São Joaquim is een gemeente in de Braziliaanse deelstaat Santa Catarina. De gemeente telt 25.122 inwoners (schatting 2009).
De gemeente grenst aan Lages, Painel, Urupema, Urubici, Bom Jardim da Serra en Bom Jesus (Rio Grande do Sul).
Het klimaat in São Joaquim kenmerkt zich door de lage temperaturen. In de gemeente worden de laagste temperaturen van Brazilië bereikt en er is bij tijd en wijle kans op sneeuw.
De economie van São Joaquim was aanvankelijk gebaseerd op veeteelt, maar kreeg in de jaren zeventig een impuls door verschillende vormen van fruitteelt, waaronder appels. Tegenwoordig zijn ook de wijnbouw en het toerisme van belang.