FBI thường hay hợp tác trong công việc với các cơ quan liên bang khác, như "Tuần tra Bờ biển Hoa Kỳ" (USCG) và "Bảo vệ Biên giới và Hải quan Hoa Kỳ"(CBP) trong lĩnh vực an ninh hải cảng hoặc sân bay, và "Ban An tòa Vận tải Quốc gia" trong điều tra máy bay rơi và các tai nạn nghiêm trọng khác. Cơ quan "Kiểm soát Nhập cư và Hải quan Hoa Kỳ"(ICE) là cơ quan duy nhất có đủ quyền lực gần với Fbi để phối hợp điều tra. Sau vụ khủng bố ngày 11 tháng 9, FBI duy trì một vai trò đáng kể trong việc điều tra các tội liên bang.