CCR4, ewolucyjnie konserwowany członek kompleksu CCR4-NOT, jest główną cytoplazmatyczną deadenylazą. cytoplazmatycznej deadenylazy. Zawiera C-końcową domenę nukleazy o homologii do rodziny enzymów endonukleaza-eksonukleaza-fosfataza (EEP). Określiliśmy określiliśmy trójwymiarową strukturę domeny nukleazy CNOT6L o wysokiej rozdzielczości. CNOT6L, ludzkiego homologa CCR4, za pomocą krystalografii rentgenowskiej przy użyciu metody metodą anomalnej dyspersji pojedynczej długości fali. Jest to pierwsza struktura deadenylazy należącej do rodziny EEP przyjmuje kompletną kanapkę alfa/beta fałd typowy dla hydrolaz z wysoce konserwowanymi resztami miejsca aktywnego podobnymi do APE1. Miejsce aktywne CNOT6L powinno rozpoznawać substrat RNA poprzez jego ujemnie naładowaną powierzchnię. Testy deadenylazy in vitro potwierdzają krytyczne reszty miejsca aktywnego i pokazują, że domena nukleazy CNOT6L wykazuje pełną Mg(2+)-zależną aktywność deadenylazy ze ścisłym substratem poli(A) RNA specyficznością. Aby zrozumieć strukturalne podstawy wiązania substratu poli(A) RNA wiązania, struktury krystaliczne domeny nukleazy CNOT6L zostały również w kompleksie z AMP i poli(A) DNA. Uzyskane struktury sugerują molekularny mechanizm deadenylazy obejmujący pentacowalentne przejście fosforanowe przejście. --- Nokturnina jest członkiem rodziny deadenylaz CCR4, a jej ekspresja jest pod kontrolą dobową ze szczytowymi poziomami w nocy. Ponieważ może usuwać ogony poli(A) z mRNA, przypuszcza się, że odgrywa rolę w kontroli potranskrypcyjnej ekspresji genów okołodobowych, ale jej docelowe mRNA nie są znane. Tutaj my wykazać, że ekspresja Nocturnin jest ostro indukowana przez endotoksynę lipopolisacharyd (LPS). Fibroblasty zarodkowe myszy (MEF) pozbawione Nocturnin wykazują normalne wzorce ostrej indukcji mRNA TNFα i iNOS podczas pierwsze trzy godziny po leczeniu LPS, ale do 24 godzin, podczas gdy poziomy mRNA TNFα są nie do odróżnienia od komórek WT, wiadomość iNOS jest znacząco zmniejszona 20-krotnie. W związku z tym analiza stabilności mRNA wykazała, że utrata Nocturnin powoduje znaczny spadek okresu półtrwania iNOS mRNA (t(1/2) = 3,3 godziny w MEF z nokautem Nocturnin vs. 12,4 godziny w MEF typu dzikiego). MEFs), nie mając jednocześnie wpływu na wiadomość TNFα. Co więcej, myszy pozbawione Nocturnin tracą normalny nocny szczyt wątrobowego iNOS mRNA i mają lepsze przeżywalność po wstrzyknięciu LPS. Dane te sugerują, że Nocturnin ma nową aktywność stabilizującą, która odgrywa ważną rolę w odpowiedzi okołodobowej na sygnały zapalne. sygnały zapalne. --- TŁO: Drożdżowy czynnik yCCR4 należy do transkrypcyjnego kompleksu regulacyjnego CCR4-NOT kompleks regulacyjny, w którym oddziałuje poprzez motyw powtórzenia bogatego w leucynę (LRR) motyw z yPOP2. Niedawno wykazano, że yCCR4 jest składnikiem głównego cytoplazmatycznego kompleksu deadenylazy mRNA i zawiera fałd związany z Mg2+-zależnym rdzeniem endonukleazy. WYNIKI: Tutaj opisujemy identyfikację dziewiętnastu białek związanych z yCCR4 u eukariontów (w tym drożdży, roślin i zwierząt), które wszystkie zawierają fałd yCCR4 z wysoce konserwatywnymi resztami specyficznymi dla CCR4. Analizy filogenetyczne i genomowe pokazują, że tworzą one cztery odrębne rodziny, z których jedna zawiera ortologi yCCR4. Ortologi u zwierząt posiadają domenę bogatą w leucynę powtarzalną domenę. Pokazujemy, używając testów dwuhybrydowych i dalekiego zachodu, że ludzki członek wiąże się z ludzkimi homologami yPOP2, tj. hCAF1 i hPOP2, w sposób zależny od LRR. WNIOSKI: Zidentyfikowaliśmy ortologi yCCR4 ssaków i wykazaliśmy, że że ludzki członek wiąże się z ludzkimi homologami yPOP2, tym samym silnie sugerując zachowanie kompleksu CCR4-NOT od drożdży do człowieka. Wszyscy członkowie czterech zidentyfikowanych rodzin białek związanych z yCCR4 wykazują konserwację łańcucha konserwację podobnych do endonukleazy motywów katalitycznych C-końcowej domeny yCCR4 i dlatego stanowią nową rodzinę białek CCR4-NOT. i dlatego stanowią nową rodzinę potencjalnych deadenylaz u ssaków. ssaków. --- Drożdżowe białko Pop2, należące do eukariotycznej rodziny Caf1, jest wymagane do deadenylacji mRNA deadenylacji mRNA in vivo. Katalizuje ono również degradację poli(A) in vitro, chociaż właściwość ta jest kwestionowana. chociaż ta właściwość została zakwestionowana. Białka Caf1 są spokrewnione z RNazą D, cecha wspierana przez niedawno opublikowaną strukturę Pop2. Drożdżowa Pop2 zawiera jednak rozbieżne miejsce aktywne, podczas gdy jego ludzkie homologi mają konsensusowe reszty katalityczne. Biorąc pod uwagę te różnice, sprawdziliśmy, czy jego aktywność deadenylazy jest zachowana w ludzkich homologach Caf1 i Pop2. Nasze dane pokazują, że oba ludzkie czynniki degradują ogony poli(A), wskazując na ich zaangażowanie w metabolizm mRNA. --- Rodzina Tob/BTG to grupa białek antyproliferacyjnych zawierających dwa wysoce homologiczne regiony wysoce homologiczne regiony, Box A i Box B. Wszystkie te białka wiążą się z czynnikiem związanym z CCR4 CCR4-associated factor 1 (Caf1), który należy do rodziny rybonukleazy D (RNase D) i jest składnikiem kompleksu CCR4-Not deadenylase. Tutaj określiliśmy strukturę krystaliczną kompleksu N-końcowego regionu Tob i ludzkiego Caf1 (hCaf1). Tob wykazywał nowy fałd, podczas gdy hCaf1 najbardziej najbardziej przypominał domenę katalityczną drożdżowej Pop2 i ludzkiej poli(A)-specyficznej rybonukleazy. Co ciekawe, w wiązaniu hCaf1 pośredniczyły zarówno Box A i Box B Tob. Testy wzrostu komórek przy użyciu zarówno białek typu dzikiego, jak i zmutowanych ujawniły, że aktywność deadenylazy Caf1 nie jest krytyczna, ale tworzenie kompleksów ma kluczowe znaczenie dla hamowania wzrostu komórek. Caf1 wiąże Tob do kompleksu CCR4-Not deadenylazy, a tym samym Tob gromadzi kilka czynników w swoim C-końcowym regionie, takich jak regionie, takich jak białka wiążące poli(A), aby wywierać działanie antyproliferacyjne. --- W Saccharomyces cerevisiae, duży kompleks, znany jako kompleks Ccr4-Not, zawierający dwie nukleazy, jest odpowiedzialny za deadenylację mRNA. Jedna z tych nukleaza nazywa się Pop2 i została zidentyfikowana przez podobieństwo do PARN, ludzkiej nukleazy poli(A). ludzką nukleazą poli(A). Tutaj przedstawiamy strukturę krystaliczną domeny nukleazy domeny nukleazy Pop2 w rozdzielczości 2,3 A. Domena ma fałd rodziny DnaQ i reprezentuje pierwszą strukturę RNazy z nadrodziny DEDD. Pomimo obecności dwóch niekanonicznych reszt w miejscu aktywnym, domena wykazuje aktywność RNazy na szerokim zakresie substratów RNA. Ukierunkowana na miejsce mutageneza reszt w miejscu aktywnym wykazuje wewnętrzną zdolność domeny Pop2 RNase D do trawienia RNA. Ta pierwsza struktura nukleazy zaangażowanej w 3'-5' deadenylację mRNA u drożdży dostarcza informacji do zrozumienia mechanizmu, dzięki któremu kompleks Ccr4-Not osiąga swoje funkcje. --- Białka z rodziny CCR4 są 3'-5'-deadenylazami, które funkcjonują w pierwszym etapie degradacji poli(A) mRNA. Tutaj opisujemy oczyszczanie do jednorodności białka CCR4 drożdży i analizę jego substratu specyficzności. CCR4 deadenyluje substrat 7N+23A (siedem nukleotydów, a następnie przez 23 reszty A) w sposób dystrybucyjny. Tylko niewielkie różnice w aktywności CCR4 dla substratów o różnej długości A obserwowano do momentu, gdy pozostała tylko 1 reszta A. pozostała. Odpowiednio, K(m) dla substratu 25N+2A było co najmniej 20-krotnie niższe niż dla substratu 25N+2A. co najmniej 20-krotnie niższa niż dla substratu 26N + 1A, chociaż ich wartości V (max) różniły się tylko 2-krotnie. Ponadto stwierdzono, że całkowita długość RNA przyczynia się do aktywności CCR4: do 17 nukleotydów (niekoniecznie (niekoniecznie poli(A)) może być rozpoznawanych przez CCR4. Poli(U), poli(C) i poli(G) były również okazały się być 12-30 razy lepszymi inhibitorami CCR4 w porównaniu z poli(A), potwierdzając obserwację, że CCR4 zawiera niespecyficzne wiązanie poli(A) miejsce wiązania. Co zaskakujące, nawet dłuższe substraty (>/=45 nukleotydów) stymulowały CCR4 do stania się enzymem procesywnym, co sugeruje, że CCR4 przechodzi dodatkową transformację w obecności takich substratów. w obecności takich substratów. CCR4 nie wykazywał również różnicy w swojej aktywności z zamkniętymi lub nie zamkniętymi substratami RNA. Wyniki te wskazują że rozpoznawanie przez CCR4 substratów RNA wiąże się z kilkoma cechami RNA które mogą być miejscami in vivo do kontrolowania szybkości specyficznej deadenylacji mRNA. deadenylacji. --- Dokładna ekspresja genów wymaga precyzyjnej kontroli poziomów mRNA, które są określane przez względne tempo syntezy i przetwarzania jądrowego (pre-)mRNA, i cytoplazmatycznego obrotu mRNA. Kluczowym etapem degradacji mRNA jest usunięcie ogona poli ogona poli(A), w którym bierze udział kilka deadenylaz, w tym składniki kompleksu kompleksu Ccr4-Not. Tutaj skupiliśmy się na roli ludzkich paralogów CNOT7 (hCaf1/Caf1a) i CNOT8 (hPop2/Caf1b/Calif), które posiadają aktywność deadenylazy mediowaną przez domeny nukleazy DEDD. Pokazujemy, że skuteczna proliferacja wymaga obu podjednostek, chociaż połączone knockdown CNOT7 i CNOT8 dodatkowo zmniejsza proliferację komórek, co wskazuje na częściową redundancję między tymi białkami. Co ciekawe, funkcja CNOT7 w proliferacji komórek częściowo zależy od jego aktywności katalitycznej. aktywności katalitycznej. Z drugiej strony, interakcja między CNOT7 i BTG2, członkiem członkiem antyproliferacyjnej rodziny BTG/Tob zaangażowanej w transkrypcję i rozkład mRNA wydaje się mniej istotna dla proliferacji komórek MCF7, co sugeruje, że że CNOT7 nie działa wyłącznie w połączeniu z BTG2. Dalsza analiza profili ekspresji genów komórek CNOT7 i/lub CNOT8 knockdown podkreśla częściową redundancję między tymi podjednostkami i sugeruje, że regulacja kilku genów, w tym represji genów antyproliferacyjnych MSMB i PMP22, przez kompleks Ccr4-Not przyczynia się do proliferacji komórek. --- Aby utrzymać homeostazę w ciągle zmieniającym się środowisku, organizmy wyewoluowały mechanizmy przeprogramowywania ekspresji genów. Jednym z głównych mechanizmów regulujących ekspresję genów jest degradacja informacyjnego RNA (mRNA), która jest inicjowana przez skracanie ogona poli(A) (deadenylacja). Represor katabolitu węgla 4-CCR4 (CCR4-CAF1) jest głównym kompleksem enzymatycznym, który katalizuje deadenylację mRNA i jest konserwowany wśród eukariontów. Jednakże składniki i funkcje tego globalnego kompleksu regulacyjnego nie zostały dobrze scharakteryzowane w roślinach. Tutaj badamy rodzinę CAF1 u Arabidopsis (Arabidopsis thaliana). Zidentyfikowaliśmy 11 homologów AtCAF1 i pokazaliśmy, że podzbiór tych genów tych genów reaguje na mechaniczne zranienie, wśród nich są AtCAF1a i AtCAF1b, których poziomy ekspresji są szybko i przejściowo indukowane przez zranienie. Zróżnicowane profile ekspresji różnych AtCAF1 sugerują, że nie wszystkie geny AtCAF1 są zaangażowane w regulację poziomów transkryptów w odpowiedzi na stres. Porównanie genów z nieprawidłową ekspresją zidentyfikowanych poprzez profilowanie transkryptu mutantów Atcaf1a i Atcaf1b w różnych punktach czasowych przed i po zranieniu sugeruje, że że AtCAF1a i AtCAF1b kierują wspólne i unikalne transkrypty do deadenylacji z czasową specyficznością. Zgodnie z transkryptem AtPI4Kgamma3 wykazującym największy wzrost obfitości w Atcaf1b, AtCAF1b celuje w AtPI4Kgamma3 mRNA do deadenylacji. Testy tolerancji na stres pokazują, że AtCAF1a i AtCAF1b są zaangażowane w pośredniczenie w odpowiedzi na stres abiotyczny. Jednakże, AtCAF1a i AtCAF1b nie są funkcjonalnie redundantne we wszystkich przypadkach, ani nie są niezbędne dla wszystkich stresów środowiskowych. Odkrycia te pokazują, że te blisko spokrewnione białka wykazują nakładające się i różne role w odniesieniu do deadenylacji mRNA i mediacji odpowiedzi na stres. --- PARN, Nocturnin i Angel to trzy z wielu deadenylaz, które zostały opisane w komórkach opisane w komórkach eukariotycznych. Podczas gdy każdy z tych enzymów wydaje się ogony poli(A) w celu skrócenia i wpływają na poziomy ekspresji genów RNA i kontrolę jakości i kontrolę jakości, enzymy te różnią się pod względem mechanizmów enzymatycznych, regulacji i wpływu biologicznego. Celem niniejszego przeglądu jest przedstawienie dogłębnej biochemicznej i biologicznej perspektywy PARN, Nocturnin i Angel deadenylaz. Zrozumienie wspólnych i unikalnych ról tych enzymów w biologii komórek w biologii komórki zapewni ważny wgląd w liczne aspekty posttranskrypcyjnej kontroli ekspresji genów. Ten artykuł jest częścią wydania specjalnego zatytułowanego: Mechanizmy rozpadu RNA. --- Funkcja cytoplazmatycznych PABP [białek wiążących poli(A)] w promowaniu translacji mRNA była intensywnie badana. Jednak PABP mają również mniej wyraźnie zdefiniowane funkcje w obrocie mRNA, w tym role w domyślnej deadenylacji, głównym główny etap ograniczający szybkość rozpadu mRNA, a także role w regulacji obrotu mRNA przez obrotu mRNA przez cis-działające elementy kontrolne oraz w wykrywaniu nieprawidłowych transkryptów mRNA. transkryptów mRNA. W niniejszym artykule dokonujemy przeglądu naszego obecnego zrozumienia złożonej roli PABP1 w obrocie mRNA, koncentrując się na ostatnich postępach w badaniach nad ssaków i podkreślając niektóre z głównych pytań, które pozostają do rozwiązania. odpowiedzi. --- Skrócenie 3'-końcowego ogona poli(A), zwane również deadenylacją, jest kluczowe do regulacji przetwarzania, transportu, translacji i degradacji mRNA. degradacji. Proces deadenylacji jest osiągany przez deadenylazy, które specyficznie katalizują usuwanie ogona poli(A) na 3'-końcu eukariotycznego mRNA i uwalniają 5'-AMP jako produkt. Aby osiągnąć swoje funkcje fizjologiczne, wszystkie deadenylazy mają licznych partnerów wiążących, którzy mogą regulować ich właściwości katalityczne lub rekrutować je do różnych kompleksów białkowych. kompleksy białkowe. Aby zbadać wpływ różnych partnerów, ważne jest opracowanie nowego testu deadenylazy, który może być stosowany zarówno in vivo, jak i in vitro. W tych badaniach badaniach opracowaliśmy test deadenylazy metodą chromatografii wykluczania (SEC). (SEC). Analiza SEC wykazała, że substrat poli(A) lub lub oligo(A) substrat i produkt AMP mogą być z powodzeniem rozdzielone i oznaczyć ilościowo. Parametry enzymatyczne deadenylazy można uzyskać poprzez ilościowe określenie wytwarzania AMP. Przy użyciu komercyjnego poli(A) jako substratu zaobserwowano dwufazowy proces katalityczny, który może korelować z dwoma różnymi stanami poli(A) w próbkach handlowych. Różne partie komercyjnego poli(A) miały różne rozkłady wielkości i były różne w odpowiedź na degradację deadenylazy. Wzór deadenylacji, procesywny lub dystrybucyjny, można również zbadać za pomocą testu SEC poprzez monitorowanie stanu substratu i kinetyki generowania AMP i A2. Test SEC miał zastosowanie zarówno do prostych próbek przy użyciu oczyszczonego enzymu, jak i złożonych warunków reakcji enzymatycznej. enzymu i złożonych warunków reakcji enzymatycznej, takich jak stosowanie mieszanin białek lub surowych ekstraktów komórkowych jako próbek. Wpływ substancji rozpuszczonych o absorpcji przy 254 nm można było skutecznie wyeliminować, konstruując różne profile SEC. --- Deadenylacja jest pierwszym i ograniczającym szybkość etapem podczas obrotu mRNA w eukariontów. U drożdży Saccharomyces cerevisiae zidentyfikowano dwie różne egzonukleazy 3'-5' egzonukleazy, Pop2p i Ccr4p, zostały zidentyfikowane w obrębie kompleksu Ccr4-NOT deadenylazy, należące do kompleksów DEDD i Exonuclease-Endonuclease-Phosphatase (EEP). Ngl3p został został zidentyfikowany jako nowy członek rodziny egzonukleaz EEP na podstawie homologii sekwencji homologii sekwencji, ale jego aktywność i rola biologiczna są obecnie nieznane. Tutaj pokazujemy przy użyciu testów deadenylacji in vitro na określonych gatunkach RNA naśladujących poli-A zawierające mRNA, że drożdżowa Ngl3p jest funkcjonalną egzonukleazą 3'-5' egzonukleazą najbardziej aktywną w warunkach lekko kwaśnych. Ponadto wykazaliśmy, że enzym zależy od dwuwartościowych jonów metali i posiada specyficzność wobec poli-A RNA podobną do tej, którą zaobserwowano dla komórkowych deadenylaz. Wyniki sugerują, że Ngl3p jest naturalnie zaangażowany w przetwarzanie poli-adenylowanego RNA i zapewniają wgląd w mechanistyczne różnice obserwowane wśród nadmiarowego zestawu enzymów EEP występujących u drożdży i wyższych eukariontów. --- Deadenylazy specyficznie katalizują degradację ogona poli(A) eukariotycznego mRNA w kierunku od 3 do 5 końca z uwolnieniem 5'-AMP jako produktu. w kierunku od 3'- do 5'-końca z uwolnieniem 5'-AMP jako produktu. Wśród rodziny deadenylaz, rybonukleaza specyficzna dla poli(A) (PARN) jest wyjątkowa pod względem skład domenowy, który zawiera trzy potencjalne domeny wiążące RNA: katalityczną domenę nukleazy domenę katalityczną nukleazy, domenę R3H i domenę RRM. W tym badaniu, zbadaliśmy rolę tych domen wiążących RNA, porównując cechy strukturalne cechy strukturalne i właściwości enzymatyczne mutantów pozbawionych jednej lub dwóch z trzech domen wiążących RNA. Wyniki wykazały, że domena R3H miała zdolność do wiązania różnych oligonukleotydów na poziomie mikromolarnym bez oligo(A). Usunięcie domeny R3H spowodowało dysocjację PARN na monomery, które nadal posiadały zdolność wiązania RNA i funkcje katalityczne. W przeciwieństwie do krytycznej roli domeny RRM w procesywności PARN, usunięcie domeny domeny R3H nie wpłynęło na wzór katalityczny PARN. Nasze wyniki sugerowały, że zarówno domeny R3H, jak i RRM były niezbędne dla wysokiego powinowactwa długiego substratu poli(A), ale domena R3H nie przyczyniała się do rozpoznawania substratu przez PARN. rozpoznawania substratu przez PARN. W porównaniu z domeną RRM, domena R3H odgrywała bardziej ważniejszą rolę w integralności strukturalnej dimerycznej PARN. Wielokrotna architektura Architektura domeny wiążącej RNA nadaje PARN właściwości wysoce wydajnej katalizy w trybie wysoce procesywnym. --- Ogony poli(A) mRNA wpływają na translację, eksport mRNA i stabilność mRNA, z inicjacja translacji obejmująca bezpośrednią interakcję między eIF4G i białkiem wiążącym poli(A) Pab1. Ten ostatni czynnik zawiera cztery motywy rozpoznawania RNA po których następuje C-końcowy region składający się z łącznika i domeny PABC. Pokazujemy tutaj, że mutanty drożdży pozbawione C-końcowych domen Pab1 wykazują specyficzne syntetyczne interakcje z mutantami w szlaku rozpadu 5'-3' mRNA. Co więcej, mutacje te upośledzają rozpad mRNA in vivo bez znaczącego wpływu na eksport lub translację mRNA. wpływając na eksport lub translację mRNA. Hamowanie rozpadu mRNA zachodzi poprzez spowolnioną deadenylację. Analizy in vitro pokazują, że usunięcie domeny łącznikowej Pab1 bezpośrednio koliduje ze zdolnością kompleksu Pop2-Ccr4 do deadenylacji związanego z Pab1 poli(A). Testy wiązania pokazują, że wynika to z modulacji pakowania poli(A) przez region łącznika Pab1. Ogólnie rzecz biorąc, nasze wyniki wykazują bezpośredni udział Pab1 w rozpadzie mRNA i ujawniają modularny charakter tego czynnika, z różnymi domenami wpływającymi na różne procesy komórkowe. procesy komórkowe. Dane te sugerują nowe modele obejmujące modulację pakowania poli(A) przez Pab1 w celu kontrolowania rozpadu mRNA. --- System 2-5A kręgowców jest częścią wrodzonego układu odpornościowego i ma kluczowe znaczenie dla komórkowej obrony przeciwwirusowej. komórkowej obrony przeciwwirusowej. Po aktywacji przez wirusowy dwuniciowy RNA, 5'-trifosforylowane, 2'-5'-połączone polirybonukleotydy oligoadenylanowe (2-5A) są syntetyzowane przez jedną z kilku syntetaz 2'-5'-oligoadenylanowych. Te oligonukleotydy aktywują RNazę L, niespecyficzną endorybonukleazę, która pośredniczy w rozkładzie wirusowego i komórkowego RNA. Następnie 2-5A są usuwane przez przez 2'-fosfodiesterazę (2'-PDE), enzym, który oprócz rozrywania wiązań 2'-5' degraduje również zwykłe, 3'-5'-powiązane oligoadenylany. Co ciekawe, 2'-PDE dzieli zarówno cechy funkcjonalne, jak i strukturalne z egzonukleazą-endonukleazą typu CCR4 egzonukleazy-endonukleazy-fosfatazy z rodziny deadenylaz. Tutaj pokazujemy, że 2'-PDE lokalizuje się w macierzy mitochondrialnej ludzkich komórek i zawiera aktywną 3'-5' egzorybonukleazę wykazującą preferencję dla oligo-adenozynowego RNA podobnie jak kanoniczne cytoplazmatyczne deadenylazy. Ponadto udokumentowaliśmy wyraźny ujemny związek między 2'-PDE i mitochondrialnymi poziomami mRNA po siRNA i nadekspresją za pośrednictwem plazmidu. Wyniki Wyniki wskazują, że 2'-PDE, oprócz odgrywania roli w komórkowym układzie odpornościowym, może również funkcjonować w mitochondriach. może również funkcjonować w mitochondrialnym obrocie RNA. --- Skracanie i usuwanie ogona 3' poli(A) dojrzałego mRNA przez egzonukleazy 3' specyficzne dla poli(A) (deadenylazy) 3' (deadenylazy) jest początkowym i często ograniczającym szybkość etapem degradacji mRNA. degradacji mRNA. Większość cytoplazmatycznej aktywności deadenylazy jest związana z z kompleksami Ccr4-Not i Pan2-Pan3. Dwie odrębne podjednostki katalityczne, Caf1/Pop2 i Ccr4, są związane z kompleksem Ccr4-Not, podczas gdy podjednostka enzymatyczna Pan2 tworzy stabilny kompleks z Pan3. W tym przeglądzie omawiamy skład i aktywność tych dwóch deadenylaz. Ponadto komentujemy na temat ogólnych i specyficznych mechanizmów rekrutacji Ccr4-Not i Pan2-Pan3 do mRNA. mRNA. Na koniec omawiamy wyspecjalizowane i nadmiarowe funkcje deadenylaz deadenylaz i dokonujemy przeglądu znaczenia podjednostek Ccr4-Not w regulacji procesów fizjologicznych. procesów fizjologicznych. Ten artykuł jest częścią specjalnego wydania zatytułowanego: MECHANIZMY ROZPADU RNA Mechanizmy rozpadu.
Jakie są znane rodziny deadenylaz?
Wszystkie znane deadenylazy należą do nadrodziny DEDD lub egzonukleazy-endonukleazy-fosfatazy (EEP). Członkowie DEDD obejmują rodziny POP2, CAF1Z, PARN i PAN2. Członkowie EEP obejmują rodziny CCR4, Nocturnin, ANGEL i 2'-PDE.