Năm Hồng Vũ thứ 13 (1380), Minh Thái Tổ lấy việc Thừa tướng Hồ Duy Dung mưu phản nên phế bỏ chức vụ thừa tướng, các hoàng đế sau này cũng không đặt lại chức vụ này. Từ thời Tần, Hán trở đi Trung Quốc đã hơn 1600 năm thực hành chế độ tể tướng, đến đây bị phế bỏ, lục bộ trực tiếp do hoàng đế phụ trách, quyền của thừa tướng và quyền về quân sự hợp làm một, hoàng đế triều Minh một mình nắm đại quyền, thể chế chính trị của triều Minh cũng là chính thể chuyên chế hiếm thấy trong lịch sử thế giới, thi hành thể chế quốc gia tam quyền phân lập: quân quyền, quyền hành chính, quyền giám sát, về sau do quyền giám sát bị phế bỏ, quốc thể mất cân bằng mà nhanh chóng suy bại. Do có nhiều quốc sự, hoàng đế không thể xử lý hết, đến năm Kiến Văn thứ 4 (4) Minh Thành Tổ mới bắt đầu đặt nội các. Nội các chỉ là cố vấn cho hoàng đế, phê đáp tấu chương do hoàng đế chuyên trách. Nội các triều Minh từ khi khởi đầu đến khi kết thúc đều không phải là cơ cấu hành chính cấp một trung tâm trong triều, được cho rằng chỉ là biệt xưng của Văn Uyên các. Chức vụ Nội các đại học sĩ phần nhiều là người có tài đức hoặc đại thần trong triều đảm nhiệm, chỉ theo ý chỉ của hoàng đế mà viết ra, gọi là "truyền chỉ đương bút", quyền lực và địa vị còn xa mới bằng tể tướng khi xưa, chỉ có địa vị ngầm, song không có địa vị pháp định. Thời kỳ Tuyên Tông, do có ba người họ Dương là Dương Phổ, Dương Sĩ Kỳ và Dương Vinh tham gia nội các, Tuyên Tông phê chuẩn nội các khởi thảo thánh chỉ trần thuật ý kiến của họ, gọi là chế độ "phiếu nghĩ" 票擬, lại trao cho cơ cấu hoạn quan là Ty lễ giám phê thay tức "phê chu" 批朱. Phép "phiếu nghĩ" khắc phục tệ quân chủ không muốn diện kiến các triều thần, song đại thần nội các và hoàng đế ngăn cách, đều dựa vào Ty lễ giám, do đó khởi đầu chế độ hoạn quan chuyên chính trong triều Minh. Nhằm tăng cường giám thị với thần dân toàn quốc, Minh Thái Tổ còn thiết lập cơ cấu đặc vụ mang tên "cẩm y vệ", Minh Thành Tổ lập thêm "đông xưởng", Minh Hiến Tông lập "tây xưởng" (về sau phế bỏ), gọi chung là "xưởng vệ", do hoạn quan thống lĩnh, từ đó quyền thế của hoạn quan triều Minh đạt đến cực độ.