Năm 1569, những người chủ mưu vụ Nổi dậy ở phương Bắc âm mưu giải thoát Mary và lập kế hoạch cho bà kết hôn với Thomas Howard, Công tước xứ Norfork. Elizabeth cho bắt giam Howard. Năm 1570, xảy ra vụ mưu phản do Ridolfi cầm đầu nhằm ám sát Elizabeth để tôn Mary lên ngôi. Đến năm 1586 xảy ra vụ mưu phản Babington. Lúc đầu, Elizabeth chống lại chủ trương xử tử hình Mary, nhưng đến cuối năm Nữ vương chịu nhượng bộ trước áp lực của triều thần. Ngày 8 tháng 2 năm 1587, Mary bị chém đầu tại Lâu đài Fotheringhay, Northamptonshire.