JASPAR (http://jaspar.genereg.net) to największa ogólnodostępna baza danych opartych na macierzy profili nukleotydowych opisujących preferencje wiązania czynników transkrypcyjnych z wielu gatunków. Piąta główna wersja znacznie znacznie rozszerza serce JASPAR - podkolekcję JASPAR CORE, która zawiera wyselekcjonowane, nieredundantne profile - o 135 nowych wyselekcjonowanych profili (74 u kręgowców, 8 u Drosophila melanogaster, 10 u Caenorhabditis elegans i 43 w Arabidopsis thaliana; łącznie wzrost o 30%) i 43 starsze zaktualizowane profile (36 u kręgowców, 3 u D. melanogaster i 4 u A. thaliana; łącznie 9% aktualizacji). łącznie o 9%). Nowe i zaktualizowane profile pochodzą głównie z opublikowanych eksperymentów chromatyny immunoprecypitacji-seq. Ponadto interfejs sieciowy został wzbogacony o zaawansowane możliwości przeglądania, wyszukiwania i podzbiorów. Wreszcie, nowej wersji JASPAR towarzyszy nowy pakiet BioPython BioPython, nowy pakiet narzędzi R i nowy pakiet danych R/Bioconductor, aby ułatwić dostęp zarówno dla metod ręcznych, jak i zautomatyzowanych. --- JASPAR to popularna, ogólnodostępna baza danych dla modeli macierzowych opisujących preferencje wiązania DNA dla czynników transkrypcyjnych i innych wzorców DNA. Wraz z JASPAR został rozszerzony i wyposażony w dodatkowe funkcje skierowane zarówno do zwykłych użytkowników, jak i zaawansowanych funkcje przeznaczone zarówno dla zwykłych, jak i zaawansowanych użytkowników. Sercem bazy danych JASPAR bazy danych JASPAR - podbaza danych JASPAR CORE - zwiększyła się o 12%, a trzy dodano trzy nowe wyspecjalizowane podbazy danych. Nowe funkcje obejmują grupowanie modeli macierzowych według podobieństwa, generowanie macierzy losowych przez próbkowanie z wybranych zestawów istniejących modeli oraz niezależny od języka interfejs programowania aplikacji Web Service do wyszukiwania macierzy. JASPAR jest dostępny pod adresem http://jaspar.genereg.net. --- Analiza regionów regulatorowych w sekwencjach genomu jest silnie oparta na wykrywaniu potencjalnych miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych. Preferowane modele dla reprezentacji specyficzności wiązania czynników transkrypcyjnych zostały nazwane macierze punktacji specyficzne dla pozycji. JASPAR jest ogólnodostępną bazą danych adnotowanych, wysokiej jakości, opartych na macierzach profili miejsc wiązania czynników transkrypcyjnych dla wielokomórkowych eukariontów. Profile zostały uzyskane wyłącznie z zestawów sekwencji nukleotydowych, w przypadku których eksperymentalnie wykazano, że wiążą czynniki transkrypcyjne. Bazę danych uzupełnia interfejs sieciowy do przeglądania, wyszukiwania i wyboru podzbiorów. wybór podzbiorów, narzędzie do analizy sekwencji online oraz zestaw narzędzi programistycznych narzędzi do analizy genomowej i porównawczej regionów regulatorowych. Baza JASPAR jest dostępna pod adresem http://jaspar. cgb.ki.se.
Lista wydań bazy danych JASPAR
JASPAR, JASPAR CORE, JASPAR FAM, JASPAR phyloFACTS, JASPAR 2008 update, JASPAR 2010, JASPAR 2014.