Cho đến nay người ta vẫn chưa chắc chắn về xuất xứ và thời gian xuất hiện của những cư dân đầu tiên trên quần đảo Nhật Bản. Tuy nhiên, hầu hết các học giả đều cho rằng người Nhật đã có mặt tại quần đảo từ xa xưa và định cư liên tục từ đó cho đến thời nay. Những phát hiện trong nghiên cứu cổ vật, xương đã củng cố thêm sự nghi ngờ đối với thuyết trước kia cho rằng người Nhật là con cháu của những người xâm chiếm đến sau "thổ dân" Ainu và đã đẩy bộ tộc này ra khỏi quần đảo. Ngày nay, người ta tin rằng tổ tiên của người Nhật là những người đã làm nên đồ gốm mang tên Jomon. Những người này được biết là đã có mặt trên quần đảo ít nhất từ năm 5000 TCN, sau đó theo thời gian, pha trộn với các giống người khác, phát triển qua lịch sử thành dân tộc Nhật Bản ngày nay.