Bị quân Minh truy sát, Giản Định đế chạy vào Nghệ An, viên Đại tri châu châu Hóa là Đặng Tất giết quan nhà Minh, dẫn quân từ Hóa châu ra theo phò, nhà Hậu Trần làm chủ từ Nghệ An vào Thăng Hoa. Năm 1408, quân Hậu Trần tiến quân ra Bắc, đánh bại quân Minh do Chinh Di tướng quân Mộc Thạnh chỉ huy ở trận Bô Cô, bao vây các thành, cơ hội khôi phục nhà Trần, giành lại đất nước trở nên rõ ràng. Nhưng năm 1409, Giản Định đế nghe lời gièm pha, giết 2 tướng trụ cột là Đặng Tất và Nguyễn Cảnh Chân, khiến cho 2 người con của họ là Đặng Dung và Nguyễn Cảnh Dị kéo quân trở về Nghệ An lập Trần Quý Khoáng lên làm vua, hiệu là Trùng Quang đế. Trùng Quang đế bắt Giản Định đế và tôn làm Thượng hoàng, cả hai cùng nhau đánh quân Minh. Hoàng đế Vĩnh Lạc nhà Minh sai Trương Phụ đem quân tiếp viện cho Mộc Thạnh. Giản Định đế thua trận bị xử tử. Trùng Quang đế núng thế, lui dần về phía Nam và thất bại hoàn toàn trong trận đánh đẫm máu ở Thuận Hóa năm 1414. Trùng Quang đế tự sát. Như vậy nhà Hậu Trần gồm 2 vua, kéo dài được 7 năm (1407-1414).