Phân loại nội bộ của nhóm này đã qua nhiều thay đổi đáng kể cũng giống như sự thay đổi của ý tưởng về các mối quan hệ của chúng. Hệ thống Cronquist, được Arthur Cronquist đề xuất năm 1968 và công bố ở dạng đầy đủ năm 1981, vẫn còn được sử dụng rộng rãi nhưng không còn được coi là phản ánh đúng cơ chế phát sinh loài. Sự nhất trí chung về việc thực vật có hoa cần sắp xếp như thế nào chỉ có thể nổi lên gần đây, thông qua công trình của Angiosperm Phylogeny Group, là tổ chức đã phát hành sự phân loại lại có sức thuyết phục hơn cho thực vật hạt kín vào năm 1998. Sự cập nhật các nghiên cứu gần đây đã được phát hành như là APG II (2003).