Năm 2005, Mã Anh Cửu trở thành chủ tịch của Quốc dân Đảng, đến ngày 13 tháng 2 năm 2007, ông bị truy tố với cáo buộc biển thủ khoảng 11 triệu Đài tệ (339.000 USD), liên quan đến vấn đề "chi phí đặc biệt" trong thời gian ông làm thị trưởng Đài Bắc. Ngay sau đó, ông đệ đơn từ chức chủ tịch đảng và đồng thời chính thức tuyên bố tranh cử tổng thống. Tháng 12 năm 2007, Mã Anh Cửu trắng án mọi tội trạng và lập tức đệ đơn kiện các công tố viên. Mặc dù ông đã từ chức chủ tịch đảng, ông là ứng cử viên của đảng trong bầu cử tổng thống năm 2008 và giành thắng lợi. Ngày 25 tháng 6 năm 2009, Tổng thống Mã Anh Cửu ứng cử chức vụ chủ tịch đảng và trở thành ứng cử viên duy nhất đăng ký. Ngày 26 tháng 7, Mã Anh Cửu thắng cử, trở thành tân chủ tịch Quốc dân Đảng, Điều này chính thức cho phép Mã Anh Cửu có thể gặp Tống bí thứ Đảng Cộng sản Trung Quốc Tập Cận Bình và các phái đoàn Đại lục khác, do ông có thể đại diện cho Quốc dân Đảng với thân phận nhà lãnh đạo của một chính đảng Trung Quốc.