Trong thế kỷ XIII, Trung Quốc dần bị Đế quốc Mông Cổ chinh phục, Tây Hạ và Kim dần bị tiêu diệt. Năm 1271, đại hãn người Mông Cổ là Hốt Tất Liệt thiết lập triều đại Nguyên; triều Nguyên chinh phục tàn dư cuối cùng của triều Tống vào năm 1279. Trước khi Mông Cổ xâm chiếm, dân số Trung Quốc là 120 triệu; song giảm xuống 60 triệu trong điều tra nhân khẩu năm 1300. Một nông dân tên là Chu Nguyên Chương lật đổ triều Nguyên vào năm 1368 và kiến lập triều đại Minh. Thời Minh, Trung Quốc bước vào một thời kỳ hoàng kim khác, phát triển một trong những lực lượng hải quân mạnh nhất trên thế giới và có một nền kinh tế giàu có và thịnh vượng, trong khi phát triển về nghệ thuật và văn hóa. Trong giai đoạn này, Trịnh Hòa dẫn đầu các chuyến thám hiểm vượt đại dương, tiến xa nhất là đến châu Phi. Trong những năm đầu thời Minh, thủ đô của Trung Quốc được chuyển từ Nam Kinh đến Bắc Kinh. Cũng trong thời Minh, các triết gia như Vương Dương Minh tiếp tục phê bình và phát triển lý học với những khái niệm về cá nhân chủ nghĩa và đạo đức bẩm sinh.