Năm 1511, Bồ Đào Nha chinh phục Malacca, đến năm 1641 thì lãnh thổ này bị người Hà Lan chiếm đoạt. Năm 1786, Đế quốc Anh thiết lập một sự hiện diện tại Malaya, khi đó Sultan của Kedah cho Công ty Đông Ấn Anh thuê Penang. Người Anh giành được Singapore vào năm 1819, và đến năm 1824 thì đoạt quyền kiểm soát Malacca sau Hiệp định Anh-Hà Lan. Năm 1826, người Anh bắt đầu quản lý trực tiếp Penang, Malacca, Singapore, và đảo Labuan. Đến thế kỷ XX, tại các quốc gia Pahang, Selangor, Perak, và Negeri Sembilan, được gọi chung là Các quốc gia Mã Lai liên minh, có các thống sứ người Anh được bổ nhiệm để cố vấn cho các quân chủ Mã Lai theo điều khoản trong các hiệp định mà họ từng ký. Năm quốc gia còn lại trên bán đảo được gọi là Các quốc gia Mã Lai phi liên minh, các quốc gia này không chịu sự quản lý trực tiếp của người Anh, song cũng chấp thuận các cố vấn người Anh. Tiến triển tại Bán đảo và Borneo nhìn chung là tách biệt cho đến thế kỷ XIX. Trong thời gian người Anh cai trị, họ khuyến khích người Hoa và người Ấn nhập cư để trở thành lao công. Khu vực mà nay là Sabah nằm dưới sự cai trị của người Anh với tên gọi Bắc Borneo khi cả Sultan của Brunei và Sultan của Sulu chuyển giao quyền sở hữu các lãnh thổ của riêng họ từ năm 1877 đến năm 1878. Năm 1842, Sultan của Brunei nhượng Sarawak cho James Brooke, các Rajah da trắng kế tập cai trị Vương quốc Sarawak độc lập cho đến khi lãnh thổ này trở thành một thuộc địa vương thất Anh vào năm 1946.