Czym jest DNAshape?
DNAshape to metoda i serwer internetowy do przewidywania cech strukturalnych DNA w sposób o wysokiej przepustowości (HT) dla ogromnych danych sekwencyjnych. Podejście to zapewnia ramy dla integracji analiz sekwencji i kształtu DNA w badaniach obejmujących cały genom. Metodologia HT wykorzystuje podejście przesuwnego okna do wydobywania informacji strukturalnych DNA uzyskanych z symulacji Monte Carlo. Wymaga jedynie sekwencji nukleotydów jako danych wejściowych i natychmiast przewiduje wiele cech strukturalnych DNA (mniejszą szerokość rowka, rolkę, skręt śmigła i skręt helisy). Wyniki rygorystycznej walidacji przewidywań HT w oparciu o struktury DNA rozwiązane za pomocą krystalografii rentgenowskiej i spektroskopii NMR, dane dotyczące rozszczepienia rodnika hydroksylowego, analizę statystyczną i walidację krzyżową oraz symulacje dynamiki molekularnej zapewniają duże zaufanie do tego podejścia. Serwer internetowy DNAshape jest dostępny bezpłatnie pod adresem http://rohslab.cmb.usc.edu/DNAshape/.