La microsporidiosis es una infección intestinal oportunista que causa diarrea y emaciación principalmente en individuos inmunocomprometidos (VIH, por ejemplo). Es el resultado de diferentes especies de microsporidios, un grupo de hongos reducidos por el parasitismo que han perdido las mitocondrias.[1]​ Las causas principales son las especies Enterocytozoon bieneusi y Encephalitozoon intestinalis.[2]​
En las personas infectadas por VIH, la microsporidiosis generalmente ocurre cuando el recuento de células T CD4 + cae por debajo de 150.