Lúc nhỏ tuổi ông có tiếp xúc nhiều lần với nhóm người Do Thái tại Kraków. Trong thời Đức quốc xã chiếm Ba Lan trong Chiến tranh thế giới thứ hai, rất nhiều bạn bè Do thái của Karol Józef Wojtyła đã bị giết hay bị trục xuất. Tuy nhiên thái độ của Wojtyla với những hành động này là "cầu nguyện". Ông nói rằng: "Hãy nhớ rằng, chúng ta có bổn phận cầu chúa ban cho họ đủ sức mạnh chịu đựng tất cả những thứ này" . Ông không bao giờ tham gia vào bất kỳ một sự kháng cự nào chống lại Đức quốc xã hay vào những hoạt động nhằm giải cứu người Do Thái..