Un endotipo es un subtipo de una condición, que se define por un mecanismo funcional o patobiológico distinto.[1]​ Esto es distinto de un fenotipo, que es cualquier característica o rasgo observable de una enfermedad, como la morfología, el desarrollo, las propiedades bioquímicas o fisiológicas, o el comportamiento, sin ninguna implicación de un mecanismo. Se prevé que los pacientes con un endotipo específico se presenten dentro de grupos fenotípicos de enfermedades. 
Un ejemplo es el asma, que se considera un síndrome, que consiste en una serie de endotipos.[2]​ Esto está relacionado con el concepto de entidad de la enfermedad.