Infections with shigatoxin producing E. coli (STECs, VTECs) are a threat to public health. In order to be able to formulate a policy concerning this pathogen, knowledge is required of the relation between phenotype (virulence, beaviour in the chain) and genotype (typing or sequencing data) and the transmission routes. With this knowledge diagnostics for early warniong and risk assessments can be designed, clearly benficial for policy makers. The goal of the project is to generate knowledge in cooperation woth the RIVM, usefull for risk assessement and eraly warning. In this cooperative structure, CVI will contribute by genotyping and sequeincing isolates.
Abstract (NL)
Probleemstelling Alhoewel STECs een bedreiging vormen voor de volksgezondheid, zijn niet alle STECs even pathogeen, c.q. virulent, en is van de klinische gevallen niet altijd bekend wat de bron is. Naast de klassieke O157 STECs leveren in Nederland de non-O157 STECs een significante bijdrage aan de totale ziektelast veroorzaakt door STECs. Alhoewel het serotype een indicatie kan geven (als er een duidelijk epidemiologische associatie is met een uitbraak) hangt de mate van virulentie volledig af van de genetische samenstelling. Voor STECs ontbreekt i) kennis van het verband tussen bepaalde eigenschappen (virulentie, gedrag in de keten) van isolaten en hun genetische samenstelling (virulentiefactoren, genotypische markers), en ii) inzicht in de transmissieroutes van de meest virulente isolaten. Met een analyse van de juiste data (diverse typeringen, sequencen) kan verwantschap tussen isolaten in kaart worden gebracht en wordt een alomvattend 'risk-based' epidemiologisch onderzoek naar hoog-risico STEC-isolaten mogelijk. Vergelijkbaar onderzoek aan Nederlandse O157 STEC-isolaten in 2010 heeft laten zien dat dit een valide benadering is (Franz et al., 2012, JCM), die m.i.v. 2011 ook op non-O157 STECs wordt toegepast.
Doelstelling project In samenwerking met het RIVM (Eelco Franz) en de nVWA (Annet Heuvelink -nu GD) is in de BO STEC/VTEC projecten van 2010 en 2011 gewerkt aan de ontwikkeling van kennis die nodig is voor een systeem waarmee bronnen en transmissieroutes van STECs kunnen worden geïdentificeerd. De concrete kennisvragen die binnen de huidige samenwerking worden onderzocht betreffen: 1) Virulentiefactoren/markers: welke virulentiefactoren/markers komen in Nederlandse non-O157 STEC-isolaten samen voor. Dit levert tevens een platform voor de uitgebreide risicoanalyse van STEC-isolaten. 2) Bronnen/transmissie: wat is de (genetische) overeenkomst tussen STEC-isolaten uit de verschillende bronnen (humane isolaten en isolaten uit dieren en voedsel). 3) Fenotype/genotype: kunnen bepaalde fenotypische eigenschappen relevant voor virulentie (bv. metabolisme, toxineproductie) gekoppeld worden aan geïdentificeerd genotypen.
Resultaten - inzicht in de waarde van de verschillende genotypische en fenotypische karakteriseringen voor het voorspellen van de virulentie (risico van STEC-isolaten). - inzicht in de transmissieroute(s) van de meest virulente STEC-isolaten. - publicatie van nieuwe resultaten Doorwerking: de resultaten van het project zullen worden verwerkt in een rapport dat als basis zal dienen voor een wetenschappelijke publicatie. Publicaties bij dit project zijn beschikbaar via deze Link