Công giáo Rôma là tôn giáo lớn lâu đời nhất tại Puerto Rico (nếu không kể những tôn giáo bản địa) và cho đến ngày nay vẫn là tôn giáo chủ yếu tại nước này. Mỗi thành phố tự trị của Puerto Rico đều có ít nhất một nhà thờ tại khu trung tâm, hay được gọi là plaza. Dưới sự cai trị của người Tây Ban Nha, Đạo Tin lành bị đàn áp nhưng lại được khuyến khích khi gia nhập nước Mỹ. Người Taino bản địa gần đây đang khôi phục lại một số truyền thống tôn giáo của họ, trong khi một số người châu Phi cũng gìn giữ những tôn giáo xa xưa của tổ tiên.