John Adams, một người theo chủ nghĩa liên bang, đánh bại Jefferson trong kỳ bầu cử tổng thống năm 1796. Chiến tranh cận kề với Pháp và những người theo chủ nghĩa liên bang đã sử dụng cơ hội này để tìm cách bịt miệng những người theo chủ nghĩa cộng hòa bằng các đạo luật chống nổi loạn và chống người ngoại quốc (gọi chung là "Alien and Sedition Acts"), xây dựng một quân đội lớn mạnh với Hamilton là người đứng đầu, và chuẩn bị đối phó một cuộc xâm nhập của Pháp. Tuy nhiên, những người theo chủ nghĩa liên bang trở nên chia rẽ sau khi Adams phái một phái đoàn hòa bình thành công đến Pháp nhằm kết thúc cuộc chiến nữa mùa năm 1798.