Quân đội Ottoman đã để lại những nhà nguyện Hồi giáo rải rác khắp các sườn đồi và thung lũng vùng Balkan. Nổi giận vì những biểu hiện cho việc chiếm đóng của người đạo Hồi này, các vương quốc theo đạo Cơ đốc ở Tây Âu xem người Thổ Nhĩ Kỳ là kẻ xâm lược Hy Lạp và các sắc dân theo Cơ đốc giáo khác. Nhưng đế quốc Ottoman rộng lượng hơn, chấp nhận tôn giáo khác với đạo Hồi. Sultan chính thức công nhận Giáo hội Hy Lạp và giáo khu của giáo chủ và các tổng giám mục, cho phép các giáo đường Chính thống giáo được duy trì tài sản của họ. Người Thổ Nhĩ Kỳ thích cai trị qua định chế chính trị địa phương, và để đổi lại cho tiền triều cống, các tỉnh Cơ đốc giáo được phép duy trì các hệ thống hành chính, thứ bậc và giai cấp.