Sau khi Quốc hội được bầu, ngày 2 tháng 3 năm 1946, Chính phủ Liên hiệp Kháng chiến được thành lập để thay thế Chính phủ Liên hiệp Lâm thời. Ở các địa phương, các cấp chính quyền liên hiệp được thành lập trong năm 1946. Theo thỏa thuận với Việt Minh, phe đối lập bao gồm một số tổ chức như Việt Nam Cách mạng Đồng minh hội và Việt Nam Quốc dân Đảng được Trung Hoa Dân quốc ủng hộ, không tham gia Tổng tuyển cử nhưng vẫn được nắm 70 ghế Quốc hội (Việt Quốc 50 ghế, Việt Cách 20 ghế) cùng một số vị trí trong chính quyền trung ương do chính sách hòa hợp các đảng phái của Chính phủ. Hai mươi thành viên Việt Cách trở thành đại biểu quốc hội bằng một sắc lệnh hành pháp. Hồ Đắc Thành và Bồ Xuân Luật ứng cử và cũng trở thành đại biểu quốc hội. Ngày 2/3/1946, quốc hội họp phiên đầu tiên nhưng Nguyễn Hải Thần vắng mặt. Hồ Chí Minh đề cử Nguyễn Hải Thần làm Phó chủ tịch nước, Nguyễn Đình Tri của Việt Cách làm bộ trưởng xã hội. Theo David G. Marr Hồ Chí Minh đồng ý để Nguyễn Hải Thần thay vì một lãnh đạo nào đó của Việt Quốc làm Phó Chủ tịch nước vì Thần từng là đồng chí của Phan Bội Châu, được các lãnh đạo Trung Hoa Dân quốc kính trọng và nhất là Thần không có khả năng tự gây dựng cơ sở quyền lực trong nước. Việc Nguyễn Hải Thần làm Phó chủ tịch nước cũng gây ra sự chia rẽ bên trong nội bộ Việt Cách có lợi cho Việt Minh.