Giáo hoàng Gioan Phaolô II cũng bị chỉ trích trong việc phản ứng chậm chạp trước các vụ án xâm hại tình dục trong giới chức sắc Công giáo. Trước các cáo buộc này, Giáo hoàng đã lên tiếng trấn an: "Sẽ không có bất cứ chỗ nào trong hàng ngũ giáo sĩ cũng như religious life dành cho những kẻ đã xâm hại giới trẻ".[cần dẫn nguồn] Sau đó Giáo hội đã thực thi những cải cách trong hàng ngũ giáo phẩm của mình nhằm ngăn chặn tệ đoan xâm hại tình dục trong tương lai, tỉ như yêu cầu tra xét kỹ lưỡng thân thế các chức sắc trong giáo hội khi tuyển dụng[cần dẫn nguồn] và, vì phần lớn các nạn nhân là trẻ em trai vị thành niên, những nam chức sắc có thiên hướng hoạt tình dục đồng giới biểu lộ sâu sắc sẽ bị cấm được thụ phong.[cần dẫn nguồn] Đồng thời các giáo khu dính líu tới những cáo buộc sẽ phải báo cáo chính quyền sở tại và tổ chức các cuộc điều tra nhằm loại bỏ những người phạm tội ra khỏi hàng ngũ chức sắc. Năm 2008, Giáo hội thừa nhận các bê bối tình dục này là vấn đề cực kì nghiêm trọng như cho rằng những người phạm tội theo ước tính chỉ không quá một phần trăm trong tổng số 500.000 chức sắc Công giáo trên toàn thế giới.[cần dẫn nguồn]