Tuy nhiên chuyến thăm Đức vào năm 1996 đã trở thành thảm họa. Ngày 24 tháng 6 năm 1996, khi xe của Giáo hoàng đi về phía cổng Bradenburg tại Berlin, hàng trăm người vô chính phủ và những người hoạt động xã hội ủng hộ người đồng tính thuộc một "Liên minh chống Giáo hoàng" đã xông về phía Gioan Phaolô II, gào to lên "Hãy xuống địa ngục đi !", "Thiêu sống Giáo hoàng !" "Bao cao su thay thế cho Tòa thánh !" ("Kondome statt Dome!") và ném sơn, cà chua, trứng thối vào chiếc xe của Giáo hoàng. Hai bịch sơn đã văng trúng chiếc xe chở Gioan Phaolô II. Danh sách các bài báo nói về vụ Giáo hoàng bị biểu tình ở Berlin năm 1996