Có bằng chứng về việc người hiện đại cư trú tại Malaysia cách nay 40.000 năm. Tại bán đảo Mã Lai, các cư dân đầu tiên được cho là người Negrito. Các thương nhân và người định cư từ Ấn Độ và Trung Quốc đến từ thế kỷ I CN, lập nên các thương cảng và đô thị duyên hải vào thế kỷ II và III. Sự xuất hiện của họ khiến ảnh hưởng của Ấn Độ và Trung Quốc có tác động mạnh đối các văn hóa bản địa, và người dân trên bán đảo Mã Lai tiếp nhận Ấn Độ giáo và Phật giáo. Các bản khắc bằng tiếng Phạn xuất hiện từ thế kỷ IV hoặc V. Vương quốc Langkasuka nổi lên vào khoảng thế kỷ II ở khu vực bắc bộ của bán đảo Mã Lai, tồn tại cho đến khoảng thế kỷ XV. Từ thế kỷ VII đến thế kỷ XIII, phần lớn nam bộ bán đảo Mã Lai là một phần của đế quốc hàng hải Srivijaya. Sau khi Srivijaya sụp đổ, đế quốc Majapahit có ảnh hưởng đối với hầu hết Malaysia bán đảo và quần đảo Mã Lai. Hồi giáo bắt đầu truyền bá trong cộng đồng người Mã Lai vào thế kỷ XIV. Vào đầu thế kỷ XV, một hậu duệ của hoàng thất Srivijaya là Parameswara thành lập Vương quốc Malacca, đây thường được xem là quốc gia độc lập đầu tiên tại bán đảo Mã Lai. Đương thời, Malacca là một trung tâm thương mại quan trọng.