Hội đồng Nhân dân tỉnh bầu nên Ủy ban Nhân dân, cơ quan trực tiếp chịu trách nhiệm quản lý về mọi hoạt động chính trị, an ninh, kinh tế và văn hóa trên địa bàn Khánh Hòa. Đứng đầu Ủy ban Nhân dân gồm một Chủ tịch và các Phó chủ tịch. Các sở, ngành của Ủy ban Nhân dân sẽ quản lý về các lĩnh vực cụ thể, như y tế, giáo dục, đầu tư, tư pháp, tài chính. Tương tự, cấp thành phố, thị xã, huyện cũng có Hội đồng Nhân dân và Ủy ban Nhân dân chịu sự chỉ đạo chung của cấp tỉnh. Ngoài ra, Ủy ban Nhân dân còn quản lý Đài Phát thanh - Truyền hình Khánh Hòa và một số tổng công ty trên địa bàn tỉnh. Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh hiện nay là ông Lê Đức Vinh.