Ước tính có khoảng 90% dân số Mali theo đạo Hồi (phần lớn là hệ phái Sunni), khoảng 5% là theo Kitô giáo (khoảng hai phần ba theo Giáo hội Công giáo Rôma và một phần ba là theo Tin Lành) và 5% còn lại theo các tín ngưỡng vật linh truyền thống bản địa. Một số ít người Mali theo thuyết vô thần và thuyết bất khả tri, phần lớn họ thực hiện những nghi lễ tôn giáo cơ bản hằng ngày. Các phong tục Hồi giáo ở Mali có mức độ vừa phải, khoan dung, và đã thay đổi theo các điều kiện của địa phương; các mối quan hệ giữa người Hồi giáo và các cộng đồng tôn giáo nhỏ khác nói chung là thân thiện. Hiến pháp của Mali đã quy định một thể chế nhà nước thế tục và ủng hộ quyền tự do tôn giáo, và chính phủ Mali phải đảm bảo quyền này.