Un handicap di notevole portata è l'incapacità e l'impossibilità delle Regioni e di altri soggetti di programmare per tempo, per cui la Commissione, che in base alla decisione sulle linee direttrici 97/99 (relazione Howitts) avrebbe dovuto consultare per tempo il Parlamento, di fatto ha trovato una sorta di comodo alibi nella costituzione della ridotta fase di programmazione negli Stati membri e ha pubblicato le linee direttrici già nel luglio 1999, prima ancora che il neoeletto Parlamento avviasse le sue attività legislative, impedendo in tal modo al Parlamento stesso di incidere sull'attuale assetto delle linee direttrici.