Đến lúc này thế lực phản Thanh chỉ còn Quỳ Đông thập tam gia quân, và Trịnh Thành Công tại Kim Môn-Hạ Môn (sử xưng Minh Trịnh). Tàn dư của lực lượng Lý Tự Thành sau khi kháng Thanh tại Hồ Nam thất bại, dời đến vùng núi Tứ Xuyên-Hồ Bắc tiến hành hoạt động, tại khu vực phía đông của Quỳ Châu phủ tiếp tục kháng Thanh, gọi là Quỳ Đông thập tam gia quân. Năm 1662, quân Thanh bắt đầu tiến công, đến năm 1664 thủ lĩnh Lý Lai Hanh bị giết nên kết thúc. Trịnh Thành Công sau thất bại tại Nam Kinh thì triệt thoái đến Kim Môn-Hạ Môn, năm 1661 suất quân viễn chinh đảo Đài Loan đang do người Hà Lan chiếm cứ, kết quả thành công, định đô tại Đông Ninh (nay là Đài Nam). Con là Trịnh Kinh từng tham dự loạn Tam Phiên song thất bại. Năm 1683, triều Thanh mệnh Thi Lang tiến công Đài Loan, chúa Trịnh Khắc Sảng đầu hàng, Minh Trịnh mất.