Sự suy yếu do bệnh tật vẫn tiếp tục, và năm 2005 ông bắt đầu phải điều khiển thiết bị giao tiếp bằng cử động của cơ má do không thể sử dụng tay nữa, với tốc độ chỉ một từ mỗi phút. Điều này đặt Hawking trước nguy cơ bại liệt hoàn toàn (tiếng Anh: locked-in syndrome-LIS, tình trạng vẫn tỉnh táo nhưng không thể cử động bất cứ bộ phận nào ngoài mắt), vì vậy ông đang hợp tác với các nhà nghiên cứu về các hệ thống có thể diễn dịch các hình ảnh não bộ hoặc biểu diễn nét mặt thành phương thức kích hoạt công tắc. Đến năm 2009 ông không còn có thể tự lái xe lăn nữa. Ông ngày càng thở khó khăn hơn, đôi khi cần đến máy thở, và đã phải nhập viện vài lần. Năm 2002, trong một cuộc bầu chọn trên toàn vương quốc Anh và Bắc Ailen, BBC đưa ông vào danh sách 100 người Anh vĩ đại nhất trong lịch sử. Hawking cũng nhận Huy chương Copley từ Hội Hoàng gia (2006), vinh dự dân sự cao nhất của Hoa Kỳ-Huân chương Tự do Tổng thống (2009), và Giải thưởng Vật lý Cơ bản Nga (2012).