Thời gian đầu sau khi Trương Cư Chính từ trần, Minh Thần Tông vẫn có thể duy trì hứng thú với triều chính, song cùng với việc triều dã thanh toán thế lực của Trương Cư Chính, Minh Thần Tông bắt đầu ít thượng triều. Sau Quốc bản chi tranh, ông thậm chí còn có thái độ đãi chính tiêu cực. Trong thời gian Minh Thần Tông tại vị, về đối nội có các sự kiện nghiêm trọng như Đông Lâm đảng tranh, Quốc bản chi tranh và Vạn Lịch đãi chính; đối ngoại có các chiến dịch lớn như Vạn Lịch tam đại chinh và Hậu Kim quật khởi. Triều đại Vạn Lịch là thời kỳ chuyển đổi từ thịnh sang suy của triều Minh. Quốc bản chi tranh là một sự kiện chính trị trọng đại kéo dài suốt từ trung kỳ đến vãn kỳ thời gian Minh Thần Tông trị vì, chủ yếu là xung quanh tranh chấp kế thừa hoàng vị giữa Hoàng trưởng tử Chu Thường Lạc và Phúc vương Chu Thường Tuân (con của Trịnh quý phi). Do Vương hoàng hậu không có con trai, Minh Thần Tông đặc biệt yêu mến hoàng tử thứ ba là Chu Thường Tuân, không muốn lập hoàng tử thứ nhất là Chu Thường Lạc làm thái tử, quan viên trong triều do đó phân thành hai phái khác biệt. Đến năm 1601, dưới áp lực của Hoàng thái hậu, Chu Thường Lạc mới được phong làm thái tử, còn Chu Thường Tuân được phong làm Phúc vương. Tuy nhiên, Phúc vương chậm rời kinh thành đi nhậm chức vị phiên vương. Đến khi phát sinh "Đĩnh kích án", dư luận bất lợi với Trịnh quý phi, Phúc vương mới rời kinh tới phiên, địa vị thái tử của Chu Thường Lạc nhờ vậy mà được vững chắc.