Sau khi các quân chủ nhà Nguyên bị trục xuất khỏi Trung Quốc, người Mông Cổ tiếp tục cai trị quê hương Mông Cổ, gọi là Bắc Nguyên. Trong các thế kỷ sau, diễn ra tranh chấp quyền lực bạo lực giữa các phái khác nhau, đáng chú ý là giữa dòng hậu duệ Thành Cát Tư Hãn và người Ngõa Lạt không phải hậu duệ của ông (người Mông Cổ Tây), ngoài ra còn có một số cuộc xâm chiếm của Trung Quốc như Minh Thành Tổ từng tiến hành năm cuộc chinh phạt người Mông Cổ. Đến đầu thế kỷ XV, người Ngõa Lạt dưới quyền Dã Tiên thái sư giành được ưu thế, và tấn công Trung Quốc vào năm 1449. Quân của Dã Tiên từng bắt được Minh Anh Tông trong sự biến Thổ Mộc bảo. Đến khi Dã Tiên bị ám sát vào năm 1454, dòng hậu duệ của Thành Cát Tư Hãn giành lại quyền lực.