When a plague epidemic forced the division and relocation of his university to the surrounding countryside in 1530, Stöffler went to Blaubeuren and died there on 16 February 1531 of the plague.
În anul 1530, când o epidemie de ciumă a forțat împărțirea și relocarea universității într-o zona rurală din apropierea Tübingen-ului, Stöffler s-a dus la Blaubeuren și a murit acolo de ciumă la 16 februarie 1531.