Trước khi trở thành một trung tâm chính trị – vào thế kỷ V với triều đại nhà Tiền Lý – Hà Nội đã là một trung tâm của Phật giáo với các thiền phái danh tiếng. Theo văn bia, từ giữa thế kỷ VI, chùa Trấn Quốc được xây dựng trên bãi Yên Hoa ngoài sông Hồng, tới 1615 do bãi sông bị lở, chùa mới dời về địa điểm hiện nay. Đến thế kỷ XI, với sự xuất hiện của kinh đô Thăng Long, khi Phật giáo trở thành quốc giáo, các chùa chiền, thiền viện, sư tăng mới phát triển thực sự mạnh mẽ. Trong nhiều thế kỷ, Hà Nội tiếp tục xây dựng các ngôi chùa, trong đó một số vẫn tồn tại tới ngày nay. Có thể kể tới các ngôi chùa như chùa Một Cột xây lần đầu năm 1049, chùa Láng từ thế kỷ XII, chùa Quán Sứ, chùa Kim Liên xuất hiện vào thế kỷ XVII. Tuy vậy, hầu hết các ngôi chùa trong nội ô ngày nay đều được xây dựng lại vào thế kỷ XIX. Những triều đại Lý, Trần, Lê để lại rất ít dấu tích.