Tuy nhiên, một số phát biểu về Phật giáo của Giáo hoàng Gioan Phaolô II đã gây ra nhiều tranh cãi và chỉ trích. Ví dụ, trong tác phẩm Bước qua ngưỡng cửa hi vọng, Giáo hoàng đã chỉ trích đạo Phật là "thờ ơ với cuộc sống", "tiêu cực", "vô thần". Nhận định này đã vấp phải sự phản đối dữ dội từ cộng đồng Phật giáo. Tanaka Ken, giáo sư tại Học viện Phật học đã cho rằng Giáo hoàng "chưa chịu làm bài tập", còn Lạt Ma Ole Nydahl thì nhận xét Giáo hoàng "sẽ không thể tận hưởng cuộc sống ở kiếp sau". Linh mục Thomas Hand, một chức sắc Công giáo nghiên cứu thiền tại Medical Retreat Center cho rằng ý kiến của Gioan Phaolô II về sự "vô thần" và "tiêu cực" trong đạo Phật là hoàn toàn sai lầm và Giáo hoàng không thể nhận xét bừa bãi về một tôn giáo thâm thúy như đạo Phật mà không hiểu gì về nó. Một số nhân sĩ Phật giáo bình luận rằng, nguyên nhân của phát biểu trên bắt nguồn từ những lo ngại của Gioan Phaolô II về các nỗ lực truyền bá ảnh hưởng của đạo Phật ra ngoài châu Á. Trong một buổi họp mặt, các nhà sư tại Tích Lan đã quyết định yêu cầu Giáo hoàng phải xin lỗi. Trước các phản ứng này, Gioan Phaolô II đã thanh minh rằng ông luôn bày tỏ sự kính trọng sâu sắc đến các tín đồ Phật giáo và không có ý xúc phạm Phật giáo.