Zbadanie rozkładu podtypów ludzkiego wirusa niedoboru odporności-1 (HIV-1) wśród mężczyzn uprawiających seks z mężczyznami (MSM) w Zhengzhou w prowincji Henan, pobrano czterdzieści próbek krwi od nosicieli wirusa HIV-1, którzy przyznali się do uprawiania seks z mężczyznami. Kompletny gen gag amplifikowano metodą RT-PCR i nested-PCR oraz sekwencjonowano. sekwencjonowany. Wszystkie sekwencje zostały edytowane przez BioEdit i podtypowane przez oprogramowanie do genotypowania. oprogramowanie. Analiza filogenetyczna genu gag została następnie przeprowadzona przy użyciu oprogramowania MEGA 3.1, odległości między genami obliczono za pomocą programu Distance. Istniały trzy różne podtypy HIV-1, w tym B, CRF01-AE i CRF07-BC obecne wśród dwudziestu czterech MSM w Zhengzhou. Wyniki genotypowania wykazały, że 33,33% (8/24) było B, 41,67% (10/24) było CRF01-AE i 25% (6/24) było CRF07-BC, a podtyp CRF01-AE stał się najbardziej rozpowszechnionym podtypem HIV-1 w Zhengzhou w prowincji Henan. prowincji Henan. Podsumowując, rekombinowane szczepy HIV-1 krążą w prowincji Henan, a epidemiologia jest skomplikowana. a epidemiologia jest skomplikowana. --- TŁO: Podwójne zakażenie ludzkim wirusem niedoboru odporności typu 1 (HIV-1) (DI) wiąże się ze zmniejszoną liczbą limfocytów T CD4 i zwiększoną wiremią; jednak częstość występowania DI wewnątrz podtypu jest słabo poznana. Użyliśmy ultragłębokie sekwencjonowanie (UDS) w celu oszacowania częstotliwości DI w kohorcie pierwotnego zakażenia kohorcie pierwotnych zakażeń, składającej się głównie z mężczyzn uprawiających seks z mężczyznami (MSM). METODY: Genomy HIV-1 z podłużnych próbek krwi niedawno zakażonych, niedawno zakażonych, nieleczonych uczestników zostały zbadane za pomocą UDS. DI został potwierdzony, gdy maksymalna rozbieżność sekwencji była nadmierna i poparta analizą filogenetyczną analizę filogenetyczną. Koinfekcja została zdefiniowana jako DI na początku badania; superinfekcja to monoinfekcja na początku badania i DI w późniejszym punkcie czasowym. WYNIKI: Spośród 118 uczestników 7 było współzakażonych, a 10 przeszło superinfekcję. Częstość występowania superinfekcji wynosiła 4,96 na 100 osobolat (95% przedział ufności przedział ufności [CI], 2,67-9,22); 6 wystąpiło w pierwszym roku, a 4 w drugim. Ogólna skumulowana częstość występowania DI wewnątrz podtypu B wynosiła 14,4% (95% CI, 8.6%-22.1%). Pierwotna zapadalność na HIV-1 wynosiła 4,37 na 100 osobolat (95% CI, 3.56-5.36). WNIOSKI: Wewnątrzpodtypowe zakażenie DI było częste i porównywalne z pierwotnym zakażeniem wśród MSM w San Diego; jednak wskaźniki superinfekcji spadały z czasem. DI jest prawdopodobnie ważnym składnikiem dynamiki epidemii HIV i rozwój silniejszej odpowiedzi immunologicznej na początkową infekcję może chronić przed superinfekcją. przed superinfekcją. --- TŁO: Nadzór nad lekoopornością przenoszoną przez HIV (TDR) jest zwykle prowadzony poprzez pobieranie próbek z dużej populacji. Jednak ogólna częstość występowania TDR mogą być niedokładne dla wielu indywidualnych warunków klinicznych. Przeanalizowaliśmy genotypy HIV w placówce opieki trzeciego stopnia w Ottawie w Ontario w celu oceny lokalnych wzorców TDR wśród subpopulacji. METODA: Raporty genotypowania zostały zdigitalizowane od pacjentów naiwnych ART obserwowanych w Klinice Niedoborów Odporności w Szpitalu w Ottawie w latach 2008-2010. Kontrolowane jakościowo, zdigitalizowane dane sekwencji zostały ocenione pod kątem TDR przy użyciu Stanford HIV Database. Charakterystyka pacjentów została przeanalizowana według wzorców TDR wzorców. Na koniec skonstruowano drzewo filogenetyczne w celu wyjaśnienia zaobserwowanego wzorca TDR HIV. wzorzec TDR HIV. WYNIKI: Wśród 155 pacjentów kliniki nie było statystycznie istotnej statystycznie istotnej różnicy w danych demograficznych w porównaniu z populacją HIV w prowincji Ontario. Częstość występowania TDR w klinice wynosiła 12,3%; jednak w przeciwieństwie do danych z Ontario, wzorce TDR były odwrócone z 21% częstością występowania wśród MSM i 5.5% wśród IDU. Co więcej, prawie 80% zaobserwowanych TDR było wzorem D67N/K219Q przy czym 87% tych infekcji pochodziło z odrębnego klastra filogenetycznego. WNIOSKI: Lokalne wzorce TDR różniły się od tego, co zaobserwowano prowincji. Analiza filogenetyczna ujawniła klaster powiązanych infekcji wśród MSM, które wydawały się być bardziej prawdopodobnymi niedawnymi infekcjami. Wyniki wspierają paradygmat paradygmat rutynowego lokalnego nadzoru TDR w celu identyfikacji subpopulacji objętych opieką. pod opieką. Ponadto rutynowe stosowanie analizy filogenetycznej w kontekście nadzoru TDR zapewnia wgląd w to, jak najlepiej ukierunkować strategie zapobiegania strategie; i jak prawidłowo mierzyć wyniki. --- TŁO: W Europie Zachodniej, obszarze wcześniej ograniczonym do podtypu B HIV-1, rekombinacje BC rekombinanty były rzadko zgłaszane. CEL: Opisanie wybuchu rekombinacji HIV-1 BC w południowych Włoszech. PROJEKT BADANIA: Przeanalizowaliśmy sekwencje pol (proteaza/odwrotna transkryptaza) od 135 nowo zdiagnozowanych pacjentów zakażonych HIV-1 w latach 2009-2011. Dla relacje filogenetyczne, sekwencje zostały dopasowane do najnowszego zestawu danych referencyjnych z bazy danych Los Alamos przy użyciu BioEdit (wersja 7.1.3). Wynikowe uzyskane dopasowanie analizowano za pomocą pakietu Phylip (wersja 3.67), budując w oparciu o dwuparametrowy model substytucji Kimury. Wiarygodność topologii drzewa została oceniona poprzez bootstrapping przy użyciu 1000 powtórzeń. Wzór rekombinacji został scharakteryzowany przy użyciu programów SimPlot 3.5.1 i SplitsTree 4. WYNIKI: W analizie filogenetycznej, 22 (16,2%) izolaty, których sekwencje nie były jednoznacznie przypisane do czystego podtypu lub znanego CRF, utworzyły odrębny monofiletyczny klad (100% wartości bootstrap). W przypadku tych izolatów analiza rekombinacji zidentyfikowała wzór mozaiki BC z dwoma punktami przerwania w pozycjach pozycjach 2778±5 i 3162±8 (numeracja HXB2), które różniły się od znanych BC CRF. Wszyscy pacjenci, od których uzyskano te sekwencje, byli wysoce wykształconymi wykształconymi młodymi Włochami, 91% mężczyznami i 82% MSM. Sekwencje integrazy pol, gp120 i gp41 od tych samych pacjentów zostały sklasyfikowane jako podtyp C. WNIOSKI: Wybuch epidemii, który dodatkowo odzwierciedla rosnącą heterogeniczność epidemii HIV w naszym kraju jest pierwszym doniesieniem o włoskim wybuchu rekombinacji BC, prawdopodobnie nowego kandydata na CRF. --- Południowoamerykańska epidemia ludzkiego wirusa niedoboru odporności typu 1 (HIV-1) jest przez kilka podtypów (B, C i F1) oraz krążące i unikalne rekombinowane formy pochodzące z tych podtypów. formy pochodzące z tych podtypów. Warianty te są heterogenicznie rozmieszczone na całym kontynencie w sposób specyficzny dla danego kraju. Pomimo pewnych niespójności wynikających głównie z błędów próbkowania i ograniczeń analitycznych, większość badań przeprowadzonych w tym obszarze zgodziła się wskazać na specyfikę w w dynamice ewolucyjnej krążących linii HIV-1. W niniejszym artykule omówiliśmy podstawy teoretyczne i zastosowanie metod bioinformatycznych do rekonstrukcji dynamiki przestrzenno-czasowej HIV, ujawniając istotne informacje w celu zrozumieć pochodzenie, geograficzne rozprzestrzenianie się i obecny molekularny molekularnego scenariusza epidemii HIV na kontynencie, w szczególności w krajach Południowego Stożka. --- Przedstawiamy nową krążącą rekombinowaną formę HIV-1 (CRF64_BC), która została wyizolowana od pięciu niepowiązanych epidemiologicznie osób zakażonych HIV w prowincji Yunnan w prowincji Yunnan. CRF64_BC składał się z podtypu B i podtypu C, z pięcioma krótkimi segmentami podtypu z pięcioma krótkimi segmentami podtypu B wstawionymi do szkieletu podtypu C. Analiza filogenetyczna wykazała, że podregion C był skorelowany z indyjską linią C, która została przeniesiona do Chin we wczesnych latach 90-tych. Historia ewolucji podregionu B nie była tak jasna jak podregionu C, ponieważ krótka długość tego regionu regionu przyniosła słabe wyniki filogenetyczne. Dehong jest uważany za epicentrum HIV-1 w Chinach, a rekombinowane szczepy, takie jak CRF07_BC i CRF08_BC, które również pochodzą z tego regionu, rozprzestrzeniły się w Chinach. również pochodzą z tego regionu, rozprzestrzeniły się szeroko w Chinach. Nowo powstały szczep CRF64_BC zwiększa złożoność epidemii HIV w Chinach i komplikuje rozwój specyficznych dla podtypu narzędzi przeciwko przenoszeniu wirusa HIV. --- W Afryce Subsaharyjskiej kryptokokowe zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych (CM) jest nadal dominującą przyczyną śmiertelności związanej z AIDS. Zrozumienie zjadliwości i i poprawa leczenia klinicznego pozostają ważne. Aby scharakteryzować rolę genotypu genotypu szczepu grzybów w chorobie klinicznej, przeanalizowaliśmy 140 izolatów Cryptococcus od 111 Ugandyjczyków z AIDS i CM. Izolaty składały się z 107 nieredundantnych szczepów Cryptococcus neoformans var. grubii i 8 szczepów C. neoformans var. grubii/neoformans. Typowanie sekwencji multilocus (MLST) zostało do scharakteryzowania genotypów, uzyskując 15 typów sekwencji i 4 klony klastrów. Największy klaster klonalny składał się z 74 izolatów. Wyniki Burst i analiza filogenetyczna sugerowały, że szczepy C. neoformans var. grubii można podzielić na trzy nieredundantne grupy ewolucyjne (Burst od grupy 1 do grupy 3). Śmiertelność pacjentów była w różnym stopniu związana z różnymi grupami ewolucyjnymi (P = 0,04), przy czym najwyższą śmiertelność zaobserwowano wśród grupy Burst 1, grupy Burst 2 i szczepów hybrydowych. W porównaniu do szczepów z grupy Burst 3, szczepy z grupy Burst 1 były związane z wyższą śmiertelnością (P = 0,02), wykazywały zwiększone zrzucanie kapsułek (P = 0,02) i wywoływały bardziej wyraźniejszą odpowiedź Th(2) podczas testów uwalniania cytokin ex vivo z specyficzną dla szczepu stymulacją kapsułki (P = 0,02). Wyniki tych analiz sugerują, że zmienność szczepów kryptokoków może być ważnym wyznacznikiem odpowiedzi immunologicznej i śmiertelności. ludzkiej odpowiedzi immunologicznej i śmiertelności. WAŻNOŚĆ: Cryptococcus neoformans jest powszechnym patogenem grzybiczym zagrażającym życiu człowieka. patogenem, który jest odpowiedzialny za około 1 milion przypadków zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych u pacjentów zakażonych HIV rocznie. pacjentów zakażonych wirusem HIV rocznie. Czynniki wirulencji, które są ważne w chorobach zostały zidentyfikowane, jednak wpływ genotypu szczepu grzybów na wirulencję i wyniki infekcji u ludzi pozostają słabo poznane. Wykorzystując analizę zmienności szczepów opartą na testach in vitro i danych klinicznych od Ugandyjczyków żyjących z AIDS i zakażeniem kryptokokami, donosimy, że genotyp szczepu przewiduje rodzaj odpowiedzi immunologicznej i ryzyko śmiertelności. Badania te sugerują, że znajomość genotypu szczepu podczas infekcji u ludzi może być być wykorzystana do przewidywania wyników choroby i prowadzić do ulepszonych metod leczenia mających na celu ukierunkowane na specyficzną kombinację zjadliwości patogenu i odpowiedzi gospodarza. --- Analizowano dynamikę populacji quasispecies wirusowych między monocytami i limfocytami T analizowano u pacjentów po przerwaniu wysoce aktywnej terapii antyretrowirusowej (HAART) podczas obserwacji trwającej 3-6 miesięcy. Region V3 env został poddany ultra głębokiemu pirosekwencjonowaniu. Przewidywanie wykorzystania ko-receptorów zostało przeprowadzone przez Analiza macierzy wyników specyficznych dla pozycji. Drzewa filogenetyczne zostały skonstruowane w celu ocenić relacje między wariantami. Przepływ genów został również przepływ genów. Chociaż w momencie przerwania terapii genomy pochodzące z monocytów Genomy HIV-1 pochodzące z monocytów wykazywały większą heterogenność genetyczną niż genomy limfocytów T, w późniejszych okresach ta różnica w heterogenności genetycznej zanikała, z powodu różnych fal ekspansji i redukcji zmienności quasispecies związanej z monocytami i limfocytami T. Analiza filogenetyczna i ocena przepływu genów i przepływ genów potwierdziły hipotezę o rozległej wymianie wariantów między przedziałami komórkowymi infekcji. Rozprzestrzenianie się prowirusowych linii X4 ukrytych w monocytach do limfocytów T, ale nie było to związane z ogólnym przesunięciem w kierunku ogólnym przesunięciem w kierunku CXCR4 przy użyciu wariantów w okresie obserwacji.
Czy istnieje analiza filogenetyczna dla HIV?
W biologii filogenetyka jest badaniem relacji ewolucyjnych między grupami organizmów (np. gatunkami, populacjami), które są odkrywane za pomocą danych sekwencjonowania molekularnego i macierzy danych morfologicznych. Wynikiem badań filogenetycznych jest hipoteza dotycząca historii ewolucyjnej grup taksonomicznych: ich filogeneza.
Analiza filogenetyczna bada niewielkie różnice w genach HIV przy użyciu metod obliczeniowych w celu obliczenia odległości genetycznej między szczepami. W przeciwieństwie do
ludzkiego DNA, które pozostaje stabilne przez całe życie, RNA wirusa HIV zmienia się bardzo szybko, co prowadzi do ogromnej różnorodności genetycznej. Różnorodność ta oznacza, że naukowcy, wykorzystując analizę filogenetyczną, byli w stanie ustalić, skąd pochodzi HIV, a także śledzić różne szczepy HIV, które istnieją na całym świecie.
W oparciu o wyniki, istnieje wiele badań dotyczących analizy filogenetycznej HIV.