Ngay trong ngày nổ ra chiến tranh, 28/6/1950, tổng thống Lý Thừa Vãn của Nam Triều Tiên ra lệnh tử hình toàn bộ tù nhân chính trị, bao gồm cả những người bất đồng chính kiến với Lý Thừa Vãn. Họ bị gom hết vào tội danh "ủng hộ Cộng sản" (dù thực tế phần lớn số này không phải là đảng viên Cộng sản mà chỉ tỏ ra chống đối chế độ Lý Thừa Vãn). Đầu tiên là tại trại tù ở đảo Jeju cực nam Hàn Quốc, nơi các tù chính trị phạm được chia làm bốn loại là A, B, C, D, tù chính trị phạm thuộc nhóm C, D bị xử bắn lập tức theo lệnh "Hành hình toàn bộ các tù nhân thuộc nhóm C,D bằng cách xử bắn không muộn hơn ngày 6 tháng 9 (năm 1950)" của Lý Thừa Vãn. Trên quy mô toàn quốc, tất cả tù chính trị, nghi can có liên hệ với Đảng Lao động Triều Tiên trên toàn quốc, đặc biệt tại trại cải tạo Bodo League (보도연맹 사건), bị tử hình lập tức bằng mọi cách mà không có bất kì phiên tòa, phiên xét xử nào.Tù nhân bị xử bắn tập thể, hầu hết bị tống xuống hố chôn tập thể, một số bị dùng báng súng đập chết hoặc bị quăng xuống biển. Nhiều đối thủ chính trị, gia đình các tù Cộng sản, chính trị phạm bao gồm cả trẻ em cũng bị đưa vào danh sách tử hình, bản án được các binh sĩ Hàn Quốc thực thi triệt để. Gregory Henderson, một nhà ngoại giao Hoa Kỳ tại Triều Tiên vào thời điểm đó, đưa ra con số tổng cộng là 100.000 người đã bị Nam Triều Tiên hành quyết, và xác chết của những người này bị quăng vào các hố chôn tập thể.