Vào cuối những năm 1980 Hawking trở nên ngày càng gần gũi với một trong số các y tá của ông, Elaine Mason, điều gây nên khó chịu cho một số đồng nghiệp, hộ lý và thành viên gia đình-những người thấy phiền toái bởi cá tính gây gổ và sự bao bọc của Elaine đối với Hawking. Cuối cùng Hawking nói với Jane rằng ông đang rời bỏ bà để tới với Elaine, và rời ngôi nhà vào tháng 2 năm 1990. Trong năm đó, Hawking nhận một cô gái Việt Nam sống ở Làng trẻ em SOS tên là Nguyễn Thị Thu Nhàn làm con nuôi, và họ từng sang Việt Nam năm 1997 để thăm Nhàn.