Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ kêu gọi dân chúng sơ tán về nông thôn và thi hành chiến lược dùng nông thôn bao vây thành thị bằng cách cắt đứt mọi hoạt động thương mại giữa nông thôn và thành thị. Dân chúng trong đó có nhiều nhân sĩ yêu nước theo lời kêu gọi của Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ rời bỏ Sài Gòn và các thành phố khác về nông thôn. Lực lượng kháng chiến tổ chức ra 4 sư đoàn dân quân cách mạng với trang bị chủ yếu là giáo mác, tầm vông vạt nhọn và một ít súng đạn. Ngoài ra còn có những lực lượng tự phát như Cộng hòa Vệ binh và Bình Xuyên. Việt Minh và cơ quan Quốc gia Tự vệ Cuộc kết tội nhiều trí thức và lãnh đạo các đảng phái là Việt gian cộng tác với Pháp, những người này bị tống giam hoặc xử bắn. Thậm chí một số nhân viên thừa hành của Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ và một số nhóm kháng chiến còn lợi dụng công vụ để cướp bóc, trấn lột; nếu ai chống đối sẽ bị kết tội là Việt gian rồi thủ tiêu. Tinh thần kháng chiến đi xuống, các đảng phái quốc gia xa lánh Việt Minh và thành lập Mặt trận Quốc gia Liên hiệp. Tháng 12/1945, tướng Nguyễn Bình được Chính phủ trung ương cử vào Nam lãnh đạo phong trào kháng chiến tại Nam Bộ. Ông lập lại trật tự bằng cách lập tòa án quân sự xét xử tất cả các chỉ huy quân sự lợi dụng danh nghĩa kháng chiến để cướp bóc, quấy nhiễu dân chúng, tổ chức lại lực lượng kháng chiến thành các chi đội Vệ quốc đoàn.