Tháng 4 năm 1956, Batista đã ra lệnh đưa Barquin lên làm Tướng và Chỉ huy quân đội. Nhưng đã là quá muộn. Thậm chí sau khi Barquin được thông báo, ông đã quyết định hành động đảo chính nhằm cứu vãn đạo đức các lực lượng vũ trang và của người dân Cuba. Ngày 4 tháng 4 năm 1956, một cuộc đảo chính do một trăm sĩ quan dưới sự chỉ huy của Đại táCol. Barquin (khi ấy là Phó chủ tịch Ủy ban Quốc phòng Liên Mỹ tại Washington DC và Đại diện Hải quân, Không quân và Bộ binh Cuba tại Hoa Kỳ) diễn ra nhưng không thành công bởi Rios Morejon. Cuộc đảo chính làm tan rã xương sống các lực lượng vũ trang Cuba. Các sĩ quan bị xét xử với mức phạt cao nhất theo Thiết quân Luật Cuba. Barquin bị kết án biệt giam 8 năm. La Conspiración de los Puros khiến nhiều sĩ quan hàng đầu các lực lượng vũ trang bị bỏ tù và các học viện quốc phòng bị đóng cửa. Barquin là người sáng lập La Escuela Superior de Guerra (Cao đẳng Quân sự Cuba) và từng là hiệu trưởng của La Escuela de Cadetes (Viện Quân sự Cuba - West Point). Không có các sĩ quan của Barquin khả năng chiến đấu chống các lực lượng nổi dậy cách mạng đã bị suy yếu nghiêm trọng.