Năm 1955, dưới thời Việt Nam Cộng hòa, tỉnh Khánh Hòa cũng được tổ chức lại trên mọi phương diện. Các phủ huyện đổi thành quận. Các làng đổi thành xã. Tháng 5 năm 1959, hai tổng Krang Ying và Krang Hinh thuộc tỉnh Đắk Lắk được sát nhập vào tỉnh Khánh Hòa và lập thành quận Khánh Dương. Tháng 4 năm 1960, 12 thôn Thượng thuộc quận Cam Lâm được trích ra khỏi Khánh Hòa để nhập vào quận Du Long tỉnh Ninh Thuận. Tháng 10 năm 1965, một phần đất quận Cam Lâm ở phía Nam bị cắt để thiết lập thị xã Cam Ranh trực thuộc trung ương (khu đặc biệt Cam Ranh).