Ngày 2 tháng 4 năm 1921, Chính phủ Trung Hoa Dân Quốc (Quảng Châu) được thành lập, Tôn Trung Sơn nhậm chức "đại tổng thống phi thường", lần đầu tiên sử dụng "Thanh Thiên Bạch Nhật Mãn Địa Hồng kỳ" làm quốc kỳ, nhằm phản đối tính hợp pháp của Chính phủ Bắc Dương, đến năm sau do Vận động Hộ pháp lần thứ hai thất bại nên giải thể. Ngày 2 tháng 3 năm 1923, Tôn Trung Sơn về Quảng Châu lập Đại bản doanh Đại nguyên soái Lục-Hải quân, tái lập chính phủ quân sự; đến ngày 1 tháng 7 năm 1925, cải tổ thành Chính phủ Quốc dân Trung Hoa Dân Quốc, sau khi Bắc phạt thành công thay thế Chính phủ Bắc Dương làm chính phủ trung ương và cơ quan hành chính tối cao của Trung Hoa Dân Quốc. Ngày 20 tháng 5 năm 1948, Chính phủ Quốc dân cải tổ thành Chính phủ Trung Hoa Dân Quốc, chức vụ Chủ tịch Chính phủ Quốc dân đổi thành "Tổng thống", duy trì đến nay.