Đông Malaysia nằm trên đảo Borneo, có bờ biển dài 2.607 km (1.620 mi). Khu vực này bao gồm các miền ven biển, đồi và thung lũng, và nội lục đồi núi. Dãy Crocker trải dài về phía bắc từ Sarawak, phân chia bang Sabah. Trên dãy này có núi Kinabalu với cao độ 4.095,2 m (13.436 ft), là núi cao nhất Malaysia. Núi Kinabalu được bảo vệ trong khuôn khổ Vườn quốc gia Kinabalu- một di sản thế giới của UNESCO. Các dãy núi cao nhất tạo thành biên giới giữa Malaysia và Indonesia. quần thể hang Mulu tại Sarawak nằm trong số các hệ thống hang lớn nhất trên thế giới.