A 2003. évi jegyzőkönyv azonban, amely ez év áprilisában lépett hatályba, módosítja az Europol Egyezmény harmadik címét, és különösen az elemzési fájlok létrehozására és az ilyen fájlokban lévő személyes adatok gyűjtésére, feldolgozására, felhasználására és törlésére vonatkozó részt.