Ông là vị giáo hoàng đầu tiên công khai xin lỗi về những lỗi lầm của Giáo hội trong quá khứ; tổng cộng hơn 100 lần về những hành động sai trái của Giáo hội Công giáo trong đó có sự kiện xưng thú 7 tội của Giáo hội trước đám đông tại quảng trường thánh Phêrô vào ngày 12 tháng 3 năm 2000. Ông cũng là vị Giáo hoàng đầu tiên đứng ra hòa giải với Chính thống giáo Đông phương và Do Thái giáo,; Anh giáo.; là vị Giáo hoàng đầu tiên đứng ra tổ chức cuộc gặp gỡ với các lãnh đạo của các tôn giáo khác như Phật giáo, Khổng giáo, Chính thống giáo Đông phương, Do Thái giáo, Cao Đài và Hồi giáo; là vị Giáo hoàng đầu tiên đến thăm một ngôi đền Hồi giáo ở Syria; là vị Giáo hoàng đầu tiên tổ chức ra Ngày Giới trẻ Thế giới hằng năm; và cũng là vị Giáo hoàng đầu tiên đến thăm vùng Thánh Địa Jerusalem. Gioan Phaolô II cũng đã lên tiếng thừa nhận vai trò của thuyết Tiến hóa, thuyết Nhật tâm, nguồn gốc thế giới theo quan điểm khoa học ngày nay, phủ nhận sự hiện hữu của một thiên đường vật chất trên các tầng mây và một địa ngục vật chất nơi con người bị thiêu đốt như trong Thánh kinh miêu tả