The breakup of Yugoslavia and Bosnian War (1992–1995) caused a resurgence of Bogomil theory in public papers which sought historial-political legitimacy, ideologically aspired that Islamization was not only caused by Ottoman occupation yet it was an event dependent on Bogomils, and thus affirmed ethnical and confessional difference between Bogomil population and population of Catholic and Orthodox confession.
Destrămarea Iugoslaviei și Războiul Bosniac (1992–1995) a dus la o reapariție a teoriei bogomile în lucrări publice care căutau o legitimitate istorico-politică, sugerând că islamizarea nu a fost cauzată doar de ocupația otomană, ci că ar fi fost un eveniment cauzat de bogomili, și deci unul care afirma diferența etnică și confesională între populația bogomilă și cele catolică și ortodoxă.