Mali phải đối mặt với nhiều vấn đề sức khỏe liên quan tới nghèo, suy dinh dưỡng, và vệ sinh. Các chỉ số sức khỏe và phát triển của Mali thuộc vào hàng thấp nhất trên thế giới. Trong năm 2000, ước tính chỉ có 62–65 phần trăm dân số có thể tiếp cận được với nguồn nước an toàn và chỉ 69 phần trăm dân số được tiếp cận một số loại hình dịch vụ vệ sinh. Năm 2001, chi tiêu của chính phủ về y tế nói chung vào khoảng 4 đô la trung bình mỗi người dân. Các cơ sở y tế ở Mali rất hạn chế, và luôn ở trong tình trạng thiếu thuốc sử dụng. Sốt rét và các bệnh do động vật chân khớp đang lan tràn nhiều vùng ở Mali, cùng với các bệnh nhiễm khuẩn như tả và lao. Dân số Mali cũng có một tỉ lệ cao trẻ suy dinh dưỡng và tỉ lệ tiên chủng thấp. Ước tính khoảng 1,9 phần trăm dân số Mali bị ảnh hưởng bởi đại dịch HIV/AIDS và nằm trong số những nước có tỉ lệ bệnh này thấp nhất ở khu vực Châu Phi cận Sahra.