Um dos modelos concorrentes para a replicação do cpDNA afirma que a maioria do cpDNA é linear e participa de recombinação homóloga e estruturas de replicação semelhantes ao bacteriófago T4. Foi estabelecido que algumas plantas possuem cpDNA linear, como o milho, e que mais espécies ainda contêm estruturas complexas que os cientistas ainda não entendem. Quando as experiências originais com cpDNA foram realizadas, os cientistas notaram estruturas lineares; no entanto, eles atribuíram essas formas lineares a círculos quebrados. Se as estruturas ramificadas e complexas vistas nas experiências de cpDNA são reais e não são artefatos de DNA circular concatenado ou círculos quebrados, um mecanismo de replicação em loop D é insuficiente para explicar como essas estruturas se replicariam. Ao mesmo tempo, a recombinação homóloga não expande os múltiplos gradientes A -> G observados nos plastomos. Devido à falha em explicar o gradiente de desaminação, bem como as numerosas espécies de plantas que demonstraram ter cpDNA circular, a teoria predominante continua a sustentar que a maioria do cpDNA é circular e provavelmente replica por meio de um mecanismo de loop D.
Como é a replicação do cpDNA?
bacteriófago T4