Đại lục Bồ Đào Nha không có các hồ tự nhiên cỡ lớn, và phần mặt nước nội lục lớn nhất là các hồ chứa hình thành do xây đập, như hồ chứa Alqueva rộng 250 km². Tuy nhiên, có một số hồ nước ngọt nhỏ tại Bồ Đào Nha, đáng chú ý nhất là các hồ tại Serra da Estrela, hồ Comprida (Lagoa Comprida) và hồ Escura (Lagoa Escura) được tạo thành từ các sông băng cổ đại. Tại quần đảo Açores, các hồ được hình thành trên hõm chảo của các núi lửa đã tắt. Lagoa do Fogo và Lagoa das Sete Cidades là những hồ nổi tiếng nhất trên đảo São Miguel. Bồ Đào Nha có các phá trên bờ biển Đại Tây Dương, như phá Albufeira và phá Óbidos.