Gioan Phaolô II đã xin lỗi những người Do Thái, Galileo, phụ nữ, những nạn nhân của Tòa án dị giáo, những người Hồi giáo bị những Thập Tự Quân tàn sát, và tất cả những người đã chịu đau khổ dưới bàn tay của Giáo hội Công giáo trong những năm tháng qua. Ngay khi chưa làm Giáo hoàng, ông đã biên soạn và ủng hộ các sáng kiến như Lá thư Hòa giải của Giám mục Ba Lan gửi Giám mục Đức vào năm 1965. Đến khi trở thành Giáo hoàng, ông đã chính thức công khai xin lỗi cho hơn 100 điều sai trái, bao gồm: