Nền khoa học ở Khánh Hòa được đặt nền móng từ thời Pháp thuộc với việc hình thành hai cơ sở khoa học thực nghiệm là Viện Pasteur Nha Trang vào năm 1891, nghiên cứu về vệ sinh dịch tễ và Sở Ngư nghiệp Đông Dương năm 1922 (tiền thân của Viện Hải dương học Nha Trang) chuyên nghiên cứu về biển và động vật biển. Lĩnh vực khoa học từ đó dần dần được mở rộng sang các ngành khoa học ứng dụng để đáp ứng cho nhu cầu phát triển kinh tế của tỉnh. Các công trình nghiên cứu tiêu biểu tại Khánh Hòa gồm có việc bảo tồn và phát triển trầm hương, kỳ nam, duy trì và nuôi dưỡng chim yến, nghiên cứu các hình thức nuôi trồng thủy sản trên biển,...