Para o desempenho das suas funções e cumprir a destinação constitucional da Força, o Comandante da Marinha tem abaixo de si na hierarquia série de órgãos de assistência direta e imediata, compostos pelos Centro de Comunicação Social da Marinha, Centro de Controle Interno da Marinha, Centro de Inteligência da Marinha, Escola de Inteligência da Marinha, Gabinete do Comandante da Marinha, Procuradoria Especial da Marinha e Secretaria da Comissão Interministerial para os Recursos do Mar.