Phong trào chống đối chính phủ cuối cùng đã dẫn đến cuộc đảo chính vào năm 1991 đi đến thiết lập một chính phủ chuyển tiếp, và một bản hiến pháp mới. Năm 1992, Alpha Oumar Konaré trở thành tổng thống Mali đầu tiên chiến thắng trong một cuộc bầu cử dân chủ, đa đảng. Và trong lần tái bầu cử vào năm 1997, Tổng thống Konaré đã thông qua một loạt các chính sách cải cách kinh tế và chính trị, chiến đấu chống tham nhũng. Năm 2002, ông từ chức và qua một cuộc bầu cử dân chủ, chính phủ Mali được điều hành bởi Amadou Toumani Touré, một tướng về hưu, vốn là người lãnh đạo về mặt quân sự của cuộc đảo chính vào năm 1991. Ngày nay, Mali là một trong những nước có được sự ổn định chính trị và xã hội nhất châu Phi.