In some important cases (topological index calculation etc.) the following classical definition is sufficient: molecular graph is connected undirected graph one-to-one corresponded to structural formula of chemical compound so that vertices of the graph correspond to atoms of the molecule and edges of the graph correspond to chemical bonds between these atoms.
În unele cazuri importante (calculul indicelui topologic⁠(d) etc.) următoarea definiție clasică este suficientă: graful molecular este un graf neorientat conex care corespunde unu-la-unu cu formula structurală a compusului chimic, astfel încât nodurile unui graf corespund atomilor din moleculă și muchiile grafului corespund unor legături chimice între acești atomi.