Hai năm cuối cùng của cuộc chiến diễn ra đẫm máu đối với cả hai phía với việc tướng Grant mở chiến tranh tiêu hao chống Lục quân Bắc Virginia của tướng Lee. Chiến tranh tiêu hao này được chia thành ba chiến dịch lớn. Đầu tiên là Chiến dịch Overland buộc tướng Lee rút lui vào thành phố Petersburg, nơi tướng Grant lại mở một cuộc công kích lớn thứ hai của mình trong Chiến dịch Richmond-Petersburg bao vây Petersburg. Sau khi bao vây gần mười tháng, Petersburg đầu hàng. Tuy nhiên, quân phòng vệ Đồn Gregg cho phép Lee đưa lục quân của mình ra khỏi Petersburg. Grant đuổi theo và mở chiến dịch cuối cùng, Chiến dịch Appomattox với kết quả là Lee ra lệnh cho Lục quân Bắc Virginia đầu hàng vào ngày 9 tháng 4 năm 1865 tại tòa án quận Appomattox. Các lục quân khác của Liên minh miền Nam theo bước đầu hàng và chiến tranh kết thúc mà không có quân nổi dậy sau chiến tranh.