Following the breakup of the Soviet Union, divisions within the Orthodox community in Estonia arose between those who wished to remain under Russian authority and those who wished to return to the jurisdiction of the Ecumenical Patriarchate, with the dispute often taking place along ethnic lines, many Russians having immigrated to Estonia during the Soviet occupation.
După destrămarea Uniunii Sovietice, au apărut divergențe în sânul comunității ortodoxe din Estonia între cei care doreau să rămână sub autoritatea Bisericii Ruse și cei care doreau să se reîntoarcă sub jurisdicția Patriarhiei Ecumenice, generând dispute, de multe ori cu tentă etnică, deoarece mulți ruși emigraseră în Estonia în timpul ocupației sovietice.