Hệ thống pháp luật Malaysia dựa trên thông luật Anh. Mặc dù cơ quan tư pháp độc lập về lý thuyết, song sự độc lập của chúng bị đặt dấu hỏi và việc bổ nhiệm các thẩm phán thiếu trách nhiệm giải trình và tính minh bạch. Tòa án tối cao trong hệ thống tư pháp là Tòa án Liên bang, sau đó là Tòa thượng tố và hai Tòa cao đẳng, một cho Malaysia bán đảo và một cho Đông Malaysia. Malaysia cũng có một tòa án đặc biệt để xét xử các vụ án do Quốc vương đưa ra hoặc chống lại Quốc vương. Các tòa án Syariah tách biệt với các tòa án dân sự, các tòa này áp dụng luật Sharia trong các vụ án liên quan đến người Hồi giáo Malaysia và vận hành song song với hệ thống tòa án thế tục. Đạo luật An ninh Nội địa cho phép giam giữ không cần xét xử, và án tử hình được áp dụng cho các tội như buôn bán ma túy.