Từ năm 1594 đến 1603 là giai đoạn khó khăn nhất khi xảy ra cuộc nổi dậy gọi là Loạn Tyrone, hay Cuộc chiến Chín năm do Hugh O’Neill, Bá tước xứ Tyrone lãnh đạo với sự hậu thuẫn của Tây Ban Nha. Mùa xuân năm 1599, Elizabeth sai Robert Devereux, Bá tước xứ Essex, đến dẹp loạn, nhưng ông này không làm được gì mà còn tự ý bỏ về. Charles Blount, Huân tước Mountjoy, được cử đến thay thế Devereux, phải mất ba năm mới đánh bại quân phiến loạn. Năm 1603, O’Neill chịu đầu hàng, chỉ ít ngày sau khi Elizabeth qua đời.