La atovaquona es un fármaco antiprotozoario, activo por vía oral. La atovaquona es activa frente al Toxoplasma gondii y al Pneumocystis jirovecii.[1]​ La atovaquona se encuentra estructural y farmacológicamente emparentada a la lapinona y parvaquona, fármacos que han sido utilizados contra la malaria. En el tratamiento de la neumonía por Pneumocystis carinii, la atovaquona es algo menos efectiva que la combinación trimetoprim/sulfametoxazol y es equivalente a la pentamidina. la atovaquona reduce el riesgo de recaídas en las encefalitis por T. gondii y es considerada como una alternativa al tratamiento convencional (pirimetamina + sulfadiazina o clindamicina)