Phong Nha-Kẻ Bàng là nơi có cộng đồng linh trưởng phong phú bậc nhất Đông Nam Á. Năm 2002, nhà khoa học Đức Thomas Zegler đã phát hiện ra một loài thằn lằn tai mới có tên là Tripidophrus Nogei tại vùng núi karst thuộc khu vực Chà Nòi. Loài thằn lằn này đã được đăng trên số báo 114 (2) phát hành tháng 7 năm 2007 của tạp chí Revue Suise De Zoologie. Các nhà khoa học đã đặt tên loài này là Thằn lằn Phong Nha-Kẻ Bàng (danh pháp khoa học: Cyrtodactylus phongnhakebangensis). Các nhà khoa học Đức đã xây dựng một khu giới thiệu Vườn quốc gia Phong Nha-Kẻ Bàng tại Vườn thú Köln để giới thiệu sự đa dạng sinh học của vườn quốc gia này, ở đây cũng phát hiện ra loại rắn mai gầm mới. Qua một thời gian khảo sát, các nhà khoa học Đức, Nga và Việt Nam đã phát hiện thêm 10 loài mới trong vườn quốc gia này, trong đó bao gồm 5 loài rắn, 5 loài tắc kè, thằn lằn, nhiều loài trong số mới phát hiện này là động vật đặc hữu ở đây.