Nhiều nhà hoạt động xã hội bảo vệ cho những người đồng tính luyến ái đã chỉ trích Giáo hoàng vì ông giữ quan điểm chống lại đồng tính luyến ái cũng như hôn nhân đồng giới. Giáo hoàng đã từng phát biểu rằng đồng tính luyến ái là một sự "rối loạn" và trong tác phẩm Memory and Identity Gioan Phaolô II đã miêu tả các gia đình đồng tính là "ý thức hệ tội lỗi", những điều này đã gây phẫn nộ cho nhiều thành viên trong cộng đồng những người đồng tính và hoán tính. Trong chuyến tông du tại Hoa Kỳ năm 1993, một cuộc biểu tình đã nổ ra nhằm phản đối tư tưởng kỳ thị đồng tính luyến ái của Giáo hoàng. Những người biểu tình đã mô tả Gioan Phaolô II là "kẻ kì thị đồng tính luyến ái lớn nhất quả đất", đồng thời lên án Giáo hội Công giáo phạm các tội về kì thị giới tính, kì thị người đồng tính và lạm dụng quyền lực.