Thực tế rằng khi 9 tuổi, kết quả học tập của ông chỉ đứng ở phần cuối lớp. Lên các lớp trên có sự tiến bộ hơn nhưng không nhiều. Vấn đề không nằm ở trí tuệ mà có vẻ do sự trễ nải của ông. Và mặc dù điểm số không tốt nhưng cả giáo viên và bạn bè đều thấy được tố chất thiên tài của ông. Biệt danh của ông ở trường là “Einstein”. Theo thời gian, ông ngày càng chứng tỏ năng khiếu đáng chú ý đối với các môn khoa học tự nhiên, và nhờ thầy Tahta khuyến khích, quyết định học toán tại đại học. Cha Hawking khuyên ông học y vì lo ngại rằng không có mấy việc làm cho một sinh viên ngành toán ra trường. Theo nguyện vọng của cha, Hawking tới học dự bị ở trường cha ông từng học là University College (thuộc Đại học Oxford). Vì khi đó tại trường không có ngành toán, Hawking quyết định học vật lý và hóa học. Mặc dù hiệu trưởng khuyên ông chờ thêm một năm, Hawking đã thi sớm và giành học bổng tháng 3 năm 1959.