Kể từ khi trở thành di sản thể giới, lượng khách du lịch đến đây tăng vọt, các hoạt động của lâm tặc, tình trạng săn bắn động vật hoang dã là mối nguy cho vườn quốc gia Phong Nha-Kẻ Bàng, trong khi lực lượng kiểm lâm lại khá mỏng. Sự gia tăng du khách tham quan khu vườn quốc gia này cũng gây ra vấn đề cho môi trường ở đây như các rác thải, ô nhiễm nước do hoạt động du lịch, ảnh hưởng của con người lên hang động (nhiều người bẻ các măng đá mang về, khắc chạm linh tinh lên vách động…), nhưng đặc biệt ảnh hưởng nhất là đe dọa đến sự đa dạng sinh học. Nhiều cộng đồng dơi ở trong các hang động cũng bị tác động xấu do sự tham quan của du khách.