Tại miền Nam, sự lãnh đạo của Việt Minh không vững như tại miền Bắc. Những người Trotskyist đang kiểm soát ngành cảnh sát và các tôn giáo Hòa Hảo, Cao Đài có ác cảm với Việt Minh. Các giáo phái được Nhật hỗ trợ phát triển phong trào chính trị của họ mạnh mẽ. Cao Đài đông hàng triệu người, tỉnh nào cũng có, họ tập trung ở Sài Gòn đến mấy vạn làm công nhân và làm binh lính. Lực lượng Cao Đài có Đảng Phục Quốc của Trần Quang Vinh. Hòa Hảo đông hàng chục vạn người, nhiều nhất là ở Hậu Giang, tập trung tại Sài Gòn đến vài ngàn. Hòa Hảo có chính đảng là Dân Xã Đảng. Giáo phái Tịnh độ cư sĩ có hàng vạn quần chúng, họ không tập trung lên Sài Gòn, nhưng làm cơ sở quần chúng cho Quốc gia Đảng. Phe Trotskyist không có đông quần chúng nhưng một cánh Trotskyist là cánh Hồ Vĩnh Ký, Huỳnh Văn Phương cầm đầu Sở Mật thám và Sở Cảnh sát Nam Kỳ tạo thế cho các cánh khác hoạt động. Nhiều tổ chức khác có năm, bảy trăm, vài ba ngàn người hợp tác với Sở Sen đầm Kempeitai của Nhật. Đảng viên bí mật Đảng cộng sản Đông Dương Phạm Ngọc Thạch được Thống đốc Nam Kỳ Minoda Fujio và Tổng lãnh sự Nhật Ida mời tổ chức Thanh niên Tiền phong. Lực lượng này chỉ riêng tại Sài Gòn đã có hơn 20 vạn người và phát triển hơn 1 triệu đoàn viên trong toàn cõi Nam Kỳ.