Năm 1802, sau khi đánh bại nhà Tây Sơn, Nguyễn Phúc Ánh lên ngôi lấy hiệu là Gia Long. Năm 1803, Dinh Bình Khang được đổi tên thành Dinh Bình Hòa, phủ Bình Khang cũng được đổi tên thành phủ Bình Hòa nhưng sở lỵ đã được chuyển từ đây sang phủ Diên Khánh. Năm 1808, Dinh được đổi thành Trấn. Đến năm 1831 (năm Minh Mạng thứ 12), trấn Bình Hòa được đổi tên thành tỉnh Khánh Hòa, còn phủ Bình Hòa trở thành phủ Ninh Hòa. Vào thời điểm đó, tỉnh Khánh Hòa gồm 2 phủ, 4 huyện là: Phủ Diên Khánh gồm 2 huyện: Phước Ðiền, Vĩnh Xương; Phủ Ninh Hòa gồm 2 huyện: Quảng Phước và Tân Ðịnh, tỉnh lỵ là Phủ Diên Khánh.