During the crisis of 1482, when James III was deprived of power by his brother for several months, Margaret was said to have shown more interest in the welfare of her children than her spouse, which lead to a permanent estrangement.
În timpul crizei din 1482 când soțul ei a fost privat de putere timp de câteva luni, se spune că Margareta era mai interesată de bunăstarea copiilor decât de situația soțului ei, iar acest lucru se pare că a dus la o înstrăinare.