Khi Giáo hoàng cầu nguyện với các tín đồ Thiên chúa Giáo trong Ngày Thế giới Cầu nguyện cho Hòa bình tổ chức tại Assisi, Ý vào năm 1986, sự kiện này bị chỉ trích là gây nên ấn tượng rằng thuyết hổ lốn và chủ nghĩa trung lập tôn giáo được công khai thừa nhận bởi Tòa thánh. Khi Ngày Thế giới Cầu nguyện cho Hòa binh tiếp tục được tổ chức vào năm 2002, sự kiện này lại bị chỉ trích là lẫn lộn với các yếu tố thế tục và thỏa hiệp với các "tôn giáo giả tạo". Việc Giáo hoàng hôn cuốn kinh Koran tại Damascus, Syria trong một chuyến tông du ngày 6 tháng 5 năm 2001 cũng bị chỉ trích. Chủ trương tự do tôn giáo của Gioan Phaolô II cũng bị một số ý kiến chỉ trích, tỉ như trong khi các Giám mục như Antônio de Castro Mayer ủng hộ hòa hợp tôn giáo nhưng mặt khác cũng phủ nhận các nguyên tắc của Công đồng Vaticanô II về tự do tôn giáo mà Giáo hoàng Piô IX đã chỉ trích trong tác phẩm Syllabus errorum’ năm 1864 và trong Công đồng Vaticanô I.