Gioan Phaolô II bị chỉ trích là đã cố gắng tập trung quyền lực lại về cơ quan trung ương ở Vatican, trái ngược với một số chính sách phân quyền do Giáo hoàng Gioan XXIII chủ xướng và cản trở tiến trình dân chủ hóa giáo hội. Việc này một phần thể hiện trong sự thiên kiến của Gioan Phaolô II trong việc bổ nhiệm các Giám mục khi 232 Hồng y và hơn 3.300 Giám mục do Giáo hoàng bổ nhiệm phần nhiều có tư tưởng bảo thủ gần giống như ông; và phần lớn số Hồng y trong 114 người thuộc Mật nghị bầu cử nên Biển Đức XVI là do chính Gioan Phaolô II bổ nhiệm. Ngoài ra, dưới tư cách cá nhân hay trong các cuộc hội nghị, các chức sắc Giáo hội cũng ít có cơ hội được tranh biện hay chống đối các chính sách của Giáo hoàng và phe cánh của ông ta nếu không muốn đứng trước nguy cơ mất chức. Vì vậy Gioan Phaolô II bị một số ý kiến chỉ trích là độc đoán, chuyên quyền.