Một trong số các sự kiện quan trọng xảy ra trong thời trị vì của Louis XVI là việc ban hành Chỉ dụ Versailles, còn gọi là Chỉ dụ Khoan dung vào ngày 7 tháng 11 năm 1787, và trình Nghị viện ngày 29 tháng 1 năm 1788. Chỉ dụ này vô hiệu hóa Chỉ dụ Fontainbleau có hiệu lực kéo dài suốt 102 năm. Chỉ dụ Versaille dành cho người dân không phải Công giáo – gồm có người Kháng Cách Huguenot, Lutheran, và người Do Thái – tư cách dân sự và tư cách pháp lý tại Pháp, cho họ quyền công khai thực hành đức tin. Dù không chính thức công bố quyền tự do tôn giáo tại Pháp - phải đợi thêm hai năm nữa với Déclaration des droits de l'homme et du citoyen (Tuyên ngôn quyền con người và quyền công dân) năm 1789, quyền tự do tín ngưỡng mới được công nhận - Chỉ dụ Versailles được xem là bước tiến quan trọng trong nỗ lực giảm thiểu sự xung đột tôn giáo và chấm dứt sự bách hại tôn giáo trong đất nước dưới quyền cai trị của nhà vua.