Comoros tuyên bố độc lập năm 1975, riêng đảo Mayotte tuyên bố ở lại trong Cộng hòa Pháp trong cuộc trưng cầu ý dân năm 1976. Ahmed Abdallah được bầu làm Tổng thống tháng 7 năm 1975, bị một ủy ban cách mạng do Ali Soilih lãnh dạo truất phế tháng 8 năm 1975. Đến lượt Soilih bị cựu Tổng thống Abdallah lật đổ với sự giúp đỡ của lính đánh thuê nước ngoài tháng 5 năm 1978 và quần đảo lấy tên là Cộng hòa Liên bang Hồi giáo Comoros. Tháng 11 năm 1989, Tổng thống Abdallah lại bị chính quân lính đánh thuê ám sát và Said M. Djohar lên thay thế năm 1990. Sau nhiều tháng phản đối và xung đột với lực lượng an ninh, đảo Anjouan (Ndzouani) tuyên bố độc lập ngày 3 tháng 8 năm 1997. Tháng 7-1997, lực lượng của Tổng thống Mohamed Taki cố gắng chiếm lại đảo Anjouan nhưng thất bại. Taki tuyên bố tình trạng khẩn cấp. Các cuộc đàm phán hòa bình đầu năm 1999 giữa đại diện của đảo Anjouan và Chính phủ không mang lại kết quả nào.