Το INTERREG ΙΙΙ στηρίζεται σε τρία κεφάλαια: πρώτον στο κεφάλαιο Α, το οποίο οργανώνει τη διασυνοριακή συνεργασία μεταξύ των εδαφικών οντοτήτων στις παραμεθόριες περιοχές - εσωτερικά και εξωτερικά σύνορα - της Ευρωπαϊκής Ένωσης βάσει κοινών στρατηγικών ανάπτυξης, η εφαρμογή των οποίων αποτελεί ευθύνη των κρατών μελών και των τοπικών και περιφερειακών αρχών· δεύτερον, στο κεφάλαιο Β, το οποίο προβλέπει τη διακρατική συνεργασία μεταξύ εθνικών, περιφερειακών και τοπικών αρχών, σε περισσότερα του ενός κράτη μέλη ή υποψήφια προς ένταξη στην Ευρωπαϊκή Ένωση κράτη, σε θέματα χωροταξίας, μεταφορικών δικτύων και περιβάλλοντος.