El punto culminante de la basílica, y generalmente aceptado como obra de un joven Giotto, la Vida de Francisco (1296-1304) se celebra conmovedoramente en 28 escenas a lo largo del nivel inferior (comenzando desde el crucero derecho), mientras que 32 frescos en el nivel superior ilustran Escenas del Antiguo y Nuevo Testamento.
En ambos niveles, hay obras de arte que representan escenas.