Harvard điều hành một số viện bảo tàng nghệ thuật, văn hóa, và khoa học. Hệ thống Viện Bảo tàng Nghệ thuật Harvard có ba viện bảo tàng. Viện Bảo tàng Arthur M. Sackler có các bộ sưu tập nghệ thuật cổ, châu Á, Hồi giáo, và Ấn Đô thời kỳ sau; Viện Bảo tàng Busch-Reisinger trưng bày nghệ thuật Trung Âu và Bắc Âu; còn Viện Bảo tàng Fogg thì trưng bày nghệ thuật Tây phương từ thời Trung cổ đến thời hiện tại, nhấn mạnh đến nghệ thuật Ý thời kỳ đầu Phục hưng, nghệ thuật Anh thời tiền-Raphael, và nghệ thuật Pháp thế kỷ XIX. Viện Bảo tàng Lịch sử Tự nhiên Harvard bao gồm Viện Bảo tàng Khoáng chất Harvard, Viện Bảo tàng Thực vật Harvard, và Viện Bảo tàng Động vật Đối chiếu. Những viện bảo tàng khác bao gồm Trung tâm Nghệ thuật Thị giác Carpenter, do Le Corbusier thiết kế, Viện Bảo tàng Khảo cổ và Nhân học Peabody chuyên về lịch sử văn hóa và văn minh Tây Bán cầu, và Viện Bảo tàng Semitic trưng bày các hiện vật khai quật được ở Trung Đông.