Domena karboksy-końcowa (CTD) polimerazy RNA II (Pol II) może być fosforylowana przy fosforylowana na serynie 2 (Ser-2) i serynie 5 (Ser-5) heptadowego powtórzenia CTD YSPTSPS, a ta fosforylacja jest ważna w sprzęganiu transkrypcji z przetwarzaniem RNA przetwarzanie, w tym zamykanie 5', splicing i poliadenylację. Ssak ssaków endogenna reduktaza dihydrofolianowa i geny gamma-aktyny zostały wykorzystane do badania związek Pol II z różnymi regionami transkrybowanych genów (promotor-proksymalny w porównaniu z regionami dystalnymi) i statusem fosforylacji CTD. W przypadku obu genów Pol II jest bardziej skoncentrowana w regionach proksymalnych promotora niż w regionach wewnętrznych. Co więcej, różne formy fosforylacji Pol II są związane z różnymi regionami. Fosforylacja Ser-5 Pol II jest skoncentrowana w pobliżu promotora, podczas gdy fosforylacja Ser-2 jest obserwowana w całym genie. Wyniki te sugerują, że akumulacja zatrzymanej Pol II w regionach proksymalnych promotora może być powszechną cechą regulacji genów w komórkach ssaków. w komórkach ssaków. --- Nieindukowany gen hsp70 Drosophila jest gotowy do szybkiej aktywacji. Tutaj zbadać szybkie zmiany po szoku cieplnym w poziomach i lokalizacji czynnika szoku cieplnego czynnika szoku cieplnego (HSF), polimerazy RNA II (Pol II) i jej fosforylowanych form oraz kinaza Pol II P-TEFb na hsp70 in vivo przy użyciu obu testów PCR w czasie rzeczywistym immunoprecypitatów chromatyny i immunofluorescencji chromosomów polietylenowych. Te badania wychwytują rekrutację i progresję Pol II wzdłuż hsp70 i ujawniają różne przestrzenne i czasowe wzorce fosforylacji seryny 2 i seryny 5: w komórkach nieindukowanych, zatrzymany promotor Pol II wykazuje fosforylację Ser5, ale nie Ser2 fosforylację, a w indukowanych komórkach względny poziom Ser2-P Pol II jest niższy w promotorze niż w regionach poniżej. Wczesny punkt czasowy aktywacji szoku termicznego wychwytuje niefosforylowaną Pol II rekrutowaną do promotora przed P-TEFb, a podczas pierwszej fali transkrypcji Pol II i kinaza P-TEFb mogą być śledzone razem przez hsp70 z nierozróżnialną kinetyką. kinetyką. Dystrybucje Pol II na kilku innych genach z zatrzymaną Pol II wykazują wzór wzór fosforylacji Ser5 i Ser2 podobny do tego z hsp70. Te badania choreografii czynników wyznaczają ważne granice w modelowaniu mechanizmów regulacji transkrypcji mechanizmów regulacji transkrypcji. --- Hipermutacja somatyczna (SHM) różnicuje region V genów Ig i leży u podstaw procesu proces dojrzewania powinowactwa, w którym limfocyty B wytwarzające o wysokim powinowactwie są generowane i selekcjonowane. SHM jest wyzwalany w aktywowanych komórkach B przez deaminację reszt deoksycytozyny, w której pośredniczy deaminaza indukowana aktywacją (AID). deaminazę (AID). Podczas gdy niewłaściwe ukierunkowanie SHM i AID skutkuje mutacjami i DNA w wielu genach innych niż Ig, działają one preferencyjnie w loci Ig. Mechanizmy mechanizmy odpowiedzialne za preferencyjne kierowanie aktywności SHM i AID do loci Ig są słabo poznane. Stosując test obejmujący kasetę reporterową SHM wstawioną do locus łańcucha Ig L (IgL) kurzych komórek B DT40, zidentyfikowaliśmy zidentyfikowaliśmy 1,9-kb element DIVAC (aktywator dywersyfikacji) pochodzący z IgL, który wspiera wysoki poziom aktywności mutacyjnej zależnej od AID. Systematyczna analiza delecji ujawnia, że aktywność celowania jest rozłożona w dużej części sekwencji i identyfikuje dwa podstawowe regiony, które są szczególnie krytyczne dla funkcji: region 200-bp w obrębie wzmacniacza IgL oraz element 350-bp 3'. Eksperymenty immunoprecypitacji chromatyny pokazują, że podczas gdy DIVAC nie zmienia poziomów kilku znaczników epigenetycznych w kasecie mutacji w kasecie mutacyjnej, zwiększa poziomy fosforylowanej seryną 5 polimerazy RNA II w regionie docelowym mutacji, co jest zgodne z wpływem na transkrypcję wydłużenie/przerwanie transkrypcji. Proponujemy, aby wiele rozproszonych elementów DNA współpracowało ze sobą aby rekrutować i aktywować maszynerię mutacyjną w zmiennych regionach genów Ig podczas SHM. --- Rola in vivo glukokortykoidów w kontrolowaniu ekspresji endoperoksydu prostaglandyny syntaza-2 (PTGS2) w ludzkiej owodni jest niejasna pomimo rozległych badań z wykorzystaniem modeli in vitro. Zajęliśmy się tą kwestią, określając poziomy mRNA PTGS2 i aktywności transkrypcyjnej genu, wiązania polimerazy RNA II (pol-II), pol-II, fosforylację domeny C-końcowej (CTD), acetylację histonów i metylację histonów w PTGS2. metylacja w genie PTGS2 w świeżej owodni i w eksplantatach owodni inkubowanych z deksametazonem przez 24 godziny po porodzie, kiedy nastąpiła adaptacja z warunków in vivo do in in vitro. Obrót mRNA PTGS2 zmieniał się podczas inkubacji obejmując początkowy szybki spadek i późniejsze odbicie szybkości transkrypcji i stabilizację mRNA. pol-II gromadził się w regionie 5'genu, co wskazuje na pauzę poinicjacyjną. wiązanie pol-II, akumulacja 5'-, C-końcowa domena fosforylacji Ser-5 i Ser-2 oraz acetylacja histonów gwałtownie spadły i nie uległy odwróceniu podczas odbicia transkrypcji, sugerując, że mechanizm transkrypcji zmienił się in vitro. Deksametazon zmniejszał aktywność genu PTGS2 i poziomy mRNA. Receptor glukokortykoidowy-α (GRα) był związany z promotorem PTGS2, ale nie wpływał na rekrutację pol-II, pauzę, lub znaki epigenetyczne. Wiązanie GRα zmniejszyło jednak inicjację (Ser-5) i wydłużającą (Ser-2) fosforylację pol-II. Zdolność promotora PTGS2 do wiązania GRα w odpowiedzi na deksametazon zmniejszyła się podczas inkubacji. Wnioskujemy że obrót mRNA PTGS2 jest przyspieszony in vivo, ale podstawowe mechanizmy nie utrzymują się dłużej niż 24 godziny w eksplantach. Glukokortykoidy chronicznie transrepresja aktywności genu PTGS2 in vivo częściowo poprzez zakłócanie inicjację i wydłużanie transkrypcji. Glukokortykoidowa transrepresja PTGS2 może być ważna dla utrzymania ciąży i terminu porodu. --- Domena karboksy-końcowa (CTD) dużej podjednostki polimerazy RNA II jest niezbędna niezbędna in vivo i występuje w postaci niefosforylowanej (IIa) lub hiperfosforylowanej (IIo). Nieindukowane geny hsp70 i hsp26 Drosophila, oraz konstytutywnie wyrażane geny beta-1 tubuliny i Gapdh-2, zawierają kompleks kompleks polimerazy RNA II, który zatrzymuje się po syntezie krótkiego transkryptu. My że przy użyciu techniki sieciowania ultrafioletowego in vivo i przeciwciał skierowanych przeciwko formom IIa i IIo CTD, te wstrzymane polimerazy polimerazy mają niefosforylowaną CTD. W przypadku genów zawierających zatrzymaną polimerazę 5' polimerazę, przejście zatrzymanej polimerazy RNA w tryb elongacyjnie in vivo zbiega się z fosforylacją CTD. Również wykazano, że poziom fosforylacji CTD wydłużających się polimeraz nie jest związany z poziomem transkrypcji, ale jest specyficzny dla promotora.
Która fosforylowana reszta w promotorze jest wstrzymywana przez polimerazę RNA II?
Przerwana forma promotora polimerazy RNA II jest fosforylowana na 5 resztach serynowych C-końcowej domeny powtórzenia heptapeptydu (CTD) największej podjednostki.