MTÜ JK FC Flora Tallinn is een Estse voetbalclub uit de hoofdstad Tallinn.
De club werd in 1990 opgericht en was zeer succesvol en won verschillende landstitels. Flora is ook de grootste Estse sportclub. In 2005 werd de club vierde, het was de eerste keer in twaalf jaar dat Flora niet in de topdrie eindigde.
Sinds 1995 wist de club zich ook elk jaar voor Europees voetbal te plaatsen, het duurde wel tot seizoen 2006/07 voordat de club een ronde verder kwam.