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이와 같이 두 단백질이 서로 결합하는 경우에 각 단백질을 노드로 보고, 결합하는 두 단백질 사이에는 연결선이 있다고 생각할 수 있는데 이렇게 구성된 네트워크를 단백질 상호작용 네트워크라 부른다.
このように、2つのタンパク質が互いに結合する場合において各タンパク質をノードとして見て、結合する2つのタンパク質の間には連結線があると考えられるが、このように構成されたネットワークのことをタンパク質の相互作用ネットワークと呼ぶ。