Thư viện Quốc gia Pháp được quản lý bởi một hội đồng hành chính gồm chủ tịch thư viện cùng nhiều nhóm thành viên giữ các vai trò khác nhau. Bên cạnh các thành viên thuộc thư viện, đại diện cho các bộ phận, hội đồng hành chính còn có sự góp mặt của cả những thành viên đại diện cho các cơ quan khác. Trên cương vị bảo trợ, Bộ Văn hóa là chính cơ quan có nhiều đại diện nhất, các bộ Kinh tế Tài chính, Giáo dục Đại học, Ngoại giao và Bộ Khoa học cũng đều có một thành viên tham gia. Không chỉ vậy, hội đồng hành chính của thư viện còn có sự góp mặt của các thành viên Viện hàn lâm, giám đốc các nhà xuất bản lớn, và một vài cơ quan văn hóa khác. Chủ tịch hội đồng hành chính, cũng là chủ tịch thư viện, được chỉ định bởi một sắc lệnh có nhiệm kỳ 3 năm và tối đa hai nhiệm kỳ. Từ 2 tháng 4 năm 2007, giữ cương vị chủ tịch thư viện là nhà văn Bruno Racine, người trước đó cũng từng giữ chức vụ giám đốc Trung tâm văn hóa Georges-Pompidou. Cùng với hội đồng hành chính, Thư viện Quốc gia Pháp còn có một hội đồng khoa học trong vai trò tư vấn.