Ngày 19/6/1946, Báo Cứu Quốc của Tổng bộ Việt Minh đăng xã luận kịch liệt chỉ trích "bọn phản động phá hoại Hiệp định sơ bộ Pháp Việt mùng 6 tháng 3". Ngay sau đó Võ Nguyên Giáp bắt đầu chiến dịch truy quét các đảng phái đối lập bằng lực lượng công an và quân đội do Việt Minh kiểm soát với sự giúp đỡ của nhà cầm quyền Pháp. Ông cũng sử dụng các binh lính, sĩ quan Nhật Bản tình nguyện ở lại Việt Nam và một số vũ khí do Pháp cung cấp (ở Hòn Gai quân Pháp cung cấp cho Việt Minh những khẩu pháo để diệt một số vị trí do quân Đại Việt chiếm giữ) trong chiến dịch này. Theo David G. Marr, đó là một thời kỳ đầy thù hận, phản bội, tranh đấu và chết chóc. Cho tới tháng 8 năm 1946, các đảng phái đối lập, ngoại trừ Giáo hội Công giáo, đều bị phá vỡ, vô hiệu hóa, hoặc buộc phải lưu vong. Chính phủ Liên hiệp Kháng chiến được thành lập nhằm tạo khối đại đoàn kết giữa các đảng phái, sau các vụ bắt giữ đã mất đi ý nghĩa của nó. Đến tháng 11/1946, chính phủ này được thay thế bởi Chính phủ Liên hiệp Quốc dân nhằm đáp ứng tình hình mới.