Połączenie wychwytywania konformacji chromosomów (3C) z technologiami sekwencjonowania nowej generacji sekwencjonowania umożliwia wysokoprzepustowe wykrywanie interakcji genomowych dalekiego zasięgu interakcji genomowych, poprzez generowanie produktów ligacji między sekwencjami DNA DNA, które są blisko siebie in vivo. Interakcje te obejmują regiony promotorowe, enhancery i inne elementy regulacyjne i strukturalne chromosomów. chromosomów i mogą ujawnić kluczowe szczegóły regulacji ekspresji genów. 3C-seq jest wariantem metody wykrywania interakcji między jednym wybranym elementem genomowym (punktem widzenia) a resztą genomu. Przedstawiamy r3Cseq, pakiet R/Bioconductor zaprojektowany do przeprowadzania analizy danych 3C-seq w wielu różnych projektach eksperymentalnych. Pakiet odczytuje wspólny format wejściowy zapewnia normalizację danych, umożliwia wizualizację regionów kandydujących do interakcji i wykrywa kandydujących regionów interakcji i wykrywa statystycznie istotne interakcje chromatyny interakcje chromatyny, co znacznie ułatwia generowanie hipotez i interpretację wyników eksperymentów. interpretację wyników eksperymentalnych. Następnie zademonstrujemy jego użycie w serii rzeczywistych aplikacji.
Który pakiet jest dostępny do analizy interakcji genomowych w R/Bioconductor?
r3Cseq to pakiet R/Bioconductor zaprojektowany do przeprowadzania analizy danych 3C-seq w wielu różnych projektach eksperymentalnych. Pakiet odczytuje wspólny format wejściowy wyrównanych odczytów, zapewnia normalizację danych, umożliwia wizualizację kandydujących regionów interakcji i wykrywa statystycznie istotne interakcje chromatyny, znacznie ułatwiając w ten sposób generowanie hipotez i interpretację wyników eksperymentalnych.