Ngoài du lịch, Khánh Hòa cũng là địa phương phát triển công nghiệp mạnh trong khu vực Miền Trung và Tây Nguyên. Các thế mạnh công nghiệp truyền thống của Khánh Hòa là công nghiệp đóng tàu, chế biến thủy hải sản, vật liệu xây dựng, may mặc... Ngoài ra, Khánh Hòa cũng có nhiều loại khoáng sản; đến năm 2003 đã có 72 mỏ quặng được phát hiện và đăng ký trên địa bàn tỉnh. Tổng giá trị sản xuất công nghiệp trong năm 2009 của Khánh Hòa đạt 14.095 tỷ đồng. Các khu công nghiệp lớn trong tỉnh như Khu công nghiệp Suối Dầu, khu công nghiệp Ninh Hòa, khu công nghiệp Bắc và Nam Nha Trang, cùng với những cảng biển lớn đang được đầu tư xây dựng, giúp cho Khánh Hòa trở thành một trong 10 tỉnh thành có tốc độ tăng trưởng kinh tế cao nhất nước.