The University of Athens is named "Kapodistrian" in his honour; the Greek euro coin of 20 lepta bears his face, as did the obverse of the 500 drachmas banknote of 1983–2001, before the introduction of the euro, and a local re-organisation programme that reduced the number of municipalities in the late 1990s also carries his name.
Universitatea din Atena este denumită „Kapodistriană” în cinstea sa; moneda greacă de 20 de eurocenți are chipul său, precum avea și aversul bancnotei de 500 de drahme din perioada 1983–2001, dinainte de introducerea monedei euro, iar un program local de reorganizare administrativă care a redus numărul de comune în anii 1990 a purtat numele său.