Opisujemy jedenaście nowych rodzin międzywęzłowych powtórzeń częstotliwości reiteracji (MER). w genomach naczelnych, gryzoni i Lagomorpha. Dwie rodziny ludzkie powtórzenia, MER 46 i MER 47, reprezentują nieautonomiczne transpozony DNA. Sekwencje te są otoczone duplikacjami miejsc docelowych TA i mają końcowe odwrócone powtórzenia (TIR) podobne do TIR transpozonów DNA. Sekwencje pięciu innych rodzin powtórzeń, MER41, MER48, MER50, MER51 i RMER3, przypominają długie końcowe powtórzenia retrowirusów. Potencjalny udział niektórych z w regulacji transkrypcji i genetycznych rearanżacji. sugeruje się rearanżacje genetyczne. Szacunki dotyczące wieku umieszczają pochodzenie większości powtórzeń MER w czasie spadku retropozycji MIR (Mammalian-wide Interspersed Repeats) i przed powstaniem powtórzeń MER. retropozycji i przed powstaniem rodziny Alu. --- Immunoprecypitacja chromatyny w połączeniu z masowo równoległymi metodami sekwencjonowania (ChIP-seq) (ChIP-seq) staje się standardowym podejściem do badania interakcji czynników transkrypcyjnych (TF) z sekwencjami genomu. czynników transkrypcyjnych (TF) z sekwencjami genomowymi. Na przykładzie publicznych zestawów danych STAT1 ChIP-seq, przedstawiamy nowe podejścia do interpretacji danych ChIP-seq. Porównujemy niedawno opracowane podejścia do określania miejsc wiązania STAT1 z danych ChIP-seq. z danych ChIP-seq. Oceniając zawartość ustalonej sekwencji sekwencji konsensusu dla miejsc wiązania STAT1, stwierdzamy, że użycie "negatywnej kontroli" danych ChIP-seq kontroli" danych ChIP-seq nie zapewnia znaczących korzyści. Wyprowadzamy pojedynczy wyrafinowany model probabilistyczny sekwencji wiążących STAT1 z tych danych danych ChIP-seq. W przeciwieństwie do wcześniejszych twierdzeń, nie znajdujemy dowodów na to, że STAT1 wiąże się do wielu różnych motywów po stymulacji interferonem-gamma in vivo. Podczas gdy znaczna większość miejsc genomowych o wysokim sygnale ChIP-seq jest związana z sekwencją nukleotydową przypominającą sekwencją nukleotydową przypominającą miejsce wiązania STAT1, tylko bardzo mały podzbiór ponad 5 milionów potencjalnych miejsc wiązania STAT1 w ludzkim genomie jest objętych przez dane ChIP-seq. Co więcej, zaskakująco duża część sygnału ChIP-seq (5%) jest pochłaniana przez niewielką rodzinę sekwencji repetytywnych (MER41). Obserwacja obserwacja wiązania aktywowanego białka STAT1 do specyficznego powtarzalnego elementu wzmacnia podobne doniesienia dotyczące p53 i innych TF, a także wzmacnia koncepcję zaangażowania powtórzeń w regulację genów. Nawiasem mówiąc, MER41 są specyficzne dla naczelnych, w związku z czym mechanizmy regulacyjne w szlaku IFN-STAT mogą zasadniczo różnić się między naczelnymi i gryzoniami. W aspekcie metodologicznym, obecność dużej liczby niemal identycznych miejsc wiązania w sekwencjach w powtarzalnych sekwencjach może prowadzić do błędnych wniosków na temat wewnętrznych preferencji wiązania preferencji wiązania TF, co ilustruje analiza odstępów tandemowych motywów STAT1. motywów. Dlatego dane ChIP-seq powinny być analizowane niezależnie w obrębie powtarzalnych i nie powtarzalnych sekwencji.
Co wiadomo o sekwencjach powtórzeń MER41?
Opisujemy jedenaście nowych rodzin powtórzeń interspersyjnych MER (ang. MEdium Reiteration Frequency) w genomach naczelnych, gryzoni i Lagomorpha. Dwie rodziny ludzkich powtórzeń, MER 46 i MER 47, reprezentują nieautonomiczne transpozony DNA. Sekwencje te są otoczone duplikacjami miejsca docelowego TA i mają końcowe odwrócone powtórzenia (TIR) podobne do TIR transpozonów DNA. Sekwencje pięciu innych rodzin powtórzeń, MER41, MER48, MER50, MER51 i RMER3, przypominają długie terminalne powtórzenia retrowirusów. Sugeruje się potencjalne zaangażowanie niektórych z opisanych powtórzeń MER w regulację transkrypcji i rearanżacje genetyczne. Szacunki dotyczące wieku umieszczają pochodzenie większości powtórzeń MER w czasie spadku retropozycji MIR (Mammalian-wide Interspersed Repeats) i przed powstaniem rodziny AluSekwencje powtórzeń MER41 zawierają indukowalne miejsca wiązania STAT1.