Trước thời nhà Nguyễn, vì là đất mới được mở mang, lại xa kinh đô, nên nền giáo dục Khánh Hòa gần như không phát triển. Người Khánh Hòa thời đó không có đóng góp gì trong địa hạt văn chương thi phú. Mãi đến đời vua Gia Long, triều đình mới cho lập trường dạy chữ ở phủ Diên Khánh và Bình Hòa. Học sinh sau khi có bằng Tiểu học phải ra Quy Nhơn hoặc các tỉnh khác để tiếp tục học lên Trung học, cho đến năm 1936, khi trường trung học đầu tiên được mở tại Nha Trang là Trường trung học tư thục Kim Yến (Institution Kim Yến), làm nơi học tập cho học sinh từ Phan Thiết đến Quy Nhơn. Đầu năm 1947, Trường Trung học Nha Trang (tiền thân của Trường Phổ thông trung học Lý Tự Trọng) được thành lập. Sang đến năm 1952, trường đổi tên thành Trường Trung học Võ Tánh và chuyển đến địa điểm hiện nay. Năm 1957, trường Võ Tánh được Bộ Giáo dục Quốc gia nâng cấp lên bậc Đệ nhị cấp (tương đương bậc Phổ thông trung học ngày nay). Kể từ đó, học sinh tại Khánh Hòa có thể đi học đến khi tốt nghiệp Tú tài ngay tại tỉnh nhà mà không phải khăn gói đi ra ngoài. Năm 1971, Khánh Hòa có cơ sở đào tạo bậc đại học đầu tiên là Đại Học Cộng đồng Duyên Hải tại Nha Trang. Sau ngày thống nhất đất nước, Trường Đại học Thủy sản Nha Trang, được chuyển từ Hải Phòng vào. Hiện nay, Khánh Hòa có đầy đủ các bậc học, ngành học, phục vụ cho tất cả các đối tượng học sinh sinh viên tại tỉnh (được kê trong bảng phía dưới).