

O crescente aumento da ameaça de terrorismo fez o Departamento da Marinha mudar de atitude frente ao que pode acontecer no século 21, após  o bombardeio do USS Cole DDG-67 no Iêmen e os ataques de 11 de setembro de 2001, liderado pelo NCIS para transformar o o ATAC' em MTAC em 2002

Agentes do NCIS foram os primeiros agentes de aplicação da lei na cena do bombardeio do USS Cole, o bombardeio ao USS Limburg  e o ataque terrorista em Mombaça, Quênia.