Năm 1163, giáo mục Maurice de Sully xây dựng nhà thờ Đức Bà trên đảo Île de la Cité. Sự quan trọng của thành phố tăng lên, Paris trở thành trung tâm chính trị lẫn tôn giáo. Tả ngạn sông Seine với các nhà thờ đóng vai trò quan trọng về giáo dục. Còn hữu ngạn là trung tâm của thương mại và tài chính. Vào thời kỳ này, các trường học của giáo hội gây dựng được tiếng tăm và muốn trở nên độc lập. Dưới thời vua Philippe II, năm 1215, Đại học Paris được thành lập. Vua Saint Louis lên ngôi năm 1226, cho xây dựng nhà thờ Sainte-Chapelle và tiếp tục công trình nhà thờ Đức Bà. Khoảng 1328, dân số Paris ước tính khoảng 200.000 người, là thành phố đông dân nhất châu Âu. Nhưng năm vào 1348, nạn dịch hạch đen đã tàn sát dân chúng thành phố. Trong thế kỷ 14, bức tường thành của vua Charles V bao gồm cả Quận 3 và Quận 4 ngày nay, và trải từ cầu Pont Royal tới cửa ô Saint-Denis.