Phần lớn ngân sách của thư viện được dành cho các chi phí duy trì hoạt động. Năm 2008, Thư viện Quốc gia Pháp sử dụng gần 125 triệu euro để trả lương cho nhân viên và chi phí dành cho cơ sở vật chất cũng lên gần 105 triệu euro. Chỉ riêng tại địa điểm Francois-Mitterrand, các dịch vụ phục vụ độc giả cũng đã tiêu tốn hết 35 triệu euro trong năm 2007. Bên cạnh đó, thư viện cũng duy trì những khoảng chi không nhỏ cho mục đích đầu tư. Trong khoảng thời gian gần đây, mỗi năm thư viện dành từ 15 đến 20 triệu euro để làm giàu bộ sưu tập sách.