Năm 1884, triều đình nhà Nguyễn ký kết hiệp ước Patenotre với Pháp, tạo cơ sở cho việc thiết lập chính quyền đô hộ của Pháp ở Việt Nam và sự suy yếu của nhà Nguyễn. Là một tỉnh ở xứ Trung Kỳ, Khánh Hòa vẫn là bộ phận của Nam triều, đồng thời tồn tại Chính quyền bảo hộ Pháp. Quan lại của Nam triều gồm có chức tuần vũ, án sát coi việc hành chính, lãnh binh coi việc canh gác và giữ gìn an ninh trong tỉnh, đóng tại Diên Khánh. Cơ quan bảo hộ Pháp gồm có chánh sứ, phó sứ và giám binh, đóng tại Nha Trang. Nha Trang dần phát triển thành thị trấn.