Putin đã chính thức thôi chức vụ bên trong ngành an ninh quốc gia ngày 20 tháng 8 năm 1991, khi KGB ủng hộ cuộc đảo chính sớm thất bại chống lại Tổng thống Xô viết Mikhail Sergeyevich Gorbachyov. Năm 1994 ông trở thành Phó chủ tịch thứ nhất thành phố St. Petersburg, vị trí ông giữ cho tới tận khi được gọi tới Moskva, tháng 8 năm 1996, để nhận nhiều chức vụ cao cấp bên trong bộ máy chính quyền thứ hai của Boris Nikolayevich Yeltsin. Ông là lãnh đạo dân sự của Tổng cục An ninh Liên bang Nga FSB (cơ quan kế tục KGB) từ tháng 7 năm 1998 đến tháng 8 năm 1999, và giữ chức vụ Thư ký Ủy ban An ninh từ tháng 3 đến tháng 8 năm 1999.