Trong thập niên 1890, vì sợ rằng nguồn lực to lớn của mình sẽ làm tổn hại các trường nhỏ hơn vì thu hút hết sinh viên giỏi, Viện Đại học Chicago đã liên kết với một số trường và viện đại học trong vùng: Trường Đại học Des Moines, Trường Đại học Kalamazoo, Trường Đại học Butler, và Viện Đại học Stetson. Theo thỏa thuận liên kết, các trường vừa kể được yêu cầu phải có những khóa học tương đương với những khóa học ở Viện Đại học Chicago, phải báo trước với viện đại học bất kỳ sự bổ nhiệm hay sa thải giảng viên nào, không được bổ nhiệm giảng viên nếu không có sự chấp thuận của viện đại học, và phải gởi bản sao các bài thi để được nhận góp ý. Viện Đại học đồng ý trao bằng cho bất cứ sinh viên năm cuối sắp tốt nghiệp nào từ trường liên kết nếu sinh viên này đạt được điểm A trong suốt bốn năm học, và trao bằng cho bất cứ sinh viên tốt nghiệp nào học thêm 12 tuần ở Viện Đại học. Sinh viên hay giảng viên của một trường liên kết được hưởng chế độ miễn học phí ở Viện Đại học, và sinh viên Chicago được phép theo học ở một trường liên kết và được hưởng chế độ tương tự và được công nhận tín chỉ. Viện Đại học cũng đồng ý cung cấp cho các trường liên kết sách và trang thiết bị và dụng cụ khoa học với một mức giá nào đó; cung cấp những giảng viên biệt phái mà các trường liên kết không phải trả tiền, ngoại trừ chi phí đi lại; và cung cấp miễn phí mỗi bản một cuốn sách hay tạp chí do Nhà xuất bản Viện Đại học Chicago ấn hành. Thỏa thuận này cũng quy định rằng một trong hai bên có thể chấm dứt sự liên kết này bằng cách thông báo cho bên kia biết theo đúng quy định. Một số giáo sư ở Viện Đại học Chicago thời đó không thích chương trình này vì công sức mà họ bỏ ra thêm không được đền bù, và họ cho rằng nó hạ thấp danh tiếng học thuật của Viện Đại học Chicago. Chương trình này chấm dứt vào năm 1910.