Phía đối phương có khi phân chia Quân giải phóng (với Quân đội nhân dân) để chỉ lực lượng ở B2 là căn cứ vào thẩm quyền chỉ huy, vì từ B2 trở vào là do Bộ tư lệnh các lực lượng vũ trang miền Nam chỉ huy - là chỉ huy Quân giải phóng công khai khi Quân giải phóng mới thành lập. Trên thực tế, B2 là địa bàn xa, Trung ương cần một ban chỉ đạo trực tiếp nên thiết lập Trung ương Cục Miền Nam để chỉ đạo nhưng Trung ương Cục vẫn chịu sự chỉ đạo thông suốt từ Trung ương Đảng. Cơ cấu tổ chức của lực lượng cộng sản trên địa bàn này cũng khác biệt với các địa bàn do Trung ương trực tiếp chỉ đạo. Tại B2 có các thiết chế tương tự như ở Trung ương như Trung ương có Trung ương Đảng thì B2 có Trung ương Cục, Trung ương có Bộ Tổng tư lệnh, thì B2 có Bộ Tư lệnh Miền, Trung ương có quân ủy Trung ương thì B2 có quân ủy Miền... dưới nữa mới đến các Khu hay quân khu.