Hormony steroidowe działają jako ważne przełączniki rozwojowe, a ich receptory jądrowe regulują wiele genów. receptory regulują wiele genów. Jednak scharakteryzowano niewiele wzmacniaczy zależnych od hormonów zostało scharakteryzowanych, a ważne aspekty ich architektury sekwencji, specyficzne dla typu komórki funkcje aktywujące i represyjne lub role regulacyjne ich struktury chromatyny pozostały niejasne. Użyliśmy STARR-seq, niedawno opracowanego niedawno opracowany test przesiewowy wzmacniaczy i sygnalizację ecdysone w dwóch różnych typach komórek Drosophila w celu uzyskania map aktywności enhancerów zależnych od hormonów w całym genomie. mapy aktywności enhancerów. Wykazaliśmy, że aktywacja enhancera zależy od cis-regulacyjnych kombinacji motywów, które różnią się między typami komórek i mogą przewidywać specyficzne dla typu komórki ukierunkowanie na ecdysone. Aktywowane enhancery często nie są dostępne przed indukcją. Represja enhancerów po leczeniu hormonalnym wydaje się niezależna od motywów receptora i wiązania receptora z enhancerem, co pokazujemy za pomocą ChIP-seq, ale wydaje się polegać na motywach dla innych czynników, w tym Eip74. Nasza strategia ma zastosowanie do badania wzmacniaczy zależnych od sygnału dla różnych ścieżek i organizmów.
Czym jest STARR-seq?
STARR-seq to metoda bezpośredniej i ilościowej oceny aktywności enhancerów dla milionów kandydatów z dowolnych źródeł DNA, która umożliwia badania przesiewowe w całych genomach. Po zastosowaniu do genomu Drosophila, STARR-seq identyfikuje tysiące specyficznych dla typu komórki enhancerów w szerokim kontinuum siły, łączy zróżnicowaną ekspresję genów z różnicami w aktywności enhancerów i tworzy ilościową mapę enhancerów w całym genomie. Mapa ta ujawnia wysoce złożoną regulację transkrypcji, z kilkoma niezależnymi enhancerami zarówno dla regulatorów rozwoju, jak i wszechobecnie wyrażanych genów. STARR-seq może być wykorzystywany do identyfikacji i ilościowego określania aktywności enhancerów u innych eukariontów, w tym u ludzi.