Ngày 19 tháng 11 năm 1493, Christopher Columbus trong chuyến thám hiểm lần thứ hai của mình đã phát hiện ra đảo Puerto Rico. Lúc này, cư dân của hòn đảo là những người da đỏ châu Mỹ thuộc nền văn hóa Taino và họ gọi hòn đảo của mình là "Borikén", hay trong tiếng Tây Ban Nha là "Boriquen". Columbus đã đặt cái tên mới cho hòn đảo là San Juan Bautista để tưởng niệm thánh John Baptist. Sau đó, hòn đảo được đổi tiên thành Puerto Rico còn San Juan thì trở thành tên thủ phủ của hòn đảo. Năm 1508, Juan Ponce de Leon trở thành thống đốc đầu tiên của đảo Puerto Rico.