While the SR-71 survived attempts to retire it in 1988, partly due to the unmatched ability to provide high-quality coverage of the Kola Peninsula for the US Navy, the decision to retire the SR-71 from active duty came in 1989, with the last missions flown in October that year.
Chiar dacă SR-71 supraviețuise încercărilor din 1998 de a-l retrage, parțial datorită abilității neegalate de a furniza, pentru Forțele Navale, o excelentă acoperire (achiziționare de informații) a Peninsulei Kola, decizia de a retrage SR-71 din serviciul activ a fost luată în anul 1989, ultimul zbor de recunoaștere având loc în Octombrie a aceluiași an.