Tuy nhiên, sau khi Sultan Abdul Hakkul Mubin rời đi, Muhyiddin tự tuyên bố mình là Sultan. Một trận chiến giữa hai người xảy ra sau đó, cuộc nội chiến Brunei bùng nổ. Trong Nội chiến, Sultan Abdul Hakkul Mubin chạy đến Kinarut, ông ở đó trong 10 năm, đẩy lui các cuộc tiến công liên tiếp của Sultan Muhyiddin. Đội quân của Sultan Muhyiddin trở về Brunei sau khi thất bại trong một cuộc tấn công quyết định. Muhyiddin lo ngại rằng nội chiến kéo dài quá lâu và đề nghị Sultan của Sulu cử binh giúp đỡ. Muhyiddin hứa sẽ trao vùng đất phía đông Sabah để báo ơn giúp đỡ của Sulu. Muhyiddin cuối cùng giành được thắng lợi năm 1673, Sultan Abdul Hakkul Mubin bị giết trong nội chiến.