The EIT will have a two-tier structure: a Governing Board selects higher education institutions, research organisations, companies and other stakeholders to form partnerships called "Knowledge and Innovation Communities" (KICs).
Šīs apvienības izveidos institūta Valde, šajā nolūkā atlasot augstākās izglītības iestādes, pētniecības organizācijas, uzņēmumus un citus partnerus.