Nhờ điều kiện tự nhiên thuận lợi, Thành phố Hồ Chí Minh trở thành một đầu mối giao thông quan trọng của Việt Nam và Đông Nam Á. Khác với Hà Nội, vận tải thủy ở Thành phố Hồ Chí Minh chiếm tỷ lệ quan trọng. Tính riêng vận tải hàng hóa, đường biển chiếm khoảng 29% và đường sông chiếm khoảng 20% tổng khối lượng thông qua đầu mối thành phố. Đường bộ chỉ chiếm 44% vận tải hàng hóa nhưng chiếm tới 85,6% vận tải hành khách. Về giao thông đường không, Sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất là sân bay lớn thứ hai Việt Nam về diện tích và lớn nhất về công suất nhà ga. Năm 2006, vận tải thành phố đã vận chuyển tổng cộng 73.743 tấn hàng hóa, 239 triệu lượt người và bốc xếp 44.341 tấn hàng. Đến tháng 9 năm 2011, toàn thành phố có 480.473 xe ôtô và 4.883.753 xe môtô.