Though he had a happy childhood surrounded by his many siblings, his family knew Francis was likely to be a future Emperor (his uncle Joseph had no surviving issue from either of his two marriages), and so in 1784 the young Archduke was sent to the Imperial Court in Vienna to educate and prepare him for his future role.
Deși el a avut o copilărie fericită înconjurat de mulți frați,, familia lui știa că Francisc urma să fie viitorul împărat (unchiul său Iosif nu avea nici un moștenitor în viață din cele două căsătorii), așa încât în 1784 tânărul arhiduce a fost a trimis la Curtea imperială de la Viena, să fie educat și să se pregătească pentru viitorul său rol.