Do tranh chấp lập thái tử, Minh Thần Tông bất mãn cực độ đối với đại thần, năm 1587 bắt đầu lấy việc không thượng triều để trả đũa, chỉ xử lý một số sự kiện trọng yếu. Minh Thần Tông không thị triều vào ngày đầu năm, sáng sớm không thị triều, cả ngày đắm chìm trong tửu sắc, mỗi năm lại tiến hành tuyển mỹ nữ, thường thích xây cất, hay cho xây công trình quy mô lớn. Đại lý tự tả bình sự dâng sớ, nói Minh Thần Tông đắm chìm trong tửu, sắc, tài, khí, kết quả bị giáng làm dân. Trung hậu kỳ thời Minh Thần Tông, tình hình tài chính nguy nan, do đó Minh Thần Tông phái thái giám làm khoáng giám và thuế giám trên toàn quốc để tăng thêm ngân khố. Tuy nhiên, khoáng giám và thuế giám đại đa số lấy danh nghĩa để vơ vét tài sản dân gian, nhiễu loạn quốc gia. Do Minh Thần Tông không quản lý triều chính, hiện tượng khuyết quan viên rất nghiêm trọng. Năm 1602, Nam-Bắc lưỡng kinh tổng cộng khuyết ba thượng thư, mười thị lang, các địa phương khuyết ba tuần phủ, 66 bố chính sứ hay án sát sứ, 25 tri phủ. Bên trên Minh Thần Tông chán trường, bên dưới triều thần tranh chấp, triều đình Minh hoàn toàn bước vào trong tình trạng không hoạt động. Do vậy, Minh sử viết rằng có nhà bình luận nói triều Minh thực tế mất từ thời Thần Tông, bộ phận sử gia nhận định triều Minh từ đây bắt đầu hướng đến diệt vong.