Tuy nhiên, đánh giá chung chất lượng đào tạo giáo dục bậc đại học ở Việt Nam còn thấp, chưa tạo được sự đồng hướng giữa người học, người dạy, nhà đầu tư cho giáo dục, người sử dụng lao động và xã hội. Quản lý nhà nước về giáo dục đại học còn nhiều trì trệ là nguyên nhân cơ bản của việc chất lượng giáo dục đại học Việt Nam ngày càng tụt hậu trước đòi hỏi của phát triển đất nước. Nhưng nhà nước Việt Nam đang tích cực cải cách hệ thống giáo dục đại học bằng việc trao thêm quyền cho các trường đại học. Điều 32 Luật Giáo dục Đại học số 08/2012/QH13 được Quốc hội thông qua ngày 18 tháng 6 năm 2012 quy định: "Cơ sở giáo dục đại học tự chủ trong các hoạt động chủ yếu thuộc các lĩnh vực tổ chức và nhân sự, tài chính và tài sản, đào tạo, khoa học và công nghệ, hợp tác quốc tế, bảo đảm chất lượng giáo dục đại học. Cơ sở giáo dục đại học thực hiện quyền tự chủ ở mức độ cao hơn phù hợp với năng lực, kết quả xếp hạng và kết quả kiểm định chất lượng giáo dục.". Điều 36 luật này cũng quy định "Hiệu trưởng cơ sở giáo dục đại học tổ chức biên soạn hoặc lựa chọn, duyệt giáo trình giáo dục đại học để sử dụng làm tài liệu giảng dạy, học tập trong cơ sở giáo dục đại học trên cơ sở thẩm định của Hội đồng thẩm định giáo trình do hiệu trưởng cơ sở giáo dục đại học thành lập.", tuy nhiên "Bộ Giáo dục và Đào tạo tổ chức biên soạn giáo trình sử dụng chung các môn lý luận chính trị, quốc phòng - an ninh để làm tài liệu giảng dạy, học tập trong các cơ sở giáo dục đại học". Các lãnh đạo hàng đầu của Chính phủ Việt Nam bày tỏ sự ủng hộ tự chủ đại học và yêu cầu thúc đẩy nhanh hơn nữa tiến trình này. Tuy nhiên có ý kiến cho rằng các trường đại học Việt Nam chưa đủ năng lực và thiếu sự sẵn sàng cho việc tự chủ, các điều khoản trong Luật Giáo dục Đại học cho thấy quyền tự chủ của các trường đại học khó có thể trở thành hiện thực vì có quá nhiều điểm hoàn toàn trái với tinh thần tự chủ đại học hoặc mơ hồ đến độ không thể thực thi.