Giai đoạn thứ ba và là lớn nhất của chiến dịch không quân nhắm tới các mục tiêu quân sự trên khắp Iraq và Kuwait: các bệ phóng tên lửa Scud, các địa điểm vũ khí hủy diệt hàng loạt, những cơ sở nghiên cứu vũ khí và các lực lượng hải quân. Khoảng một phần ba không lực liên quân được dành riêng để tấn công các bệ phóng tên lửa Scud, nằm trên các xe tải và do đó rất khó tìm kiếm để tiêu diệt. Ngoài ra, họ cũng nhắm vào các mục tiêu có thể sử dụng được cho cả mục đích dân sự và quân sự: các nhà máy điện, các lò phản ứng hạt nhân, các thiết bị thông tin liên lạc, các cảng biển, các nhà máy lọc và phân phối xăng dầu, các đường sắt và các cây cầu. Các nhà máy điện trên toàn quốc bị phá hủy. Tới cuối cuộc chiến, việc sản xuất điện chỉ còn đạt mức 4% so với trước chiến tranh. Bom đã phá hủy tất cả các đập chính, đa số những trạm bơm chính và nhiều nhà máy xử lý nước thải. Một số đội thuộc các lực lượng đặc biệt của Mỹ và Anh được đưa thâm nhập vào phía tây Iraq để tìm kiếm và phá hủy các tên lửa Scud. Tuy nhiên, vì thiếu những điều kiện địa lý thích hợp để ẩn náu khiến các hoạt động của họ gặp nhiều khó khăn và nhiều người đã bị giết hoặc bị bắt giữ.