Các khu vực bảo tồn tại Bồ Đào Nha bao gồm một vườn quốc gia, 12 vườn tự nhiên, 9 khu bảo tồn tự nhiên, 5 khu kỷ niệm tự nhiên và 7 cảnh quan được bảo vệ, trong số đó có Vườn quốc gia Peneda-Gerês, Vườn tự nhiên Serra da Estrela. Các môi trường tự nhiên này có đặc điểm là hệ thực vật đa dạng, đa dạng về các loài thông (đặc biệt là Pinus pinaster và Pinus pinea), sồi Anh (Quercus robur), sồi Pyrénées (Quercus pyrenaica), hạt dẻ (Castanea sativa), sồi vỏ xù (Quercus suber), sồi xanh (Quercus ilex) hay sồi Bồ Đào Nha (Quercus faginea). Do có giá trị kinh tế, một số loài thuộc chi Bạch đàn được di thực và hiện phổ biến tại Bồ Đào Nha, song có tác động đến môi trường. Laurisilva là một kiểu rừng mưa cận nhiệt đới độc đáo, tồn tại trong một vài khu vực tại châu Âu và thế giới: Tại Açores và đặc biệt là Madeira, có các khu rừng lớn thuộc kiểu rừng Laurisilva đặc hữu.