Súčasne je však nevyhnutné odstrániť pretrvávajúce problematické miesta transeurópskej dopravnej siete, ako je horský priesmyk Biriatu v Baskicku alebo ďalšie aspekty, kde existujú nedostatky ako nedostatok koridorov pre železničnú nákladnú dopravu (z hľadiska konkurencieschopnosti nie je potrebné, aby tieto koridory boli vysokorýchlostné) alebo nedostatočná interoperabilita železnice, alebo chýbajúca efektívna prekládka.