TŁO: Dane RNA-seq są obecnie niedostatecznie wykorzystywane, częściowo dlatego, że trudno jest przewidzieć funkcjonalny wpływ alternatywnych zdarzeń transkrypcyjnych. Niedawne ulepszenia oprogramowania w dekonwolucji transkryptów pełnej długości skłoniły nas do do opracowania spliceR, pakietu R do klasyfikacji alternatywnego splicingu i przewidywania potencjału kodowania. WYNIKI: spliceR wykorzystuje dane wyjściowe transkryptu pełnej długości z asemblerów RNA-seq do wykrywania pojedynczych lub wielokrotnych pominięć eksonów, alternatywnych miejsc i akceptora, retencji intronów, alternatywnego użycia pierwszego lub ostatniego eksonu oraz wzajemnie wzajemnie wykluczających się eksonów. Dla każdego z tych zdarzeń spliceR przypisuje również współrzędne genomowe współrzędne genomowe różnicowo splicowanych elementów, ułatwiając dalszą analizę sekwencji. Dla każdej izoformy transkryptu obliczane są wartości frakcji obliczane w celu identyfikacji przełączania transkryptów między warunkami. Wreszcie, spliceR przewiduje potencjał kodowania, a także potencjalną wrażliwość na rozpad za pośrednictwem nonsensu (NMD). (NMD) każdego transkryptu. WNIOSKI: spliceR jest łatwym w użyciu narzędziem, które rozszerza użyteczność technologii RNA-seq i technologii montażu, umożliwiając większą głębokość adnotacji danych RNA-seq. spliceR jest zaimplementowany jako pakiet R i jest swobodnie dostępny w repozytorium Bioconductor. z repozytorium Bioconductor ( http://www.bioconductor.org/packages/2.13/bioc/html/spliceR.html).
Czy istnieje pakiet w R/bioconductor do klasyfikacji alternatywnego splicingu?
Tak, SpliceR to pakiet R do klasyfikacji alternatywnego splicingu i przewidywania potencjału kodującego na podstawie danych RNA-seq.