Hai quần đảo Madeira và Açores là hai vùng tự trị của Bồ Đào Nha. Madeira nằm trên mảng kiến tạo châu Phi, gồm đảo lớn Madeira, Porto Santo và quần đảo Selvagens nhỏ hơn. Açores nằm giữa nơi giao nhau của các mảng châu Phi, châu Âu và Bắc Mỹ, trên sống núi giữa Đại Tây Dương và gồm có chín đảo. Hai nhóm đảo đều có nguồn gốc núi lửa, hoạt động núi lửa và địa chấn lịch sử vẫn tồn tại cho đến ngày nay. Đỉnh cao nhất của Bồ Đào Nha là núi Pico trên đảo Pico thuộc Açores. Açores thỉnh thoảng phải chịu các trận động đất rất mạnh, giống như bờ biển đại lục. Cháy rừng hầu hết diễn ra vào mùa hè tại đại lục Bồ Đào Nha, thời tiết cực đoan dưới dạng gió mạnh và lụt diễn ra chủ yếu trong mùa đông.