Cấu tạo địa chất của Khánh Hòa chủ yếu là đá granit và ryolit, dacit có nguồn gốc mác ma xâm nhập hoặc phún trào kiểu mới. Ngoài ra còn có các loại đá cát, đá trầm tích ở một số nơi. Về địa hình kiến tạo, phần đất của tỉnh Khánh Hòa đã được hình thành từ rất sớm, là một bộ phận thuộc rìa phía Đông-Nam của địa khối cổ Kom Tom, được nổi lên khỏi mặt nước biển từ đại Cổ sinh, cách đây khoảng 570 triệu năm. Trong đại Trung sinh có 2 chu kỳ tạo sản inđôxi và kimêri có ảnh hưởng một phần đến Khánh Hòa. Do quá trình phong hóa vật lý, hóa học diễn ra trên nền đá granit, ryolit đã tạo thành những hình dáng độc đáo, đa dạng và phong phú, góp phần làm cho thiên nhiên Khánh Hòa có nhiều cảnh đẹp nổi tiếng.