Um importante handicap é constituído pela incapacidade e impossibilidade das regiões e de outros sectores de programarem atempadamente, pelo que a Comissão, que, com base na decisão sobre as linhas directrizes 97/99 (relatório Howitts), deveria ter consultado atempadamente o Parlamento, encontrou, na realidade, uma espécie de cómodo álibi na constituição da reduzida fase de programação nos Estados-Membros e publicou as linhas directrizes já em Julho de 1999, antes ainda de o recém-eleito Parlamento iniciar as suas actividades legislativas, impedindo, desse modo, o próprio Parlamento de poder intervir na actual organização das linhas directrizes.