Minamoto murió en 1199, y la estructura feudal pasó intacta al tutelaje de la familia de su viuda, el Hojo, que estaba contento de jugar regente a una escopeta de cabeza de figura, de la misma manera que la Fujiwara había hecho con el emperador.
Minamoto murió en 1199 después de caer víctima de una enfermedad.