Cũng trong tháng 3 năm 1793, nội chiến Vendée chống Paris bắt đầu; khởi nghĩa cũng được nung nấu tại những nơi khác của Pháp. Mối thù phe phái trong Công hội Quốc dân đạt đến đỉnh điểm khi nhóm 'Gironde' vào ngày 2 tháng 6 năm 1793 bị buộc phải từ chức và rời khỏi Công hội. Khởi nghĩa phản cách mạng đến tháng 7 mở rộng đến Bretagne, Normandie, Bordeaux, Marseilles, Toulon, Lyon. Chính phủ tại Paris từ tháng 10 đến tháng 12 năm 1793 phải sử dụng các biện pháp tàn bạo để khuất phục hầu hết các cuộc khởi nghĩa nội bộ, tổn thất hàng chục nghìn sinh mạng. Một số sử gia nhận định nội chiến kéo dài đến năm 1796 với tổng tổn thất nhân mạng có lẽ là 450.000. Đến tháng 2 năm 1794, Pháp bãi bỏ chế độ nô lệ trong các thuộc địa của họ tại châu Mỹ, song sau đó áp dụng lại.