Ved behandlingen av Innst. S. nr. 93 for 2003-2004, jf. St.prp. nr. 12 for 2003-2004, sluttet Stortinget seg til at FLO i framtiden i hovedsak skal være kundefinansiert, med den øvre del av Forsvarets militære organisasjon som kunde. Det betyr at innenfor rammen av tildelte budsjetter er det kundens virksomhetsområder, lokalisering, behov og krav som skal være styrende for hvilke oppgaver FLO skal utføre, hvilket omfang logistikkvirksomheten skal ha, hvor denne skal drives, og med hvilken kvalitet. For å tilpasse virksomheten til den øvrige omstruktureringen i Forsvaret, og for å møte de betydelige innsparingskrav som er fastsatt av Stortinget, gjennomfører FLO et kontinuerlig og meget omfattende omstillingsarbeid. Hensikten er å få etablert en organisasjon som skal opprettholde en tilfredsstillende forsyningstjeneste tilpasset behovene i den operative strukturen både når det gjelder geografisk plassering, materiellstruktur og aktivitetsnivå. Innsparingsmålene er i første omstillingsperiode en årsverksreduksjon i FLO på 1 300, og deretter i neste omstillingsperiode, 2005-2008, minimum 600 mill. kr i reduserte driftsutgifter pr. år. I St.prp. nr. 1 for 2004-2005 orienterte Regjeringen om den videre utviklingen i FLO. Der står det: «FLOs driftsrelaterte virksomhet vil kunne reorganiseres i en enda mer prosessbasert modell, med utgangspunkt i prosessene systemstyring, vedlikehold og forsyning samt IKT. En konsekvens av dette vil være at divisjonsledelsesnivået legges ned. Mest mulig av den utførende virksomheten vil søkes desentralisert til de områder der de operative enheter driver sin virksomhet»Videre står det at produksjons- og resultatenhetenes oppgave «vil i så fall endres og i stor grad desentraliseres til et større antall baser. Dagens PRE-nivå vil i så fall bli lagt ned». Det står i budsjettproposisjonen. I budsjettinnstillingen sa komiteen bl.a.: «Komiteen viser til at fastsettelse av vedtatt organisasjonsstruktur, innenfor de rammer og effektiviseringskrav Stortinget har gitt, er delegert, og at det nå pågår forhandlinger mellom Forsvaret og de ansattes organisasjoner om dette.» Forhandlingene med organisasjonene er nå sluttført, og det pågår i samarbeid med partene en videre identifisering og innplassering av personell fram til april 2005. Regjeringen vil følge opp komiteens anmodning i samme innstilling om at Stortinget blir holdt informert om framdriften i omleggingen av FLO på en egnet måte. Regjeringen tar derfor sikte på å komme tilbake til dette i St.prp. nr. 1 for 2005-2006 til høsten. Regjeringen planlegger også å legge fram en sak for Stortinget om en ny etat med et helhetlig ansvar for den utøvende delen av Forsvarets investerings- og innkjøpsvirksomhet i første halvdel av neste periode, 2005-2008, i tråd med Stortingets vedtak nr. 436 ved behandlingen av langtidsplanen for den perioden.