Okrągłe RNA są nowymi graczami w regulacji posttranskrypcyjnej ekspresji genów ekspresji. Genomy zwierząt wyrażają wiele kolistych RNA z różnych lokalizacji genomowych. genomowych. Niedawne badania potwierdziły dość dużą liczbę kolistych RNA u ludzi, myszy i nicieni. Okrągłe RNA odgrywają kluczową rolę w dostrajaniu poziomie regulacji ekspresji genów za pośrednictwem miRNA poprzez sekwestrację miRNA. miRNA. Ich interakcja z miRNA związanymi z chorobą wskazuje, że koliste RNA są ważne dla regulacji choroby. W tym artykule zbadaliśmy potencjalny związek kolistych RNA (circRNA) z chorobami ludzkimi na dwa różne sposoby. różne sposoby. Po pierwsze, zidentyfikowano interakcje circRNA z miRNA związanymi z chorobą. miRNA, po czym obliczono prawdopodobieństwo powiązania circRNA z chorobą. związane z chorobą. Dla miRNA powiązanych z z poszczególnymi chorobami, skonstruowaliśmy sieć przewidywanych interakcji między miRNA a genami kodującymi białka, długimi niekodującymi i kolistymi RNA. My przeprowadziliśmy analizę wzbogacenia ontologii genów (GO) na zestawie genów kodujących białko kodujących białka w interakcjach miRNA- circRNA w poszczególnych chorobach, aby sprawdzić wzbogacenie genów związanych z określonymi procesami biologicznymi. Po drugie, SNP związane z chorobą zostały zmapowane na loci circRNA, a miejsca interakcji Argonaute (Ago) zidentyfikowano miejsca interakcji na kolistych RNA. Skompilowaliśmy bazę danych w Circ2Traits (http://gyanxet-beta.com/circdb/), pierwszą kompleksową bazę wiedzy o potencjalnym powiązaniu kolistych RNA z chorobami u ludzi. --- Tysiące loci w genomach człowieka i myszy powoduje powstanie kolistych transkryptów RNA W wielu z tych loci dominującą izoformą RNA jest okrąg. Korzystając z ulepszonego podejścia obliczeniowego do identyfikacji kolistego RNA, znaleźliśmy znaleźliśmy powszechną ekspresję kolistego RNA u Drosophila melanogaster i oszacowaliśmy że u ludzi koliste RNA może stanowić 1% tyle cząsteczek, co poli(A) RNA. Analiza danych z konsorcjum ENCODE ujawniła, że repertuar genów genów wyrażających koliste RNA, stosunek transkryptów kolistych do liniowych dla każdego genu, a nawet wzorzec każdego genu, a nawet wzór izoform splicingowych kolistego RNA z każdego genu były specyficzne dla typu komórki. Wyniki te sugerują, że biogeneza kolistego RNA jest integralną, konserwatywną i regulowaną cechą programu ekspresji genów. program. --- Wcześniej zidentyfikowaliśmy nowe ludzkie transkrypty ets-1, w których normalna kolejność eksonów jest odwrócona. eksonów jest odwrócona i wykazaliśmy, że chociaż kolejność eksonów jest inna niż w genomowym DNA, splicing tych eksonów poza kolejnością występuje w parach przy użyciu prawdziwych miejsc splicingowych (1). Tutaj określamy strukturę tych nowych transkryptów, pokazując, że odpowiadają one kolistym cząsteczkom RNA zawierające tylko eksony w kolejności genomowej. Transkrypty te są stabilnymi cząsteczkami, zlokalizowane w cytoplazmatycznym składniku komórek. Zgodnie z naszą wiedzą, jest to pierwszy przypadek przetwarzania transkryptów kolistych z jądrowego pre-mRNA u eukariontów. eukariontów. Ten nowy typ transkryptu może reprezentować nowy aspekt ekspresji genów ekspresji genów i zawierać interesujące wskazówki dotyczące mechanizmu splicingu.
Jaka jest funkcja kolistego RNA?
Koliste RNA (circRNA) to nowy typ RNA, który w przeciwieństwie do liniowych RNA tworzy kowalencyjnie zamkniętą ciągłą pętlę i jest silnie reprezentowany w transkryptomie eukariotycznym. Biogeneza kolistego RNA jest integralną, konserwowaną i regulowaną cechą programu ekspresji genów. Koliste RNA odgrywają kluczową rolę w dostrajaniu poziomu regulacji ekspresji genów za pośrednictwem miRNA poprzez sekwestrację miRNA. Ostatnie badania wykazały, że circRNA mogą funkcjonować jako gąbki mikroRNA (miRNA), regulatory splicingu i transkrypcji oraz modyfikatory ekspresji genów rodzicielskich.