Hơn nửa thế kỷ sau, năm 1687 chúa Nguyễn Phúc Thái lại dời phủ chính đến làng Thụy Lôi, đổi là Phú Xuân, ở vị trí Tây Nam trong kinh thành Huế hiện nay, tiếp tục xây dựng và phát triển Phú Xuân thành một trung tâm đô thị phát đạt của xứ Ðàng Trong. Chỉ trừ một thời gian ngắn (1712 - 1738) phủ chúa dời ra Bác Vọng, song khi Võ Vương lên ngôi lại cho dời phủ chính vào Phú Xuân nhưng dựng ở "bên tả phủ cũ", tức góc Ðông Nam của Kinh thành Huế hiện nay. Sự nguy nga bề thế của Ðô thành Phú Xuân dưới thời Nguyễn Phúc Khoát đã được Lê Quý Ðôn mô tả trong "Phủ biên tạp lục" năm 1776 và trong Ðại Nam nhất thống chí, với tư cách là một đô thị phát triển thịnh vượng trải dài hai bờ châu thổ Sông Hương, từ Kim Long - Dương Xuân đến Bao Vinh - Thanh Hà. Phú Xuân là thủ phủ của xứ Ðàng Trong (1687-1774); rồi trở thành Kinh đô của nước Ðại Việt thống nhất dưới triều đại Quang Trung (1788 - 1801) và cuối cùng là Kinh đô của nước Việt Nam gần hai thế kỷ dưới triều đại nhà Nguyễn (1802 - 1945). Phú Xuân đã trở thành trung tâm chính trị - kinh tế - văn hóa quan trọng của đất nước từ những thời kỳ đó. Năm 1858, liên quân Pháp-Tây Ban Nha nổ súng tấn công Ðà Nẵng. Năm 1916, Việt Nam Quang phục Hội tổ chức khởi nghĩa trên quy mô nhiều tỉnh, vua Duy Tân cũng hưởng ứng.