Minh Thái Tổ đặt Liêu Đông đô ty để quản lý Liêu Đông, đồng thời nhiều lần tiến quân đến lưu vực Hắc Long Giang, chiêu phủ các bộ lạc địa phương, thế lực của triều đình Minh từng đạt đến Ngoại Hưng An Lĩnh (Stanovoy) và cửa sông của Hắc Long Giang, thậm chí đến tận đảo Khố Hiệt (Sakhalin). Năm Vĩnh Lạc thứ 7 (1409) thời Minh Thành Tổ, triều Minh đặt Nô Nhi Can đô ty tại khu vực Hắc Long Giang, song đây là cơ cấu không thường trực, không quản lý hơn 130 vệ sở tại Đông Bắc, đến năm Tuyên Đức thứ 9 (1434) thời Minh Tuyên Tông thì bị phế bỏ. Tuy nhiên, các vệ sở trên lãnh thổ này, và Liêu Đông đô ty vẫn tồn tại, để thi hành thống trị ki mi với địa phương. Sau những năm Chính Thống thời Minh Anh Tông, nhóm Ngột Lương Cáp thuộc Thát Đát và Kiến Châu Nữ Chân dời về phía nam, đồng thời không ngừng xâm phạm Liêu Đông đô ty. Năm Thành Hóa thứ 5 (1469) thời Minh Hiến Tông, triều đình Minh cho dựng "Liêu Đông biên tường". Từ cuối thế kỷ XVI, thủ lĩnh Kiến Châu Nữ Chân là Nỗ Nhĩ Cáp Xích bắt đầu hưng khởi, thống nhất Nữ Chân, các vệ sở do triều đình Minh đặt dần tiêu vong. Năm Vạn Lịch thứ 44 (1616) thời Minh Thần Tông, Nỗ Nhĩ Cáp Xích xưng hãn, kiến quốc Đại Kim. Đến năm Vạn Lịch thứ 47 (1619), sau trận Tát Nhĩ Hử, quân Hậu Kim đột phá "Liêu Đông biên tường", chiếm lĩnh đại bộ phận lãnh thổ của Liêu Đông đô ty.