TŁO: Liczne badania wykorzystały mikromacierze do identyfikacji sygnatur genów do przewidywania wyników klinicznych pacjentów z rakiem i odpowiedzi na chemioterapię. Jednak potencjalny wpływ profilowania ekspresji genów w diagnostyce raka, rokowaniu i rozwoju spersonalizowanego leczenia może nie być w pełni wykorzystany ze względu na brak zgodnych sygnatur genów i słabe zrozumienie mechanizmów molekularnych mechanizmów molekularnych. METODY: Opracowaliśmy nowatorskie podejście do uzyskiwania sygnatur genów dla prognozowania raka piersi w kontekście znanych szlaków biologicznych. Korzystając z nienadzorowanych metod, pacjentki z rakiem zostały podzielone na odrębne grupy na podstawie wzorców ekspresji genów w jednej z następujących ścieżek wzorce ekspresji w jednym z następujących szlaków: apoptoza, cykl komórkowy, angiogeneza, przerzuty, p53, naprawa DNA i kilka szlaków sygnałowych, w tym w tym chemokiny, EGF, FGF, HIF, kinaza MAP, JAK i NF-kappaB. NF-kappaB. Prawdopodobieństwo przeżycia zostało następnie porównane między grupami pacjentów w celu ustalenia, czy zróżnicowana ekspresja genów w określonym szlaku jest skorelowana z różną przeżywalnością. WYNIKI: Nasze wyniki ujawniły, że ekspresja genów cyklu komórkowego jest silnie predykcyjna dla wyników leczenia raka piersi. Potwierdziliśmy tę obserwację poprzez budując model sygnatur genów cyklu komórkowego przy użyciu metod nadzorowanych. Zweryfikowano w wielu niezależnych zestawach danych, sygnatura genów cyklu komórkowego jest bardziej dokładniejszym predyktorem wyników klinicznych raka piersi niż wcześniej zidentyfikowana sygnatura 70 genów Amsterdamu, która została opracowana w zatwierdzonym przez FDA zatwierdzony przez FDA test kliniczny MammaPrint. WNIOSEK: Podsumowując, opracowany przez nas model sygnatury ekspresji genów z dobrze zdefiniowanych ścieżek jest nie tylko konsekwentnie silnym prognostykiem ale także mechanistycznie powiązany z biologią raka. Nasze podejście stanowi alternatywę dla obecnej metodologii identyfikacji markerów ekspresji genów dla prognozowania raka i odpowiedzi na leki przy użyciu ekspresji genów całego genomu dane.
Czy MammaPrint został zatwierdzony przez amerykańską Agencję Żywności i Leków?
Tak. MammaPrint jest zatwierdzony przez FDA do stosowania w przypadku nawrotu raka piersi.