Geny POU5F1 i SOX2 mają kluczowe znaczenie dla pluripotencji i przeprogramowania, ale organizacja chromosomalna wokół tych genów pozostaje słabo poznana. My zbadaliśmy interakcje chromosomalne dalekiego zasięgu na domniemanych wzmacniaczach genów POU5F1 i SOX2 w ludzkich embrionalnych komórkach macierzystych (hESC) przy użyciu techniki 4C-Seq. Odkryliśmy odkryliśmy, że ich często oddziałujące regiony pokrywają się głównie z wczesnymi domenami replikacji DNA domenami replikacji DNA. Interaktomy są związane z aktywnymi znacznikami histonowymi i wzbogacone o miejsca 5-hydroksymetylocytozyny. W hESC geny w obrębie mają podwyższoną ekspresję. Dodatkowo, niektóre geny związane z POU5F1 przyczyniają się do pluripotencji. Miejsca wiązania dla wielu białek wiążących DNA DNA, w tym ATF3, CTCF, GABPA, JUND, NANOG, RAD21 i YY1, są wzbogacone w obu interaktomach. wzbogacone w obu interaktomach. Locus RARG, często oddziałujący z locus POU5F1, ma obfite miejsca wiązania RAD21 współlokalizowane z innymi miejscami wiązania białek. białkami. Tak więc interaktomy tych dwóch genów pluripotencji mogą być ważną częścią sieci regulacyjnej w hESC.
Czy dostępne są interaktomy dla POU5F1 i SOX2?
Tak. Chromosomalne interakcje dalekiego zasięgu na domniemanych wzmacniaczach genów POU5F1 i SOX2 w ludzkich embrionalnych komórkach macierzystych (hESC) zostały zbadane przy użyciu techniki 4C-Seq. Ich często oddziałujące regiony pokrywają się głównie z domenami wczesnej replikacji DNA. Interaktomy są związane z aktywnymi znacznikami histonowymi i wzbogacone o miejsca 5-hydroksymetylocytozyny.