Trong thời gian đầu, chính quyền Việt Nam Dân chủ Cộng hòa công nhận Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam, và không công nhận chính phủ Việt Nam Cộng hòa. Các cuộc đấu tranh ở Miền Nam giai đoạn này Việt Nam Dân chủ Cộng hòa cơ bản không kiểm soát được hoàn toàn, mà do các đảng bộ miền Nam tự chỉ đạo, có khi vượt ngoài chỉ đạo của Trung ương. Sau Hội nghị Trung ương 15 và sau này ra đời Mặt trận, Việt Nam Dân chủ Cộng hòa không công nhận Việt Nam Cộng hòa và công khai ủng hộ cho phía cách mạng Miền Nam.