Tháng 12 năm 1977, Jane gặp một tay chơi đàn organ tên là Jonathan Hellyer Jones khi hát tại một dàn nhạc nhà thờ. Hellyer Jones trở nên gần gũi với gia đình Hawking, và đến giữa những năm 1980, Jones và Jane nảy nở tình cảm lãng mạn với nhau. Theo Jane, chồng bà chấp nhận hoàn cảnh đó, khẳng định rằng "ông ấy sẽ không phản đối chừng nào tôi còn tiếp tục yêu ông ta." Jane và Hellyer Jones quyết định không phá vỡ gia đình và mối quan hệ của họ vẫn giữ trong sáng trong một thời gian dài.