Tình trạng ngập lụt trong trung tâm thành phố đang ở mức báo động cao, xảy ra cả trong mùa khô. Diện tích khu vực ngập lụt khoảng 140 km² với 85% điểm ngập nước nằm ở khu vực trung tâm thành phố. Thiệt hại do ngập nước gây ra ước tính 8 tỷ đồng mỗi năm. Nguyên nhân là do hệ thống cống thoát nước được xây cách đây 50 năm đã xuống cấp. Ngoài ra, việc xây dựng các khu công nghiệp và đô thị ở khu vực phía nam – khu vực thoát nước của thành phố này đã làm cho tình hình ngập càng nghiêm trọng hơn. Việc thoát nước ở Sài Gòn vốn dựa vào hệ thống sông và kênh, rạch tự nhiên nhưng khoảng 30% diện tích kênh rạch đã bị chính quyền thành phố ra lệnh lấp. Theo một nghiên cứu của Viện Khoa Học Thủy Lợi miền Nam thì chỉ trong 12 năm từ 1996 đến 2008, tại Sài Gòn đã có hơn 100 kênh, rạch với tổng diện tích khoảng 4000 hecta bị người dân lấp và bị lấn chiếm. Thậm chí, các con kênh thoát nước cho sân bay quốc tế Tân Sơn Nhất cũng bị lấn chiếm với nhiều hình thức, các hộ dân xây lấn ra làm hẹp lòng mương, cùng với việc xả rác thải vào đó nên lưu lượng các con kênh này bị giảm đi Ngoài ra, sai lầm của chính quyền trong việc quy hoạch cũng khiến cho tình trạng ngập lụt thành phố Hồ Chí Minh trở nên nghiêm trọng.