Durante a Guerra Civil Americana, Jacksonville foi um importante ponto de suprimento para o transporte de porcos e gado da Flórida para ajudar a causa confederada. A cidade foi bloqueada pelas forças da União, que ganharam o controle do Forte Clinch, nas proximidades. Embora nenhuma batalha tenha sido travada em Jacksonville, a cidade mudou de mãos várias vezes entre as forças da União e as Confederadas. A escaramuça da igreja de tijolos em 1862, nos arredores de Jacksonville, resultou na primeira vitória confederada na Flórida. Em fevereiro de 1864, as forças da União deixaram Jacksonville e confrontaram um Exército Confederado na Batalha de Olustee, resultando em uma vitória Confederada. As forças da União recuaram para Jacksonville e mantiveram a cidade pelo restante da guerra. Em março de 1864, uma cavalaria confederada confrontou uma expedição da União resultando na Batalha de Cedar Creek. A guerra e a longa ocupação deixaram a cidade interrompida após a guerra.
Depois de que batalha as forças da União retornaram e ocuparam Jacksonville pelo resto da guerra?
Batalha de Olustee