Hệ thống đường biển xuất phát từ các cảng biển lớn ở 3 miền như cảng Hải Phòng, cảng Cái Lân (miền Bắc), cảng Tiên Sa, cảng Quy Nhơn (miền Trung) và cảng Sài Gòn, cảng Thị Vải (miền Nam). Các tuyến đường thủy nội địa chủ yếu nằm theo hướng đông – tây dựa theo các con sông lớn như sông Đà, sông Hồng (miền Bắc), sông Tiền, sông Hậu (miền Tây Nam Bộ), và sông Đồng Nai, sông Sài Gòn (miền Đông Nam Bộ) chảy theo hướng bắc – nam. Việt Nam là nước có nhiều sông ngòi chảy theo hướng tây bắc xuống đông nam. Sông Hồng là sông chính ở miền Bắc chảy vào Việt Nam ở Lào Cai, qua các thành phố lớn Việt Trì, Hà Nội, Nam Định rồi đổ ra biển ở cửa Ba Lạt giữa Thái Bình và Nam Định.