Vị trí nằm trên vành đai núi lửa Thái Bình Dương, nằm ở điểm nối của ba vùng kiến tạo địa chất đã khiến Nhật Bản thường xuyên phải chịu các dư trấn động đất nhẹ cũng như các hoạt động của núi lửa. Các cơn động đất có sức tàn phá, thường dẫn đến sóng thần, diễn ra vài lần trong một thế kỷ. Những cơn động đất lớn gần đây nhất là động đất Chūetsu năm 2004 và đại động đất Hanshin năm 1995. Vì các hoạt động núi lửa diễn ra thường xuyên nên quốc gia này có vô số suối nước nóng và các suối này đã và đang được phát triển thành các khu nghỉ dưỡng.