Sau khi tức vị, Minh Mục Tông trước sau tín nhiệm trọng dụng các danh thần như Từ Giai, Cao Củng và Trương Cư Chính. Năm 1567, cựu thần từ thời Minh Thế Tông là Từ Giai khích động triều quan buộc tội Cao Củng, buộc Cao Củng từ quan hồi hương. Cao Củng không cam tâm, năm sau khích động triều quan buộc tội Từ Giai, Từ Giai bị buộc chính thức thoái hưu. Chính vụ thực tế trong triều dần rơi vào tay Trương Cư Chính. Những năm cuối Long Khánh, Cao Củng hồi triều, nhậm chức đại học sĩ đứng đầu nội các. Tướng lĩnh triều Minh và thủ lĩnh Thát Đát là Yêm Đáp Hãn đạt thành hòa nghị, sử xưng Yêm Đáp phong cống. Về hàng hải, triều đình mở cửa mậu dịch dân gian, sử xưng Long Khánh khai quan. Do thi hành hai điều này cùng các cải cách khác, triều Minh bắt đầu tiến vào thời kỳ Trung hưng, sử xưng Long Khánh tân chính. Năm 1572, Minh Mục Tông đột nhiên từ trần, Hoàng thái tử Chu Dực Quân kế vị khi mới gần 9 tuổi, tức Minh Thần Tông, niên hiệu Vạn Lịch..