Bắt đầu từ năm 1945, Quốc dân đảng và Đảng Cộng sản triển khai hòa đàm thành lập chính phủ liên hiệp do Hoa Kỳ làm trung gian. Ngày 25 tháng 12 năm 1946, Quốc dân đại hội lập hiến pháp do Quốc dân đảng khống chế thông qua "Hiến pháp Trung Hoa Dân Quốc", song bị Đảng Cộng sản tẩy chay. Đầu năm 1947, sau khi Hoa Kỳ hòa giải thất bại, Quốc-Cộng nội chiến lần thứ hai bùng phát toàn diện. Đồng thời, Chính phủ Dân Quốc có chính sách sai lầm, gây ra lạm phát phi mã, để mất lòng dân. Ngày 28 tháng 2 năm 1947, tại Đài Loan bùng phát sự kiện chống đối Quốc dân đảng. Cuối năm 1947, Chính phủ Quốc dân theo yêu cầu của các giới chính thức ban bố hiến pháp, thực thi hiến chính, đồng thời cải tổ thành Chính phủ Trung Hoa Dân Quốc. Năm 1948, Tưởng Giới Thạch và Lý Tông Nhân được bầu làm tổng thống và phó tổng thống đầu tiên sau khi thi hành hiến pháp, chính thức nhậm chức vào ngày 20 tháng 5 cùng năm. Đảng Cộng sản Trung Quốc bắt đầu triển khai phản công chiến lược Quốc dân đảng, đồng thời đổi tên lực lượng vũ trang của mình thành Quân Giải phóng Nhân dân Trung Quốc, sau ba chiến dịch lớn Đảng Cộng sản Trung Quốc hoàn toàn khống chế khu vực Đông Bắc và khu vực Hoa Bắc. Cuối tháng 1 năm 1949, Tưởng Giới Thạch tuyên bố từ nhiệm, Lý Tông Nhân tạm thời đảm nhiệm chức vụ tổng thống. Tháng 4 năm 1949, sau khi đàm phán giữa Chính phủ Quốc dân và Đảng Cộng sản Trung Quốc tại Bắc Bình tan vỡ, Quân Giải phóng Nhân dân Trung Quốc phát động chiến dịch vượt Trường Giang, chiếm lĩnh thủ đô Nam Kinh và trung tâm kinh tế Thượng Hải. Quyền tổng thống Lý Tông Nhân của Trung Hoa Dân Quốc nhận thấy đại thế đã mất nên đã bay sang Mỹ qua Hồng Kông, Tưởng Giới Thạch triệt thoái đến khu vực Tây Nam tiếp tục chỉ huy quân đội kháng cự. Ngày 1 tháng 10 năm 1949, Đảng Cộng sản Trung Quốc thành lập chính phủ nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa tại Bắc Kinh, đến tháng 12 cùng năm Tưởng Giới Thạch hạ lệnh chính phủ trung ương từ khu vực Tây Nam triệt thoái và phòng thủ khu vực Đài Loan, đồng thời lấy Đài Bắc làm thủ đô lâm thời. Trong quá trình triệt thoái, ngoài việc đem ngoại hối và vàng dự trữ đến Đài Loan, rất nhiều bộ đội và cư dân Đại lục theo Chính phủ Trung Hoa Dân Quốc rút sang khu vực Đài Loan.