Charles W. Eliot, làm viện trưởng giai đoạn 1869–1909, đã loại trừ khỏi chương trình học vị trí được ưu ái của Ki-tô giáo trong khi cho phép sinh viên tự chủ động. Mặc dù Eliot là nhân vật chủ chốt nhất trong việc thế tục hóa nền giáo dục đại học Hoa Kỳ, ông hành động không phải vì mong muốn thế tục hóa giáo dục mà vì những niềm tin theo trường phái Nhất thể Tiên nghiệm (Transcendentalist Unitarian). Bắt nguồn từ William Ellery Channing và Ralph Waldo Emerson, những niềm tin này tập trung vào phẩm cách và giá trị của bản chất con người, quyền và khả năng của mỗi người trong việc tiếp nhận sự thật, và thần tính nằm trong mỗi người.