Malczewski was married to Maria née Garlewska and had a son, Rafał Malczewski born in 1892, also a painter, who sold all of his father's works in his possession to the National Museum in Warsaw before World War II and settled in Montreal later on.
Malczewski a fost căsătorit cu Maria născută Garlewska și au avut un fiu, Rafał Malczewski născut în 1892, care de asemenea, a ajuns un pictor și care a vândut toate lucrările tatălui său, aflate în posesia Muzeului Național din Varșovia, înainte de al Doilea Război Mondial și s-a stabilit în Montreal mai târziu.