Nguyên nhân ban đầu phải tính đến là sự hoạt động trồi lên của các khối xâm nhập núi lửa trẻ hơn đá vôi. Các khối cùng với việc nâng các lớp đá vôi lên cao như ngày nay còn làm phát sinh động đất, đứt gãy và núi lửa. Tại giao điểm của các đứt gãy hoặc các đới đứt gãy lớn, núi lửa phun lên sẽ làm biến chất đá vôi, biến đá vôi thành vôi sống (CaO) dễ hoà tan trong nước, đồng thời mang vào các đứt gãy, khe nứt của đá vôi dăm, cuội, dung nham núi lửa và nước ngầm. Dung nham này trong môi trường nước sẽ bị biến thành bùn, sét - kaolin mềm nhão dễ bị nước cuốn trôi hoặc lắng chìm vào các khe nứt, lỗ hổng do mật độ nặng hơn đá vôi từ 0,3 - 0,4 g/cm3. Nước đã đóng vai trò dọn dẹp lòng hang, các thung lũng giữa núi đá vôi (cuốn trôi vôi sống, bùn, sét - kaolin) và tạo thành các thạch nhũ cho chúng ta thấy như ngày nay.