TŁO: Biologiczne szlaki sygnałowe, które regulują fizjologię komórkową, tworzą skomplikowaną sieć ściśle regulowanych, zazębiających się procesów. Dane na temat tych sieci regulacyjne gromadzą się w bezprecedensowym tempie. Asymilacja, wizualizacja i interpretacja tych danych stały się głównym wyzwaniem w badaniach biologicznych. w badaniach biologicznych, a po ich spełnieniu znacznie zwiększy naszą zdolność do zrozumienia funkcjonowania komórek na poziomie systemów. funkcjonowania komórek na poziomie systemowym. WYNIKI: Aby sprostać temu wyzwaniu, rozwijamy bazę wiedzy SPIKE o szlakach sygnałowych. ścieżek sygnałowych. SPIKE zawiera trzy główne komponenty oprogramowania: 1) A baza danych (DB) biologicznych szlaków sygnałowych. Starannie wyselekcjonowane informacje z literatury i dane z dużych źródeł publicznych stanowią odrębne poziomy DB. 2) Pakiet wizualizacyjny, który umożliwia interaktywną graficzną reprezentacje interakcji regulacyjnych przechowywanych w DB i superpozycję funkcjonalnych danych genomicznych i proteomicznych na mapach. 3) Algorytmiczny silnik wnioskowania algorytmiczny, który analizuje sieci pod kątem nowych funkcjonalnych interakcji między komponentami sieci. SPIKE został zaprojektowany i zaimplementowany jako narzędzie społecznościowe, a zatem i dlatego zapewnia przyjazny dla użytkownika interfejs, który umożliwia zarejestrowanym użytkownikom przesyłanie danych do SPIKE DB. Naszą wizją jest to, że baza danych zostanie zapełniona przez rozproszony i wysoce oparty na współpracy wysiłek podejmowany przez wiele grup w społeczności badawczej. społeczności badawczej, gdzie każda grupa wnosi dane w zakresie swojej specjalizacji. WNIOSEK: Zintegrowane możliwości SPIKE sprawiają, że jest to potężna platforma do analizy sieci sygnalizacyjnych i integracji wiedzy na temat takich sieci z danymi omicznymi. sieci z danymi omicznymi.
Opis przydatności bazy danych SPIKE w ludzkich szlakach sygnałowych
Szybkie gromadzenie wiedzy na temat biologicznych szlaków sygnałowych i ich mechanizmów regulacyjnych uwypukliło potrzebę istnienia specjalnych repozytoriów, które mogą przechowywać, organizować i umożliwiać wyszukiwanie informacji o szlakach w sposób, który będzie przydatny dla społeczności badawczej. SPIKE (Signaling Pathways Integrated Knowledge Engine; http://www.cs.tau.ac.il/&~spike/) to baza danych służąca do osiągnięcia tego celu, zawierająca wysoce wyselekcjonowane interakcje dla poszczególnych ludzkich szlaków, wraz z informacjami literaturowymi na temat charakteru każdej interakcji. Aby populacja bazy danych i zrozumienie ścieżek były proste, zastosowano prosty, ale pouczający model danych, a ścieżki są ułożone jako mapy, które odzwierciedlają zrozumienie kuratora i ułatwiają korzystanie ze ścieżek. Baza danych koncentruje się obecnie głównie na szlakach opisujących odpowiedź na uszkodzenia DNA, cykl komórkowy, zaprogramowaną śmierć komórki i szlaki związane ze słuchem. Ścieżki są regularnie aktualizowane, a dodatkowe ścieżki są stopniowo dodawane. Pełną bazę danych i poszczególne mapy można swobodnie eksportować w kilku formatach. Bazie danych towarzyszy samodzielne narzędzie programowe do analizy i dynamicznej wizualizacji ścieżek.