After Mohammad Beheshti was assassinated on June 28, 1981, Bahonar became the secretary-general of the Islamic Republic party, but he didn't last long in that position, nor in the position of Prime Minister, as he was assassinated after less than two months in these offices, along with Rajai and other party leaders, when a bomb exploded at his office in Tehran.
După asasinarea lui Mohammad Beheshti, la 28 iunie 1981, Bahonar a devenit secretar-general al Partidului Republican Islamic, dar nu a rezistat prea mult în această funcție, nici în cea de prim-ministru, fiind asasinat, la mai puțin de două luni de la învestire, alături de președintele Rajai si de alți lideri de partid, când o bombă a explodat la biroul său din Teheran.