Tình trạng săn bắt ồ ạt thú rừng hoang dã trong vườn quốc gia này để bán cho các quán ăn, nhà hàng địa phương rất nghiêm trọng. Động vật hoang dã ở đây bị săn bắt, mua bán, giết thịt do ý thức của người dân kém, các cơ quan có thẩm quyền địa phương làm ngơ, thậm chí một số cán bộ lãnh đạo thôn xã lại là lái buôn động vật hoang dã, có cán bộ công an địa phương làm chủ một nhà hàng thịt rừng chuyên phục vụ các món ăn từ động vật hoang dã được săn bắt từ Vườn quốc gia Phong Nha-Kẻ Bàng. Vườn quốc gia Phong Nha-Kẻ Bàng hiện không còn có ý nghĩa đối với bảo tồn hổ Panthera tigris, voi Elephas maximus và các loài bò hoang dã.