Ở cấp trung ương, Ủy ban Trung ương bầu ra Đoàn chủ tịch, là cấp cao nhất, giúp việc có các Ban chuyên môn của Mặt trận, hay các Hội đồng chuyên môn của Trung ương Mặt trận. Các cấp địa phương cũng có các ban thành lập theo quy định. Trong đó có cả Ban Quân sự, nhưng tương tự như Bộ Quốc phòng sau này nó chỉ làm nhiệm vụ hành chính. Quân giải phóng Miền Nam là lực lượng tham gia Mặt trận công khai là do Bộ Tư lệnh các Lực lượng Vũ trang Giải phóng chỉ đạo, nhưng thực chất đều do các cấp ủy đảng, quân ủy lãnh đạo, theo cơ chế phức tạp, như cơ chế hiện nay với quân đội nhân dân. Bộ Tư lệnh chỉ đạo chuyên môn thuần túy quân sự theo phân công địa bàn của Đảng Lao động. Ước tính của Mỹ, đầu 1969 có 750.000 thành viên, trong đó 300.000 thành viên dân sự.