Medicamentos maiores (> 500 Da) podem provocar uma resposta imune neutralizante, principalmente se forem administrados repetidamente ou em doses maiores. Isso limita a eficácia dos medicamentos baseados em peptídeos e proteínas maiores (que geralmente são maiores que 6000 Da). Em alguns casos, o medicamento em si não é imunogênico, mas pode ser coadministrado com um composto imunogênico, como às vezes é o caso do Taxol. Métodos computacionais foram desenvolvidos para prever a imunogenicidade de peptídeos e proteínas, que são particularmente úteis no design de anticorpos terapêuticos, avaliando a provável virulência de mutações nas partículas do revestimento viral e a validação dos tratamentos de drogas baseados em peptídeos propostos. As técnicas iniciais se baseavam principalmente na observação de que os aminoácidos hidrofílicos são super-representados nas regiões epitópicas do que os aminoácidos hidrofóbicos; no entanto, desenvolvimentos mais recentes contam com técnicas de aprendizado de máquina usando bancos de dados de epítopos conhecidos existentes, geralmente com proteínas de vírus bem estudadas, como um conjunto de treinamento. Um banco de dados publicamente acessível foi estabelecido para a catalogação de epítopos de patógenos que são reconhecidos por células B. O campo emergente de estudos de imunogenicidade baseados em bioinformática é referido como imunoinformática. A imunoproteômica é o estudo de grandes conjuntos de proteínas (proteômica) envolvidas na resposta imune.
Que tipo de aminoácidos são super-representados nas regiões epitópicas?
aminoácidos hidrofílicos