Cảm thấy tự tin với lục quân của mình sau khi đánh bại phe Liên bang tại trận Bull Run thứ hai, Lee bắt tay vào một cuộc xâm chiếm miền Bắc nhưng bị chặn đứng bởi tướng McClellan tại trận Antietam đẫm máu. Dù vậy, McClellan bị tước quyền tư lệnh vì từ chối đuổi theo tàn quân của Lee. Tư lệnh kế tiếp, tướng Ambrose Burnside, bị thảm bại trước lục quân ít quân số hơn của Lee tại trận Fredericksburg vào cuối năm 1862, khiến phải thêm một lần thay đổi tư lệnh. Lee lại chiến thắng tại trận Chancellorsville vào tháng 5 năm 1863 nhưng mất đi vị phụ tá hàng đầu của mình là Stonewall Jackson. Nhưng Lee tấn công rất mạnh và coi thường mối đe dọa của phe Liên bang tại miền Tây. Lee xâm chiếm Pennsylvania để tìm nguồn tiếp tế và để gây tiêu hao tại miền Bắc. Có lẽ điểm quay của cuộc chiến là khi lục quân của Lee bị đánh bại thảm hại tại trận Gettysburg vào ngày 1 đến ngày 3 tháng 7 năm 1863.