Giai đoạn từ 1623 tới 1698 được xem như thời kỳ hình thành của Sài Gòn sau này. Năm 1623, chúa Nguyễn sai một phái bộ tới yêu cầu con rể là vua Chey Chettha II cho lập đồn thu thuế tại Prei Nokor (Sài Gòn) và Kas Krobei (Bến Nghé). Tuy đây là vùng rừng rậm hoang vắng nhưng lại nằm trên đường giao thông của các thương nhân Việt Nam, Trung Quốc,... qua Campuchia và Xiêm. Hai sự kiện quan trọng tiếp theo của thời kỳ này là lập doanh trại và dinh thự của Phó vương Nặc Nộn và lập đồn dinh ở Tân Mỹ (gần ngã tư Cống Quỳnh - Nguyễn Trãi ngày nay). Có thể nói Sài Gòn hình thành từ ba cơ quan chính quyền này.