Bản thân Jefferson là một nhà khoa học, ông ủng hộ các cuộc thám hiểm để khám phá và vẽ bản đồ lãnh thổ mới, nổi bật nhất là Cuộc thám hiểm của Lewis và Clark. Jefferson tin tưởng sâu sắc vào chủ nghĩa cộng hòa và cho rằng nó nên dựa vào chủ đồn điền và nông dân độc lập yeoman. Ông ngờ vực thành thị, nhà máy và ngân hàng. Ông cũng không tin tưởng chính phủ liên bang và các thẩm phán, và tìm cách làm suy yếu ngành tư pháp. Tuy nhiên, ông gặp phải đối thủ tương xứng là John Marshall, một người theo chủ nghĩa liên bang từ Virginia. Mặc dù Hiến pháp Hoa Kỳ gồm có một tòa án tối cao nhưng chức năng của nó rất mơ hồ cho đến khi Marshall làm thẩm phán trưởng (1801–35). Ông đã định nghĩa các chức năng này, đặc biệt là quyền lực đảo ngược các đạo luật nào của Quốc hội bị cho là vi phạm Hiến pháp. Quyền lực này được tuyên bố vào năm 1803 trong vụ Marbury đối đầu Madison.