Cho đến cuối năm 1799, các linh mục vẫn bị cầm tù hoặc trục xuất đến các thuộc địa trừng phạt và cuộc bách hại chỉ trở nên tồi tệ hơn sau khi quân đội Pháp do Tướng Louis Alexandre Berthier chỉ huy chiếm được Rome và bỏ tù Giáo hoàng Pius VI, người sẽ chết trong cảnh giam cầm ở Valence, Drôme, Pháp vào tháng 8 năm 1799.
Alexandre Berthier qua đời năm 1799.