Nieobecne słowo (nazywane również słowem zabronionym lub słowem niewystępującym w innych kontekstach) w sekwencji sekwencji jest segmentem, który nie pojawia się w danej sekwencji. Jest to minimalnym nieobecnym słowem, jeśli wszystkie jego właściwe czynniki występują w danej sekwencji. W W tym artykule dokonamy przeglądu koncepcji minimalnych nieobecnych słów, która obejmuje pojęcie najkrótszych nieobecnych słów, ale jest znacznie silniejsze. Przedstawiamy wydajną metodę obliczania minimalnych nieobecnych słów o ograniczonej długości dla sekwencji DNA przy użyciu trójki o ograniczonej głębokości, reprezentującej czynniki o ograniczonej długości. Metoda ta wyprowadza cały zestaw minimalnych nieobecnych słów, a ponadto nasza technika zapewnia algorytm czasu liniowego z mniejszym zużyciem pamięci niż poprzednie rozwiązania. Przedstawiamy również podejście do rozróżniania sekwencji różnych organizmów przy użyciu ich minimalnych nieobecnych słów. Nasze rozwiązanie stosuje indeks ważony długością do rozróżniania sekwencji, a wyniki pokazują, że możemy zbudować drzewo filogenetyczne na podstawie drzewo filogenetyczne na podstawie zebranych informacji. --- TŁO: Problem znajdowania najkrótszych nieobecnych słów w danych DNA jest i opisano algorytmy jego rozwiązywania. Zauważono, że Zauważono, że dłuższe nieobecne słowa również mogą być interesujące, ale istniejące algorytmy istniejące algorytmy dostarczają jedynie ogólnych nieobecnych słów poprzez trywialne rozszerzenie najkrótszych. najkrótszych. WYNIKI: Pokazujemy, w jaki sposób nieobecne słowa odnoszą się do powtórzeń i struktury danych. danych i definiujemy nową i większą klasę nieobecnych słów, zwaną minimalnymi nieobecnymi słów, która nadal przechwytuje podstawowe właściwości najkrótszych nieobecnych słów wprowadzonych w ostatnich pracach. Słowa tej nowej klasy są minimalne w tym sensie, że w tym sensie, że jeśli ich skrajny lewy lub skrajny prawy znak zostanie usunięty, wówczas wynikowy słowo nie jest już słowem nieobecnym. Opisujemy algorytm generowania minimalnych nieobecnych słów, który w praktyce działa w przybliżeniu w czasie liniowym. Implementacja implementacja tego algorytmu jest publicznie dostępna pod adresem ftp://www.ieeta.pt/~ap/maws. WNIOSEK: Ponieważ zbiór minimalnych nieobecnych słów, który proponujemy, jest znacznie większy niż zbiór najkrótszych nieobecnych słów, jest potencjalnie bardziej użyteczny dla aplikacji, które wymagają bogatszej różnorodności nieobecnych słów. Niemniej jednak, liczba minimalnych nieobecnych słów jest nadal możliwa do zarządzania, ponieważ rośnie co najwyżej liniowo wraz z rozmiarem ciągu, w przeciwieństwie do ogólnych nieobecnych słów, które rosną wykładniczo. Zarówno algorytm, jak i koncepcje, od których on zależy, rzucają dodatkowe światło na strukturę nieobecnych słów i uzupełniają istniejące badania na ten temat. badania na ten temat.
Jaka jest definicja minimalnych nieobecnych słów?
Słowo nieobecne w słowie y o długości n to słowo, które nie występuje w y. Jest to minimalne słowo nieobecne, jeśli wszystkie jego właściwe czynniki występują w y. Minimalne słowa nieobecne zostały obliczone w genomach organizmów ze wszystkich dziedzin życia; ich obliczenie stanowi również szybką alternatywę dla pomiaru przybliżenia w porównywaniu sekwencji.