Nguyên nhân được cho là việc kiểm đếm chậm, khi nhân lực tại các đơn vị thực hiện giải phóng mặt bằng của Đồng Nai chưa đáp ứng khối lượng công việc, dẫn đến đơn giá bồi thường chưa được phê duyệt.
Do chi phí giải phóng mặt bằng tăng cao, tổng mức đầu tư dự án cao tốc Biên Hòa - Vũng Tàu được kiến nghị tăng 3.670 tỷ đồng, lên gần 21.500 tỷ đồng.