Bên cạnh vai trò của ông trong lịch sử phát triển của thiên văn học và triết học tự nhiên, Kepler cũng có một vị trí nổi bật trong triết học và lịch sử khoa học. Kepler với những định luật chuyển động hành tinh của mình là trung tâm của những tác phẩm đầu tiên về lịch sử thiên văn và toán học như Histoire des mathematiques (Lịch sử toán học, 1758) của Jean-Étienne Montucla và Histoire de l’astronomie moderne (Lịch sử thiên văn hiện đại, 1821) của Jean-Baptiste Delambre. Chúng cũng như các nghiên cứu khác viết dưới nhãn quan Thời kỳ Khai sáng thường xem xét các lập luận siêu hình và tôn giáo của Kepler với óc hoài nghi và sự phản đối, nhưng các triết gia tự nhiên thời sau đó thuộc chủ nghĩa lãng mạn (thế kỷ 19) coi chính những yếu tố này là trung tâm thành tựu của ông. William Whewell, trong cuốn sách gây ảnh hưởng History of the Inductive Sciences (Lịch sử Khoa học Quy nạp, 1837) xem Kepler như là nguyên mẫu của thiên tài khoa học quy nạp; và trong cuốn Philosophy of the Inductive Sciences (Triết học Khoa học Quy nạp, 1840), Whewell tiếp tục gọi Kepler là hiện thân của những dạng tiến bộ nhất trong phương pháp khoa học. Tương tự, Ernst Friedrich Apelt—người đầu tiên nghiên cứu rộng rãi các bản thảo Kepler, sau khi Ekaterina II của Nga mua chúng—xác định Kepler là chìa khóa của Cách mạng khoa học". Apelt, người xem toán học, tính nhạy cảm mĩ học, ý tưởng vật lý, và thần học của Kepler như một phần của một hệ thống tư tưởng thống nhất, tạo nên phân tích bao quát đầu tiên về cuộc đời và sự nghiệp Kepler.