Ngày 20 tháng 10 năm 1568, Álvaro de Mendaña de Neyra, một nhà thám hiểm Tây Ban Nha, cùng với hai con tàu Los Reyes và Todos Santos, khám phá ra "một hòn đảo thấp cằn cỏi có chu vi khoảng chừng 8 dặm biển", (league, đơn vị xưa, khoảng 3 hải lý ngày nay). Ông đặt tên là "San Francisco". Dần dần đảo được đặt tên theo Thuyền trưởng William Wake của tàu Prince William Henry khi viếng thăm đảo vào năm 1796. Ngày 20 tháng 12 năm 1840, đoàn thám hiểm của Charles Wilkes thuộc Hải quân Hoa Kỳ đổ bộ lên đảo và thị sát. Đêm 4 tháng 3 năm 1866, chiếc xà lan 650 tấn Libelle của Đức đụng phải đá ngầm của Đảo Wake trong lúc bão. Tàu đang trên đường đi từ San Francisco đến Hồng Kông.