Tuy nhiên, thời gian qua thành phố này chỉ có thẩm quyền tương đương cấp huyện nên gặp khó khăn trong điều hành, quản lý.
Trung tâm hành chính công TP Thủ Đức là nơi tiếp nhận, trả kết quả và giải quyết một số thủ tục hành chính, đây là địa phương đầu tiên ở TP HCM có mô hình này.