Trong các tổ chức tham gia Mặt trận, đảng bộ miền Nam của Đảng Lao động Việt Nam có tên công khai là Đảng Nhân dân Cách mạng Việt Nam (tuyên bố tách từ Đảng bộ miền Nam của đảng Lao động) có vai trò quan trọng nhất, "linh hồn" Mặt trận. Trong suốt quá trình tồn tại Đảng Nhân dân Cách mạng Việt Nam công khai quan hệ thân hữu với Đảng Lao động Việt Nam nhưng sau chiến tranh Đảng Cộng sản Việt Nam xác nhận nó thực chất chỉ là đảng bộ của Đảng Lao động Việt Nam ở miền Nam, do Trung ương Đảng, Khu ủy Trị Thiên (sau khi tách khỏi Khu V, trực thuộc Trung ương), Khu ủy Khu V (sau khi tách khỏi Trung ương Cục miền Nam, trực thuộc Trung ương), Trung ương cục miền Nam và các Khu ủy trực thuộc (địa bàn B2 cực nam Nam Trung Bộ và Tây Nguyên trở vào, sau khi tách Khu V về Trung ương) lãnh đạo. Điều này hoàn toàn phù hợp với quy định các lực lượng chính trị tập kết tại chỗ do Hiệp định Genève (1954) quy định.