After the start of the Civil War, Ayres was promoted to captain and commanded a battery in the 5th U.S. Artillery, which he led in the First Bull Run Campaign, and was heavily involved in the Battle of Blackburn's Ford, immediately before the larger First Battle of Bull Run.
Inden starten på Borgerkrigen blev Ayres forfremmet til kaptajn og kommanderede et batteri i 5th U.S. Artillery, som han førte under kampagnen ved det første slag ved Bull Run, og var stærkt involveret i Slaget ved Blackburn's Ford, lige før det større Første slag ved Bull Run.