Ngoài các đảo đá ven bờ, Khánh Hoà còn có các đảo san hô ở huyện đảo Trường Sa, với khoảng 100 đảo bãi cạn, bãi ngầm rải rác trên một diện tích từ 160 đến 180 ngàn km², trong đó có từ 23 đến 25 đảo, bãi cạn nổi thường xuyên, với tổng diện tích 10 km². Đảo lớn nhất trong quần đảo Trường Sa là Ba Bình chỉ rộng 0,65 km². Bãi lớn nhất là bãi Thuyền Chài, dài 30 km; rộng 5 km (ngập nước khi triều lên). Địa hình trên bề mặt các đảo rất đơn giản, chỉ là những mõm đá, vách đá vôi san hô, cao vài ba mét.