Na complexidade das relações existentes entre agricultura, ambiente e águas, entre efeitos positivos e negativos, entre multiplicidade das situações locais e sistemas de produção, etc., foi introduzido o conceito de boa prática agrícola, com o qual se designa o método de produção agrícola utilizado a fim de que sejam satisfeitas as expectativas comunitárias de se proceder a uma protecção ambiental dos recursos hídricos superior aos padrões básicos, com os consequentes custos e reduções de rendimentos.