Tháng 3 năm 2000, Tổ chức Thống nhất châu Phi (OAU) cắt đứt liên lạc với Anjouan nhằm chấm dứt cuộc nổi dậy. OAU yêu cầu Tổng thống Assoumani áp đặt lệnh cấm vận thương mại và trao trả quyền lại cho giới dân sự tại Comoros. Tháng 2 năm 2001, Tổng thống ký một hiệp ước hòa giải với các nhà lãnh đạo chính trị ở ba đảo, kể cả nhà lãnh đạo nhóm li khai của đảo Anjouan, Đại tá Said Abeid. Tháng 3 năm 2002, một hiến pháp mới được thông qua, ba đảo được thống nhất lại. Mỗi đảo bầu một Tổng thống riêng và Assoumani được bầu làm Tổng thống liên bang.