Quân chủ mới là Maria I không ưa Sebastião de Melo, và thu hồi toàn bộ chức vụ chính trị của ông ta. Đến mùa thu năm 1807, Napoléon đưa quân Pháp qua Tây Ban Nha để xâm chiếm Bồ Đào Nha. Từ năm 1807 đến năm 1811, lực lượng Anh-Bồ Đào Nha chiến đấu chống quân Pháp. Năm 1807, khi quân đội của Napoléon tiến đến gần Lisboa, Nhiếp chính vương João VI của Bồ Đào Nha quyết định chuyển triều đình Bồ Đào Nha sang Brasil và lập Rio de Janeiro làm thủ đô của Đế quốc Bồ Đào Nha. Năm 1815, Brasil được tuyên bố là một vương quốc, và Vương quốc Bồ Đào Nha liên hiệp với Brasil để hình thành một nhà nước liên lục địa là Vương quốc Liên hiệp Bồ Đào Nha, Brasil và Algarve. Sự kiện Napoléon chiếm đóng Bồ Đào Nha đánh dấu quá trình suy thoái chậm của quốc gia này cho đến thế kỷ XX. Quá trình này được đẩy nhanh khi Brasil độc lập vào năm 1822, đây vốn là tài sản thuộc địa lớn nhất của Bồ Đào Nha.