Quyền kiểm soát này càng được củng cố trong các cuộc chiến và xung đột vào thế kỷ XVII, cùng với đó là việc người Anh và người Scotland thực dân hóa các đồn điền tại Ireland, chiến tranh Ba Vương quốc và chiến tranh giữa hai phe ủng hộ James II và William III. Theo ước tính, tổn thất của Ireland trong chiến tranh Ba Vương quốc (tại Ireland là giữa lực lượng Ireland bang liên và lực lượng của Cromwell) là 20.000 người thiệt mạng trên chiến trường. Cũng theo ước tính, có 200.000 thường dân thiệt mạng do kết hợp từ nạn dói do chiến tranh, di tán, hoạt động du kích và dịch bệnh trong thời gian chiến tranh. Có thêm 50.000 người bị đưa đi lao dịch có khế ước tại Tây Ấn. Một số sử gia ước tính có đến một nửa dân số Ireland thời tiền chiến đã thiệt mạng do hậu quả của xung đột.