Năm 1997, Iraq trục xuất toàn bộ các thành viên người Mỹ bên trong phái đoàn thanh sát vũ khí, cáo buộc rằng Hoa Kỳ đã lợi dụng họ làm gián điệp; các thành viên của UNSCOM thường có những cuộc tiếp xúc với các cơ quan tình báo để cung cấp các thông tin về các địa điểm tàng trữ vũ khí. Đội thanh sát vũ khí tiếp tục quay lại Iraq trong giai đoạn 1997 và 1999 và còn gặp nhiều rắc rối hơn nữa; một thành viên trong đội thanh sát, Scott Ritter thuộc Hải quân Hoa Kỳ đã từ chức năm 1998, cho rằng chính quyền Clinton đang cản trở các cuộc thanh sát vì họ không muốn đối đầu thực sự với Iraq. Năm 1999, đội thanh sát được thay thế bởi UNMOVIC, cơ quan này bắt đầu tiến hành công việc từ năm 2002. Năm 2002, Iraq - và đặc biệt là Saddam Hussein - trở thành mục tiêu trong Cuộc chiến chống khủng bố của Hoa Kỳ, dẫn tới cuộc xâm lược Iraq năm 2003, do Hoa Kỳ và, ở tầm vóc thấp hơn, Anh lãnh đạo.