Lãnh tụ tối cao chỉ định người đứng đầu nhánh tư pháp, và người này lại chỉ định ra lãnh đạo các Tòa án tối cao và các trưởng công tố. Iran có nhiều kiểu tòa án, gồm cả các tòa công chúng để xử các vụ dân sự và tội phạm, các "tòa án cách mạng" xử một số loại hành vi, như tội chống lại an ninh quốc gia. Các quyết định của tòa án cách mạng là tối cao và không thể được tái thẩm. Tòa án Tăng lữ Đặc biệt xử lý các vụ tội phạm được cho là do các tăng lữ thực hiện, dù nó cũng xử cả các vụ liên quan tới người thế tục. Các chức năng của Tòa án Tăng lữ Đặc biệt độc lập với cơ cấu tòa án thông thường và chỉ tuân theo Lãnh tụ tối cao. Những phán xử của tòa này là tối cao và không được tái thẩm.