Hãn độc lập cuối cùng của người Mông Cổ là Lâm Đan Hãn vào đầu thế kỷ XVII. Ông tham gia các cuộc xung đột với người Mãn nhằm tranh nhau cướp bóc các thành thị của Trung Quốc. Đến năm 1636, hầu hết các bộ lạc Nội Mông đã quy phục người Mãn, là dân tộc lập ra nhà Thanh. Người Khách Nhĩ Khách cuối cùng quy phục nhà Thanh vào năm 1691, đến lúc này toàn bộ Mông Cổ ngày nay thuộc quyền cai trị của nhà Thanh. Sau một số cuộc chiến tranh, người Chuẩn Cát Nhĩ (người Mông Cổ Tây hay Oirat) cuối cùng hầu như bị tiêu diệt hoàn toàn khi quân Thanh chinh phạt Dzungaria nay thuộc Tân Cương vào năm 1757–58. Một số học giả ước tính khoảng 80% hoặc 60 vạn hoặc hơn người Chuẩn Cát Nhĩ bị thiệt mạng do dịch bệnh và chiến tranh.