Về cơ cấu thẩm nghị thảo chiếu, triều Minh ban đầu chỉ đặt "cấp sự trung" và "trung thư xá nhân", không đặt hai tỉnh "trung thư", "môn hạ". Cơ cấu thẩm nghị của triều Minh là lục khoa cấp sự trung, đến năm Hồng Vũ thứ 24 (1391), đặt 6 người là đô cấp sự trung, phân vào sáu khoa Lại, Hộ, Lễ, Công, Hình, Binh, mỗi khoa một người, bên dưới mỗi "đô cấp sự trung" lại có một tả hữu cấp sự trung và một số cấp sự trung. Chế độ lục khoa cấp sự trung về cơ bản là kế thừa chế độ Môn hạ tỉnh thời Đường, song quan vị hạ giảm, cơ cấu tinh giản hơn. Quan chức lục khoa tuy có phẩm cấp thấp, song chức quyền lại rất cao, họ có thể bác bỏ ý chỉ của hoàng đế, cũng có thể nắm giữ chức trách gián quan, đối với quan lại lục bộ cũng có quyền giám sát tương ứng, do đó chế độ này cũng phát huy tác dụng nhất định đối với cải thiện triều chính. Cơ cấu chấp hành sự vụ trọng yếu của trung ương là "Ngũ tự", bao gồm Đại lý tự, Thái thường tự, Quang lộc tự, Thái bộc tự, Hồng lư tự, tương đương thời Đường Tống, giảm bớt bốn tự: Tông chính tự được nhập vào Tông nhân phủ, Vệ úy tự được nhập vào Binh bộ, Ty nông tự và Thái giám phủ được nhập vào Hộ bộ. Đại lý tự cùng Hình bộ và Đô sát viện hợp thành Tam pháp ty, phụ trách phúc thẩm và phúc hạch án hình sự trọng đại. Thủ trưởng của Đại lý tự gọi là "Đại lý tự khanh", cũng là một trong cửu khanh, khanh của bốn tự còn lại có chức quyền khá thấp. Thái thường tự phụ trách tế tự; Thái bộc tự quản lý ngựa và chăn nuôi gia súc toàn quốc; Quang lộc tự phụ trách bày tiệc; Hồng lư tự phụ trách tiếp đãi khách ngoại quốc.