O Exército da Estônia é constituído de onze batalhões divididos em unidades:

Batalhão de Infantaria Independente Kuperjanov
Batalhão de Infantaria Independente de Pärnu
Batalhão de Infantaria Independente de Viru
Batalhão de Batedores
Batalhão de Guarda Independente
Grupo de Artilharia
Batalhão de Defesa Aérea
Batalhão de Sinalização Independente
Batalhão (Apoio) de Intendência
Batalhão de Engenharia
Centro de Operações de Paz

Marinha (Merevägi) 

