Na chegada, Nyiszli se tornou voluntário para trabalhar como médico, e foi mandado para trabalhar no barracão 12, onde ele operava e tentava ajudar os pacientes com os aparatos e ferramentas médicas disponíveis, que eram as mínimas.ele estava sob a supervisão de Josef Mengele, um oficial da SS e médico, que decidiu, após observar as habilidades de Nyiszli, transferi-lo para um local no qual era mais fácil realizar as autopsias e também outras cirurgias.