Michael có một mối quan hệ không tốt đẹp với cha của mình là ông Joe. Vào năm 2003, Joe thừa nhận rằng mình thường xuyên đánh và bạo hành Jackson khi còn nhỏ. Joe còn lăng mạ con trai mình, thường bảo Jackson là đứa trẻ có "mũi to". Jackson khẳng định mình bị chính người cha ruột hành hạ cả về thể xác lẫn tinh thần, trải qua những buổi tập luyện mệt mỏi không ngớt, những trận đòn roi và chửi rủa, mặc dù ông cũng ghi nhận việc kỷ luật nghiêm ngặt của cha mình đóng một vai trò lớn trong sự thành công của mình. Chia sẻ một cách cởi mở về tuổi thơ của mình trong một buổi phỏng vấn cùng Oprah Winfrey vào tháng 2 năm 1993, Jackson thừa nhận thời thơ ấu của mình rất cô độc và bị cô lập. Sự bất mãn về ngoại hình, những lần gặp ác mộng và chứng mất ngủ kinh niên của Jackson, xu hướng vâng lời một cách thái quá, nhất là với cha của ông, cùng tính cách trẻ con trong suốt thời gian trưởng thành, là những điều bộc phát do ảnh hưởng bởi sự ngược đãi ông phải chịu đựng thời thơ ấu. Trong một cuộc phỏng vấn với Martin Bashir trong chương trình Living with Michael Jackson vào năm 2003, Jackson thừa nhận mình bị cha làm tổn thương khi còn nhỏ, gợi nhớ lại khi Joseph ngồi trên một chiếc ghế, trên tay là cái thắt lưng da trong khi các con đang luyện tập, ông nói "nếu bạn không làm đúng những gì bố tôi muốn, ông ta sẽ xé xác bạn." Cha mẹ của Jackson không đồng tình với những lời cáo buộc trên, khi Katherine khẳng định tuy hiện nay được xem là một hành động lạm dụng, nhưng trước đây đòn roi là một cách thông thường để kỷ luật con trẻ. Jackie, Tito, Jermaine và Marlon cũng cho rằng cha mình không hề bạo hành mà chỉ là hiểu lầm.