Các nhà nghiên cứu Nhật cũng đã phần nào khẳng định được mình qua các lần đoạt giải Nobel. Hideki Yukawa một trong những nhà khoa học ưu tú xuất thân từ Đại học Kyoto giành giải Nobel về vật lý năm 1949. Sin-Itiro Tomonaga cũng nhận vinh dự tương tự năm 1965. Nhà vật lý chất rắn Leo Esaki sau này xuất thân từ Đại học Tokyo cũng đạt được vinh quang đó năm 1973. Kenichi Fukui của Đại học Kyoto là một trong các nhà khoa học cùng chia giải Nobel hóa học năm 1981. Susumu Tonegawa, cũng trưởng thành từ Đại học Kyoto trở thành người Nhật đầu tiên từ 2007 nhận giải này với các thành tựu về sinh hóa kể từ khi lãnh vực này được phát triển năm 1987. Các nhà khoa học nghiên cứu về hóa học cũng không chịu kém khi lần lượt nhận giải vào năm 2000, 2001: Hideki Shirakawa (Viện khoa học công nghệ Tokyo) và Ryoji Noyori (Đại học Kyoto). Năm 2002 là nhà vật lý Masatoshi Koshiba (Đại học Tokyo) và hóa học gia Koichi Tanaka (Đại học Tohoku). Năm 2008, Nhật Bản có bốn nhà khoa học nhận giải Nobel gồm có Yoichiro Nambu, Makoto Kobayashi, Toshihide Maskawa và Osamu Shimomura. Nhật Bản là đất nước sở hữu nhiều khoa học gia đoạt giải Nobel nhất ở châu Á hiện nay. Không những thế, Nhật Bản cũng là quốc gia giành được nhiều giải thưởng Fields nhất châu Á, giải thưởng được xem là Nobel Toán học với 3 lần đăng quang: Kunihiko Kodaira (1954), Hironaka Heisuke (1970), Mori Shigefumi (1990).