Chính phủ Malaysia theo chủ nghĩa thực dụng trong chính sách đối với các tranh chấp lãnh thổ, giải quyết các tranh chấp theo một số phương pháp, chẳng hạn như đưa vụ việc ra Tòa án Công lý Quốc tế. Nhiều quốc gia trong khu vực tranh chấp chủ quyền đối với quần đảo Trường Sa. Brunei và Malaysia vào năm 2008 tuyên bố kết thúc tuyên bố chủ quyền đối với các vùng đất của nhau, và giải quyết các vấn đề liên quan đến biên giới trên biển. Philippines có tuyên bố chủ quyền không thi hành đối với Sabah. Hoạt động cải tạo đất của Singapore gây ra căng thẳng giữa hai bên, và Malaysia cũng có tranh chấp biên giới trên biển với Indonesia.