Putin được Tổng thống Yeltsin chỉ định làm chủ tịch (predsedatel, hay thủ tướng) Chính phủ Liên bang Nga vào tháng 8 năm 1999, khiến ông trở thành thủ tướng thứ năm của nước Nga trong khoảng thời gian chưa đầy mười tám tháng. Khi được chỉ định, rất ít người tin rằng Putin, một khuôn mặt rõ ràng ít tiếng tăm, có thể giữ ghế lâu hơn so với những người tiền nhiệm. Những đối thủ chính và có thể là người kế nhiệm của Yeltsin như Thị trưởng Moskva Yuriy Mikhaylovich Luzhkov và cựu Thủ tướng Nga Yevgeniy Maksimovich Primakov đã tiến hành các chiến dịch vận động nhằm thay thế vị tổng thống già yếu, đã có phản ứng mạnh mẽ nhằm ngăn cản Putin xuất hiện với tư cách một đối thủ tiềm năng. Hình ảnh một nhân viên ngành an ninh tiếp cận và xử lý vấn đề khủng hoảng Chechnya (xem bên dưới) một cách cứng rắn của Putin đã nhanh chóng lôi cuốn sự ủng hộ của dân chúng, cho phép ông dần vượt xa các đối thủ. Trong khi chính thức không liên kết với một đảng nào, Putin lại nhận được sự ủng hộ của phe Edinstvo (thống nhất) mới thành lập và hiện chiếm đa số trong cuộc bầu cử Duma tháng 12 năm 1999. Putin được tái chỉ định làm Thủ tướng chính phủ và dường như đang ở vị trí thuận lợi nhất cho cuộc bầu cử tổng thống trong mùa hè sau đó. Quá trình thăng tiến của ông tới chức vụ cao nhất nước Nga thậm chí còn nhanh chóng hơn: ngày 31 tháng 12 năm 1999, Yeltsin bất ngờ từ chức, và theo hiến pháp, Putin được chỉ định làm tổng thống (tạm quyền), trở thành vị tổng thống thứ hai của nhà nước Liên bang Nga. Cuộc bầu cử tổng thống được tổ chức ngày 26 tháng 3 năm 2000, trong đó Putin đã thắng cử ngay từ vòng đầu tiên. Sau này Putin đã trao cho vị cựu tổng thống và gia đình của ông quyền hoàn toàn miễn trừ truy tố (thông qua nghị định tổng thống). Ngay trước đó, Yeltsin và gia đình mình đang bị các cơ quan chức năng Nga và Thụy Sĩ đặt nghi vấn về các trách nhiệm liên quan tới những vụ chuyển tiền bất hợp pháp.