Xung quanh hai phần của Malaysia là một số hòn đảo, lớn nhất trong số đó là đảo Banggi. Malaysia có khí hậu xích đạo, điểm đặc trưng là gió mùa tây nam (tháng 4 đến tháng 10) và gió mùa đông bắc (tháng 10 đến tháng 2). Các vùng biển xung quanh giúp điều hòa nhiệt độ cho Malaysia. Ẩm độ thường cao, và lượng mưa trung bình hàng năm là 250 cm (98 in). Khí hậu tại Bán đảo và Đông bộ khác biệt, thời tiết Bán đảo chịu ảnh hưởng trực tiếp từ gió thổi từ lục địa, trong khi Đông bộ có khí hậu mang tính hải dương hơn. Các khí hậu địa phương có thể phân thành: vùng cao, vùng thấp và vùng duyên hải. Biến đổi khí hậu có thể tác động đến mực nước biển và lượng mưa, tăng nguy cơ lũ lụt và dẫn đến hạn hán.