Vào cuối thế kỷ XIV, người Songhai dần dần giành được độc lập từ đế quốc Mali và sau đó mở rộng ảnh hưởng rồi cuối cùng làm chủ toàn bộ phần phía đông của đế quốc Mali. Tiếp đó đế quốc của người Songhai sụp đổ sau cuộc xâm lược của người Maroc do Judar Pasha chỉ huy vào năm 1591. Sự sụp đổ của đế quốc Songhai đánh dấu sự kết thúc vai trò của khu vực này như là một phần của tuyến đường thương mại. Tuy nhiên sau khi các tuyến đường biển được thiết lập bởi các cường quốc Phương Tây, tuyến đường thương mại xuyên Sahara mất đi tầm quan trọng của nó. Nạn đói tồi tệ nhất được ghi nhận trong khoảng thời gian từ năm 1738 đến năm 1756, đã giết chết khoảng một nửa dân số ở Timbuktu.