Gioan Phaolô II đã không ngừng bày tỏ thiện cảm với các Dân tộc Hồi giáo tại Bosnia Herzegovina và kêu gọi thế giới can thiệp nhân đạo để chấm dứt cuộc diệt chủng nhắm vào họ. Ông cũng đã lên án cuộc chiến chống Iraq do Liên Minh Anh Mỹ chủ trương. Sau cuộc khủng bố 11/09/2001, giáo hoàng còn cố gắng kéo thế giới ra khỏi một cuộc đối đầu về văn minh và tôn giáo. Ngày 14/12/2001, vào chính ngày kết thúc tháng chay tịnh Ramadan của người Hồi giáo, ông kêu gọi tất cả các tín hữu kitô trên toàn thế giới hãy ăn chay để cầu nguyện cho hòa bình.