Sau khi tức vị, Minh Tư Tông kiên quyết loại trừ thế lực của Ngụy Trung Hiền để cải cách triều chính. Ông hạ lệnh đình chỉ xây dựng miếu thờ sống, bức Phụng Thánh phu nhân Khách thị ra ở ngoài cung, cuối cùng xử tử. Ông hạ lệnh Ngụy Trung Hiến đến Phụng Dương trông lăng mộ, Ngụy Trung Hiền trên đường đi cùng đồng đảng là Lý Triều Khâm tự tử, các phần tử khác trong Yêm đảng cũng bị biếm truất hoặc xử tử. Tuy nhiên, đảng tranh nội đấu kịch liệt, Minh Tư Tông không tín nhiệm bá quan, ông cố chấp, tăng cường tập quyền. Đương thời, Hậu Kim tại phía đông bắc chiếm lĩnh khu vực Liêu Đông, đám Viên Sùng Hoán tại Liêu Tây kháng cự Khả hãn Hoàng Thái Cực xâm nhập. Năm 1629, Hoàng Thái Cực chuyển sang đi đường vòng Trường Thành để xâm nhập Bắc Kinh, Viên Sùng Hoán khẩn cấp hồi quân đối đầu với Hoàng Thái Cực tại Quảng Cừ môn Bắc Kinh. Trải qua Lục bộ cửu khanh hội thẩm, cuối cùng triều đình Minh xử tử Viên Sùng Hoán, sử xưng Kỉ Tị chi biến. Sau đó, Hoàng Thái Cực nhiều lần viễn chinh Mông Cổ, năm 1636 xưng đế tại Thịnh Kinh, cải quốc hiệu thành Đại Thanh. Hoàng Thái Cực liên tiếp phát động năm lần qua Trường Thành xâm nhập các khu vực Trực Lệ, Sơn Đông. Đương thời, Trực Lệ nhiều năm đói kém dịch bệnh, dân sinh gian khổ. Cục thế Liêu Tây cũng ngày càng xấu đi, cuối cùng quân Thanh vào năm 1640 chiếm lĩnh Cẩm Châu và các nơi khác, tướng Hồng Thừa Trù đầu hàng, thế lực triều Minh thu nhỏ đến Sơn Hải quan.