The player is, in reality, playing as a modern-day man named Desmond Miles, who, through the use of a machine named the "Animus", is allowed the viewing and controlling of the protagonist's genetic memories of his ancestors, in this case, Altaïr Ibn-La'Ahad, a member of the Assassins.
În prezent, jucătorul intră în rolul lui Desmond Miles, care, cu ajutorul unei mașinării numite "Animus," poate să vizioneze și să controleze memoriile genetice ale strămoșilor săi, iar în acest caz, pe cele ale lui Altaïr Ibn-La'Ahad, membru al Asasinilor.