The main environmental challenges for the Baltic Sea are eutrophication, persistent pollutants, e.g. dioxin, PCB and organic tin compounds, alien invasive species, deliberate illegal discharges from ships, growing risk of oil accidents, from oil field exploitation and rapidly growing oil transport, as well as nuclear safety.
Galvenās vides problēmas Baltijas jūrā ir eitrofikācija, noturīgie piesārņotāji, piemēram, dioksīns, polihlorēti bifenili (PCB) un alvas organiskie savienojumi, svešas invazīvas sugas, tīša, nelikumīga atkritumu izvadīšana no kuģiem, pieaugošais nelaimes gadījumu risks naftas lauku izmantošanā un strauji pieaugošā naftas produktu pārvadāšana, kā arī kodoldrošība.