Estonia co-operates with Latvia and Lithuania in several trilateral Baltic defence co-operation initiatives, including Baltic Battalion (BALTBAT), Baltic Naval Squadron (BALTRON), Baltic Air Surveillance Network (BALTNET) and joint military educational institutions such as the Baltic Defence College in Tartu.
Estonia cooperează cu Letonia și Lituania în mai multe inițiative de cooperare baltică la nivelul forțelor armate, între acestea numărându-se Batalionul Baltic (BALTBAT), Escadrila Navală Baltică (BALTRON), Rețeaua Baltică de Supraveghere a Spațiului Aerian (BALTNET) și instituții comune de învățământ militar, cum ar fi Colegiul Baltic de Apărare de la Tartu.