Trong các cuộc chiến tranh cuối thời Minh và đầu thời Thanh (1630—1662), khu vực Hà Nam lại bị phá hoại nghiêm trọng. Đến thời Khang Hy Đế, kinh tế nông nghiệp Hà Nam phục hồi, lại bắt đầu trở thành khu vực tập trung dân cư và khu vực sản xuất lương thực chủ yếu của đất nước. Khai Phong trở thành thủ phủ của Hà Nam, thành phố này cũng trở nên phồn vinh sau khi chịu thiệt hại từ chiến loạn trong thời gian Lý Tự Thành khởi nghĩa và đầu thời Thanh. Đến những năm 60 của thế kỷ XIX, tại Hà Nam bùng phát các cuộc khởi nghĩa nông dân, sau hợp nhất vào khởi nghĩa lớn Niệp quân. Ngoài ra, quân Thái Bình Thiên Quốc cũng nhiều lần ra vào Hà Nam, vì thế Hà Nam trở thành một khu vực trung tâm của khởi nghĩa nông dân lưu vực Hoàng Hoài. Sau khi khởi nghĩa nông dân thất bại, nông nghiệp Hà Nam ngày càng suy thoái, tư tưởng văn hóa về cơ bản vẫn chìm đắm trong Trình-Chu lý học.