Cho đến năm 1911, nhà Thanh duy trì quyền cai trị Ngoại Mông thông qua một loạt liên minh và thông hôn, cũng như các phương thức quân sự và kinh tế. Các trú tráp đại thần (amban) được đặt tại Khố Luân, Ô Lý Nhã Tô Đài,và Khoa Bố Đa, và Ngoại Mông được chia thành các bộ theo thể thức phong kiến và tăng lữ. Trong suốt thế kỷ XIX, giới vương công tăng cường quyền đại diện song lại ít chịu trách nhiệm hơn đối với thần dân của mình. Thái độ của giới quý tộc Mông Cổ, cùng với hành động cho vay nặng lãi của các thương nhân Trung Quốc, cùng thu thuế bằng vàng thay vì động vật, khiến cho tình trạng dân du mục nghèo khổ lan rộng. Đến năm 1911, có trên 700 tu viện lớn nhỏ tại Ngoại Mông; 115.000 tăng nhân tại đó chiếm đến 21% dân số. Ngoài Jebtsundamba Khutuktu, còn có 13 lạt ma cao quý hiện thân khác tại Ngoại Mông.