Vào các ngày 20, 22 và 24 tháng 6 năm 1867, Pháp vi phạm hòa ước 1862, chiếm 3 tỉnh miền Tây là Vĩnh Long, An Giang và Hà Tiên. Lúc này, thực dân Pháp cũng xóa bỏ tên gọi tỉnh An Giang cùng hệ thống hành chính phủ huyện cũ thời nhà Nguyễn ở khu vực này, đồng thời cũng đặt ra các hạt Thanh tra. Ngày 16 tháng 08 năm 1867, Pháp lập hạt Thanh tra Sa Đéc, là một trong 24 hạt thanh tra trên toàn cõi Nam Kỳ. Lúc bấy giờ, hạt Thanh tra Sa Đéc được thành lập trên địa bàn phủ Tân Thành thuộc tỉnh An Giang cũ. Ngày 04 tháng 12 năm 1867, huyện Phong Phú được tách ra để lập hạt Thanh tra mới. Ngày 1 tháng 1 năm 1868, Thống đốc Nam Kỳ là Bonard quyết định sáp nhập huyện Phong Phú với vùng Bãi Sào (Sóc Trăng) lập thành quận đặt dưới sự cai trị của người Pháp, lập Toà Bố tại Sa Đéc. Hạt Sa Đéc (phủ Tân Thành) đặt lỵ sở tại Sa Đéc gồm có 3 huyện: Vĩnh An, An Xuyên và Phong Phú.