Jean Cédile đến Việt Nam theo mệnh lệnh nhằm lập lại quyền thống trị của thực dân Pháp tại Việt Nam. Cédile có cảm tình với nguyện vọng độc lập của người Việt nhưng ông chủ trương trao trả độc lập từng bước cho Việt Nam. Ngay sau khi đến Việt Nam, Cédile đã tiếp xúc với các lãnh đạo Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ và cố gắng để đi đến một sự thông cảm nhưng quan điểm của ông là chỉ bàn đến độc lập của Việt Nam sau khi người Pháp đã khôi phục quyền hành và phải được đặt trong khuôn khổ Tuyên bố ngày 24/3/1945. Cédile đồng ý thương lượng với Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ nhằm tránh xung đột vũ trang Pháp Việt nhưng khá nhiều chủ nhà băng, chủ đồn điền, chủ mỏ, quan chức, chính trị gia Nam Kỳ người Pháp, Việt, Hoa phản đối ông với lý do Ủy ban Hành chính Lâm thời Nam Bộ do những đảng viên Đảng cộng sản Đông Dương lãnh đạo. Giữa tháng 9-1945 và tháng 10-1946 khi rời Nam Kỳ, Cédile ủng hộ chính sách của D'Argenlieu-Pignon chấp thuận cho các chính khách tại Nam Kỳ thành lập Cộng hòa Tự trị Nam Kỳ và hậu thuẫn những đảng phái thân Pháp như Đảng Nam Kỳ của Béziat. Jean Cédile cho lập Hội đồng tư vấn Nam Kỳ (Conseil consultatif de Cochinchine) với 12 ủy viên. Thành phần Hội đồng gồm 4 người Pháp và 8 người Việt nhưng tất cả đều có quốc tịch Pháp. Kết quả quan trọng là cú đảo chính ngày 22-23/9/1945 ở Sài Gòn và việc ông ký Hiệp định ngày 3-6-1946 thành lập Cộng hòa Tự trị Nam Kỳ với bác sĩ Nguyễn Văn Thinh thân Pháp làm Thủ tướng. Mục đích của Pháp là tách Nam Kì ra khỏi Việt Nam thống nhất.