En el diseño de experimentos y análisis de varianza, un efecto principal es el efecto de una variable independiente en una variable dependiente promediada a través de los niveles de cualquier otra variable independiente. El término se usa con frecuencia en el contexto de diseños factoriales y modelos de regresión para distinguir los efectos principales de los efectos de interacción. 
En relación con un diseño factorial, bajo un análisis de varianza, una prueba de efecto principal probará las hipótesis esperadas, como H0, la hipótesis nula. Ejecutar una hipótesis para un efecto principal probará si hay evidencia de un efecto de diferentes tratamientos. Sin embargo, una prueba de efecto principal es inespecífica y no permitirá la localización de comparaciones medias específicas por pares (efectos simples). Una prueba de efecto principal simplemente analizará si, en general, hay algo sobre un factor en particular que está marcando la diferencia. En otras palabras, es una prueba que examina las diferencias entre los niveles de un solo factor (promediando sobre el otro factor y/o factores). Los efectos principales son esencialmente el efecto general de un factor.