Sau một thời gian trị vì ôn hòa, Mary, một người Công giáo sùng tín, khởi sự theo đuổi chính sách ngược đãi người Kháng Cách mà Nữ vương xem là những kẻ dị giáo và là mối de dọa cho thẩm quyền của bà. Do những cuộc bách hại chống phe Kháng Cách được tiến hành dưới thời trị vì của mình, Nữ vương bị gán cho biệt danh "Mary khát máu". Dù bị Mary thuyết phục cải đạo theo Công giáo La Mã, Elizabeth khôn khéo duy trì lòng trung thành với lương tâm và khát vọng của mình. Cuối năm ấy, khi có những lời đồn đại về việc Mary có thai, Elizabeth được phép trở lại triều đình theo lời yêu cầu của Felipe. Do lo ngại Nữ vương có thể chết khi sinh con, Felipe muốn Elizabeth, dưới sự bảo hộ của ông, sẽ là người kế vị, thay vì người có huyết thống gần Elizabeth nhất, Nữ vương Mary của Scotland. Mary lớn lên trong hoàng cung Pháp và có hôn ước với Thái tử Pháp, mặc dù là người Công giáo, Felipe không muốn Mary kế thừa ngai báu nước Anh vì sợ ảnh hưởng của người Pháp trên chính trường Anh qua Mary.