Większość czynników transkrypcyjnych (TF) należy do rodzin białek, które mają wspólną domenę wiążącą DNA i bardzo podobne preferencje wiązania DNA. domenę wiążącą DNA i mają bardzo podobne preferencje wiązania DNA. Jednakże, wiele TF (tj. członkowie tej samej rodziny TF) pełnią różne funkcje regulacyjne i oddziałują z różnymi regionami genomu komórki. funkcje regulacyjne i oddziałują z różnymi regionami genomowymi w komórce. Potencjalny mechanizm mechanizm osiągania tej zróżnicowanej specyficzności in vivo jest poprzez interakcje z kofaktorami białkowymi. Narzędzia obliczeniowe do badania genomowych profili wiązania paralogicznych TF i identyfikowania ich domniemanych kofaktorów obecnie brakuje. Tutaj przedstawiamy interaktywną implementację implementację COUGER, opartej na klasyfikacji struktury do identyfikacji kofaktorów białkowych, które mogą zapewniać specyficzność paralogicznym TF. COUGER przyjmuje jako dane wejściowe dwa zestawy regionów genomowych związanych przez paralogiczne TF i identyfikuje mały zestaw domniemanych kofaktorów, które najlepiej rozróżniają dwa zestawy sekwencji. sekwencji. Aby osiągnąć to zadanie, COUGER wykorzystuje podejście klasyfikacyjne, z które odzwierciedlają specyficzność wiązania DNA przez domniemane kofaktory. Zidentyfikowane kofaktory są prezentowane na przyjaznej dla użytkownika stronie wyjściowej, wraz z informacjami, które pozwalają użytkownikowi zrozumieć i zbadać wkład poszczególnych cech kofaktorów. COUGER może być uruchamiany jako jako samodzielne narzędzie lub za pośrednictwem interfejsu internetowego: http://couger.oit.duke.edu.
Czym jest narzędzie COUGER?
COUGER przyjmuje jako dane wejściowe dwa zestawy regionów genomowych związanych przez paralogiczne TF i identyfikuje mały zestaw domniemanych kofaktorów, które najlepiej rozróżniają te dwa zestawy sekwencji.