TŁO: Regiony docelowe o wysokiej zajętości (HOT) są zwartymi loci genomu zajmowanymi przez wiele różnych czynników transkrypcyjnych (TF). Regiony HOT zostały początkowo zdefiniowane w modelowych organizmach bezkręgowców, a my tutaj pokazujemy, że są one wszechobecną cechą ludzkiego krajobrazu regulacji genów. WYNIKI: Zidentyfikowaliśmy regiony HOT poprzez kompleksową analizę danych ChIP-seq z 96 białek związanych z DNA w 5 ludzkich liniach komórkowych. Większość regionów HOT kolokalizuje z miejscami wiązania polimerazy RNA II, ale wiele z nich nie znajduje się w pobliżu promotorów genów z adnotacjami. W promotorach HOT zajętość TF jest silnie przewidująca rekrutację kompleksu preinicjacji transkrypcji i umiarkowanie przewidywanie inicjującej rekrutacji Pol II, ale tylko słabo przewidywanie wydłużania Pol II i obfitości transkryptu RNA. Obłożenie TF różni się ilościowo w ludzkich regionach HOT; wykorzystaliśmy tę zmienność do odkrycia nowych powiązań między TF. Motyw sekwencji związany z dowolnym TF z bezpośrednim wiązaniem DNA jest w pewnym stopniu predykcyjny dla jego empirycznej zajętości, ale duża ilość zajętości występuje w miejscach bez motywu TF, co sugeruje pośrednią rekrutację przez inny TF, którego motyw jest obecny. WNIOSKI: Regiony HOT ssaków są węzłami regulacyjnymi, które integrują sygnały sygnały z różnych ścieżek regulacyjnych, aby ilościowo dostroić promotor do rekrutacji polimerazy rekrutacji polimerazy RNA II.
Jaki jest związek między regionami HOT a rekrutacją polimerazy RNA?
Większość regionów HOT kolokalizuje z miejscami wiązania polimerazy RNA II, ale wiele z nich nie znajduje się w pobliżu promotorów genów z adnotacjami. W promotorach HOT zajętość TF jest silnym predyktorem rekrutacji kompleksu preinicjacji transkrypcji i umiarkowanym predyktorem inicjacji rekrutacji Pol II, ale tylko słabym predyktorem wydłużania Pol II i obfitości transkryptu RNA.