Specific institutional arrangements nonetheless continue to apply: the strategic guidelines for legislative and operational planning are defined by the European Council (by consensus), without Parliament being involved in any way; legislative initiative in connection with judicial cooperation in criminal matters and police cooperation is shared between the Commission and one quarter of the Member States (rather than a single Member State as is currently the case); and the national parliaments are given a larger role, particularly as regards monitoring compliance with the subsidiarity principle (one quarter of national parliaments required to trigger the early warning procedure, rather than one third).
Īpašos gadījumos tomēr ir spēkā cita institucionāla kārtība – likumdošanas un operatīvās darbības plānošanas stratēģiskās vadlīnijas ir noteikusi Eiropadome (ar konsensu), kuras lēmumos Parlaments nekādā veidā neiejaucas; likumdošanas iniciatīvas attiecībā uz tiesu sadarbību krimināllietās un policiju sadarbību ir Eiropas Komisijas un vienas ceturtdaļas dalībvalstu ziņā (un nevis kā parasti vienas dalībvalsts ziņā); un dalībvalstu parlamentiem tiek piešķirta lielāka loma, it īpaši pārraugot, vai tiek ievērots subsidiaritātes princips (viena ceturtdaļa un nevis viena trešdaļa dalībvalstu parlamentu pieprasīja, lai tiktu ieviesta savlaicīgas brīdināšanas procedūra).