Ngay sau đó, Dương Bạch Mai bắt giam những người Trotskyist tại Sài Gòn. Binh lính Anh tìm thấy họ đêm 22/9/1945 và giao nộp cho người Pháp. Sau khi được thả, những người Trotskyist tổ chức tấn công quân Anh, Pháp theo lời kêu gọi Nam Bộ kháng chiến của Ủy ban Kháng chiến Nam Bộ do Trần Văn Giàu đứng đầu. Trong một đợt tổng rút quân của lực lượng kháng chiến Nam Bộ giữa tháng 10/1945, Đảng cộng sản Đông Dương đã truy lùng, bắt giữ hoặc xử bắn khoảng 20 lãnh đạo quan trọng của phe Trotskyist. Nguyễn Long Thành Nam (tín đồ Hòa Hảo, cựu quan chức Việt Nam Cộng hòa) cho rằng tại Sài Gòn, lực lượng công an do Việt Minh kiểm soát đã bắt và xử bắn 68 cán bộ chủ chốt của phe Trotskyist trong đó có Trần Văn Thạch, Phan Văn Hùm, Phan Văn Chánh, Nguyễn Văn Sổ, Hồ Vĩnh Ký, Huỳnh Văn Phương khi họ đang họp ở Thủ Đức vì phe Trotskyist không chấp hành lệnh rút lui về nông thôn, lấy nông thôn bao vây thành thị của Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ. Tuy nhiên, một số nguồn khác thì cho rằng một số nhân vật Trotskyist bị các nhóm vũ trang tự phát đang cát cứ tại địa phương ám sát (ví dụ như Phan Văn Hùm bị "tư lệnh miền Đông" tự xưng là Kiều Đắc Thắng giết). Những thành viên Trotskyist khác phải nương tựa Hòa Hảo và các đảng phái quốc gia ở Đồng bằng sông Cửu Long.