De geschiedenis van Hoogesteger gaat terug naar het jaar 1955, wanneer Piet Hoogesteger, gespecialiseerd in de import en export van bananen, citrus- en hardfruit, ontdekt dat er een vraag bestaat naar citroenlinten voor citroenlikeur. Deze gaat hij verkopen aan Bols, producent van gedestilleerde dranken.
Tijdens het maken van citroenlinten, blijken de overgebleven citroenvruchten een uitstekende basis voor het maken van vers geperst citroensap. Naast citroensap start hij met het produceren van vers geperst sinaasappelsap en al snel mag hij leveringen voor het Hilton hotel op de luchthaven Schiphol gaan verzorgen. Zo legt hij de basis voor de sapfabriek en volgen klanten als KLM en H.M.S. Host.
Zijn zoon Bert Hoogesteger heeft zich, na jarenlange ervaring met import en verkoop van fruit, inmiddels ingewerkt in de zaak en in 1988 wordt A.L. Hoogesteger Fresh Specialist b.v. opgericht. Het bedrijf richtte zich vooral op de luxe horeca. Hij zoekt naar nieuwe mogelijkheden om zijn kennis van fruit toe te passen en het assortiment wordt uitgebreid met nieuwe vruchtensappen en bijzondere fruitsoorten.
In 1993 werd een nieuw pand in gebruik genomen in Lijnden en Hoogesteger realiseert verdere groei door het aanboren van nieuwe markten. Door intensieve samenwerking met klanten als Albert Heijn, het Amstel Hotel, KLM en Hilton werden nieuwe concepten op de markt gebracht.
In 1999 wordt in Zwanenburg een hypermoderne productielocatie in gebruik genomen en ontstaat er de behoefte om het bedrijf nog verder te professionaliseren. Bert Hoogesteger vindt in Royal Friesland Foods een geschikte partner om zijn bedrijf aan te verkopen. In 2001 gaat Hoogesteger verder als een zelfstandige business-unit binnen Friesland Foods. In 2008 heeft Friesland Foods Hoogesteger verkocht aan Jamaica Producers Group.