Όσον αφορά το χρονοδιάγραμμα και τους στόχους, το Συμβούλιο προβλέπει ότι ο στόχος για την επίτευξη καλής κατάστασης των επιφανειακών υδάτων πρέπει να υλοποιηθεί το αργότερο 16 έτη μετά τη θέση σε ισχύ της οδηγίας, ενώ η Επιτροπή Περιβάλλοντος, Δημόσιας Υγείας και Πολιτικής των Καταναλωτών επιθυμεί η προθεσμία αυτή να μειωθεί σε 10 έτη.