Sự thành lập liên bang khiến các căng thẳng tăng cao, bao gồm một cuộc xung đột với Indonesia, Singapore bị trục xuất vào năm 1965, và xung đột sắc tộc. Xung đột sắc tộc lên đến đỉnh điểm trong các cuộc bạo loạn sắc tộc ngày 13 tháng 5 năm 1969. Sau các cuộc bạo loạn, Thủ tướng Tun Abdul Razak đưa ra Chính sách Kinh tế mới gây tranh cãi, mục đích là nhằm nâng cao phần sở hữu kinh tế của bumiputera. Dưới thời Thủ tướng Mahathir Mohamad, Malaysia trải qua tăng trưởng kinh tế và đô thị hóa nhanh chóng. Kinh tế Malaysia chuyển đổi từ dựa vào nông nghiệp sang dựa vào chế tạo và công nghiệp. Nhiều siêu dự án được hoàn thành, chẳng hạn như tháp đôi Petronas, xa lộ Nam-Bắc, hành lang đa phương tiện siêu cấp, và thủ đô hành chính liên bang mới Putrajaya. Tuy nhiên, vào cuối thập niên 1990, Khủng hoảng tài chính châu Á suýt khiến cho đồng Ringgit cùng các thị trường chứng khoán và bất động sản Malaysia sụp đổ.