Tuy nhiên, Harvard cũng là mục tiêu của không ít chỉ trích, bị phê phán về tình trạng lạm phát điểm số giống các cơ sở giáo dục đại học khác. Sau những chỉ trích từ các phương tiện truyền thông, Harvard hạn chế hạng danh dự từ 90% trong năm 2004 xuống còn 60% năm 2005, và tỏ ra chọn lọc hơn khi được ban tặng các danh hiệu danh dự "John Harvard Scholar" cho nhóm 5% đầu lớp và "Harvard College Scholar" cho nhóm 5% kế cận – với điểm trung bình tối thiểu là 3.8. Quỹ Carnegie Thúc đẩy Hoạt động Giảng dạy, tờ The New York Times, và một số sinh viên lên tiếng chỉ trích Harvard đã phụ thuộc vào các trợ giảng trong một số môn học trong chương trình cử nhân; theo họ, điều này sẽ ảnh hưởng xấu đến chất lượng đào tạo. Một bài viết đăng trên tờ New York Times cho thấy tình trạng này cũng phổ biến tại một số viện đại học thuộc Liên đoàn Ivy.