Với việc phân loại phát sinh loài, các đơn vị phân loại Labyrinthodontia đã được loại bỏ vì nó là một nhóm cận ngành mà không có tính năng độc đáo rõ nét ngoài đặc điểm nguyên thủy được chia sẻ chung. Phân loại thay đổi theo sự phát sinh loài được tác giả ưa thích và cho dù họ sử dụng một gốc dựa trên phân loại hoặc dựa trên chia nút. Theo truyền thống, động vật lưỡng cư là một lớp được định nghĩa là tất cả động vật bốn chân với một giai đoạn ấu trùng, trong khi các nhóm bao gồm tổ tiên chung của tất cả các loài lưỡng cư còn đang tồn tại (ếch, kỳ giông và các loài lưỡng cư không chân) và tất cả phân hệ của chúng được gọi là Lissamphibia. Các phát sinh loài của động vật lưỡng cư Paleozoi là không chắc chắn, và Lissamphibia có thể nằm trong nhóm đã tuyệt chủng, như Temnospondyli (theo truyền thống được đặt trong lớp con Labyrinthodontia) hoặc Lepospondyli. Điều này có nghĩa rằng những người ủng hộ cho danh pháp phát sinh loài đã loại bỏ một số lượng lớn các nhóm động vật lưỡng cư tetrapod trong kỷ Devon và kỷ Cacbon trước đây đã được đưa vào phân loại của Linnaeus, và đưa vào một chỗ khác trong phân loại tiến hóa. Nếu tổ tiên chung của lưỡng cư và động vật có màng ối được bao gồm trong Amphibia, nó sẽ trở thành một nhóm cận ngành.