On the other hand, the molecular graph normally does not contain any information about the three-dimensional arrangement of the bonds, and therefore cannot distinguish between geometric isomers (such as cis and trans 2-butene) or other stereoisomers (such as D- and L-glyceraldehyde).
Pe de altă parte, graful molecular nu conține de regulă informații despre aranjamentul tridimensional al legăturilor și, prin urmare, nu poate distinge între izomeri de poziție (cum ar fi cis și trans - 2-butenă) sau stereoizomeri (cum ar fi D - și L-gliceraldehida).