The identity of his father is currently unknown; some Egyptologists speculate it may have been Amenmesse rather than Seti II since both Siptah and Amenmesse spent their youth in Chemmis and both are specifically excluded from Ramesses III's Medinet Habu procession of statues of ancestral kings unlike Merneptah or Seti.
Identitatea tatălui său este în prezent necunoscută; unii egiptologi speculează că ar fi putut fi mai degrabă Amenmesse decât Seti II, deoarece atât Siptah cât și Amenmesse și-au petrecut tinerețea în Akhmim și ambii sunt excluși în mod specific de la procesiunea statuilor regilor strămoși lui Ramesses III, numită Medinet Habu, spre deosebire de Merneptah sau Seti.