Hoảng sợ trước sự đấu tranh của cuộc nổi loạn, chính phủ Ðông Hán và các tập đoàn quân phiệt ở các địa phương đã huy động toàn bộ lực lượng để đàn áp, trong vòng 10 tháng đã bị đánh bại. Dư đảng quân Hoàng Cân còn ở khắp nơi hoành hành quấy nhiễu, quân triều đình qua cuộc chiến cũng bị thiệt hại nặng nề nên không đủ khả năng giúp các địa phương trấn áp triệt để. Tình thế ấy khiến cho Hoàng đế nhà Hán có một quyết sách rất mạo hiểm là mau chóng khuếch đại quyền hạn cho các thứ sử, cho phép họ thành lập quân đội riêng để tự dẹp loạn, đổi chức Thứ sử một số châu thành chức Châu mục (州牧). Chức mục bắt đầu ra đời từ đó, bấy giờ là năm 188. Các châu mục mau chóng có quyền hạn lớn, lực lượng độc lập, triều đình cũng nhanh chóng mất đi quyền chỉ huy khống chế các địa phương, tình trạng quần hùng cát cứ đã manh nha xuất hiện.