Khu vực Thành phố Hồ Chí Minh có 4 cảng biển chính: Sài Gòn, Bến Nghé, Nhà Bè, Tân Cảng cùng các cảng sông Bình Đông, Tân Thuận, Tôn Thất Thuyết, Bình Lợi, Bình Phước... Cảng Sài Gòn là một trong những cảng lớn nhất Việt Nam, chiếm 25% trong tổng khối lượng hàng hóa thông qua các cảng biển cả nước. Cảng Bến Nghé nằm phía hạ lưu sông Sài Gòn, rộng 32 ha, tổng chiều dài cầu cảng 528 m, có thể cho tàu có tải trọng từ 15.000 - 20.000 tấn cập bến. Tuy năng lực của các cảng của Thành phố Hồ Chí Minh lớn nhưng việc chuyển tiếp giữa giao thông đường bộ, đường biển và đường sông gặp khó khăn. Tại hầu hết các cảng đường sông, do thiết bị thiếu, vẫn phải bốc dỡ thủ công.