Oczyszczanie przez powinowactwo połączone ze spektrometrią mas (AP-MS) jest szeroko stosowanym podejściem do podejście do identyfikacji interakcji białko-białko. Jednakże, dla danego białka będącego przedmiotem zainteresowania, określenie, które ze zidentyfikowanych polipeptydów reprezentują bona fide interaktory w porównaniu z tymi, które są zanieczyszczeniami tła (na przykład białka, które oddziałują z podłożem fazy stałej, odczynnikiem powinowactwa lub znacznikiem epitopowym). odczynnikiem powinowactwa lub znacznikiem epitopowym) jest trudnym zadaniem. Standardowym podejściem jest identyfikacja niespecyficznych interakcji przy użyciu jednej lub więcej negatywnych oczyszczania, ale wiele badań AP-MS na małą skalę nie przechwytuje pełnego, dokładnego zestawu białek tła, gdy dostępne kontrole są ograniczone. Na szczęście kontrole negatywne są w dużej mierze niezależne od przynęty. Dlatego też agregacja kontroli negatywnych z wielu badań AP-MS może zwiększyć pokrycie i poprawić charakterystykę tła związanego z danym protokołem eksperymentalnym. protokołem eksperymentalnym. Poniżej przedstawiamy repozytorium zanieczyszczeń dla oczyszczania powinowactwa (CRAPome) i opisujemy jego zastosowanie do oceny interakcji białko-białko. Repozytorium repozytorium (obecnie dostępne dla Homo sapiens i Saccharomyces cerevisiae) i narzędzia obliczeniowe są swobodnie dostępne pod adresem http://www.crapome.org/.
Czym jest baza danych CRAPome?
CRAPome to repozytorium zanieczyszczeń dla danych oczyszczania powinowactwa i spektrometrii mas.