Giáo dục bậc đại học, trên địa bàn thành phố có trên 80 trường, đa số do Bộ Giáo dục và Đào tạo quản lý, trong đó chỉ có 2 trường đại học công lập (Trường Đại học Sài Gòn và Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch) do Thành phố quản lý. Là thành phố lớn nhất Việt Nam, Thành phố Hồ Chí Minh cũng là trung tâm giáo dục bậc đại học lớn bậc nhất, cùng với Hà Nội. Đại học Quốc gia Thành phố Hồ Chí Minh với 6 trường đại học thành viên thuộc Chính phủ. Nhiều đại học lớn khác của thành phố như Trường Đại học Kiến trúc, Đại học Y Dược, Trường Đại học Ngân hàng, Trường Đại học Luật, Trường Đại học Kinh tế, Trường Đại học Sư phạm, Trường Đại học Mở, Trường Đại học Tài chính – Marketing đều là các đại học quan trọng của Việt Nam. Trong số học sinh, sinh viên đang theo học tại các trường đại học, cao đẳng của thành phố, 40% đến từ các tỉnh khác của quốc gia.