重建胃肠道的微生物生态系统似乎是不合理的，因为我们现在才慢慢弄清楚哪些类型的微生物在胃肠道中生活和相互作用，但我们已经知道的自然生态系统的重要经验可以作为指导。
위장관에 어떤 종류의 미생물이 살고 어떻게 상호작용하는지 이제야 조금씩 밝혀지고있는 상황에서 위장관의 미생물 생태계를 재건한다는 것은 무리일지 모르지만 우리가 이미 알고있는 자연 생태계에서 얻은 중요한 교훈을 지침으로 삼을 수 있다.