Giai đoạn sau chiến thắng Armada năm 1588 là những năm khó khăn kéo dài cho đến lúc kết thúc triều đại Elizabeth. Tranh chấp với Tây Ban Nha và Ireland cứ dai dẳng, gánh nặng thuế má càng nặng hơn, thêm vào đó là thất mùa và chi phí chiến tranh. Vật giá càng leo thang mức sống càng xuống thấp. Trong khi đó, các biện pháp trấn áp người Công giáo được tăng cường, đến năm 1591, Elizabeth cho phép thẩm vấn và lục soát nhà ở người Công giáo. Elizabeth ngày càng phụ thuộc vào các phương tiện tuyên truyền để nuôi dưỡng trong dân chúng ảo tưởng về một đất nước an bình và thịnh vượng. Trong những năm cuối, sự chỉ trích gia tăng phản ánh sự bất bình của thần dân đối với Nữ vương.