La colitis microscópica es una enfermedad autoinmune que produce una inflamación a nivel microscópico a lo largo de todo el colon. Esta enfermedad es caracterizada por la presencia de diarrea crónica, en la que los estudios analíticos, radiológicos y endoscópicos habituales son normales o presentan alteraciones leves e inespecíficas, siendo necesario para su diagnóstico el tomar biopsias del colon y analizarlas al microscopio. Es una entidad cada vez más diagnosticada (probablemente porque se piensa más en ella). El grupo de edad más afectado está entre la 5ª-7ª década, aunque también puede aparecer en gente joven, incluso en niños. Es más frecuente en mujeres. Se puede asociar a otros problemas, como la enfermedad celíaca o a enfermedades reumáticas o tiroideas. Su causa no es aún bien conocida, barajándose diversas hipótesis (alteraciones del metabolismo de una sustancia llamada colágeno, mecanismo autoinmune, infeccioso, alergia a fármacos, hereditario,...). Existen dos tipos fundamentales de colitis microscópicas: la colitis colágena y la colitis linfocítica, cuyos síntomas y hallazgos en las biopsias del colon son muy similares. Solo se diferencian en que la colitis linfocítica suele diagnosticarse en un tiempo más corto y tiene, aparentemente, un curso menos crónico, en comparación con la colitis colágena.[1]​
El tratamiento de esta entidad aún no está bien definido, debido a la ausencia de estudios con series amplias de pacientes y al carácter intermitente del cuadro, que dificulta la valoración de la eficacia de los fármacos empleados. Su manejo depende de la severidad del cuadro. Habitualmente se comienza con tratamiento sintomático con antidiarreicos (loperamida) y suspendiendo el consumo de antiinflamatorios no esteroideos (AINE) si lo hubiera, ya que se ha observado que estos fármacos pueden activar o empeorar la enfermedad. Esto mejora al 30% de los pacientes. En pacientes que no responden a estas medidas puede realizarse tratamiento con budesonida, un corticoide que actúa localmente en la mucosa del intestino, con el que se han obtenido buenos resultados. El siguiente escalón terapéutico incluye la utilización de salicilatos, un grupo de fármacos con actividad antiinflamatoria local a nivel de la mucosa del intestino. Se puede intentar un tratamiento de prueba con colestiramina, un fármaco que secuestra las irritantes sales biliares, que es útil si hay malabsorción de sales biliares asociada. En casos más graves o resistentes a los tratamientos citados, se indican esteroides con efecto sistémico (p. ej. prednisona). Es importante descartar otras enfermedades que pueden originar síntomas similares (síndrome intestino irritable, infecciones y parasitosis intestinales, alteraciones tiroideas,...), así como la toma de fármacos que los pueden simular (ticlopidina). Otros tratamientos (metronidazol, octreótido, metotrexato, azatioprina, verapamilo, subsalicilato de bismuto, probióticos,...) no han demostrado suficientemente su utilidad, por lo que no deben emplearse de modo rutinario. En casos muy graves, de manera excepcional, puede ser necesaria la cirugía. No está clara la utilidad de un tratamiento de mantenimiento para evitar la reactivación de la enfermedad.