Tuy nhiên sự thật các cải cách của ông kéo theo các biện pháp áp bức. Ông nắm quyền khi mà ngoài Sài Gòn và các vùng phụ cận, miền Nam Việt Nam được phân chia thành các vùng đất do Việt Minh kiểm soát và lãnh địa các giáo phái "thần quyền" như Cao Đài và Hòa Hảo. Ông chống lại bất đồng chính kiến, và đòi hỏi lòng trung thành tuyệt đối cá nhân với các quan chức hàng đầu. Tài liệu của Mỹ cũng cho biết Ngô Đình Diệm là một người Công giáo bảo thủ. Ngô Đình Diệm lúc đầu đã được chào đón nồng nhiệt trong một số người từng là thành viên Việt Minh. Nhưng chương trình cải cách điền địa của ông thất bại và dừng lại năm 1959.