Theo sau những cuộc nổi dậy ở miền Nam và miền Bắc, các vùng cấm bay đã được thiết lập để bảo vệ người Shi'ite ở miền Nam và người Kurd ở miền Bắc. Những vùng cấm bay này (bắt đầu từ vĩ tuyến 36 Bắc và vĩ tuyến 32 Nam) chủ yếu do Mỹ và Anh kiểm soát, mặc dù Pháp cũng có tham gia ít nhiều. Cấu kết với nhau, họ đã thực hiện những chuyến bay thanh sát trong vòng 11 năm sau khi kết thúc chiến sự còn nhiều hơn cả trong thời kỳ chiến tranh. Những chuyến thanh sát này đã dội bom gần như mỗi ngày vào tên lửa đất đối không và súng cao xạ được dùng để bắn hạ máy bay. Tuy nhiên, lượng bom lớn nhất đã được sử dụng trong hai chiến dịch kéo dài: Chiến dịch Tấn công sa mạc, kéo dài trong nhiều tuần từ tháng 9 năm 1996, và Chiến dịch Con cáo sa mạc, tháng 12 năm 1998. Chiến dịch Kiểm soát miền Bắc, vùng cấm bay trong khu vực người Kurd, đã cho phép người dân tập trung vào tăng cường an ninh và phát triển cơ sở hạ tầng, điều này đã được phản ánh sau sự sụp đổ của chế độ Saddam Hussein năm 2003, khu vực này đã phát triển và ổn định hơn (khi so sánh với các vùng khác của Iraq trong Chiến dịch Giải phóng Iraq). Trái lại, Chiến dịch Kiểm soát miền Nam, đã không thành công trong việc tạo cho người Shi'ite cơ hội xây dựng và kiến thiết như vậy.