El síndrome de microdeleción 3q29 es una anomalía genética poco habitual causada por la pérdida o deleción de un segmento del cromosoma 3 humano. Fue descrito por vez primera en el año 2005.[1]​[2]​[3]​, lo opuesto de este síndrome es el síndrome de microduplicación 3q29