La meningitis fúngica es un proceso inflamatorio de las meninges, causada por la infección de hongos, que con frecuencia complica algún proceso mórbido.
Consiste en anfotericina B (0,3-0,5 mg/kg/día) con flucitosina oral (150mg/kg/día)  dividido en 4 dosis. La respuesta es buena aunque el tratamiento debe prolongarse por un mínimo de 6 semanas. En inmunocomprometidos (SIDA, trasplantados, cáncer) la dosis de anfotericina B debe aumentarse a 0,7mg/kg/día. Si se usa en monoterapia el tratamiento debe extenderse por 10 semanas o hasta que los cultivos de sangre y LCR se negativicen por al menos 4 semanas.