Đạo luật Quyền Tối thượng năm 1559 buộc tất cả viên chức công phải chấp nhận quyền kiểm soát của nhà vua trên giáo hội. Nhiều Giám mục từ chối ủng hộ lập trường của Elizabeth bị bãi chức và được thay thế bởi những chức sắc ủng hộ Nữ vương. Bà bổ nhiệm Hội đồng Tư vấn mới, không còn có sự hiện diện của các thành viên Công giáo. Dưới triều Elizabeth, tình trạng chia rẽ và tranh chấp do bè phái giảm thiểu đáng kể. Cố vấn trưởng của Nữ vương, Sir William Cecil, đảm nhiệm chức Bộ trưởng Ngoại giao, và Sir Nicholas Bacon làm Quan Chưởng ấn.