Thế kỷ 19 chứng kiến những tranh chấp thường xuyên xảy ra giữa hai viện. Trong hầu hết nửa đầu thế kỷ 19, Thượng viện giữ được thế cân bằng giữa miền Bắc chủ trương tự do và miền Nam chủ trương sở hữu nô lệ, trong khi số lượng các bang còn ngang nhau. Ngược lại, tại Viện dân biểu, vì miền Bắc đông dân hơn nên nắm quyền kiểm soát. Một điển hình cho tình trạng này là dự luật Wilmot Proviso, cấm sở hữu nô lệ trong khu vực chiếm được trong chiến tranh Mỹ - Mễ, được ủng hộ tại Viện dân biểu nhưng bị chặn lại tại Thượng viện. Những tranh chấp về vấn đề nô lệ và về các vấn đề khác ngày càng trở nên trầm trọng cho đến khi bùng nổ cuộc Nội chiến (1861–1865), sau khi các bang miền Nam quyết đinh tan cong tách rời khỏi liên bang. Miền Nam bị thất trận và chế độ nô lệ bị bãi bỏ.