Seti II had to deal with many serious plots, most significantly the accession of a rival king named Amenmesse, possibly a half brother, who seized control over Thebes and Nubia in Upper Egypt during his second to fourth regnal years.
Seti al II-lea a avut de a face cu mai multe conspirații grave, cel mai semnificativ fiind aderarea unui rege rival numit Amenmesse, eventual, un frate vitreg, care a preluat controlul asupra Tebei și Nubiei, în Egiptul de Sus, în timpul celui de al doilea până la cel de al patrulea an de domnie.