Khánh Hòa là một trong những tỉnh có hệ thống Y tế phát triển nhất ở khu vực Nam Trung Bộ. Theo quyết định 1047/QĐ-BYT của Bộ Y tế thì Nha Trang là một trong 3 trung tâm y tế của vùng Nam Trung Bộ. Tính đến 30/6/2017, Toàn tỉnh có tổng số bác sỹ công lập/10.000 dân là 6,83; thực hiện được 29,5 giường/10.000 dân; tỷ lệ suy dinh dưỡng thể nhẹ cân của trẻ em dưới 5 tuổi tại Khánh Hòa đạt 8,86% (chỉ tiêu giao là 9%); tỷ lệ người dân tham gia BHYT đạt 81,93%. Hệ thống tuyến y tế cơ sở được quan tâm đầu tư phát triển đã góp phần làm giảm áp lực cho bệnh viện tuyến trên và tạo thuận tiện trong chăm sóc sức khỏe của người dân ở cấp cơ sở. Đến nay, toàn tỉnh có 137/140 xã có trạm y tế xã (riêng 3 trạm y tế của huyện Trường Sa do Quân đội quản lý), Ngoại trừ huyện đảo huyện đảo Trường Sa, Toàn bộ các đơn vị hành chính cấp huyện đều có bệnh viện tuyến huyện trực thuộc trung tâm y tế, 100% bệnh viện tuyến huyện được xây dựng mới đáp ứng cơ bản nhu cầu chăm sóc sức khỏe của người dân. Bệnh viện Đa Khoa Tỉnh Khánh Hòa là bệnh viện xếp hạng I, 1 trong 10 bệnh viện đa khoa cấp vùng của cả nước