Eukarionty zawierają krótkie (∼80-200 bp) regiony, które mają niewiele lub nie mają żadnych substytucji między gatunkami, które reprezentują setki milionów lat ewolucji rozbieżności ewolucyjnej. Te ultra-zachowane elementy (UCE) są kandydatami do pełnienia istotne funkcje, ale ich biologiczne role pozostają w dużej mierze nieznane. Tutaj zgłaszamy odkrycie i charakterystykę UCE z 12 sekwencjonowanych gatunków Drosophila gatunków. Zidentyfikowaliśmy 98 elementów o długości ≥80 bp z bardzo wysoką konserwacją w całej filogenezie Drosophila. Analizy genetyczne populacji wykazały, że te UCE nie są obecne w mutacyjnych zimnych punktach. Zamiast tego wnioskujemy, że doświadczają poziomu selektywnego ograniczenia prawie 10-krotnie wyższego w porównaniu z mutacjami missense w sekwencjach kodujących białka, który jest znacznie wyższy niż ten obserwowany wcześniej dla ludzkich UCE. Około połowa tych UCE Drosophila UCE pokrywa się z transkrybowaną częścią genów, a wiele z tych, które są w sekwencjach kodujących prawdopodobnie odpowiada miejscom edycji RNA zależnej od ADAR ADAR. W przypadku pozostałych UCE, które znajdują się w regionach niegenowych, stwierdzamy, że wiele z nich jest potencjalnie zdolnych do tworzenia drugorzędowych struktur RNA. Wśród dziesięciu wybranych do dalszej analizy, odkryliśmy, że większość z nich jest transkrybowana w wielu tkankach Drosophila melanogaster. Wnioskujemy, że gatunki Drosophila są bogate w UCE i wiele z nich może odpowiadać nowym niekodującym RNA.
Czy ultra-zachowane elementy Drosophila są kandydatami na ncRNA?
Tak, wysoce ograniczone elementy międzygenowe Drosophila są kandydatami na ncRNA.