Varsin suuri puute on se, etteivät alueet ja muut toimijat mitenkään pysty viemään suunnitelmiaan läpi ajoissa, minkä vuoksi komissio, jonka olisi ohjelmakauden 1997-1999 laatimisohjeita (Howittin mietintö) koskevan päätöksen nojalla pitänyt kuulla parlamenttia ajoissa, on tosiasiallisesti turvautunut helppoon alibiin määrätessään jäsenvaltioille lyhyemmän ajan suunnittelua varten ja julkistanut laatimisohjeet jo heinäkuussa 1999, ennen kuin vastavalittu parlamentti oli aloittanut lainsäädännöllisen toimintansa, ja näin komissio esti parlamenttia vaikuttamasta nykyisten laatimisohjeiden luonteeseen.