Sau khi rút lui về Yên Bái, Vũ Hồng Khanh nhận ra rằng nguồn cung cấp lương thực tại địa phương chỉ đủ nuôi sống lực lượng quân đội Việt Quốc chứ không đủ cung cấp cho những người ủng hộ Việt Quốc từ đồng bằng sông Hồng đến. Việc tiếp tế từ Lào Cai gặp nhiều khó khăn vì Việt Minh đã phá hủy đường sắt. Tới tháng 11, Lào Cai bị Vệ Quốc quân bao vây và lương thực sắp hết. Vũ Hồng Khanh quyết định sơ tán sang Vân Nam và ra lệnh hành quyết 2 giảng viên học viện quân sự vì cố gắng dẫn học viên của họ quay trở lại đồng bằng. Tháng 10/1947, khi quân Pháp nhảy dù xuống Phú Thọ, công an Việt Nam Dân chủ Cộng hòa bị Pháp cáo buộc xử bắn hơn 100 tù nhân Việt Quốc.