

Existem 4 departamentos:
 Departamento de Antropologia Cultural
 Etnografia
 Arqueologia e Pré-história
 Linguística e Etnomusicologia
 Antropologia  e etno-história
 Departamento de Geologia e Mineralogia
 Geologia Geral
 Mineralogia e Petrografia
 Cartografia e Interpretação de foto
 Física e Química mineral

 Departamento de Zoologia
 Vertebrados (Ornitologia, Ictiologia, Herpetologia, Osteologia e Mamífero)
 Entomologia
 Invertebrados não insetos

 Departamento de História e Serviços Científicos Gerais
 História do período colonial
 História Contemporânea
 Agricultura e Economia Florestal (Geomorfologia, Laboratório de Biologia da Madeira)

Controvérsias 
Há controvérsias em torno do museu.