Nhật Bản có chín vùng sinh thái rừng để phản ánh rõ khí hậu và địa lý của cả đảo.Chúng bao gồm từ rừng ẩm lá rộng cận nhiệt ở Ryūkyū và quần đảo Ogasawara đến các khu rừng hỗn hợp lá rộng ôn đới trong nền khí hậu nhẹ của các đảo chính, và đến với các rừng lá kim ôn đới ở những phần lãnh thổ lạnh lẽo thuộc những hòn đảo miền bắc. Nhật Bản có hơn 90.000 loài động vật hoang dã, trong đó có gấu nâu, khỉ Nhật Bản, lửng chó Nhật Bản và kỳ giông khổng lồ Nhật Bản. Nước này đã thành lập một mạng lưới lớn các vườn quốc gia nhằm bảo vệ các quần động vật và thực vật quan trọng cũng như 37 vùng đất ngập nước ngập Ramsar. Bốn địa điểm đã được UNESCO công nhận là di sản thế giới vì có giá trị nổi bật về mặt thiên nhiên.