

Em 1806, depois que os Bourbons tiveram que fugir novamente de Nápoles para Palermo devido à invasão francesa, Francisco foi nomeado regente pelo pai e não quis segui-lo até a Sicília; pelo contrário, ele tentou em vão organizar uma revolta popular em Basilicata e Calábria, até ter que abandonar a ilha com o restante das forças realistas.