Các vấn đề sinh thái phần lớn xuất phát từ thực tế là các vùng đất ngập nước ven biển và nước lợ và các khu vực tự nhiên thường được cung cấp nước tưới giàu chất dinh dưỡng, đôi khi từ canh tác lúa. Đồng bằng sông Ebro và các vùng đất ngập nước của nó cũng gặp phải các vấn đề về chất lượng nước tương tự vì chúng nằm xung quanh rìa của vùng nông trại rộng lớn ở Châu thổ.
Đồng bằng sông Ebro được sử dụng để canh tác.