Vị trị địa lý của Nhật Bản khiến nước này là một trong những quốc gia xảy ra nhiều thiên tai nhất thế giới. Hai mối đe dọa nghiêm trọng nhất là động đất và sóng thần. Mỗi năm Nhật Bản phải chịu 7500 trận động đất nhẹ, riêng Tokyo có đến 150 trận. Hầu hết các trận động đất này quá nhẹ, không thể nhận ra, nhưng cũng có những trận động đất rất mạnh. Từ trận động đất Kanto chết chóc năm 1923, tới nay Nhật Bản đã phải trải qua 16 vụ động đất và sóng thần. Vụ sóng thần khủng khiếp gần đây nhất xảy ra ngày 11 tháng 3 năm 2011 là hậu quả của trận động đất ngầm ngoài khơi Tohoku của Nhật Bản mạnh 9 độ richte, sóng thần cao nhất là 39m, đánh vào ven bờ Sendai làm cho cả thành phố và các khu vực xung quanh bị thiệt hại nặng nề, làm gần 16.000 người chết, hơn 6.000 người bị thương và hơn 2.600 người mất tích.