Sau đó, đế quốc Mali được thành lập ở phía bắc con sông Niger, và đạt tới đỉnh cao quyền lực của nó vào thế kỷ XIV. Trong thời kỳ đế quốc Mali tồn tại, các thành phố cổ đại của Djenné và Timbuktu trở thành trung tâm thương mại và học thuật hồi giáo. Đế quốc này sau đó bị sụp đổ do những âm mưu chia rẽ trong nội bộ, và được thay thế bởi đế quốc Songhai. Tộc người Songhai bắt nguồn từ nơi mà hiện nay là miền tây bắc Nigeria. Người Songhai vốn đã tồn tại từ lâu ở Tây Phi và hiện diện như là một thế lực chính chống lại sự cai trị của đế quốc Mali.