Foi jogador do Benfica (onde em 2004 apontou 1 dos golos da vitória encarnada na final da Taça de Portugal frente ao campeão europeu de clubes daquela época F.C. Porto, orientado por José Mourinho) fez carreira no Panionios, e no Panathinaikos, e foi campeão europeu na Euro 2004, em Portugal, Fyssas atualmente trabalha na Federação Grega de Futebol.