Ngày 10 tháng 6 năm 1945, Sư đoàn số 9 của Úc đổ bộ lên Muara trong Chiến dịch Oboe Six nhằm tái chiếm Borneo từ Nhật Bản. Họ nhận được hỗ trợ từ các đơn vị không quân và hải quân của Hoa Kỳ. Đô thị Brunei bị ném bom trên phạm vi rộng và bị Đồng Minh tái chiếm sau ba ngày quyết chiến. Nhiều tòa nhà bị phá hủy, bao gồm cả Thánh đường Hồi giáo. Quân Nhật tại Brunei, Bắc Borneo, và Sarawak, dưới quyền Trung tướng Masao Baba, chính thức đầu hàng tại Labuan vào ngày 10 tháng 9 năm 1945. Chính quyền quân sự Anh Quốc tiếp quản lãnh thổ từ tay người Nhật Bản và duy trì cho đến tháng 7 năm 1946.