Trong thời gian này, chính phủ tiếp tục tiến hành cải cách kinh tế, tuy nhiên sự bất bình trong dân chúng ngày càng gia tăng. Đáp lại những yêu cầu ngày càng tăng phải có một nền dân chủ đa đảng, chính phủ Traoré cho phép một số quyền tự do hạn chế về chính trị, nhưng lại từ chối thiết lập hệ thống dân chủ một cách đầy đủ. Năm 1990, các phong trào chống đối liên tiếp nổi lên, và tình hình càng phức tạp hơn bởi bạo độc sắc tộc ở miền bắc theo sau sự trở về của nhiều người Tuareg về Mali.