Một trong những kết quả chiến lược của liên minh Cuba-Xô viết là quyết định đặt các tên lửa đạn đạo tầm trung (MRBMs) Xô viết tại Cuba, gây ra cuộc Khủng hoảng tên lửa Cuba năm 1962, trong đó chính quyền John F. Kennedy đã đe dọa sử dụng vũ khí hạt nhân với Liên bang Xô viết trừ khi họ rút số tên lửa đó. Ý tưởng đặt tên lửa tại Cuba được đưa ra bởi Castro hoặc Khrushchev, nhưng được Liên bang Xô viết đồng ý với lý do rằng Hoa Kỳ có tên lửa đặt tại Thổ Nhĩ Kỳ ở Trung Đông, vì thế đe dọa trực tiếp tới an ninh Liên Xô. Chỉ vài phút trước khi chiếc tàu chở tên lửa Liên Xô chạm tới vành đai phong tỏa của Hoa Kỳ, người Xô viết đã quyết định lùi bước, và ký một thỏa thuận với Kennedy. Tất cả các tên lửa đều được rút khỏi Cuba, nhưng cùng lúc ấy Hoa Kỳ phải rút tên lửa của mình ra khỏi Thổ Nhĩ Kỳ và những nơi khác tại Trung Đông. Tuy nhiên, Kennedy không chịu mất mặt bằng cách thực hiện thỏa thuận ấy ngay lập tức, mà chỉ chịu đồng ý sẽ rút tên lửa sau vài tháng.