La disbiosis (también llamada disbacteriosis) es el desbalance del equilibrio microbiano de la microbiota normal, debido a cambios cuantitativos o cualitativos de su composición, cambios en su funcionamiento o actividades metabólicas, o bien, a cambios en su distribución.[1]​[2]​
La disbiosis es más prominente en el tracto digestivo o en la piel, pero también puede ocurrir en algunas superficies expuestas o en la mucosa como en la vagina, los pulmones, la nariz, los senos, las orejas, las uñas o los ojos.
El término disbiosis también puede aplicarse para la pérdida de biodiversidad general en un sistema.[3]​
La disbiosis también puede verse en ecosistemas perturbados crónicamente, en donde se pierde la diversidad y con ello el estado de salud de un ecosistema o un organismo. En ecología microbiana se ha observado que entre menos sea la diversidad bacteriana en un sistema, menor es su resiliencia o capacidad de repuesta ante factores estresantes en el medio.[4]​  
En pequeñas cantidades las colonias microbianas se establecen en o sobre el cuerpo siendo benignas o beneficiosas en la mayoría de los casos. Este beneficioso y adecuado tamaño de las colonias microbianas realizan una series de funciones provechosas y necesarias. También protegen el cuerpo de la penetración de microbios patógenos. Estas colonias microbianas beneficiosas también compiten las unas contra las otras de modo que ninguna colonia microbiana específica domina. 
La disbiosis puede ser consecuencia del efecto de los tratamientos antibióticos, estrés físico o psicológico, radiación, alteración en la peristalsis o modificaciones de la dieta.[2]​
Para tratar la disbiosis con frecuencia se recurre al uso de probióticos y prebióticos. Los probióticos se definen como microorganismos vivos que se administran con el objetivo de mejorar el balance de microorganismos que conforman la flora intestinal; los principales microorganismos utilizados como probióticos son bacterias productoras de ácido láctico de los géneros Lactobacillus y Bifidobacterium. Los prebióticos son ingredientes alimentarios destinados a cambiar la composición y actividad de la flora intestinal del colon. Estos son fundamentalmente carbohidratos no hidrolizables por las enzimas gástricas y polifenoles, que sí van a ser utilizados por las bacterias presentes en el colon (lactobacilos y bifidobacterias), que a su vez van a producir metabolitos beneficiosos para otros microorganismos de la flora intestinal y también para los colonocitos, lo que resulta en un mejor funcionamiento del tejido intestinal.[5]​