Hoạt động xây dựng đường nối đường Hồ Chí Minh và quốc lộ 20 chạy xuyên qua lõi vườn quốc gia này và cũng gây ra mối đe dọa về môi trường, làm ảnh hưởng đến khu vực sinh sống của nhiều loài động thực vật, hoạt động nổ mìn phá đá làm đường khiến nhiều loài động vật phải di dời khỏi nơi sinh sống, dù Chính phủ Việt Nam đã có quyết định xây dựng đường Hồ Chí Minh chạy theo tuyến đường 15 và 12A, cũ dọc theo ranh giới phía đông của khu vườn quốc gia này chứ không cắt ngang qua khu vườn này để giảm thiểu ảnh hưởng đến hệ động thực vật cũng như địa hình khu vực.