Với tốc độ gia tăng dân số quá nhanh, cơ sở hạ tầng chưa kịp quy hoạch nâng cấp tổng thể, ý thức một số người dân lại quá kém trong nhận thức và bảo vệ môi trường chung... Vì vậy, Thành phố Hồ Chí Minh hiện nay đang phải đối mặt với vấn đề ô nhiễm môi trường rất lớn. Hiện trạng nước thải không được xử lý đổ thẳng vào hệ thống sông ngòi còn rất phổ biến. Nhiều cơ sở sản xuất, bệnh viện và cơ sở y tế chưa có hệ thống xử lý nước thải là một thực trạng đáng báo động. Tại cụm công nghiệp Tham Lương, nguồn nước bị nhiễm bẩn bởi chất thải công nghiệp với tổng lượng nước thải ước tính 500.000 m³/ngày. Sông Sài Gòn, mức độ ô nhiễm vi sinh chủ yếu do hoạt động nuôi trồng thủy sản gây ra vượt tiêu chuẩn cho phép đến 220 lần. Cho tới năm 2008, vẫn chưa có giải pháp cụ thể nào để chấm dứt tình trạng ô nhiễm này.