Bên cạnh đó việc chăm sóc cho học sinh tàn tật cũng được Chính phủ quan tâm, Nhật Bản có riêng Cục phụ trách các vấn đề Tiểu học và Trung học chịu trách nhiệm chính về công tác chăm sóc giúp đỡ các học sinh tàn tật, ngoài ra Cục này còn phụ trách cả vấn đề giáo dục cho trẻ em Nhật Bản sống ở nước ngoài cũng như góp phần giám sát một hệ thống kiểm định và phân phối miễn phí sách giáo khoa cho các đối tượng trên. Gần đây cơ quan này còn kiêm nhiệm thêm một số chương trình thuộc mạng lưới giáo dục địa phương như các chính sách về việc quyết định đội ngũ công tác giáo dục, các tiêu chuẩn về diện tích trường lớp, số lượng giáo viên cho mỗi trường, và các vấn đề tài chánh liên quan.