Jackson hợp tác với George Lucas và Francis Ford Coppola trong dự án phim 3D dài 17 phút mang tên Captain EO, ra mắt vào tháng 9 năm 1986 tại Disneyland và EPCOT ở Florida; và vào tháng 3 năm 1987 tại Tokyo Disneyland. Bộ phim có kinh phí 30 triệu đô-la Mỹ này đã thu hút sự chú ý của công chúng ở cả ba công viên. Sự thu hút vẫn tiếp diễn trong thập niên 90 khi Euro Disneyland mở cửa vào năm 1992. Tất cả bốn công viên đều tiếp tục trình chiếu nó trong những năm về sau, lần cuối cùng được nhìn thấy là tại Pháp vào năm 1998. Captain EO sau đó trở lại Disneyland vào năm 2010 sau cái chết của Jackson. Vào năm 1987, Jackson tách khỏi đạo Nhân Chứng Giê-hô-va khi họ không chấp nhận video Thriller.