De Marnix Academie heeft met vijf andere hogescholen PentaNova, de academie voor schoolmanagement opgericht. Hier kunnen de aspirant-directeuren, schoolleiders en bovenschoolse directeuren terecht voor het aanvullen en aanscherpen van de benodigde competenties.
Voor de Opleidingen Speciale Onderwijszorg wordt eveneens samengewerkt met andere hogescholen. Het Marnix Onderwijscentrum is de organisator in Midden Nederland van de (master)Opleidingen Speciale Onderwijszorg (OSO) van Hogeschool Windesheim.
De Marnix Academie maakt deel uit van de Educatieve Federatie Interactum. In dit kwaliteitsnetwerk werken zeven zelfstandige lerarenopleidingen nauw met elkaar samen. De samenwerking heeft betrekking op de vernieuwing van de opleidingsprogramma's, uitwerking van kwaliteitszorg, internationalisering en post-hbo. Met het oog op ontwikkelingsgericht onderzoek hebben de deelnemende hogescholen lectoren aangesteld ten behoeve van de integrale ontwikkeling van scholen en opleidingen.
De Marnix Academie heeft de volgende lectoraten:
ScoliX is een search, interim en adviesbureau voor alle sectoren van het onderwijs in heel Nederland. ScoliX werkt onderwijs-eigen en gaat voor de ideale match voor zowel tijdelijke als vaste vacatures. ScoliX: voor goed geleid onderwijs!