Giao tranh tiếp tục sau khi đàm phán thất bại, Chính phủ Nam Triều Tiên đáp trả hoạt động du kích bằng cách triển khai các đại đội cảnh sát, mỗi đại đội có 1.700 người, từ các tỉnh miền nam đến Jeju.:168 Ngày 17 tháng 11 năm 1948, Lý Thừa Vãn tuyên bố thiết quân luật nhằm tiêu diệt cuộc khởi nghĩa. Trong giai đoạn này, Quân đội Nam Triều Tiên tham gia các hành động tàn bạo, một báo cáo mô tả sự kiện vào ngày 14 tháng 12 năm 1948 khi Quân đội Nam Triều Tiên tấn công làng, bắt giữ nhiều nam nữ thanh thiếu niên, hiếp dâm tập thể các nữ thanh thiếu niên trong hai tuần lễ và hành quyết họ cùng các nam thanh niên.