Uy khấu tạo thành mối uy hiếp nghiêm trọng đối với hải cương của triều Minh, tuy vậy thành phần chủ yếu của Uy khấu không phải là người Nhật Bản mà là lưu dân bị phá sản tại khu vực duyên hải Trung Quốc. Mặc dù có các chiến dịch "kháng Uy" của Chu Hoàn và Trương Kinh, song cuối cùng đều không thể đạt được thành công hoàn toàn. Nhằm đề phòng Uy khấu xâm nhiễu, trong thời kỳ Thế Tông thực thi hải cấm, đoạn tuyệt mậu dịch với Nhật Bản. Đến khi các danh tướng như Thích Kế Quang tận lực "kháng Uy", Uy khấu mới bị trừ sạch, tình hình hải cương mới trở nên bình ổn hơn. Sau khi Toyotomi Hideyoshi thống nhất Nhật Bản, có ý muốn chiếm lĩnh Triều Tiên. Năm Vạn Lịch thứ 20 (1592), Nhật Bản tấn công Triều Tiên, Quốc vương của Triều Tiên đào thoát sang Nghĩa Châu đồng thời phái sứ giả cầu cứu triều đình Minh. Triều Minh từng giành được thắng lợi trong chiến tranh, hai bên từng tiến hành hòa đàm, song sau năm Vạn Lịch thứ 25 (1597) Nhật Bản lại tiến công Triều Tiên. Năm Vạn Lịch thứ 26 (1598), Toyotomi Hideyoshi bệnh mất, lòng quân Nhật Bản dao động, kết quả là triệt quân. Chiến tranh với Nhật Bản làm suy yếu nghiêm trọng quốc lực của Minh và Triều Tiên, còn Nhật Bản rơi vào tình trạng phân liệt, trong khi đó các bộ lạc Nữ Chân trở thành bên hưởng lợi.