Cuộc chiến tranh Iberia nổ ra giữa Tây Ban Nha, Bồ Đào Nha và Anh với quân Pháp đã tạo điều kiện cho nhiều thuộc địa của Tây Ban Nha ly khai đòi độc lập. Năm 1809, Ủy ban Trung ương Tối cao tại Cadiz ra quyết định công nhận Puerto Rico là một tỉnh hải ngoại của Tây Ban Nha và đảo này có quyền gửi đại diện đến quốc hội Tây Ban Nha. Tuy nhiên chính sách tiến bộ này chỉ được thực thi trong khoảng các năm 1810-1814 và 1820-1823 rồi bãi bỏ do sự trở lại nắm quyền của triều đình quân chủ của vua Ferdinand VII. Tuy nhiên nó cũng đã góp phần nâng cao tính dân tộc của người dân hòn đảo.