Bị Việt Quốc làm lu mờ và ngày càng mất đoàn kết, tháng 3/1946, Việt Cách tự chia rẽ. Một số thành viên tập trung bảo vệ các thị xã phía Bắc Hà Nội, những người khác gia nhập Việt Quốc, số còn lại gia nhập Việt Minh. Việt Cách có thể đã tổ chức một số cuộc tấn công vào lính Pháp tại Hải Phòng vào tháng 4/1946. Cuối tháng 4/1946, Pháp khai quật được 12 thi hài tại tầng hầm trụ sở cũ của Việt Cách tại Hà Nội trong đó có 2 công dân Pháp mất tích ngày 24/12/1945. Cuối tháng 5/1946, thành viên Việt Cách Hồ Đắc Thành tham gia Mặt trận Liên Việt. Các thành viên Việt Cách ở Quảng Yên và Móng Cái đã rút qua Trung Quốc vào giữa tháng 6/1946. Cuối tháng 10/1946, báo Đồng Minh của Bồ Xuân Luật đưa tin về cuộc họp của một số chi bộ còn lại của Việt Cách và việc một số thành viên Việt Cách tham gia kỳ họp thứ hai của quốc hội. Công an thu được một số tài liệu của Việt Cách và triệu tập các thành viên Việt Cách tới thẩm vấn. Một số thành viên Việt Cách bị bắt giam hoặc rời sang Trung Quốc, một số thành viên khác thì hợp tác với Việt Minh để xây dựng một hình ảnh mặt trận quốc gia liên hiệp kháng chiến giữa các đảng phái., ví dụ như Bồ Xuân Luật (nguyên là đảng viên của Việt Cách) được giữ chức Quốc vụ khanh trong chính phủ mới.