Bezwzględna kwantyfikacja białek przy użyciu proteomiki opartej na spektrometrii mas (MS) dostarcza stężenia białek lub liczby kopii na komórkę. Istniejące metodologie zazwyczaj wymagają połączenia znakowanych izotopowo próbek referencyjnych, zliczania komórek liczenia komórek i pomiarów stężenia białek. Tutaj przedstawiamy nowatorską metodę która zapewnia podobne wyniki ilościowe bezpośrednio z głębokich zestawów danych eukariotycznego proteomu eukariotycznych zestawów danych proteomu bez żadnych dodatkowych etapów eksperymentalnych. Pokazujemy, że sygnał MS histonów może być używany jako "proteomiczna linijka", ponieważ jest proporcjonalny do ilości DNA w próbce, która z kolei zależy od liczby komórek. komórek. W rezultacie, nasze podejście do linijki proteomicznej dodaje bezwzględną skalę do odczytu MS i pozwala oszacować MS i umożliwia oszacowanie liczby kopii poszczególnych białek na komórkę. komórkę. Porównujemy nasze oznaczenia ilościowe białek z wartościami uzyskanymi przy użyciu stabilnego znakowania izotopowego aminokwasami w hodowli komórkowej i znacznikami epitopu białkowego w metodzie, która łączy standardy fragmentów białkowych spike-in z precyzyjną kwantyfikacją znakowania izotopowego. Podejście linijki proteomicznej daje odczyty ilościowe, które są w wyjątkowo dobrej zgodności z wynikami z metody precyzyjnej. metodą precyzyjną. Ten zaskakujący wynik przypisujemy faktowi, że metoda pomija etapy podatne na błędy, takie jak liczenie komórek lub pomiary stężenia białek. pomiary stężenia białka. Podejście linijki proteomicznej jest łatwo łatwo zastosować do dowolnego głębokiego eukariotycznego zbioru danych proteomu - nawet w analizie retrospektywnej i demonstrujemy jego przydatność w serii proteomów narządów myszy. mysich proteomów.
Czym jest "władca proteomiczny"?
Sygnał MS histonów może być używany jako "linijka proteomiczna", ponieważ jest proporcjonalny do ilości DNA w próbce, która z kolei zależy od liczby komórek. W rezultacie nasze podejście linijki proteomicznej dodaje bezwzględną skalę do odczytu MS i pozwala oszacować liczbę kopii poszczególnych białek na komórkę.