Năm 1628, theo sau những thắng lợi quân sự của quân đội Hoàng đế Ferdinand dưới quyền tướng Albrecht von Wallenstein, Kepler trở thành cố vấn chính thức cho Wallenstein. Mặc dù không phải là một nhà chiêm tinh thực sự cho vị tướng, Kepler cung cấp các tính toán thiên văn cho các nhà chiêm tinh của Wallenstein và thỉnh thoảng lập lá số tử vi. Trong những năm cuối cùng, Kepler thường xuyên du hành, từ triều đình ở Praha tới Linz và Ulm tới một ngôi nhà tạm ở Żagań, rồi cuối cùng tới Regensburg. Ít lâu sau khi tới Regensburg, Kepler đổ bệnh. Ông mất ngày 15 tháng 11 năm 1630, và được chôn tại đây. Vị trí ngôi mộ của ông không còn nữa sau khi quân đội Thụy Điển phá hủy khu nghĩa trang. Chỉ còn lời thơ đề bia mộ do chính Kepler soạn tồn tại với thời gian: