Ngày 13 tháng 1 năm 1988, Tưởng Kinh Quốc từ trần. Ngày 27 tháng 1, Lý Đăng Huy trở thành quyền chủ tịch của Đảng, đến tháng 7 thì chính thức trở thành Chủ tịch Trung Quốc Quốc dân Đảng. Năm 1991, thiết quân luật chấm dứt khi Tổng thống Lý Đăng Huy kết thúc Điều khoản lâm thời Thời kỳ động viên dẹp loạn. Toàn bộ các đảng bắt đầu được phép tranh cử tại bầu cử mọi cấp, kể cả bầu cử tổng thống. Lý Đăng Huy là tổng thống được bầu cử dân chủ đầu tiên của Trung Hoa Dân Quốc, và là người lãnh đạo của Quốc dân Đảng trong thập niên 1990, ông tuyên bố ủng hộ tích cực "quan hệ đặc thù hai quốc gia" với nước Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa, phía Đại lục liên kết ý tưởng này với Đài Loan độc lập.