Trong những năm đầu của mình, Trường Đại học Harvard đã đào tạo nhiều mục sư Thanh giáo. Chương trình học của trường dựa theo mô hình viện đại học Anh - nhiều nhà lãnh đạo ở vùng thuộc địa này từng theo học ở Viện Đại học Cambridge - với các môn học cổ điển nhưng làm cho phù hợp với triết lý Thanh giáo thịnh hành lúc bấy giờ. Mặc dù chưa bao giờ thuộc bất kỳ giáo phái nào, nhiều sinh viên tốt nghiệp từ Harvard ra đã trở thành mục sư cho các nhà thờ theo phái Giáo đoàn Tự trị và phái Nhất thể ở khắp vùng New England. Một tập sách giới thiệu, xuất bản vào năm 1643, đã mô tả việc thành lập trường đại học này như là để đáp ứng lại mong muốn "thúc đẩy và làm sống mãi sự học, nếu không thì sợ rằng sẽ để lại những mục sư thất học cho nhà thờ".