The game takes place in the fictional floating world of Cocoon, whose government, the Sanctum, is ordering a purge of civilians who have supposedly come into contact with Pulse, the much-feared world below.
Spillet tager sted på den fiktive svævende verden Cocoon, hvis regering, The Sanctum, som giver ordre til en udslettelse fra civilister som har angiveligt kommet i kontakt med Pulse, den frygtede verden nedenunder.