Các loài thực vật có hạt đầu tiên được nói đến như là thực vật hạt trần (Gymnospermae), do phôi hạt không được bao bọc trong một cấu trúc bảo vệ khi thụ phấn, với các hạt phấn trực tiếp hạ xuống phôi. Bốn nhóm còn sống sót hiện vẫn phổ biến rộng khắp, cụ thể là thực vật quả nón, là nhóm cây thân gỗ thống trị trong một vài quần xã sinh vật. Thực vật hạt kín (Angiosperm), bao gồm thực vật có hoa, là nhóm thực vật chính cuối cùng đã xuất hiện, nảy ra từ thực vật hạt trần trong kỷ Jura (146-200 Ma) và đa dạng hóa nhanh chóng trong kỷ Phấn Trắng (65-146 Ma). Chúng khác với thực vật hạt trần ở chỗ các phôi hạt được bao bọc, vì thế phấn hoa cần phải phát triển một ống để xâm nhập qua lớp vỏ bảo vệ hạt; chúng là nhóm thống trị trong giới thực vật ngày nay ở phần lớn các quần xã sinh vật.