Do Minh Thần Tông còn nhỏ tuổi, Lý thái hậu nhiếp chính. Cao Củng do đối kháng với hoạn quan Phùng Bảo vốn được Thái hậu tín nhiệm nên bị bãi quan, còn Trương Cư Chính được Phùng Bảo hết sức ủng hộ. Trương Cư Chính phụ chính mười năm, thi hành cải cách, trên phương diện nội chính đề xuất "tôn chủ quyền, khóa lại chức, hành thưởng phạt, nhất hiệu lệnh", thi hành "khảo thành pháp", cắt giảm triệt tiêu quan viên dư thừa trong cơ cấu chính phủ, chỉnh đốn việc truyền tin và tuyển chọn quan lại. Trên phương diện kinh tế, tiến hành đo đạc cụ thể ruộng đất toàn quốc, ức chế hào cường địa chủ, cải cách chế độ phú dịch, thi hành "nhất điều tiên pháp", giảm nhẹ gánh nặng của nông dân. Năm 1393, vào thời kỳ Minh Thái Tổ, đất ruộng canh tác trên toàn quốc có 3.660.007 khoảnh, đến năm 1502 thời kỳ Minh Hiếu Tông chỉ tăng lên 4.228.058 khoảnh. Trải qua Trương Cư Chính trị lý, đến năm 1581 đạt đến 7.003.976 khoảnh. Trên phương diện quân sự, tăng cường chỉnh đốn vũ bị, bình định rối loạn tại tây nam, cho danh tướng Thích Kế Quang bảo vệ Kế Châu- trọng trấn cho Bắc Kinh, cho Lý Thành Lương an phủ các bộ lạc Nữ Chân, cho Vương Sùng Cổ, Phương Phùng Thì an phủ Thát Đát, các trọng thần khác như Lưu Hiển tại Tứ Xuyên, Ân Chính Mậu và Lang Vân Dực tại Lưỡng Quảng, Trương Giai Dận tại Chiết Giang, Trương Cư Chính rất tín nhiệm bọn họ. Trương Cư Chính còn cho Phan Quý Tuần trị lý Hoàng Hà, biến thủy hoạn thành thủy lợi. Đồng thời, Trương Cư Chính trừng trị nghiêm khắc tham quan ô lại, cắt bỏ người vô dụng. Trương Cư Chính chỉnh đốn triều chính, cải cách thể chế, sử xưng Vạn Lịch trung hưng.