Các nhà khoa học đã khám phá và nghiên cứu 20 hang động với tổng chiều dài 70 km hang động, trong số đó có 17 hang động tại khu vực Phong Nha và 3 hang động tại khu vực Kẻ Bàng. Năm 1999, các nhà khoa học của Trung tâm Nhiệt đới Việt-Nga cũng tiến hành các khảo sát về hệ động thực vật ở khu vực Kẻ Bàng. Động Phong Nha dài 7.729 m, có 14 hang, có dòng sông ngầm dài 13.969 m. Các thạch nhũ trong động trải qua hàng triệu năm kiến tạo từ nước có hòa tan đá vôi (CaHCO3) mà tích tụ thành những hình tượng lạ mắt như hình sư tử, hình ngai vàng, hình đức Phật v.v.