Thế lực của người châu Âu dần khiến cho một cường quốc khu vực đi đến hồi kết, Brunei bước vào một thời kỳ suy yếu kết hợp với xung đột nội bộ do xung đột kế vị trong vương thất. Nạn hải tặc cũng gây thiệt hại cho vương quốc. Tây Ban Nha tuyên chiến vào năm 1578, tiến công và chiếm được thủ đô khi đó của Brunei là Kota Batu. Điều này một phần là kết quả của việc hai quý tộc Brunei là Pengiran Seri Lela và Pengiran Seri Ratna yêu cầu giúp đỡ, Pengiran Seri Lela trước đó đi đến Manila- trung tâm thuộc địa của Tây Ban Nha trong khu vực, đề nghị Brunei trở thành nước triều cống cho Tây Ban Nha để đổi lấy sự giúp đỡ nhằm đòi lại vương vị bị người anh/em là Saiful Rijal chiếm lấy.