Duże ilości danych epigenomicznych są generowane w ramach Międzynarodowego Konsorcjum ds. Międzynarodowego Konsorcjum Ludzkiego Epigenomu, którego celem jest ustanowienie 1000 referencyjnych epigenomów w ciągu najbliższych kilku lat. Dane te mogą potencjalnie ujawnić złożoność regulacji epigenomicznej. Jednak ich skuteczne wykorzystanie jest utrudnione przez brak elastycznych i łatwych w użyciu metod wyszukiwania danych. Wyodrębnianie interesujących zestawów regionów jest uciążliwym zadaniem, które obejmuje kilka ręcznych kroków: identyfikacja odpowiednich eksperymentów, pobieranie odpowiednich plików danych i filtrowanie interesujących zestawów regionów. Tutaj DeepBlue Epigenomic Data Server, który usprawnia analizę danych epigenomicznych oraz rozwój oprogramowania. analizę danych epigenomicznych, a także rozwój oprogramowania. DeepBlue zapewnia kompleksowy interfejs programistyczny do wyszukiwania, wybierania, filtrowania, podsumowywania i pobierania zestawów regionów. Zawiera dane z czterech głównych projektów epigenomowych, ENCODE, ROADMAP, BLUEPRINT i DEEP. DeepBlue zawiera podręcznik użytkownika, przykładami i dobrze udokumentowanym interfejsem programowania aplikacji (API). API API jest dostępny za pośrednictwem protokołu XML-RPC obsługiwanego przez wiele języków programowania. języków programowania. Aby zademonstrować korzystanie z API i umożliwić wygodne pobieranie danych dla osób niebędących programistami, oferujemy opcjonalny interfejs sieciowy. DeepBlue może dostępny pod adresem http://deepblue.mpi-inf.mpg.de.
Dane z których głównych projektów epigenomowych znajdują się na serwerze danych epigenomowych DeepBlue?
Serwer danych epigenomowych DeepBlue zawiera dane z czterech głównych projektów epigenomowych, a mianowicie ENCODE, ROADMAP, BLUEPRINT i DEEP.