Um procedimento típico inclui as seguintes etapas:

 Formação de ligações cruzadas reversíveis entre DNA e proteínas interagindo com ele
 Isolamento de DNA e clivagem em fragmentos por ultra-sonografia ou endonucleases
 Precipitação por anticorpos específicos contra a proteína de interesse
 Destruição de ligações cruzadas entre proteína e DNA, purificação de DNA

Como resultado, é possível identificar especificamente os fragmentos de DNA com os quais a proteína em estudo estava ligada.