Hawking tiếp tục việc viết sách phổ biến khoa học, ấn hành Vũ trụ trong vỏ hạt dẻ năm 2001, và A Briefer History of Time (tạm dịch, "Một Lược sử Tóm tắt của Thời gian"; ông viết cuốn này năm 2005 cùng với Leonard Mlodinow để cập nhật các kết quả nghiên cứu mới hơn và làm cho nó dễ hiểu hơn nữa), trong khi Chúa tạo nên Số nguyên xuất hiện năm 2006. Về mặt nghiên cứu lý thuyết, cùng với Thomas Hertog ở Cơ quan Năng lượng Nguyên tử châu Âu (CERN) và Jim Hartle, từ 2006 trở đi Hawking phát triển một vũ trụ học "trên-xuống", phát biểu rằng vũ trụ không phải có một trạng thái ban đầu duy nhất mà là nhiều trạng thái, và do đó là không thích hợp để hình thành một lý thuyết tiên đoán hình dạng hiện tại của vũ trụ từ một trạng thái ban đầu đặc biệt nào. Nền vũ trụ học này thừa nhận rằng hiện tại "lựa chọn" quá khứ từ sự chồng chập của nhiều lịch sử khả hữu. Khi khẳng định như vậy, lý thuyết đã đề xuất một giải pháp khả dĩ cho câu hỏi về một vũ trụ điều chỉnh chặt chẽ.