Ngày 26 tháng 3 năm 1995, Bồ Đào Nha bắt đầu áp dụng các quy tắc Khu vực Schengen, loại bỏ kiểm soát biên giới với các thành viên Schengen đồng thời củng cố biên giới các quốc gia khác. Năm 1996, Bồ Đào Nha đồng sáng lập Cộng đồng các quốc gia nói tiếng Bồ Đào Nha (CPLP) có trụ sở tại Lisboa. Triển lãm thế giới năm 1998 diễn ra tại Bồ Đào Nha, và đến năm 1999 quốc gia này cho lưu hành đồng euro. Ngày 1 tháng 12 năm 2009, Hiệp ước Lisboa có hiệu lực sau khi được ký kết vào năm 2007 tại Tu viện Jerónimos của Lisboa, tăng cường tính hợp pháp hiệu quả và dân chủ của Liên minh và cải thiện gắn kết trong các hành động nội khối. Kinh tế suy thoái trong khủng hoảng tài chính cuối thập niên 2010 khiến Bồ Đào Nha đàm phán với IMF và Liên minh châu Âu vào năm 2011 về một khoản vay nhằm giúp ổn định tài chính trong nước.