MOTYWACJA: Statystyczna ocena związku między zestawem regionów genomowych a innymi cechami genomowymi regionami i innymi cechami genomu jest częstym wyzwaniem w analizach genomicznych i epigenomicznych. analizach epigenomicznych. Podejścia oparte na randomizacji pośrednio uwzględniają złożoność genomu bez potrzeby zakładania bazowego modelu statystycznego. modelu statystycznego. STRESZCZENIE: regioneR to pakiet R, który implementuje strukturę testu permutacji specjalnie zaprojektowany do pracy z regionami genomowymi. Oprócz predefiniowanych strategii randomizacji i oceny, regioneR jest w pełni w pełni konfigurowalny, umożliwiając wykorzystanie niestandardowych strategii w celu dostosowania go do konkretnych pytań. Wreszcie, zaimplementowano również nową funkcję do oceny lokalnej specyficzności wykrytego związku. DOSTĘPNOŚĆ I WDROŻENIE: regioneR jest pakietem R wydanym na licencji Artistic-2.0 License. Kod źródłowy i dokumenty są swobodnie dostępne za pośrednictwem Bioconductor (http://www.bioconductor.org/packages/regioneR). KONTAKT: rmalinverni@carrerasresearch.org.
Czym jest regioneR?
Statystyczna ocena relacji między zestawem regionów genomowych a innymi cechami genomowymi jest często trudnym zadaniem w analizach genomowych i epigenomowych. regioneR to pakiet R, który implementuje strukturę testu permutacji specjalnie zaprojektowaną do pracy z regionami genomowymi. Oprócz predefiniowanych strategii randomizacji i oceny, regioneR jest w pełni konfigurowalny, umożliwiając wykorzystanie niestandardowych strategii w celu dostosowania go do konkretnych pytań. Wreszcie, implementuje również nową funkcję do oceny lokalnej specyficzności wykrytej asocjacji. regioneR jest pakietem R wydanym na licencji Artistic-2.0. Kod źródłowy i dokumenty są swobodnie dostępne za pośrednictwem Bioconductor (http://www.bioconductor.org/packages/regioneR).