Do sự phát triển không đồng đều, những bệnh viện lớn của Hà Nội, cũng là của cả miền Bắc, chỉ tập trung trong khu vực nội ô thành phố. Các bệnh viện Việt Đức, Bạch Mai, Nhi Thụy Điển và Bệnh viện Phụ sản Hà Nội đều trong tình trạng quá tải. Cùng với hệ thống y tế của nhà nước, Hà Nội cũng có một hệ thống bệnh viện, phòng khám tư nhân đang dần phát triển. Năm 2007, toàn thành phố có 8 bệnh viện tư nhân với khoảng 300 giường bệnh. Theo đề án đang được triển khai, đến năm 2010, Hà Nội sẽ có thêm 8 đến 10 bệnh viện tư nhân. Khi đó, tổng số giường bệnh tư nhân sẽ lên tới khoảng 2.500 giường.