Bezwzględna kwantyfikacja w skali proteomu ma fundamentalne znaczenie dla ilościowego zrozumienia organizmu. Niezadowalająca dokładność szacowania obfitości białek białek została częściowo poprawiona przez algorytm Absolute profilowania ekspresji białek (APEX), który implementuje wcześniejsze oczekiwania dotyczące wyglądu peptydów w obliczaniu obfitości białek. Jednak cecha obfitości (AF) w APEX jest liczbą widmową (SC); AF cierpi z powodu wąskiego zakresu dynamicznego, a tym samym niezadowalającej dokładności. Dlatego, przyjęliśmy inny poziom AF tandemowej spektrometrii mas (MS/MS) o nazwie Summed MS/MS Total ion current (SMT), który kumuluje intensywności fragmentów MS/MS zamiast po prostu zliczać widma MS/MS, aby przezwyciężyć ten konkretny niedobór. Połączenie APEX i SMT (w skrócie APEX-SMT) jest w stanie poprawy dokładności kwantyfikacji bezwzględnej poprzez zmniejszenie średniego względnego odchylenia o ~55-85% w porównaniu do APEX, poprzez serię testów na Universal Proteomics Standard. testów na próbce Universal Proteomics Standard o zakresie dynamicznym 5 rzędów wielkości (UPS2). Algorytm może być również stosowany do względnej kwantyfikacji. kwantyfikacji. Po zastosowaniu do względnej kwantyfikacji publicznie dostępnego zbioru danych wzorcowych, APEX-SMT może zapewnić porównywalną dokładność do APEX. Wszystkie te wyniki sugerują, że APEX-SMT jest obiecującą alternatywą dla APEX do kwantyfikacji proteomu. kwantyfikacji proteomu.
Jakie są cechy charakterystyczne "Universal Proteomics Standard 2" (UPS2)?
Proteomiczny standard zakresu dynamicznego UPS2 został wprowadzony przez Association of Biomolecular Resource Facilities Proteomics Standards Research Group w 2006 roku i ma zakres dynamiczny 5 rzędów wielkości.