Ngày 31 tháng 7 năm 2006, Fidel Castro xin thôi các chức vụ Chủ tịch Hội đồng nhà nước, Chủ tịch Hội đồng bộ trưởng, Tổng bí thư Đảng Cộng sản Cuba và chức vụ Tổng tư lệnh các lực lượng vũ trang. Quốc hội Cuba bầu em trai và cũng là người bạn chiến đấu của ông là Phó chủ tịch thứ nhất, Raúl Castro, đảm nhiệm các vụ này. Cuộc chuyển giao quyền lực này đã được miêu tả là tạm thời để Castro hồi phục từ cuộc phẫu thuật sau khi phải chịu một cơn "bệnh đường ruột cấp tính gây chảy máu". Fidel Castro quá ốm yếu để tham dự buổi lễ toàn quốc lần thứ 50 kỉ niệm thời điểm con tàu Granma cập đất liền ngày 2 tháng 12 năm 2006, khiến có những đồn đoán cho rằng Castro bị ung thư dạ dày, dù Bác sĩ Tây Ban Nha García Sabrido, sau một cuộc khám xét ngày Giáng sinh, đã nói rằng tình trạng ốm yếu của ông là một vấn đề về tiêu hóa và không phải ung thư giai đoạn cuối.