Mặc dù đạt được những bước tiến quan trọng trong thời gian gần đây, nhưng giáo dục Thành phố Hồ Chí Minh vẫn còn nhiều khiếm khuyết. Trình độ dân trí chưa cao và chênh lệch giữa các thành phần dân cư, đặc biệt là ngoại ô so với nội ô. Tỷ lệ trẻ em người Hoa không biết chữ vẫn còn nhiều, gấp 13 lần trẻ em người Kinh. Giáo dục đào tạo vẫn chưa tương xứng với nhu cầu của xã hội. Hệ thống cơ sở vật chất ngành giáo dục thành phố còn kém. Nhiều trường học sinh phải học 3 ca. Thu nhập của giáo viên chưa cao, đặc biệt ở các huyện ngoại thành.