No entanto, a descoberta da Operação Puerto e o facto de que a Policia civil tivesse identificado a Mancebo como um dos clientes da rede de doping dirigida pelo doutor Eufemiano Fontes motivou que Mancebo fora afastado da equipa um dia antes do início da ronda rainha, ao igual que outros favoritos como Jan Ullrich (T-Mobile) e Ivan Basso (CSC).