Las molibdopterinas son una clase de cofactores hallados en casi todas las enzimas que contienen molibdeno y en todas las que contienen tungsteno. Algunos sinónimos de la molibdopterina son MPT y piranopterin-ditiolato. La nomenclatura para estos compuestos puede resultar confusa, ya que la molibdopterina de hecho no contiene molibdeno, sino que es el nombre del ligando que luego se unirá al metal activo. Luego de que eventualmente la molibdopterina se acompleja con molibdeno, el compuesto de coordinación resultante se denomina habitualmente como cofactor de molibdeno.
La molibdopterina de hecho es un derivado de piranopterina, un heterociclo complejo que presenta un pirano unido a un anillo pterina. Adicionalmente el anillo pirano puede presentar dos tiolatos, los cuales sirven como ligandos en las enzimas con molibdeno y tungsteno. En algunos casos, el grupo alquilfosfato se reemplaza por un nucleótido alquildifosfato. Algunas enzimas que contienen al cofactor de molibdeno son la xantina oxidasa, DMSO reductasa, sulfito oxidasa y nitrato reductasa.
Las únicas enzimas que contienen nitrógeno que no presentan molibdopterinas como cofactores son las nitrogenasas (enzimas que fijan nitrógeno). Estas últimas contienen un centro hierro-azufre de un tipo muy diferente, el cual usualmente contiene además molibdeno. Sin embargo, si el molibdeno está presente, se une directamente a otro átomo metálico.[2]​