Nhật Bản cũng vướng vào những vụ tranh chấp lãnh thổ với các nước láng giềng: với Nga về chủ quyền trên quần đảo Nam Kuril, với Hàn Quốc về chủ quyền trên đảo Liancourt, với Trung Quốc và Đài Loan về chủ quyền trên quần đảo Senkaku, và với riêng Trung Quốc về phạm vi EEZ quanh Okino Tori-shima. Quốc gia này cũng đang phải đối mặt với mâu thuẫn từ vụ Cộng hòa Dân chủ Nhân dân Triều Tiên bắt cóc công dân Nhật Bản trong quá khứ, cũng như các căng thẳng xung quanh chương trình phát triển vũ khí hạt nhân và tên lửa trên bán đảo Triều Tiên (xem thêm: Đàm phán Sáu bên).