The main story takes place immediately after the plot of Assassin's Creed II, featuring Assassin Ezio Auditore da Firenze in 16th century Italy and his quest to restore the Assassin order, and destroy his enemies: the Borgia family.
Povestea principală are loc imediat după întâmplările din Assassin's Creed II, și îl are în prim-plan pe Asasinul Ezio Auditore de Firenze în Italia de secol 16, care încearcă să restabilească ordinul Asasinilor și să-și distrugă inamicii: familia Borgia.