A maioria dos indivíduos com iniencefalia têm outras anomalias associadas, tais como anencefalia (defeito do tubo neural que ocorre quando a cabeça não consegue se fechar), cefalose (um transtorno no qual parte do conteúdo cranial se sobressai do crânio), hidrocefalia, ciclopia, ausência da mandíbula, lábio leporino e palato fendido, transtornos cardiovasculares, hérnias do diafragma e malformações gastrointestinais.