Các núi ở vùng carxtơ của vườn quốc gia này có chiều cao điển hình trên 800 m và tạo thành một dãy núi liên tục dọc theo đường biên giới hai nước Việt Nam và Lào, trong đó đáng chú ý là các đỉnh: Phu Tạo (1174 m), Co Unet (1150 m), Phu Canh (1095 m), Phu Mun (1078 m), Phu Tu En (1078 m), Phu On Chinh (1068 m), Phu Dung (1064 m), Phu Tu Ôc (1053 m), Phu Long (1015 m), Phu Ôc (1015 m), Phu Dong (1002 m). Nằm xen giữa các đỉnh này là các đỉnh có chiều cao từ 800–1000 m: Phu Sinh (965 m), Phu Co Tri (949 m), Phu On Boi (933 m), Phu Tu (956 m), Phu Toan (905 m), Phu Phong (902 m), núi Ma Ma (835 m).