Mặc dù con người cư trú tại lãnh thổ Bồ Đào Nha trong hàng nghìn năm, song vẫn còn tàn tích của hệ thực vật nguyên bản. Tại Gerês có các loại rừng lá rụng và lá kim, một khu rừng Địa Trung Hải trưởng thành cực kỳ hiếm trên toàn cầu tồn tại ở một số phần thuộc núi Arrábida, và một khu rừng laurissilva cận nhiệt đới có niên đại từ kỷ Đệ Tam trên đảo chính Madeira. Do dân số suy giảm và cư dân nông thôn chuyển đến thành thị, sồi Pyrénées và các loài bản địa khác đang chiếm cứ nhiều khu vực hoang hoá. Lợn rừng, hươu đỏ Iberia, hoẵng và sơn dương Iberia được ghi nhận là phát triển mạnh trong các thập niên gần đây.