También se convirtió en la base principal para la actividad misionera, con su sucesión de devotos seguidores de diferentes religiones los franciscanos, agustinos, dominicanos y jesuitas que los mantenían en línea junto con una rigurosa Inquisición dirigida especialmente por Francisco Javier, que llegó a Goa en el año 1542.
Una Inquisición fue liderada por Francisco Xavier, quien mantuvo diferentes creencias en línea.