Được thành lập vào năm 1636 bởi Cơ quan Lập pháp Thuộc địa Vịnh Massachusetts và không lâu sau đó đặt theo tên của John Harvard - người đã hiến tặng của cải cho trường, Harvard là cơ sở học tập bậc cao lâu đời nhất Hoa Kỳ. Mặc dù chưa bao giờ có mối quan hệ chính thức với bất kỳ giáo phái nào, Trường Đại học Harvard (Harvard College, sau này là trường giáo dục bậc đại học của Viện Đại học Harvard) trong thời kỳ đầu chủ yếu đào tạo các mục sư Kháng Cách thuộc hệ phái Tự trị Giáo đoàn. Chương trình học và thành phần sinh viên của trường dần dần trở nên có tính chất thế tục trong thế kỷ XVIII, và đến thế kỷ XIX thì Harvard đã nổi lên như một cơ sở văn hóa chủ chốt của giới tinh hoa vùng Boston. Sau Nội chiến Hoa Kỳ, Charles W. Eliot trong nhiệm kỳ viện trưởng kéo dài nhiều năm của mình (từ 1869 đến 1909) đã chuyển đổi trường đại học này và các trường chuyên nghiệp liên kết với nó thành một viện đại học nghiên cứu hiện đại. Harvard là thành viên sáng lập Hiệp hội Viện Đại học Bắc Mỹ vào năm 1900. James Bryant Conant lãnh đạo viện đại học này trong suốt thời kỳ Đại suy thoái và Chiến tranh thế giới thứ hai, và sau chiến tranh bắt đầu cải cách chương trình học và mở rộng việc tuyển sinh. Trường Đại học Harvard trở thành cơ sở giáo dục dành cho cả nam lẫn nữ vào năm 1977 khi nó sáp nhập với Trường Đại học Radcliffe.