Do các đảng phái đối lập phản đối nên Hồ Chí Minh đồng ý loại Võ Nguyên Giáp và Trần Huy Liệu ra khỏi nội các. Các bên tổ chức Hội nghị và họp nhiều lần để thảo luận ai sẽ nắm giữ chức Bộ trưởng Quốc phòng và Bộ trưởng Nội vụ đồng thời làm thế nào chia sẻ quyền lực trong Vệ quốc quân. Phan Anh được chọn làm Bộ trưởng Quốc phòng tuy anh trai ông ta là thành viên Việt Minh. Các đảng phái đối lập hy vọng Phan Anh sẽ chống lại việc Việt Minh cố gắng nắm toàn bộ Bộ chỉ huy và Bộ tổng tham mưu Vệ quốc quân nhưng họ sẽ thất vọng. Hội nghị cũng xem xét các nhân sĩ Huỳnh Thúc Kháng, Ngô Đình Diệm, Bùi Bằng Đoàn và Trần Đình Nam xem ai thích hợp cho vị trí Bộ trưởng Bộ nội vụ. Ngô Đình Diệm bị loại vì quá chống cộng còn Bùi Bằng Đoàn quá thân Việt Minh. Trong 2 người còn lại, Hồ Chí Minh đã chọn Huỳnh Thúc Kháng. Ông gửi điện cho Kháng và cử sứ giả đến gặp ông này. Huỳnh Thúc Kháng miễn cưỡng chấp thuận. Không ai phản đối Huỳnh Thúc Kháng làm Bộ trưởng Nội vụ vì ông có uy tín khắp cả nước. Hội nghị cũng thành lập Ủy ban Kháng chiến gồm 9 người với Võ Nguyên Giáp làm Chủ tịch và Vũ Hồng Khanh làm Phó chủ tịch.