Em 1548, junto com seu confessor Persiano Rossa, Filipe fundou a Confraria da Santíssima Trindade de Peregrinos e Convalescentes, cujo objetivo principal era atender às necessidades dos milhares de peregrinos pobres que se reuniram em Roma, especialmente nos anos do jubileu, e também para aliviar os pacientes que receberam alta dos hospitais, mas que ainda eram fracos demais para o trabalho.