Năm 1929, vị viện trưởng thứ năm của viện đại học, Robert Maynard Hutchins, bắt đầu nhiệm kỳ; viện đại học đã trải qua nhiều thay đổi trong nhiệm kỳ 24 năm của ông. Hutchins đã loại bỏ môn bóng bầu dục ra khỏi viện đại học trong một cố gắng nhằm nhấn mạnh vào học thuật hơn là thể thao, thiết lập chương trình học về các môn khai phóng trong trường đại học dạy sinh viên bậc đại học, được biết đến với tên gọi Common Core (Cốt lõi chung), và tổ chức hoạt động học tập và nghiên cứu sau đại học của viện đại học thành bốn phân khoa như hiện nay. Năm 1933, Hutchins đề xuất kế hoạch sáp nhập Viện Đại học Chicago và Viện Đại học Tây Bắc (Northwestern University) thành một viện đại học đơn lẻ, nhưng kế hoạch này không được thông qua. Trong nhiệm kỳ của ông, các Bệnh viện Viện Đại học Chicago (nay gọi là Trung tâm Y khoa Viện Đại học Chicago) được xây dựng xong và bắt đầu tuyển những sinh viên y khoa đầu tiên. Ngoài ra, Ủy ban Tư tưởng Xã hội, một cơ sở đặc trưng của Viện Đại học Chicago cũng được thành lập.