Programmet är uppdelat i tre områden: område A gäller det gränsöverskridande samarbetet mellan territoriella myndigheter och gränsregioner inom och utanför Europeiska unionen, utifrån gemensamma utvecklingsstrategier och där genomförandet faller under medlemsstaterna och de lokala och regionala myndigheterna, område B gäller samarbete mellan länder och mellan nationella, regionala och lokala myndigheter i flera medlemsstater eller kandidatländer, inom områden som fysisk planering, transport- och miljönätverk.