Hai hệ thống sông lớn nhất trong vùng là sông Đồng Nai và sông Cửu Long. Ngược với dòng Sông Đồng Nai có lượng phù sa thấp, dòng sông Cửu Long có lượng nước đổ về trung bình khoảng 4.000 tỷ mét khối và hàng năm vận chuyển khoảng 100 triệu tấn phù sa, giữ vai trò rất quan trọng đối cho đồng bằng sông Cửu Long có diện tích 39.734 km². Cho đến nay, đồng bằng sông Cửu Long vẫn còn là một vùng đất thấp, độ cao trung bình so với mặt biển chỉ vào khoảng 5 mét. Một số khu vực như tứ giác Long Xuyên, Đồng Tháp Mười và phía tây sông Hậu đang tồn tại ở mức thấp hơn mặt biển, chính vì vậy mà hàng năm có tới 1 triệu ha bị ngâp nước mặn trong thời gian từ 2 đến 4 tháng. Các nhà nghiên cứu lịch sử về vùng đất này cho rằng, cách đây hàng triệu năm nơi này vốn là một vịnh lớn nhưng đã được bồi đắp dần bởi phù sa của sông Cửu Long.