Năm 1959, một bản hiến pháp mới được thảo ra, tuyên bố Brunei là một quốc gia tự trị, trong khi các vấn đề đối ngoại, an ninh và quốc phòng vẫn là trách nhiệm của Anh Quốc. Một cuộc nổi dậy nhỏ nhằm chống lại chế độ quân chủ bùng phát vào năm 1962, Anh Quốc hỗ trợ chính quyền Brunei dập tắt cuộc nổi dậy này. Cuộc Nổi dậy Brunei này góp phần vào thất bại trong việc thành lập Liên bang Bắc Borneo, và cũng ảnh hưởng một phần đến quyết định của Brunei là không tham gia vào Liên bang Malaysia. Brunei giành được độc lập từ Anh Quốc vào ngày 1 tháng 1 năm 1984.