Việc hợp nhất này đã tước đoạt chính sách đối ngoại độc lập của Bồ Đào Nha và dẫn đến việc họ tham gia Chiến tranh Tám mươi Năm giữa Tây Ban Nha và Hà Lan. Cuộc chiến này làm tổn hại quan hệ giữa Bồ Đào Nha và đồng minh lâu năm nhất của họ là Anh, và để mất cảng mậu dịch chiến lược Hormuz tại vùng vịnh Ba Tư. Từ năm 1595 đến năm 1663, Chiến tranh Hà Lan-Bồ Đào Nha chủ yếu liên quan đến việc các công ty Hà Lan xâm phạm nhiều thuộc địa và lợi ích thương nghiệp của Bồ Đào Nha tại Brasil, châu Phi, Ấn Độ và Viễn Đông, khiến Bồ Đào Nha bị mất thế độc quyền mậu dịch hàng hải trên Ấn Độ Dương.