Viện Đại học Chicago được Hội Giáo dục Baptist Hoa Kỳ thành lập vào năm 1890 như một cơ sở giáo dục phi tôn giáo, dành cho cả nam lẫn nữ, với tiền hiến tặng từ tỉ phú dầu lửa John D. Rockefeller và được xây dựng trên phần đất do Marshall Field hiến tặng. Viện đại học này là một cơ sở độc lập về mặt pháp lý; nó thay thế cho viện đại học có cùng tên gọi của những người theo phái Baptist, vốn đã đóng cửa vào năm 1886 vì những khó khăn tài chính và khủng hoảng lãnh đạo triền miên. William Rainey Harper trở thành viện trưởng đầu tiên của viện đại học hiện đại này vào ngày 1 tháng 7 năm 1891, và viện đại học mở cửa đón sinh viên vào học vào ngày 1 tháng 10 năm 1892.