Trong một chuyến đi thăm CERN ở Genève mùa hè năm 1985, Hawking mắc viêm phổi mà với thể trạng sẵn yếu ớt của ông nó có thể đe dọa tính mạng; ông yếu tới mức bác sĩ từng hỏi Jane có nên chấm dứt các thiết bị duy trì sự sống của ông. Bà từ chối và ông đã sống sót, nhưng phải trải qua một ca phẫu thuật mở khí quản đòi hỏi chăm sóc điều dưỡng suốt ngày đêm và loại bỏ năng lực phát âm ít ỏi còn lại của ông. Cơ quan Chăm sóc Sức khỏe Anh (NHS) nhận trả phí ở viện điều dưỡng nhưng Jane cương quyết muốn ông sống ở nhà. Chi phí chăm sóc được một quỹ ở Hoa Kỳ chu cấp. Các y tá được thuê suốt ba ca để chăm sóc ông hai mươi bốn tiếng đồng hồ mỗi ngày. Một trong số những người được mướn là Elaine Mason, người về sau trở thành vợ thứ hai của ông.