Trong thời gian này, Đại Đế Alexandros III cho phổ biến một số loại áo quần và phong tục Ba Tư trong triều đình của ông, đáng chú ý là phong tục proskynesis, một cách hôn tay tượng trưng mà người Ba Tư thường làm để tỏ lòng kính trọng với những người có địa vị xã hội cao hơn, nhưng phong tục này không được người Hy Lạp chấp thuận. Những người Hy Lạp cho là cử chỉ này được dành riêng cho các thần linh và tin rằng Đại Đế Alexandros III tự thần thánh hóa chính ông bằng cách yêu cầu cử chỉ đó. Điều này đã làm giảm sút đáng kể sự yêu quý của những người Hy Lạp đối với vị vua trẻ tuổi. Nơi này cũng diễn ra một vụ mưu sát ông nhưng bị bại lộ, và một trong những viên Sĩ quan Quân đội Macedonia, Philotas, bị xử tử vì tội phản bội vì đã không báo lên âm mưu đó kịp thời. Lão tướng Parmenion, cha của Philotas, người là đứng đầu một quân đoàn tại Ecbatana, bị ám sát theo lệnh của Đại Đế Alexandros III, do nhà vua sợ rằng Parmenion có thể trả thù cho con trai. Một số cuộc xử án khác về tội "phản nghịch" theo sau đó, và nhiều người Macedonia bị xử tử. Sau đó, trong một trận cãi nhau lúc say rượu tại Maracanda, ông cũng giết một người đàn ông đã cứu sống ông tại Granicus, Clitus Đen. Sau đó trong chiến dịch Trung Á, một vụ mưu sát Alexandros thứ hai được khám phá, lần này là bởi những người hầu cận của ông, và sử gia chính thức của ông, Callisthenes xứ Olynthus (người đã bị thất sủng vì đã dẫn đầu trong việc chống lại việc giới thiệu phong tục proskynesis), bị xử là liên đới chủ mưu và nhiều sử gia cho rằng đây là những vu cáo. Tuy nhiên, các chứng cứ khá rõ là Callisthenes, thầy của các người hầu cận, phải là người dụ dỗ họ ám sát nhà vua.