Enviado para a zona de fronteira, aí participou no massacre dos índios pomos em Clear Lake (Califórnia) em 1850 no chamado "Bloody Island Massacre Depois de ser enviado para Fort Riley, Kansas, Lyon tornou-se um acérrimo abolicionista e republicano (com laços com proeminentes republicanos radicais), enquanto servia nos conflitos fronteiriços entre Kansas e Missouri, o "Bleeding Kansas.