Dizem que o programa é "nada mais do que um plano designado para manter a frota baleeira no negócio, e a necessidade de usar baleias como bode expiatório da sobrepesca efectuada pelos humanos." A qualidade científica da pesquisa obtida sob a alçada do programa de pesquisa científica tem sido criticada como sendo muito pobre; na reunião de 2001 da Comissão, 32 cientistas submeteram um documento expressando a sua crença de que o programa japonês carecia de rigor cintífico e que não atingiria os padrões mínimos de revisão académica que são globalmente usados no mundo científico.