Based on the XF-104 testing and evaluations, the next variant, the YF-104A, was lengthened and fitted with a General Electric J79 engine, modified landing gear, and modified air intakes.
Baseret på forsøg og evalueringer af XF-104, blev den næste variant (YF-104A) forlænget, udrustet med en General Electric J79 motor, fik et modificeret understel og modificerede luftindtag.