Giáo hoàng Gioan Phaolô II đã bị chỉ trích vì lập trường ủng hộ của ông đối với tổ chức Opus Dei và việc tuyên thánh cho người sáng lập nó, Josemaría Escrivá, vào năm 2002, và Giáo hoàng đã gọi ông này là "vị thánh của đời thường".[cần dẫn nguồn] Một số phong trào và tổ chức tôn giáo của Giáo hội thuộc quyền kiểm soát của ông (Binh đoàn của Chúa, Con đường Tân tòng, Phong trào Schönstatt, Phong trào Lôi cuốn, vv.) và ông đã bị cáo buộc là không cai quản nghiêm khắc các tổ chức này, nhất là trong trường hợp của Giám mục Marcial Maciel, người sáng lập tổ chức Binh đoàn của Chúa. Năm 1984 Giáo hoàng đã bổ nhiệm Joaquín Navarro-Valls, một thành viên của Opus Dei, làm Chủ nhiệm Cơ quan Báo chí Tòa thánh Vatican (Sala Stampa della Santa Sede). Ngay cả một người phát ngôn của Opus Dei đã nói rằng "ảnh hưởng của Opus Dei trong Vatican đã bị phóng đại." Trong gần 200 Giám mục của Giáo hội Công giáo Rôma, chỉ có hai Giám mục được biết đến là thành viên của Opus Dei.