El síndrome del conducto de Müller persistente es una de las anomalías que pueden dar durante el desarrollo de los embriones tanto humanos como de otros mamíferos. El sistema de Müller es el precursor de los órganos femeninos y el sistema de Wolff el de los órganos masculinos. Para que un embrión se desarrolle como macho necesita que dos hormonas (testosterona y dihodrosterona) actúen sobre células "diana" del aparato de Wolff, propiciando el desarrollo de los órganos sexuales internos del macho, mientras que otra hormona ( la inhibidora del sistema de Müller) inhibe el desarrollo de los órganos sexuales femeninos. Como su propio nombre indica, este síndrome provoca que se desarrollen los órganos masculinos, pero no inhibe el desarrollo de los femeninos, lo que dará lugar a individuos con dos conjuntos de órganos internos, masculinos y femeninos. Aunque los individuos afectados por este trastorno son tanto cromosómicamente como de apariencia varones,  la existencia de órganos internos femeninos por lo general interfiere en el funcionamiento normal de órganos masculinos.