Sau bầu cử, Obama miễn cưỡng tiếp tục tăng cường lực lượng khi đưa thêm 20.000 quân đến Irag cho đến khi Iraq được bình ổn. Sau đó ông chính thức kết thúc các cuộc hành quân tác chiến tại Iraq vào ngày 31 tháng 8 năm 2010 nhưng vẫn giữ 50.000 tại Iraq để hỗ trợ cho các lực lượng Iraq, giúp bảo vệ các lực lượng Mỹ đang rút quân, và tiến hành chống khủng bố. Ngày 15 tháng 12 năm 2011, cuộc chiến được chính thức tuyên bố kết thúc và các binh sĩ cuối cùng rời Iraq. Cùng lúc đó, Obama gia tăng sự dính líu của người Mỹ tại Afghanistan, bắt đầu một chiến lược tăng cường lực lượng với thêm 30.000 quân trong lúc đó đề nghị bắt đầu rút quân vào một thời điểm sau đó. Vì vấn đề vịnh Guantanamo, tổng thống Obama cấm tra tấn nhưng về tổng thể vẫn tiếp tục chính sách của Bush về tù nhân tại nhà tù vịnh Guantanamo trong khi đó cũng đề nghị rằng nhà tù sẽ từ từ bị đóng cửa.