Genom analizi nədir?
Bir orqanizmin genome ardıcıllığı orqanizmdəki hər bir xromosomun kollektiv DNT ardıcıllığı daxildir.Bir xromosomu olan bir bakteriya üçün genom bir layihə bu xromosomun ardıcıllığını xəritələşdirməyi hədəfləyir.Genomu daxil olan 22 cüt avtosom və 2 seks xromosomu olan insan növləri üçün, tam genome ardıcıllığı 46 ayrı xromosom ardıcıllığı olacaqdır.

İnsan Genomu Layihəsi, genom bir layihənin tanınmış bir nümunəsidir.

Genom Məclisi çox sayda qısa DNT ardıcıllığı almaq və DNT-nin yarandığı orijinal xromosomların nümayəndəliyi yaratmaq üçün onları yenidən yığmaq üçün izləyir.Bir ov tüfəngi ardıcıllığı layihəsində, bir mənbədən olan bütün DNT (ümumiyyətlə bir orqanizm, bir bakteriyadan bir məməliyə bir şey) milyonlarla kiçik parçaya çevrilir.Bundan sonra bu parçalar avtomatlaşdırılmış ardıcıllıq maşınları ilə "Oxu".Genom bir məclis alqoritmi bütün parçaları götürərək və bir-birinə uyğunlaşdırmaq və qısa ardıcıllığın ikisinin ikiyə uyğunlaşdırılması və ya oxunması, üst-üstə düşən bütün yerləri aşkar edir.Bu üst-üstə düşən oxunan birləşdirilə bilər və proses davam edir.

Genom Məclisi çox çətin hesablama problemidir, çünki bir çox genomlarda təkrarlanan kimi tanınan çox sayda eyni ardıcıllıqla çox sayda var.Bu təkrarlananlar minlərlə nukleotid ola bilər və müxtəlif yerlərdə, xüsusən də bitki və heyvanların geniş genomlarında olur.

Nəticədə yaranan (qaralama) genom ardıcıllığı məlumatların ardıcıllıqla tərkib hissələrini birləşdirərək, sonra iskala yaratmaq üçün birləşdirən məlumatların işləməsi ilə istehsal olunur.İskeller "qızıl yol" yaradan xromosomların fiziki xəritəsi boyunca yerləşdirilmişdir.

Əvvəlcə ən genişmiqyaslı DNT ardıcıllıq mərkəzləri istehsal etdikləri ardıcıllığı toplamaq üçün öz proqramlarını hazırladılar.Bununla birlikdə, proqram daha mürəkkəb böyüdükcə və ardıcıllıq mərkəzlərinin sayı artdıqca bu dəyişdi.BGI tərəfindən BGI tərəfindən BGI tərəfindən hazırlanmış, insan ölçülü genomların, hizalanma, snp aşkarlanması, azaldılması, indel tapılması və struktur dəyişmə analizi üçün BGI tərəfindən hazırlanmış bu cür montajçı qısa oligonukleotid analizi.

1980-ci illərdən bəri, molekulyar biologiya və bioinformatika DNT annotasiyasına ehtiyac yaratdı.DNA annotasiyası və ya genom annotasiyası, bioloji məlumatların ardıcıllıqla bağlanması və xüsusilə genlərin yerlərini müəyyənləşdirilməsi və bu genlərin nə etdiyini müəyyənləşdirmək üçün.

Genomu ardıcıllıqla aradan qaldırarkən, ardıcıllıqla çətin olan bölgələr var (tez-tez yüksək təkrarlanan DNT ilə bölgələr).Beləliklə, 'Tamamlanmış' Genome ardıcıllığı nadir hallarda heç vaxt tamdır və 'iş layihəsi' və ya 'mahiyyətcə tam' kimi şərtlər belə genom layihələrin vəziyyətini daha dəqiq təsvir etmək üçün istifadə edilmişdir.Genom bir ardıcıllıqla hər hansı bir əsas cütü müəyyən edildikdə, DNT ardıcıllığı tamamilə dəqiq bir proses olmadığına görə səhvlər olma ehtimalı var.Tamamilə genome bir layihənin mitokondriya və (bitkilər üçün) xloroplastların ardıcıllığını, bu orqanellələrin öz genomları olduğu üçün bir genom layihəsinin ardıcıllığını da daxil etməli ola bilər.

Tez-tez bir genome ardıcıllığının məqsədi bu xüsusi genome ardıcıllığında genlər dəsti haqqında məlumat əldə etməkdir.Genmələr üçün kodlaşdıran bir genomun nisbəti çox kiçik ola bilər (xüsusən də insanlar kimi eukaryotes-də, kodlaşdırma DNT-nin yalnız bütün ardıcıllığın bir neçə faizini təşkil edə biləcəyi).Bununla birlikdə, kodlaşdırma bölgələrini ayrıca ardıcıllıqla etmək həmişə mümkün deyil (və ya arzu olunan).Ayrıca, elm adamları bu qeyri-kodlaşdırılmayan DNT-nin rolu haqqında daha çox məlumatı (tez-tez Junk DNT adlanır), hər hansı bir orqanizmin genetika və biologiyasını başa düşmək üçün bir fon kimi tam bir genom ardıcıllığının olması daha vacib olacaqdır.

Bir çox cəhətdən genom layihələri yalnız bir orqanizmin bir DNT ardıcıllığını təyin etmək üçün özlərini məhdudlaşdırmır.Bu cür layihələrə gen biçənlərin harada olduğunu və bu genlərin nə etdiyini bilmək üçün gen proqnozunu da daxil edə bilər.Genlərin əslində harada olduğunu öyrənməyə kömək etmək üçün ardıcıllıqlar və ya MRNAS-lar üçün əlaqəli layihələr də ola bilər.