The EIT will have a two-tier structure, in which a Governing Board selects higher education institutions, research organisations, companies and other stakeholders to form autonomous partnerships called "Knowledge and Innovation Communities" (KICs).
Vēlākais līdz 2011. gada 31. jūnijam Institūts izstrādās pirmo septiņu gadu inovāciju projektu, ar inovācijām saprotot atbildi uz sabiedrības vai tautsaimniecības pieprasījumu, radot jaunus izstrādājumus, pakalpojumus vai uzņēmējdarbības veidus.