His relationship to the court of the Latin emperor Henry of Flanders was strained due to questions of jurisdiction, accusations of embezzlement from the treasury of the Hagia Sophia, and chiefly due to Morosini's exclusive promotion of Venetian clergy to higher ecclesiastical offices.
Relația sa cu curtea împăratului Henric I a fost încordată ca urmare a unor probleme legate de jurisdicție, a unor acuzații referitoare la delapidări de fonduri din tezaurul din Hagia Sophia, dar mai ales a promovării de către Tommaso Morosini a clerului venețian exclusiv.