Trong bầu cử quốc hội năm 1996, Liên minh Dân chủ giành thắng lợi, dưới quyền đồng lãnh đạo của Tsakhiagiin Elbegdorj. Đảng Nhân dân Cách mạng Mông Cổ lần đầu để mất thế đa số. Ứng cử viên của Đảng Nhân dân Cách mạng là Natsagiin Bagabandi đắc cử làm tổng thống năm 1997, và tái đắc cử vào năm 2001. Trong các cuộc bầu cử quốc hội vào năm 2000, 2004, và 2008 Đảng Nhân dân Cách mạng Mông Cổ giành thắng lợi và lại trở thành đảng cầm quyền. Kết quả bầu cử năm 2004 buộc đảng này phải gia nhập một chính phủ liên minh, song họ rời bỏ liên minh vào tháng 1 năm 2006 và tự lập chính phủ. Đảng Nhân dân Cách mạng Mông Cổ thành lập một chính phủ liên minh với Đảng Dân chủ vào năm 2008, song chiến thắng đa số của Đảng Nhân dân Cách mạng phải đối diện với các cáo buộc gian lận phiếu và các cuộc náo loạn sau đó.