Quyền hành pháp thuộc chính phủ. Quyền lập pháp liên bang được trao cho cả chính phủ và quốc hội. Lời nói đầu của Hiến pháp bảo đảm Hồi giáo có mặt trong chính trị cũng như cam kết về nhân quyền, và một số quyền được liệt kê cụ thể trong đó có dân chủ được áp dụng cho tất cả người dân Comoros. Các đảo (theo Tiêu đề II của Hiến pháp) có quyền tự trị lớn trong liên bang, bao gồm có hiến pháp riêng của họ (hoặc Luật cơ bản), có chủ tịch và Quốc hội riêng. Tổng thống và Hội đồng Liên bang được giao xoay vòng giữ người đứng đầu chính phủ các đảo.