Roosevelt đến học tại trường nội trú Groton thuộc giáo hội Anh giáo tại tiểu bang Massachusetts. Tại đây, Franklin tiếp nhận ảnh hưởng của hiệu trưởng Endicott Peabody, người đã dạy cho cậu hiểu rằng nghĩa vụ của người tín hữu Cơ Đốc là giúp đỡ người kém may mắn, ông cũng khuyến khích học sinh tham gia tích cực vào các hoạt động cộng đồng. Roosevelt hoàn tất chương trình cử nhân tại trường đại học Harvard (Harvard College là một trường thuộc viện Đại học Harvard). Đang lúc học ở Harvard, người anh em họ năm đời của Franklin là Theodore Roosevelt đắc cử tổng thống; chính phong thái lãnh đạo cương quyết của Theodore và nhiệt tâm cải cách đã biến ông thành hình mẫu lý tưởng và nhân vật anh hùng trong mắt FDR. Năm 1902, Franklin gặp vợ tương lai của mình là Anna Eleanor Roosevelt, cháu gái của Theodore trong một buổi tiếp tân tại Nhà Trắng. Eleanor là cháu gái họ năm đời của FDR. Cả hai đều là hậu duệ của một người Hà Lan tên Claes Martensz van Rosenvelt (Roosevelt) đến vùng đất New Amsterdam (nay là Manhattan của thành phố New York) từ Hà Lan trong thập niên 1640. Hai người cháu của Rosenvelt (Roosevelt), Johannes và Jacobus, là tổ phụ của hai chi tộc họ Roosevetl tại Long Island và sông Hudson theo thứ tự vừa kể. Eleanor và Theodore là hậu duệ của tộc Johannes trong khi FDR thuộc tộc Jacobus. Franklin và Eleanor kết hôn năm 1905, hai năm sau lần gặp gỡ đầu tiên.