Het schip moet tijdens een zware storm zijn gekapseisd; zware ballaststenen zijn van hun plaats geraakt, terwijl de met zand gevulde kist met stookplaats van plavuizen over de kop is gegaan en van zijn plaats is geraakt.
Behalve een uitgebreide uitrusting en inventaris die bestaat uit een stookplaats met bijbehorend stook- en kookgerei en gereedschappen, zijn twee rapieren (degens) en twee hellebaarden aangetroffen. In een vissersschip (van het type waterschip) dat eveneens op de Zuiderzee is vergaan en uit dezelfde periode dateert, zijn eveneens een hellebaard en een rapier gevonden.
De meeste waterschepen hadden Amsterdam als thuishaven. Waarschijnlijk waren militairen aan boord die het waterschip moesten beschermen tegen watergeuzen, die onder leiding van Willem van Oranje in opstand waren gekomen tegen de landvoogd, die de Spaanse koning Filips II in ons land vertegenwoordigde.
De stad Amsterdam stond aan het begin van de 80-jarige oorlog nog aan de zijde van de Spanjaarden. De wapens aan boord van het vrachtschip dat nu wordt opgegraven tonen aan dat dit schip waarschijnlijk ook was voorzien van een militair escorte om het schip te beschermen, tijdens de vaart over de Zuiderzee, tegen de watergeuzen
Deze vorm van bescherming werpt nieuw licht op de organisatie van de vaart over de Zuiderzee in het derde kwart van de 16e eeuw, aan het begin van de 80-jarige oorlog, de opstand tegen het Spaanse gezag onder leiding van Willem van Oranje. Ook werpt het nieuw licht op de kennelijk onveilige situatie op de Zuiderzee in die periode, die uiteindelijk culmineerde in de slag op de Zuiderzee in 1573, waarbij de watergeuzen de Spanjaarden hebben verslagen.
De watergeuzen maakten de Zuiderzee blijkbaar zo onveilig dat een militair escorte noodzakelijk was. Gegevens over deze situatie zijn niet in schriftelijke bronnen te vinden: de binnen- en kustwateren was immers een zo goed als schriftloze subcultuur, waarvoor de maritieme archeologie de enige bron vormt.
Het scheepswrak wordt op dit moment opgegraven. De opgraving die nog tot en met 29 juli duurt maakt deel uit van de jaarlijkse IFMAF (International Fieldschool for Maritime Archaeology Flevoland) Fieldschool. Archeologiestudenten van diverse universiteiten, amateurarcheologen van Archeologische Werkgemeenschap voor Nederland, afdeling Flevoland, en een team van medewerkers van Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed, Rijksuniversiteit Groningen en Nieuw Land onder begeleiding van bijzonder hoogleraar prof. dr. André van Holk vieren de uitgraving uit.
De IFMAF is een samenwerking tussen Provincie Flevoland, gemeente Lelystad, Rijksuniversiteit Groningen (RUG), Rijksdienst voor het Cultureel Erfgoed en Nieuw Land. De verschillende partijen hebben in 2006 een samenwerkingsovereenkomst getekend om het maritiem archeologisch universitair onderwijs en onderzoek te versterken.