Przetwarzanie RNA jest niezbędne dla wysokiej wierności i różnorodności eukariotycznych transkryptomów i kodowanych proteomów. transkryptomów i kodowanych proteomów. Jednak kontrola przetwarzania RNA jest nie jest w pełni ustalona. Σ RNA jest klasą konserwowanych dużych niekodujących RNA (mysi Hepcarcin; ludzki MALAT-1) regulowanych w górę w nowotworach. Używając technologii antysensownej zidentyfikowaliśmy, że potranskrypcyjna modyfikacja RNA jest najbardziej najważniejszą globalną funkcją Σ RNA. W szczególności, przetwarzanie pre-mRNA genów, w tym genów, w tym czynnika tkankowego i endogliny, zostało zmienione przez hydrolizę Σ RNA/MALAT-1. Wyniki te potwierdzają hipotezę, że Σ RNA/MALAT-1 jest cząsteczką regulacyjną pełniącą rolę odgrywa rolę w potranskrypcyjnej modyfikacji RNA. --- Chociaż transkrypt związany z przerzutami gruczolakoraka płuc (MALAT) -1 jest znany jest konsekwentnie regulowany w górę w kilku nabłonkowych nowotworach złośliwych, niewiele jest wiadomo o jego funkcji lub regulacji. Dlatego też zbadaliśmy związek między ekspresją MALAT-1 a modulatorami kandydującymi, takimi jak wirus nowotworowy DNA onkoproteiny wirusa brodawczaka ludzkiego (HPV)-16 E6 i E7, antygen T wirusa BK (BKVTAg), antygen T mysiego wirusa polyoma (MPVmTAg) i geny supresorowe nowotworów p53 i pRb geny p53 i pRb. Stosując supresyjną hybrydyzację subtraktywną (SSH) i testy łańcuchowej reakcji polimerazy z odwrotną transkryptazą (RT-PCR) w czasie rzeczywistym, wykazano, że MALAT-1 jest zwiększony w biopsjach gruczołów ślinowych z ekspresją wirusowego onkogenu biopsje od ludzi i myszy. Wyniki wskazały również, że transkrypty MALAT-1 i aktywność promotora były zwiększone in vitro, gdy wirusy plazmidy wyrażające onkogen zostały wprowadzone do różnych typów komórek. Te same te same wirusowe onkogeny, oprócz zwiększania transkrypcji MALAT-1, również wykazano również hamowanie funkcji p53 i/lub pRb. W zmutowanych lub nieaktywnych liniach komórkowych wykazano również, że MALAT-1 jest silnie regulowany w górę. Stawiamy hipotezę, że istnieje istnieje korelacja między nadekspresją MALAT-1 a deregulacją p53. Podsumowując Podsumowując, pokazujemy, że zakłócenie p53, zarówno przez polyoma, jak i brodawczaka onkoproteiny wydają się odgrywać ważną rolę w regulacji MALAT-1. MALAT-1 może zatem stanowić biomarker deregulacji p53 w nowotworach złośliwych. nowotworów złośliwych. --- Ostatnie badania wykazały, że długie niekodujące RNA (lncRNA) odgrywają ważną rolę w biologii nowotworów. odgrywają ważną rolę regulacyjną w biologii nowotworów, a ekspresja lncRNA MALAT-1 jest podwyższona w niektórych nowotworach. Jednak udział MALAT-1 w przerzutach raka pęcherza moczowego przerzutów raka pęcherza moczowego pozostaje w dużej mierze nieznany. W niniejszym badaniu oceniliśmy MALAT-1 w tkankach raka pęcherza moczowego metodą PCR w czasie rzeczywistym i zdefiniowaliśmy jego funkcje biologiczne. funkcje biologiczne. Zweryfikowaliśmy, że poziomy MALAT-1 były podwyższone w tkankach raka pęcherza moczowego w porównaniu z sąsiednimi normalnymi tkankami, a ekspresja MALAT-1 była znacznie zwiększona w guzach pierwotnych, które następnie przerzuty, w porównaniu z guzami pierwotnymi, które nie dawały przerzutów. Wyciszanie MALAT-1 za pośrednictwem SiRNA osłabiało migrację komórek raka pęcherza moczowego in vitro. migrację. Obniżenie poziomu MALAT-1 spowodowało zmniejszenie wskaźnika związanych z przejściem nabłonkowo-mezenchymalnym (EMT) poziomów ZEB1, ZEB2 i Slug, oraz wzrost poziomu E-kadheryny. Ponadto wykazaliśmy, że MALAT-1 promował EMT poprzez aktywację sygnalizacji Wnt in vitro. Dane te sugerują ważną rolę MALAT-1 w regulowaniu przerzutów raka pęcherza moczowego oraz potencjalne zastosowanie MALAT-1 w terapii raka pęcherza moczowego. --- Związany z przerzutami gruczolakoraka płuc transkrypt 1 (MALAT1), długi niekodujący RNA (lncRNA), jest regulowany w górę w wielu guzach litych. niekodujący RNA (lncRNA), jest regulowany w górę w wielu guzach litych i związany z przerzutami i nawrotami raka. Jednak jego rola w raku wątrobowokomórkowym raka wątrobowokomórkowego (HCC) pozostaje słabo poznana. W niniejszym badaniu oceniliśmy ekspresję MALAT1 za pomocą ilościowego PCR w czasie rzeczywistym w 9 liniach komórkowych raka wątroby i 112 przypadkach HCC, w tym 60 przypadkach, które otrzymały przeszczep wątroby (LT) z pełnymi danymi z obserwacji. Ponadto, zastosowano małe interferujące RNA (siRNA) do hamowania ekspresji MALAT1 w celu zbadania jego biologicznej roli w progresji nowotworu. progresji nowotworu. Stwierdziliśmy, że MALAT1 był regulowany w górę zarówno w liniach komórkowych, jak i próbkach tkanek klinicznych. Pacjenci z wysokim poziomem ekspresji MALAT1 mieli znacznie zwiększone ryzyko nawrotu nowotworu po LT, szczególnie u pacjentów, którzy przekroczyli kryteria mediolańskie. W analizie wieloczynnikowej MALAT1 był niezależnym czynnikiem prognostycznym dla przewidywania nawrotu HCC (współczynnik ryzyka, 3,280, P = 0,003), a ponadto hamowanie MALAT1 w komórkach HepG2 może skutecznie zmniejszać żywotność komórek, ruchliwość skutecznie zmniejszyć żywotność komórek, ich ruchliwość, inwazyjność i zwiększyć wrażliwość na apoptozę. wrażliwość na apoptozę. Nasze dane sugerują, że lncRNA MALAT1 odgrywa ważną rolę w progresji nowotworu i może rolę w progresji nowotworu i może być nowym biomarkerem do przewidywania nawrotu guza nawrót guza po LT i służyć jako obiecujący cel terapeutyczny. --- Mięsak zrębu endometrium (ESS) macicy jest rzadkim nowotworem złośliwym macicy. który nie został szczegółowo scharakteryzowany. Aby scharakteryzować fenotyp ESS macicy, wyodrębniliśmy RNA z ESS i zrębu prawidłowego endometrium przy użyciu systemu mikrodysekcji tkanek i porównaliśmy profile ekspresji w obu tkankach. dwóch tkankach. Po supresyjnej hybrydyzacji subtraktywnej i różnicowym wykryliśmy transkrypt gruczolakoraka płuc związanego z przerzutami 1 (MALAT-1) jako jeden z głównych genów regulowanych w górę w ESS i klon cDNA pełnej długości łożyskowy klon cDNA (CS0DI066YJ10) jako jeden z głównych genów regulowanych w dół. Wyniki Wyniki zostały potwierdzone przez hybrydyzację in situ w czterech wyciętych próbkach ESS i 36 próbkach biopsyjnych prawidłowej tkanki endometrium. Wszystkie ESS (4/4) i wszystkie przypadki komórek zrębu endometrium w fazie proliferacyjnej (13/13) były MALAT-1, ale próbki normalnego zrębu w fazie wydzielniczej i w stanie menopauzalnym menopauzie były ujemne lub słabo dodatnie dla MALAT-1 (odpowiednio 5/13 i 3/10). (odpowiednio 5/13 i 3/10). W przeciwieństwie do tego, wszystkie ESS i 12 z 13 przypadków komórek zrębu w fazie proliferacyjnej były ujemne dla klonu cDNA pełnej długości klonu cDNA łożyska, ale 10 z 13 przypadków komórek zrębu endometrium w fazie wydzielniczej były dodatnie dla transkryptów tego genu (P < 0,05). Te Wyniki te wskazują, że komórki zrębu endometrium mają różne cechy fenotypowe fenotypowe między fazą proliferacyjną i wydzielniczą, a komórki nowotworowe ESS mają fenotypowy charakter komórek zrębu endometrium w fazie proliferacyjnej. fazie proliferacyjnej. --- Ostatnie badania z wykorzystaniem tablic kafelkowych ujawniły więcej transkrypcji genomowej niż niż wcześniej przewidywano. Wykryto całe nowe grupy transkryptów niekodujących (NCT). zostały wykryte. Niektóre z tych NCT, w tym miRNA, mogą regulować ekspresję genów. ekspresję genów. Do tej pory większość znanych badanych NCT była stosunkowo krótka, ale ale kilka ważnych regulacyjnych NCT, w tym XIST, MALAT-1, BC1 i BC200, jest znacznie większe i stanowią nową klasę długich, niekodujących gatunków RNA. RNA. Tablice kafelkowe całego genomu zostały wykorzystane do identyfikacji nowych długich NCT w całym ludzkim genomie. Nasze wyniki pozwoliły zidentyfikować nową grupę długich (>400 nt), obficie wyrażanych NCT i odkryliśmy, że ich podzbiór są również wysoce konserwowane ewolucyjnie. W niniejszym raporcie rozpoczęliśmy scharakteryzować 15 długich, konserwatywnych NCT. Ilościowa RT-PCR w czasie rzeczywistym została wykorzystana do analizy ich ekspresji w różnych normalnych tkankach ludzkich, a także w raku piersi i jajnika. raka jajnika. Stwierdziliśmy zmienioną ekspresję wielu z tych NCT w obu typach nowotworów. typach nowotworów. Ponadto, kilka z tych NCT ma spójne mutacje, gdy sekwencje normalnych próbek porównano z panelem linii komórkowych pochodzących z raka linii komórkowych. Stwierdzono, że jeden NCT jest konsekwentnie zmutowany w panelu raka endometrium raka endometrium w porównaniu z dopasowaną prawidłową krwią. Te NCT były jednymi z najbardziej obficie wyrażanych transkryptów. Prawdopodobnie istnieje wiele długo długich, konserwowanych NCT, aczkolwiek o niższym poziomie ekspresji. Chociaż funkcja tych NCT jest obecnie nieznana, nasze badanie wskazuje, że mogą one odgrywać ważną funkcję zarówno w normalnych komórkach, jak i w rozwoju raka. --- 1. --- Transkrypt 1 gruczolakoraka płuca związanego z przerzutami, MALAT1, jest długim niekodującym RNA (lncRNA). niekodujący RNA (lncRNA), który został odkryty jako marker przerzutów raka płuc. płuc. Jest wysoce obfity, a jego ekspresja jest silnie regulowana w wielu nowotworach, w tym gruczolakoraku płuc i raku wątrobowokomórkowym, a także w procesach fizjologicznych. a także w procesach fizjologicznych i jest związana z wieloma białkami wiążącymi RNA. RNA i jest wysoce konserwatywny w całej ewolucji. Transkrypt jądrowy MALAT-1 został funkcjonalnie powiązany z regulacją genów i alternatywnym splicingiem, a jego regulacja wpływa na proliferację, apoptozę, migrację i inwazję, migrację i inwazję.   Tutaj opracowaliśmy ludzki i mysi system knockout w celu zbadania fenotypów utraty funkcji tego ważnego ncRNA. W ludzkich komórkach nowotworowych ekspresja MALAT1 została zniesiona przy użyciu nukleaz cynkowo-palcowych. Nieoczekiwanie, ilościowa utrata MALAT1 nie wpłynęła na proliferację, progresję cyklu komórkowego ani architekturę jądrową. ani progresję cyklu komórkowego, ani architekturę jądrową w ludzkich komórkach raka płuc lub wątroby. komórek nowotworowych. Co więcej, genetyczna utrata Malat1 w mysim modelu nokautowym nie powodować żadnych oczywistych fenotypów ani nieprawidłowości histologicznych u zwierząt Malat1-null w porównaniu ze zwierzętami typu dzikiego. Zatem utrata obfitego jądrowego długiego ncRNA MALAT1 jest zgodna z żywotnością komórek i prawidłowym rozwojem. --- Badanie RNA osocza jest nową nieinwazyjną techniką diagnostyczną. Jednakże, czy pochodzące z guza długie niekodujące RNA (lncRNA) w osoczu może być wykorzystane jako nowe podejście do wykrywania raka prostaty u ludzi (PCa) nowe podejście do wykrywania ludzkiego raka prostaty (PCa) nie zostało jeszcze nie zostało jeszcze ustalone. Badanie zostało podzielone na trzy części: (1) charakterystyka lncRNA związanego z PCa fragmentów lncRNA związanych z PCa były systematycznie badane w osoczu lub surowicy 25 pacjentów; (2) zbadano źródło krążących fragmentów lncRNA in vitro i in vivo; oraz (3) zbadano wydajność diagnostyczną przerzutów związanych z przerzutami w transkrypcie gruczolakoraka płuc 1 (MALAT-1) pochodzącym (MD) miniRNA została zweryfikowana w niezależnej kohorcie 192 pacjentów. Poziomy ekspresji lncRNA mierzono za pomocą ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym (qRT-PCR). Kopie MD-miniRNA obliczono przy użyciu krzywej standardowej w postaci obszar pod krzywą ROC (AUC) - analiza charakterystyki operacyjnej odbiornika (ROC). Profilowanie w całym genomie ujawniło, że MALAT-1 i gen raka prostaty 3 (PCA3) ulegają nadekspresji w tkankach PCa. Osoczowe lncRNA prawdopodobnie występują w postaci fragmentów w stabilnej formie. MD-miniRNA dostaje się do pożywki hodowli komórkowej na mierzalnych poziomach. poziomach, a MD-miniRNA pochodzące z ludzkich ksenograftów PCa faktycznie przedostaje się do krążenia in vivo i może być mierzone. do krążenia in vivo i może być mierzone w celu odróżnienia myszy z ksenoprzeszczepem od myszy od myszy kontrolnych. Ponadto, poziomy MD-miniRNA w osoczu są znacznie podwyższone u pacjentów z PCa w porównaniu do pacjentów bez PCa (p<0,001). Przy wartości odcięcia 867,8 kopii MD-miniRNA na mikrolitr osocza, czułość wynosi 58,6%, 58,6% i 43,5%, a swoistość wynosi 84,8%, 84,8% i 81,6% dla odróżnienia PCa od nie-PCa, dodatniej biopsji od ujemnej biopsji i dodatniej biopsji od ujemnej biopsji, odpowiednio. biopsji. Wnioskujemy, że MD-miniRNA może być stosowany jako nowy biomarker oparty na osoczu do wykrywania PCa i może poprawić dokładność diagnostyczną poprzez przewidywanie wyników biopsji prostaty. Potrzebne są dalsze badania na dużą skalę, aby potwierdzić nasze odkrycia. --- We wczesnym stadium niedrobnokomórkowego raka płuca (NSCLC) znaczny odsetek pacjentów można wyleczyć chirurgicznie. Rozwój odległych przerzutów jest najczęstszą przyczyną niepowodzenia leczenia. najczęstszą przyczyną niepowodzenia leczenia. Możliwość dokładnego przewidywania ryzyka ryzyka rozwoju przerzutów odległych pomogłaby zidentyfikować pacjentów którzy są kandydatami do dalszej interwencji, takiej jak konwencjonalna chemioterapia adiuwantowa lub leki eksperymentalne. chemioterapia lub leki eksperymentalne. Obecne techniki biologii molekularnej pozwalają na przesiewowe w całym genomie w poszukiwaniu genów o zróżnicowanej ekspresji; i odpowiednie podejścia bioinformatyczne są opracowywane w szybkim tempie w celu poprawy prognozowania przewidywania. Geny związane z przerzutami niekoniecznie odgrywają rolę w patogenezie choroby, ale raczej odzwierciedlają patogenezie choroby, ale raczej odzwierciedlają aktywację specyficznych szlaków szlaków transdukcji sygnału, które są związane ze zwiększoną zdolnością do migracji i inwazji. inwazją. W naszej własnej pracy zidentyfikowaliśmy kilka genów (np. tymozyna beta-4, elF4A1), w tym nowy niekodujący RNA (MALAT-1), który ulega ekspresji na znacznie wyższym poziomie w stadium ekspresji na znacznie wyższych poziomach w stadium I i stadium II pierwotnych nowotworów NSCLC które następnie dawały przerzuty. W konsekwencji pacjenci z wykazano, że pacjenci z wysokim poziomem ekspresji tych genów mieli znacznie gorsze przeżycie w porównaniu z pacjentami z niskim poziomem ekspresji tych genów. Dane te dane potwierdzają hipotezę, że wzorce ekspresji genów w guzach pierwotnych określają prawdopodobieństwo wystąpienia przerzutów. W niedalekiej przyszłości informacje te w niedalekiej przyszłości informacje te zostaną wykorzystane do dostosowania terapii dla pacjentów z NSCLC we wczesnym stadium. --- WPROWADZENIE: Funkcje dużych niekodujących RNA (ncRNA) pozostają w wielu przypadkach nieuchwytne w wielu przypadkach. Metastasis-Associated-in-Lung-Adenocarcinoma-Transcript-1 (MALAT-1) jest ncRNA, które wykazuje wysoką ekspresję w kilku typach nowotworów. METODY: Podejścia nadekspresji i interferencji RNA (RNAi) zostały wykorzystane do analizy biologicznych funkcji MALAT-1 RNA. Wzrost guza badano u nagich myszy. nagich myszach. Do analizy prognostycznej wykryto MALAT-1 RNA na sondach tkankowych niedrobnokomórkowego raka płuca (NSCLC) zatopionych w parafinie (n = 352) przy użyciu hybrydyzacji in situ. WYNIKI: MALAT-1 wykazywał wysoką ekspresję w kilku ludzkich liniach komórkowych NSCLC. EKSPRESJA MALAT-1 była regulowana przez endogenną pętlę ujemnego sprzężenia zwrotnego. W A549 NSCLC, supresja MALAT-1 RNA za pośrednictwem RNAi hamowała migrację i wzrost klonogenny. wzrost klonogenny. Wymuszona ekspresja MALAT-1 w komórkach NIH 3T3 znacząco zwiększała migrację. Po wstrzyknięciu do nagich myszy, ksenografty NSCLC z z obniżoną ekspresją MALAT-1 były upośledzone w tworzeniu i wzroście guza. Hybrydyzacja in Hybrydyzacja in situ na zatopionych w parafinie sondach tkanki raka płuc ujawniła, że że wysoka ekspresja MALAT-1 RNA w raku płaskonabłonkowym płuc była związana ze złym rokowaniem. Na poziomie genetycznym MALAT-1 wykazuje najsilniejszy związek z genami zaangażowanymi w raka, takimi jak wzrost komórkowy, ruch, proliferacja, sygnalizacja i regulacja immunologiczna. WNIOSKI: Dane te wskazują, że poziomy ekspresji MALAT-1 są związane z przeżyciem pacjentów i identyfikują funkcje MALAT-1 promujące nowotwory.
Czy długi niekodujący RNA malat-1 jest regulowany w górę lub w dół w raku?
Ekspresja Malat-1 jest regulowana w górę w kilku typach nowotworów