Las bacterias patógenas humanas son aquellas que causan enfermedades infecciosas en otros organismos. Una de las enfermedades bacterianas más comunes es la tuberculosis, causada por la bacteria Mycobacterium tuberculosis, que provoca aproximadamente entre 2 y 3 millones de muertes de personas en un año, principalmente en el África subsahariana. La neumonía puede ser causada por bacterias como Streptococcus y Pseudomonas, y enfermedades asociadas con alimentos pueden ser causadas por bacterias como Shigella, Campylobacter y Salmonella. Las bacterias patógenas también causan infecciones tales como tétanos, fiebre tifoidea, difteria, sífilis, y lepra.
Las infecciones bacterianas pueden ser tratadas con antibióticos, los cuales son clasificados como bactericidas si estos matan las bacterias, o bacteriostáticos si solamente previenen el crecimiento bacteriano. Hay muchos tipos de antibióticos y cada clase inhibe un proceso que es diferente en el patógeno al encontrado en el hospedero. Por ejemplo, los antibióticos cloranfenicol y tetraciclina inhiben el ribosoma bacteriano, pero no el estructuralmente diferente ribosoma eucariota, exhibiendo toxicidad selectiva.[6]​ Los antibióticos son usados tanto en el tratamiento de la enfermedad humana y en la ganadería intensiva para promover el crecimiento animal. Ambos usos pueden ser contribuyentes al rápido desarrollo de la resistencia a antibióticos en las poblaciones bacterianas.[7]​ Las infecciones pueden ser prevenidas mediante medidas antisépticas tales como la esterilización de la piel previa a la introducción de la aguja de una jeringa, y con el cuidado propio de los catéteres introducidos. Los instrumentos quirúrgicos y dentales también son esterilizados para prevenir la contaminación e infección por bacterias. Los desinfectantes tales como hipoclorito de sodio (al 1-3 %) son usados para matar bacterias u otros patógenos sobre superficies para prevenir la contaminación y adicionalmente reducir el riesgo de infección. La mayoría de las bacterias en sangre se matan con la cocción dado el incremento de temperaturas sobre los 60 °C (140 °F).