Giao thông đường sắt của thành phố gồm tuyến nội ô và khu vực phụ cận do Xí nghiệp Liên hiệp đường sắt 3 quản lý, tuyến Bắc - Nam và một vài đoạn đường chuyên dụng, hiện hầu như đã ngưng khai thác. Trong thành phố có hai nhà ga chính: Sóng Thần và Sài Gòn. Bên cạnh đó còn có một số nhà ga nhỏ như Dĩ An, Thủ Đức, Bình Triệu, Gò Vấp. Do mạng lưới đường sắt không được nối trực tiếp với các cảng, cơ sở đã cũ kỹ nên giao thông đường sắt Thành phố Hồ Chí Minh không phát triển, chỉ chiếm khoảng 6% khối lượng hàng hóa và 0,6% khối lượng hành khách.