Trong khi những người cấp tiến chỉ trích sự bảo thủ của Giáo hoàng, những tín đồ Công giáo bảo thủ lại chỉ trích những biện pháp cấp tiến của Gioan Phaolô II. Một trong những chỉ trích của nhóm bảo thủ có nội dung yêu cầu Giáo hoàng phục hồi Thánh lễ Công đồng Trent và hủy bỏ các cải cách thực hiện sau Công đồng Vaticanô II tỉ như việc sử dụng các ngôn ngữ bản địa thay thế cho tiếng La Tinh trong các nghi lễ nhà thờ La Mã, phong trào Đại Kết, và các nguyên lý về tự do tôn giáo. Ông cũng bị phe bảo thủ chỉ trích vì đã bổ nhiệm các Giám mục có tư tưởng tự do và làm ngơ cho họ tuyên truyền các tư tưởng đổi mới, cấp tiến, những tư tưởng này từng bị giáo hoàng Piô X chỉ trích là "sự tổng hợp của mọi tư tưởng dị giáo". Năm 1988, Tổng Giám mục theo tư tưởng bảo thủ Marcel Lefebvre, người sáng lập Hội Thánh Piô X vào năm 1970, đã bị Gioan Phaolô II tuyệt thông vì đã phản đối việc Vatican thụ phong cho 4 Giám mục - hành động này bị tòa thánh cáo buộc là "ly giáo".