Trong văn bản trả lời Bộ Giáo dục và Đào tạo hồi tháng 1/2021, Bộ Nội vụ cũng cho rằng hiệu trưởng là người đứng đầu bởi đây là người đại diện theo pháp luật và là chủ tài khoản, chịu trách nhiệm quản lý, điều hành hoạt động của trường.
Đại diện trường Đại học Y Hà Nội cho hay không làm sao xác định được ai là người đứng đầu nhà trường trong quá trình thực hiện tự chủ.