Về mặt pháp lý Mặt trận hoàn toàn độc lập với các tổ chức chính trị ở miền Bắc tuy nhiên cả Mặt trận và chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa, sau này có thêm Chính phủ Cách mạng lâm thời Cộng hòa miền Nam Việt Nam đều không phủ nhận sự tương đồng về chính trị cũng như mục tiêu giải phóng dân tộc, thống nhất đất nước. Bên cạnh đó, những người Cộng sản ở miền Nam cũng thành lập Đảng Nhân dân cách mạng Việt Nam để hoạt động công khai và ngăn cản sự đàn áp của chính quyền Sài Gòn. Đảng này cũng là thành viên của Mặt trận. Trung ương Cục Miền Nam với tiền thân là Xứ ủy Nam Kỳ trở thành tổ chức đại diện Đảng Lao động trong Nam (do Hiệp định Genève không bắt buộc tập kết chính trị nên lực lượng chính trị này vẫn được ở lại miền Nam). Do sự đàn áp của chính quyền Ngô Đình Diệm, Trung ương Cục hoạt động công khai nhưng phải chịu sự đàn áp của chính quyền Ngô Đình Diệm. Việt Nam Dân chủ Cộng hòa đặt đại diện tại căn cứ địa của Mặt trận (và Chính phủ cách mạng lâm thời sau này), và Mặt trận (Chính phủ cách mạng lâm thời) đặt đại diện tại Hà Nội.