Os serviços prestados pelo Hospital de Santa Maria distribuem-se pelas seguintes áreas:

Departamento de Cirurgia Vascular e Endovascular
 Serviço de Cirurgia Vascular I
 Serviço de Cirurgia Vascular II
Departamento de Medicina
 Serviço de Dermatologia
 Serviço de Doenças Infecciosas
 Serviço de Endocrinologia, Diabetes e Metabolismo
 Serviço de Gastrenterologia e Hepatologia
 Serviço de Imuno-Alergologia
 Serviço de Medicina I
 Serviço de Medicina II
 Serviço de Medicina III
 Serviço de Nefrologia e Transplantação Renal
 Serviço de Reumatologia
Departamento de Cirurgia
 Serviço de Cirurgia I
 Serviço de Cirurgia II
 Serviço de Cirurgia Plástica
 Serviço de Estomatologia
 Serviço de Ortopedia
 Serviço de Transplantação
 Serviço de Urologia
 Bloco Operatório Central
 Central de Esterilização
 Cirurgia de Ambulatório
 Cirurgia Experimental
Departamento da Criança e da Família
 Serviço de Cirurgia Pediátrica
 Serviço de Genética
 Serviço de Neonatologia
 Serviço de Pediatria
Departamento de Obstetrícia, Ginecologia e Medicina da Reprodução
 Serviço de Ginecologia
 Serviço de Obstetrícia
Departamento de Neurociências
 Serviço de Neurocirurgia
 Serviço de Neurologia
 Serviço de Oftalmologia
 Serviço de Psiquiatria e Saúde Mental
Departamento de Métodos Complementares de Diagnóstico
 Serviço de Anatomia Patológica
 Serviço de Imagiologia Geral I
 Serviço de Imagiologia Geral II
 Serviço de Imagiologia Neurológica
 Serviço de Imuno-Hemoterapia
 Serviço de Medicina Física e de Reabilitação
 Serviço de Patologia Clínica
Departamento de Oncologia
 Serviço de Hematologia e Transplantação de Medula
 Serviço de Oncologia Médica
 Serviço de Radioterapia
Departamento de Otorrinolaringologia, Voz e Perturbações da Comunicação
 Serviço de Otorrinolaringologia, Voz e Perturbações da Comunicação
 Serviço de Otorrinolaringologia
Departamento do Tórax
 Serviço de Cardiologia I
 Serviço de Cardiologia II
 Serviço de Cirurgia Cárdio-Torácica
 Serviço de Cirurgia Torácica
 Serviço de Pneumologia I
 Serviço de Pneumologia II
Departamento de Urgência e Cuidados Intensivos
 Serviço de Medicina Intensiva
 Serviço de Urgência Central
