Năm kế tiếp, (335 TCN), Alexandros cảm thấy tự do tiến đánh Thracia và Illyria để bảo vệ sông Danube như là biên giới phương bắc của Vương quốc Macedonia. Trong khi ông đang chinh phạt phía bắc một cách thắng lợi, người Thebes và Athena lại nổi dậy một lần nữa. Alexandros phản ứng lập tức và trong khi các thành phố khác lại một lần nữa do dự, Thebes lần này quyết định chống trả cật lực nhất. Sự chống trả là vô ích; cuối cùng, thành phố bị chinh phục với nhiều máu đổ. Người Thebes chịu số phận thê thảm hơn khi thành phố bị đốt trụi và lãnh thổ bị chia ra giữa các thành phố Boeotian khác. Hơn nữa, tất cả các công dân của thành phố bị bán thành nô lệ, chỉ chừa lại các thầy tu, các lãnh tụ của các đảng ủng hộ Macedonia và hậu duệ của Pindar - nhà của người này không bị đụng chạm đến. Kết cục của xứ Thebes làm Athena sợ hãi mà đầu hàng và sẵn sàng chấp nhận yêu sách của Alexandros cho lưu đày các lãnh tụ của phe cánh chống lại Macedonia, Demosthenes là người đầu tiên. Người ta không biết thái độ ôn hòa sau đó của Alexandros đối với người Athena là do lòng thương hại của chàng đối với sự tàn bạo dành cho Thebes hay đơn giản chỉ vì sự khát máu của chàng đã được thỏa mãn. Nhưng kể từ đó, Alexandros luôn đối xử tử tế đối với bất cứ người Thebes nào sống sót mà chàng gặp.