Jakarta nằm trên một đồng bằng phù sa thấp, bằng phẳng với các khu vực đầm lầy rộng lớn trong lịch sử; các phần của thành phố xa hơn trong đất liền cao hơn một chút.
Các phần của Jakarta cách xa bờ biển nằm trên vùng đất cao hơn một chút.