Về mặt học thuật, Viện Đại học Chicago bao gồm Trường Đại học (the College, chuyên về giáo dục bậc đại học), bốn phân khoa nghiên cứu sau đại học (Phân khoa Khoa học Sinh học, Phân khoa Nhân văn, Phân khoa Khoa học Vật lý, và Phân khoa Khoa học Xã hội), sáu trường chuyên nghiệp (Trường Y khoa, Trường Kinh doanh, Trường Luật, Trường Thần học, Trường Nghiên cứu Chính sách công, và Trường Quản trị Dịch vụ Xã hội), và Trường Giáo dục Thường xuyên trong các ngành Chuyên nghiệp và Khai phóng (Graham School of Continuing Liberal and Professional Studies). Viện đại học còn có một hệ thống thư viện, Nhà xuất bản Viện Đại học Chicago (University of Chicago Press), các Trường Thực nghiệm Viện Đại học Chicago (University of Chicago Laboratory School, dành cho các lớp từ mẫu giáo đến trung học), và Trung tâm Y khoa Viện Đại học Chicago (University of Chicago Medical Center), và có quan hệ mật thiết với một số các cơ sở học thuật độc lập, bao gồm Fermilab và Phòng Thí nghiệm Quốc gia Argonne (Argonne National Laboratory).