It is possible that Bonaparte envisaged Aboukir Bay as a temporary anchorage: on 27 July, he expressed the expectation that Brueys had already transferred his ships to Alexandria, and three days later, he issued orders for the fleet to make for Corfu in preparation for naval operations against the Ottoman territories in the Balkans, although Bedouin partisans intercepted and killed the courier carrying the instructions.
Este posibil ca Bonaparte să fi avut în vedere golful Abukir pentru o ancorare temporară: în 27 iunie își exprima speranța că navele au fost transferate la Alexandria, iar trei zile mai târziu, dădea ordin ca flota să se îndrepte spre Corfu, pentru pregătirea operaților navale împotriva teritoriilor otomane din Balcani, dar mesagerii care transportau instrucțiunile au fost interceptați și uciși de către partizanii beduini.