Tổ chức này được thành lập dưới sự hậu thuẫn và được hỗ trợ tài chính, thiết bị và nhân sự bởi nhiều bộ phận dân cư tại miền Nam Việt Nam cũng như của chính phủ và quân đội của Việt Nam Dân chủ Cộng hòa. Trước khi Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa Miền Nam Việt Nam thành lập, Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam tồn tại như một chính thể và Ủy ban Trung ương hoạt động như là một chính phủ lâm thời, đại diện cho các vùng thuộc quyền kiểm soát, quản lý các vùng do Mặt trận quản lý. Ban đầu, những người hoạt động trong lĩnh vực dân sự và chính trị Việt Minh vẫn được ở lại miền Nam để tham gia Tổng tuyển cử thống nhất đất nước được dự kiến diễn ra trong năm 1956 (Hiệp định Geneve quy định chỉ nhân viên quân sự là tập kết bắt buộc, còn cán bộ chính trị được ở nguyên tại chỗ để chuẩn bị Tổng tuyển cử). Tuy nhiên, phía chính quyền Ngô Đình Diệm tiến hành đàn áp những người Việt Minh và ủng hộ Việt Minh. Để phản kháng, các lực lượng Việt Minh tổ chức Phong trào Đồng khởi. Sau này, do yêu cầu về việc huy động rộng rãi các thành phần xã hội khác nhau và ủng hộ rộng rãi của quốc tế chống Mỹ và Việt Nam cộng hòa, thực hành "cách mạng dân tộc dân chủ nhân dân" theo chủ trương của Đảng Lao động, Mặt trận Dân tộc Giải phóng miền Nam Việt Nam được thành lập. Việc thành lập đã tạo vị thế mới cho lực lượng cách mạng ở miền Nam Việt Nam.