La Compañía destruyó la flota portuguesa y se hizo cargo de la protección de los barcos de peregrinación musulmanes a La Meca, pero no hubo resentimientos; los portugueses regalaron Bombay al rey Carlos II en 1661 como parte de la dote de Catalina de Braganza.
Después de que la Compañía destruyera la flota portuguesa, Portugal declaró la guerra y trató de destronar al rey Carlos.