Ukierunkowane wzbogacanie konserwowanych i ultrakonserwowanych elementów genomowych umożliwia uniwersalne gromadzenie danych filogenomicznych od setek gatunków w wielu skalach czasowych (od <5 Ma do > 300 Ma). Przed dalszym wnioskowaniem, dane z tych typów ukierunkowanych badań wzbogacania muszą zostać poddane wstępnemu przetwarzaniu w celu złożenia kontigów z danych sekwencyjnych; zidentyfikować docelowe, wzbogacone loci z danych tła off-target tła; wyrównanie wzbogaconych kontigów reprezentujących konserwowane loci do siebie nawzajem do siebie; oraz przygotowanie i manipulowanie tymi wyrównaniami w celu późniejszego wnioskowania filogenomicznego wnioskowania filogenomicznego. PHYLUCE to wydajny i łatwy w instalacji pakiet oprogramowania, który realizuje te zadania dla setek taksonów i tysięcy wzbogaconych loci. DOSTĘPNOŚĆ I WDROŻENIE: PHYLUCE jest napisany dla Python 2.7. PHYLUCE jest obsługiwany w systemach operacyjnych OSX i Linux (RedHat/CentOS). Kod źródłowy PHYLUCE jest rozpowszechniany na licencji BSD pod adresem https://www.github.com/faircloth-lab/phyluce/ PHYLUCE jest również dostępny jako pakiet pakiet (https://binstar.org/faircloth-lab/phyluce) dla dystrybucji Anaconda Python który instaluje wszystkie zależności, a użytkownicy mogą poprosić o instancję PHYLUCE na iPlant Atmosphere (tag: phyluce). Podręcznik oprogramowania i samouczek są dostępne na stronie http://phyluce.readthedocs.org/en/latest/, a dane testowe są dostępne pod adresem doi: 10.6084/m9.figshare.1284521. KONTAKT: brant@faircloth-lab.org INFORMACJE UZUPEŁNIAJĄCE: Dane uzupełniające są dostępne na stronie Bioinformatics online.
Który pakiet oprogramowania jest dostępny do analizy konserwatywnych loci genomowych?
PHYLUCE to pakiet oprogramowania do analizy zachowanych loci genomowych. Identyfikuje ukierunkowane, wzbogacone loci z danych tła poza celem; dopasowuje wzbogacone kontigi reprezentujące konserwowane loci do siebie; oraz przygotowuje i manipuluje tymi dopasowaniami w celu późniejszego wnioskowania filogenomicznego. PHYLUCE to wydajny i łatwy w instalacji pakiet oprogramowania, który wykonuje te zadania dla setek taksonów i tysięcy wzbogaconych loci