekawe, podwójne mutacje w genach MLH1 i PMS1 wykazywały niedobór TCR glikoli tyminowych. Podsumowując, wyniki te sugerują, że te dwa homologi MutL mogą działać niezależnie od siebie siebie nawzajem, ale mają nakładające się role w TCR. Ogólne poziomy usuwania glikolu tyminowego nie były zmniejszone w mutantach naprawy niedopasowania. W W przeciwieństwie do wyników z glikolami tyminy, nie stwierdzono defektów w TCR dimerów pirymidynowych. w komórkach z mutacjami w MSH2, MLH1, PMS1 i MLH1/PMS1.
Która nić genu jest celem naprawy sprzężonej z transkrypcją (TCR)?
Naprawa przez wycinanie nukleotydów (NER) usuwa z DNA różne uszkodzenia zniekształcające helisę. Ma ona dwie podścieżki, globalną genomową (gg) NER i naprawę sprzężoną z transkrypcją (TCR). TCR jest uruchamiany, gdy polimeraza RNA, przemieszczająca się wzdłuż transkrybowanej nici, zostaje zatrzymana na uszkodzeniu lub nietypowej strukturze w DNA. TCR jest przeznaczony do celowania i naprawy transkrybowanej nici aktywnego genu.