Trong các hành động mà về sau được gọi là Holocaust, chính phủ Đức ngược đãi các cộng đồng thiểu số và sử dụng một hệ thống trại tập trung và hành quyết trên khắp châu Âu để tiến hành diệt chủng những người mà họ cho là thuộc chủng tộc hạ đẳng. Tổng cộng, có trên 10 triệu thường dân bị sát hại có hệ thống, trong đó có sáu triệu người Do Thái, từ Đức và các quốc gia bị Đức chiếm đóng. Chính sách của Quốc xã tại các quốc gia bị Đức chiếm đóng gây ra cái chết của 2,7 triệu người Ba Lan, 1,3 triệu người Ukraina, và ước tính lên đến 2,8 triệu tù binh Liên Xô. Số binh sĩ Đức tử vong do chiến tranh ước tính là 3,2-5,3 triệu, và có đến 2 triệu thường dân Đức thiệt mạng. Khoảng 12 triệu người dân tộc Đức bị trục xuất khỏi Đông Âu (gồm lãnh thổ bị mất). Đức phải nhượng lại khoảng một phần tư lãnh thổ trước chiến tranh của mình. Sau chiến tranh, nhiều cựu thành viên của chế độ Quốc xã bị xét xử vì tội ác chiến tranh tại Tòa án Nürnberg.