Chính quyền Cách mạng khi đó cũng đồng thời tách xã Mỹ Trà và các vùng lân cận để thành lập thị xã Cao Lãnh thuộc tỉnh Kiến Phong. Như vậy, lúc bấy giờ thị xã Cao Lãnh và huyện Cao Lãnh cùng là hai đơn vị hành chính cấp huyện ngang bằng nhau. Sau đó, chính quyền Cách mạng cũng cho thành lập thêm huyện Kiến Văn, huyện Mỹ An và huyện Thanh Bình như phía chính quyền Việt Nam Cộng hòa. Tỉnh Kiến Phong khi đó gồm các đơn vị hành chính trực thuộc: thị xã Cao Lãnh, huyện Cao Lãnh, huyện Mỹ An (ngày nay là huyện Tháp Mười), huyện Kiến Văn, huyện Thanh Bình, huyện Hồng Ngự. Tháng 12 năm 1965 tỉnh Kiến Phong nhận thêm huyện Chợ Mới từ tỉnh An Giang (trước năm 1956 thuộc tỉnh Long Xuyên).