Bồ Đào Nha có hệ thống đường sắt trải dài toàn quốc và sang Tây Ban Nha, thuộc quyền quản lý của Comboios de Portugal. Giao thông đường sắt chở khách và chở hàng sử dụng 2.791 km đường ray hiện đang phục vụ, trong số đó 1.430 km được điện khí hoá và khoảng 900 km cho phép tốc độ chạy tàu lớn hơn 120 km/h. Mạng lưới hạ tầng đường sắt thuộc quyền vận hành của REFER, trong khi giao thông chở hàng và chở khách là trách nhiệm của Comboios de Portugal (CP), đều là các công ty công cộng. Các hải cảng chính của Bồ Đào Nha nằm tại Sines, Lisbon, Leixões, Setúbal, Aveiro, Figueira da Foz và Faro. Hai vùng đô thị lớn nhất Bồ Đào Nha có hệ thống tàu điện ngầm: Lisbon Metro và Metro Sul do Tejo tại vùng đô thị Lisboa và Porto Metro tại vùng đô thị Porto, đều có chiều dài tuyến trên 35 km. Dịch vụ xe điện Lisboa do Companhia de Carris de Ferro de Lisboa (Carris) vận hành từ hơn một thế kỷ. Tại Porto, một mạng lưới xe điện bắt đầu được xây dựng từ năm 1895, song chỉ còn lại một tuyến phục vụ du lịch bên bờ sông Douro. Các thành thị lớn đều có dịch vụ giao thông đô thị địa phương của mình, cũng như dịch vụ taxi.