La colitis microscópica es una enfermedad autoinmune que produce una inflamación a nivel microscópico a lo largo de todo el colon. Esta enfermedad es caracterizada por la presencia de diarrea crónica, en la que los estudios analíticos, radiológicos y endoscópicos habituales son normales o presentan alteraciones leves e inespecíficas, siendo necesario para su diagnóstico el tomar biopsias del colon y analizarlas al microscopio. Es una entidad cada vez más diagnosticada (probablemente porque se piensa más en ella). El grupo de edad más afectado está entre la 5ª-7ª década, aunque también puede aparecer en gente joven, incluso en niños. Es más frecuente en mujeres. Se puede asociar a otros problemas, como la enfermedad celíaca o a enfermedades reumáticas o tiroideas. Su causa no es aún bien conocida, barajándose diversas hipótesis (alteraciones del metabolismo de una sustancia llamada colágeno, mecanismo autoinmune, infeccioso, alergia a fármacos, hereditario,...). Existen dos tipos fundamentales de colitis microscópicas: la colitis colágena y la colitis linfocítica, cuyos síntomas y hallazgos en las biopsias del colon son muy similares. Solo se diferencian en que la colitis linfocítica suele diagnosticarse en un tiempo más corto y tiene, aparentemente, un curso menos crónico, en comparación con la colitis colágena.[1]​
El diagnóstico se hace gracias al estudio microscópico de las biopsias de colon, ya que el resto de las exploraciones habitualmente hechas a estos pacientes (análisis, estudios radiológicos, colonoscopia) suelen ser normales o mostrar hallazgos inespecíficos sin valor diagnóstico. El estudio de las biopsias permite distinguir entre los dos subtipos más frecuentes de colitis microscópicas: la colitis colágena, definida por la presencia de una banda gruesa de fibras colágenas por debajo del epitelio (células que recubren el intestino por dentro), y la colitis linfocítica, en la que hay acúmulo de linfocitos en número excesivo a nivel del epitelio del colon. Existen casos mixtos, en los que no se puede distinguir entre ambos procesos, que por lo demás comparten unas características clínicas comunes. A veces la afectación colónica es parcheada, por lo que, si la sospecha clínica es elevada, es conveniente tomar múltiples biopsias de colon en sus diferentes tramos, lo cual aumenta la rentabilidad diagnóstica. La afectación suele ser más grave a nivel de colon derecho.