Đến năm 1397, Quý Ly sai viên quan Đỗ Tỉnh đi xem đất và đo đạc động An Tôn phủ Thanh Hóa, ý muốn di chuyển kinh đô về Thanh Hóa. Phạm Cự Luận và Nguyễn Nhữ Thuyết can, Quý Ly không nghe. Quý Ly bỏ Nguyễn Nhữ Thuyết không dùng, điều mưu sĩ Phạm Cự Luận đi đánh quân phản loạn ở Tuyên Quang, người này bị thua trận chết. Như vậy khi đã nắm đại quyền, hai người tâm phúc, là tướng quân Nguyễn Đa Phương và mưu sĩ Phạm Cự Luận đều bị Lê Quý Ly trừ bỏ. Đến tháng 11, Quý Ly bức vua Thuận Tông dời kinh đô về Thanh Hóa, cung nhân Trần Ngọc Cơ và Trần Ngọc Kiểm nói mật với vua rằng dời đô thế nào cũng bị cướp ngôi, Quý Ly cho giết cả.