Năm 1570, một cuộc tấn công quy mô lớn dưới sự chỉ huy của Piyale Pasha với 60.000 quân đã đưa hòn đảo này về dưới sự thống trị của Đế quốc Thổ Ottoman, dù có sự kháng cự kiên quyết của những người dân Nicosia và Famagusta. 20.000 người Nicosia bị giết hại, và mỗi nhà thờ, mỗi công trình công cộng và cung điện đều bị cướp phá. Người Thổ áp đặt hệ thống millet và cho phép các cơ quan tôn giáo được quản lý các cộng đồng phi Hồi giáo của mình, nhưng cùng lúc ấy đầu tư cho Nhà thờ Chính thống phía Đông như một lực lượng môi giới giữa người Síp Thiên chúa giáo và các cơ quan được trao không chỉ quyền tôn giáo mà cả kinh tế và chính trị.Thuế khoá nặng nề đã dẫn tới những cuộc nổi loạn, với xấp xỉ hai mươi tám cuộc khởi nghĩa đẫm máu diễn ra trong giai đoạn 1572 và 1668, buộc các Sultan phải can thiệp. Cuộc tổng điều tra dân số lớn của Đế quốc Ottoman năm 1831, chỉ tính số đàn ông, cho biết có 14.983 tín đồ Hồi giáo và 29.190 tín đồ Thiên chúa giáo. Tới năm 1872, dân số của hòn đảo đã tăng lên 144.000 gồm 44.000 người Hồi giáo và 100.000 tín đồ Thiên chúa giáo.