Sultan Hashim Jalilul Alam Aqamaddin thỉnh cầu người Anh giúp ngăn chặn nhà Brooke xâm lấn hơn nữa. "Hiệp định Bảo hộ" do Hugh Low dàn xếp và được ký có hiệu lực vào ngày 17 tháng 12 năm 1888. Hiệp định ghi rằng Sultan "không thể nhượng hay cho thuê bất kỳ lãnh thổ nào cho thế lực ngoại bang mà không có sự tán thành của Anh Quốc"; cho phép Anh Quốc kiểm soát thực sự công việc đối ngoại của Brunei, biến Brunei thành một lãnh thổ bảo hộ của Anh Quốc. Tuy nhiên, đến khi Vương quốc Sarawak thôn tính vùng Pandaruan vào năm 1890, người Anh lại không tiến hành hành động nào để ngăn chặn. Người Anh không nhìn nhận Brunei hay Vương quốc Sarawak là 'ngoại quốc' (theo Hiệp định Bảo hộ). Lần sáp nhập cuối cùng này của Sarawak khiến cho Brunei chỉ còn lại vùng lãnh thổ nhỏ bé bị phân làm hai phần như hiện nay.