Ngay khi trúng cử, Putin đã đưa ra nhiều biện pháp nhằm tái lập quyền lực tuyệt đối của Kremlin đối với đời sống chính trị Nga. Thời Yeltsin, 89 vùng lãnh thổ chính trị cấp dưới liên bang ở nước Nga (các nước cộng hoà, vùng, krai, Moskva và Sankt-Peterburg) đều được trao những quyền tự trị rất lớn. Trong khi hành động cải cách triệt để này có mục tiêu nhằm giúp cho các thủ đoạn chính trị của Yeltsin trong giai đoạn đầu thập niên 1990, nó cũng dẫn tới tình trạng phá vỡ các quy tắc liên bang và góp phần làm lớn mạnh các phong trào li khai, nổi tiếng nhất như tại Chechnya. Vì thế, một trong những đạo luật đầu tiên của Putin, nhằm tái lập lại cái mà ông gọi là "quyền lực theo chiều dọc" – nghĩa là quay trở lại với hệ thống liên bang từ trên xuống theo truyền thống. Trong hành động đầu tiên, Putin thông báo chỉ định bảy vị "đại diện toàn quyền" của tổng thống. Họ chịu trách nhiệm điều phối hoạt động của liên bang tại các siêu vùng vừa mới được thành lập. Trong khi được coi là hành động thức hai nhằm phá vỡ kiểu nhà nước liên bang thời Yeltsin, vì nhiều lý do hệ thống đại diện toàn quyền đã mang lại một số thành công. Một hành động khác còn mang ý nghĩa quan trọng hơn, Putin cũng đã tiến hành cải cách triệt để hệ thống Thượng viện Nga, Ủy ban Liên bang. Putin và bộ máy của mình trực tiếp đối đầu với nhiều vị Thống đốc bất tuân bị buộc tội tham nhũng, dù không phải lúc nào cũng là người chiến thắng.