Trong suốt thập niên 1950 và 1960, các quan chức FBI bắt đầu quan tâm nhiều đến sự ảnh hưởng của các lãnh tụ dân quyền. Đơn cử, năm 1956, Hoover đã làm một việc rất hiếm khi làm là gửi một bức thư mở tố cáo Bác sĩ T.R.M Howard, một lãnh tụ dân quyền, bác sĩ và là một nhà buôn phát đạt ở Mississippi, người đã chỉ trích sự vô trách nhiệm của FBI trong vụ giải quyết án mạng của George W. Lee, Emmett Till và những người da đen khác tại miền Nam. FBI đã thực hiện một chương trình giám sát nội địa gây nhiều tranh luận mang tên ‘’COINTELPRO’’ nghĩa là Chương trình Phòng chống Tình báo. Chương trình tập trung điều tra các tổ chức chính trị bạo động bên trong nước Mỹ, bao gồm các tổ chức bất bạo động, tổ chức vũ trang và Liên đoàn Lãnh đạo Cơ đốc miền Nam.