Комисията и държавитечленки трябва да вземат необходимите мерки, за да гарантират сигурността при обработката на биометричните данни както при гранична проверка, така и при съхраняването и поддръжката на съответните бази данни, в случай че националното законодателство съдържа такива разпоредби.