Trụ sở của Trung Quốc Quốc dân Đảng được đặt tại số 11 Đường Trung Sơn Nam vào ngày 10 tháng 12 năm 1949. Năm 1950, Tưởng Giới Thạch lên nắm quyền tại Đài Bắc theo "Điều khoản lâm thời Thời kỳ động viên dẹp loạn". Điều khoản tuyên bố thiết quân luật tại Đài Loan và ngưng một số tiến triển dân chủ, trong đó có bầu cử tổng thống và nghị viện, cho đến khi có thể thu phục Đại lục. Tưởng Giới Thạch sau đó còn khởi xướng Kế hoạch Quốc Quang nhằm tái chiếm Đại lục vào năm 1965, song cuối cùng từ bỏ vào tháng 7 năm 1972 sau nhiều nỗ lực bất thành. Trung Quốc Quốc dân Đảng ủng hộ các cuộc khởi nghĩa giai đoạn 1950–1958 tại Đại lục của người Hồi giáo từng thuộc lực lượng Quốc dân Đảng. Một cuộc chiến tranh lạnh cùng với một vài xung đột quân sự nhỏ diễn ra trong những năm đầu. Nhiều cơ quan chính phủ trước đặt tại Nam Kinh được tái tổ chức tại Đài Bắc dưới quyền chính phủ của Quốc dân Đảng. Trung Hoa Dân Quốc tại Đài Loan giữ ghế của Trung Quốc tại Liên Hiệp Quốc cho đến năm 1971.