Ở vườn quốc gia này có một khu vực rừng bách xanh được phân bổ trên đỉnh núi đá vôi có diện tích khoảng trên 5000 ha, có khoảng 2500 cây với mật độ 600 cây/ha. Các cây bách xanh ở vườn quốc gia Phong Nha-Kẻ Bàng có tuổi 500-600 năm. Bởi hiện trên thế giới chỉ có 3 loài bách xanh đã được nhận diện. Đây là quần thể bách xanh núi đá (Calocedrus rupestris) lớn nhất Việt Nam. Loài bách xanh này nằm trong nhóm 2A theo quy định tại công văn số 3399/VPCP-NN (ngày 21 tháng 6 năm 2002) đính chính cho nghị định 48 của Chính phủ, thuộc nhóm quý hiếm, hạn chế khai thác.