La encefalitis japonesa es una flavovirosis transmitida por mosquitos que produce graves encefalitis en equinos y en seres humanos, y causa en el porcino camadas reducidas con momificación y mortinatalidad, y a menudo encefalitis congénita. Al mismo grupo pertenecen la encefalitis de San Luis, la encefalitis del Valle de Murray y la encefalitis por virus del Nilo Occidental.
Diagnóstico presuntivo de campo en caballos con sintomatología nerviosa con fiebre en periodos epizoóticos. En zonas templadas, la enfermedad se desarrolla a finales de verano y con las primeras precipitaciones. En las cerdas, cuando se produzcan abortos y mortinatos.
Diagnóstico laboratorial mediante pruebas serológicas, tales como seroconversión en animales que sobreviven. Otras pruebas incluyen la fijación del complemento (FC), la inhibición de la hemaglutinación (IH) (véase hemaglutinación), la inmunofluorescencia (IF) y la prueba ELISA o pruebas virológicas mediante el aislamiento del virus en los animales que mueren.