Sau khi bình định thiên hạ, Minh Thái Tổ đại phong công thần, song do tính cách đa nghi nên ông có nghi kị với những công thần này. Minh Thái Tổ dựa vào đại án Hồ Duy Dung và Lam Ngọc, gần như đem toàn bộ công thần diệt trừ. Thừa tướng Hồ Duy Dung rất được Chu Nguyên Chương sủng tín, song ngày càng hống hách, tấu chương đại sự trong triều trước tiên phải qua tay ông. Năm 1380, Minh Thái Tổ lấy tội danh chuyên quyền làm càn để giết Hồ Duy Dung cùng những người khác như Ngự sử đại phu Trần Ninh. Năm 1390, có người tố cáo Lý Thiện Trường và Hồ Duy Dung có quan hệ mật thiết, Lý Thiện Trường do đó bị ban chết. Tổng cộng, số người liên lụy là hơn ba vạn người, sử xưng "Hồ Duy Dung án". Sau đó, Minh Thái Tổ lấy tội danh ngông cuồng hống hách để giết Đại tướng quân Lam Ngọc, hơn một vạn năm nghìn người mất mạng trong tru di diệt tộc, sử xưng "Lam Ngọc án". Cùng với Không ấn án và Quách Hoài án, gọi chung là Minh sơ tứ đại án. Đến lúc này, ngoại trừ Thang Hòa và Cảnh Bỉnh Văn, gần như toàn bộ công thần đã bị giết. Minh Thái Tổ thông qua một loạt phương thức như đả kích công thần, cho đặc vụ đi giám thị mà tăng cường hoàng quyền, khiến trình độ chuyên chế của hoàng đế triều Minh vượt trên các triều đại trước đó tại Trung Quốc.