Về sau, Việt Quốc lại phân hóa thành nhiều nhóm khác nhau. Một nhóm đống ý hợp tác với Việt Minh để cùng tham gia chính phủ kháng chiến chống Pháp, ví dụ như Chu Bá Phượng (nguyên là đảng viên Việt Quốc) được giữ chức Bộ trưởng Bộ Kinh tế trong chính phủ kháng chiến. Nhóm kia thì vẫn chống Việt Minh, đến năm 1949 thì nhóm này lại phân hóa thành 2 khuynh hướng: một số chống Bảo Ðại vì quyết giữ lập trường chống Pháp, nhưng số khác lại quay sang hợp tác với Pháp, ủng hộ việc thành lập Quốc gia Việt Nam để cùng Pháp chống Việt Minh. Nhóm hợp tác với Pháp có nhiều người giữ nhiều chức vụ cao trong chính phủ Quốc gia Việt Nam như Nghiêm Xuân Thiện được làm tổng trấn Bắc Kỳ vào năm 1949.