Malaysia là quốc gia lớn thứ 67 trên thế giới về diện tích đất liền, với 329.847 km2 (127.355 sq mi). Tây Malaysia có biên giới trên bộ với Thái Lan, Đông Malaysia có biên giới trên bộ với Indonesia và Brunei. Malaysia kết nối với Singapore thông qua một đường đắp cao hẹp và một cầu. Malaysia có biên giới trên biển với Việt Nam và Philippines. Biên giới trên bộ được xác định phần lớn dựa trên các đặc điểm địa chất, chẳng hạn như sông Perlis, sông Golok và kênh Pagalayan, trong khi một số biên giới trên biển đang là chủ đề tranh chấp. Brunei hầu như bị Malaysia bao quanh, bang Sarawak của Malaysia chia Brunei thành hai phần. Malaysia là quốc gia duy nhất có lãnh thổ nằm cả trên lục địa châu Á và quần đảo Mã Lai. Điểm cực nam của lục địa châu Á là Tanjung Piai, thuộc bang nam bộ Johor. Eo biển Malacca nằm giữa đảo Sumatra và Malaysia bán đảo, đây là một trong các tuyến đường quan trọng nhất trong thương mại toàn cầu.