Hiến pháp Mali cung cấp một nền tảng cho một nền tư pháp độc lập, nhưng ngành hành pháp vẫn còn có tác động đến ngành tư pháp thông qua việc bổ nhiệm các thẩm phán và giám sát cả hai chức năng tư pháp và thực thi pháp luật. Các tòa án bậc cao của Mali bao gồm Tòa án Tối cao, vốn nắm cả quyền tư pháp và quản lý hành chính, và Tòa án Hiến pháp riêng biệt có trách nhiệm kiểm tra mặt tư pháp của các đạo luật và phục vụ như là cơ quan phân xử trong các tranh chấp bầu cử. Các tòa án cấp thấp của Mali vẫn tồn tại, mặc dù các trưởng thôn và trưởng lão trong làng là những người giải quyết phần lớn các tranh chấp ở vùng nông thôn.