Quốc dân Đảng đối diện với một cuộc phân liệt vào năm 1993, dẫn đến hình thành Tân Đảng vào tháng 8 năm 1993. Một cuộc phân liệt nghiêm trọng hơn nhiều trong đảng diễn ra trong bầu cử tổng thống năm 2000. Trước việc Liên Chiến được chọn làm ứng cử viên tổng thống của đảng, Tống Sở Du phát động một cuộc ứng cử độc lập, kết quả là trục xuất Tống Sở Du và các ủng hộ viên của ông, họ lập ra Đảng Thân dân vào ngày 31 tháng 3 năm 2000. Ứng cử viên Quốc dân Đảng xếp thứ ba, Tống Sở Du xếp thứ nhì trong cuộc bầu cử. Nhằm ngăn ngừa các thành viên bỏ Quốc dân Đảng để theo Đảng Thân dân, Liên Chiến đưa đảng ra xa chính sách ủng hộ độc lập của Lý Đăng Huy và trở nên tán thành hơn với mục tiêu tái thống nhất Trung Quốc. Thay đổi này khiến Lý Đăng Huy bị trục xuất khỏi đảng, các ủng hộ viên của Lý Đăng Huy thành lập Liên minh Đoàn kết Đài Loan vào ngày 24 tháng 7 năm 2001.