Đầu thế kỷ XVI, Đạt Diên Hãn và phu nhân là Mãn Đô Hải tái thống nhất toàn thể dân tộc Mông Cổ dưới quyền dòng hậu duệ Thành Cát Tư Hãn. Đến giữa thế kỷ XVI, A Nhĩ Thản Hãn của bộ lạc Thổ Mặc Đặc, một cháu nội của Đạt Diên Hãn – song không phải người thừa kế hoặc là hãn hợp pháp – lên nắm quyền. Ông thành lập thành phố Hohhot nay thuộc Nội Mông vào năm 1557. sau khi A Nhĩ Thản Hãn gặp Đạt Lai Lạt Ma vào năm 1578, ông ra lệnh truyền Phật giáo Tây Tạng đến Mông Cổ. A Ba Đại Hãn của nhóm Khách Nhĩ Khách cải sang Phật giáo và lập Tu viện Erdene Zuu vào năm 1585. Cháu nội của ông là Zanabazar trở thành Jebtsundamba Khutughtu đầu tiên vào năm 1640. Sau các lãnh đạo, đến lượt toàn bộ cư dân Mông Cổ đi theo Phật giáo. Mỗi gia đình để kinh và tượng Phật trên một bàn thờ tại phía bắc lều của họ. Các quý tộc Mông Cổ hiến đất, tiền và mục dân cho các tu viện. Ngoài quyền lực tôn giáo, các thể chế tôn giáo đứng đầu và các tu viện nắm giữ quyền lực thế tục đáng kể.