Alguns governos argumentaram que o órgão havia duplicado o trabalho do Fórum Permanente sobre Questões Indígenas da Organização das Nações Unidas (UNPFII) e que deveria ser descontinuado, enquanto os povos indígenas e as organizações não governamentais apontaram que o UNPFII não era um órgão de direitos humanos e que o Grupo de Trabalho era o único órgão dentro do sistema das Nações Unidas que lidava especificamente com a criação dos padrões relativos aos direitos humanos dos povos indígenas.