Năm 1623, cuối cùng Kepler cũng hoàn thành Bảng Rudolf, mà sinh thời đó được xem là công trình chính của đời ông. Tuy nhiên, do những yêu cầu xuất bản của hoàng đế và những thương thảo với người thừa kế của Tycho Brahe, phải đến tận năm 1627 nó mới được in. Trong khi đó, những căng thẳng tôn giáo-nguồn gốc của Chiến tranh Ba mươi năm đang diễn ra bấy giờ-một lần nữa đẩy gia đình Kepler vào cảnh hiểm nghèo. Năm 1625, những thừa sai Phản Kháng Cách đến niêm phong phần lớn thư viện của Kepler, và năm 1626 thành phố Linz bị bao vây. Kepler dời tới Ulm, nơi ông tìm cách tự in Bảng Rudolf bằng tiền của mình.