Đảng Lao động Việt Nam chia chiến trường miền Nam thành 5 khu vực B-5 - Quảng Trị (giáp vĩ tuyến 17), B4- Bình Trị Thiên - Huế, B3 - Tây Nguyên, B1 - Quân khu 5, gồm các tỉnh Quảng - Đà (nay thuộc các tỉnh Quảng Nam, Đà Nẵng, Bình Định, Phú Yên, Khánh Hòa), B2 - Nam Bộ (từ cực Nam của Nam Trung bộ và Tây Nguyên vào - tương ứng từ Quảng Đức, Tuyên Đức và Ninh Thuận, gồm Khu VI, VII, VIII, IX, X, Sài Gòn - Gia Định), có sự thay đổi ranh giới và phân chia theo thời gian. Bộ Tư lệnh các Lực lượng Vũ trang Giải phóng chỉ huy toàn bộ quân Giải phóng trên toàn miền Nam. Bộ Tổng tư lệnh Quân đội Nhân dân Việt Nam tại Hà Nội giám sát tất cả nhưng trực tiếp phụ trách các khu Quảng Trị, Trị Thiên, Khu V và Tây Nguyên. Về mặt chính trị, phân vùng có khác, Khu ủy Trị Thiên và Khu ủy Khu V (địa bàn rộng hơn Khu V về quân sự) nhận chỉ thị trực tiếp từ Trung ương Đảng Lao động Việt Nam chứ không phải từ Trung ương Cục miền Nam. Tại mỗi Khu, Khu ủy thực hiện chỉ đạo đối với lực lượng vũ trang địa phương trên địa bàn Khu. Ban Thống nhất thuộc Ban Chấp hành Trung ương Đảng Lao động Việt Nam điều phối các vấn đề phức tạp.