Từ năm 1986, với sự giúp đỡ của nước ngoài và các tổ chức quốc tế Uganda đã dần dần khôi phục và ổn định kinh tế thông qua cải cách tiền tệ, nâng giá các mặt hàng xuất khẩu, cải thiện tiền lương công chức nhà nước. Trong những năm 1990-1999, kinh tế Uganda có những chuyển biến tích cực nhờ đầu tư liên tục vào việc xây dựng cơ sở hạ tầng, tập trung cải thiện sản xuất và xuất khẩu, giảm mức lạm phát, an ninh trong nước dần ổn định, các doanh nghiệp Ấn Độ - Uganđa trở về nước. Tuy nhiên, việc duy trì mức tăng trưởng khả quan đang gặp những thách đố lớn do Uganda tham gia vào cuộc chiến ở Cộng hòa Dân chủ Congo, tình trạng tham nhũng gia tăng và chậm trễ trong quyết định cải cách kinh tế của Chính phủ.