Chính phủ liên bang thiết lập mọi nỗ lực mới trong nước để ngăn chặn các vụ tấn công tương lai. Đạo luật Yêu nước Mỹ gây nhiều tranh cãi tạo điều kiện gia tăng quyền hạn của chính phủ để theo dõi thông tin liên lạc và tháo vỡ các hạn chế pháp lý về chia sẻ thông tin giữa các cơ quan tình báo và thi hành luật pháp liên bang. Một cơ quan cấp nội các, được gọi là bộ nội an được thành lập để lãnh đạo và điều hợp các hoạt động chống khủng bố của chính phủ liên bang. Một trong số các nỗ lực chống khủng bố này, đặc biệt là việc chính phủ liên quan cầm giữ các phạm nhân tại nhà tù tại vịnh Guantanamo, dẫn đến các cáo buộc rằng chính phủ liên bang vị phạm nhân quyền.