Ngày 6 tháng 4 năm 1920, Schrödinger cưới Annemarie (Anny) Bertel. Schrödinger bị chứng lao phổi và phải chữa trị vài lần trong thập niên 1920 tại một nhà điều dưỡng ở Arosa. Cũng chính tại đây, ông đã thiết lập lên phương trình sóng nổi tiếng trong cơ học lượng tử. Như đã nêu ở trên, Schrödinger có đời sống cá nhân không bình thường. Khi nhập cư vào Ireland năm 1938, ông được nhận thị thực cho mình, vợ ông và một người phụ nữ khác, cô Hilde March. March là vợ của một đồng nghiệp người Áo và Schrödinger có với cô này một con gái vào năm 1934. Schrödinger đã viết thư gửi tới thủ tướng Ireland Éamon de Valera để nhận được thị thực cho cô March. Tháng 10 năm 1939 ba người đến định cư ở Dublin. Schrödinger còn là cha của hai con gái nữa với hai người phụ nữ khác trong thời gian ông sống ở Ireland. Cháu nội của ông, Terry Rudolph, cũng theo sự nghiệp của Schrödinger khi ông ta là một nhà vật lý lượng tử, giảng dạy ở trường Imperial College, London.