Phần lớn các loài thực vật gắn liền với nhiều loại nấm tại hệ rễ của chúng, trong dạng cộng sinh phụ thuộc, được biết đến như là nấm rễ (mycorrhiza). Nấm giúp cho cây thu được nước và các chất dinh dưỡng từ đất, trong khi cây cung cấp cho nấm các loại cacbohyđrat được sản xuất nhờ quang hợp. Một số thực vật còn là nơi ở cho các loại nấm sống trên cây, chúng bảo vệ cây khỏi các loài ăn cỏ bằng cách tiết ra các chất có độc tính. Một loại nấm như vậy là Neotyphodium coenophialum, có trên những cây cỏ đuôi trâu cao (Festuca arundinacea) đã gây ra nhiều tổn thất kinh tế cho ngành chăn nuôi bò của Hoa Kỳ.