O jogador pode substituir cartas do deck por cartas do side-deck antes da partida começar, de acordo a estratégia adotada pelo oponente, ao incluir cartas do side-deck no deck, a mesma quantidade de cartas deve ser retirada do deck e colocada no side-deck, assim ambos (deck e side-deck) terão sempre a mesma quantidade de cartas de quando foram inscritos no torneio, não beneficiando ou prejudicando o jogador.