Dòng sông Seine chảy qua Paris theo hình một cánh cung: vào thành phố từ phía đông nam và ra khỏi thành phố phía tây bắc. Hơn 30 cây cầu của Paris bắc qua dòng sông này. Còn có hai dòng chảy khác qua Paris. Sông Bièvre phía nam, ngày nay ngầm hoàn toàn dưới đất. Kênh Saint-Martin hoàn thành 1825 dài 4,5 km, nối với bồn Villette và vào thành phố ở phía đông bắc. Kênh Saint-Martin chảy ngầm dưới đất cho tới phố Faubourg-du-Temple ở quảng trường Bastille rồi tiếp tục chảy lộ thiên và nối với sông Seine ở phía thượng lưu của đảo Île Saint-Louis. Một con kênh khác là Saint-Denis, cũng nối với bồn Villette theo hướng Saint-Denis, dài 4,5 km và hoàn thành vào năm 1821. Con kênh này gặp sông Seine ở phần hạ lưu và không đi qua Paris. Một dòng sông nữa là Marne, chảy gần Paris qua Seine-Saint-Denis, Val-de-Marne và gặp sông Seine ở phía đông nam thành phố.