Ông bắt đầu lén lút học những môn của Chủng viện Kraków, do Hồng y Adam Stefan Sapieha, lúc đó là Tổng Giám mục Kraków, điều khiển. Mỗi người được trao cho một vị giáo sư. Các lớp học được tổ chức ở nhà tu, nhà thờ và ở nhà riêng. Những chủng sinh này được yêu cầu không để những người quen biết về việc học tập của họ và bản thân những người này vẫn duy trì một nếp sống bên ngoài như bình thường. Trong thời gian này, ông đã đọc cuốn: Luận về sự hiến dâng hoàn toàn cho Đức mẹ đồng trinh của St Louis Grignion de Montfort, Lý thuyết tự nhiên của Kazimierz Wars. Ngày 6 tháng 8 năm 1944, "Ngày Chủ Nhật đen" hơn 8000 người đàn ông và các cậu bé đã bị quân đội phát xít bắt giam, rất may mắn Wojtyla đã không nằm trong số đó. Sau sự kiện này, ông vào ẩn trú trong dinh tổng Giám mục và không tiếp tục làm việc tại Solvay nữa. Ngày 13 tháng 11, ông chịu lễ xuống tóc - một nghi lễ từ thời trung cổ để biểu tượng hóa sự khuất phục trước Chúa.