After the war, Ayres commanded a division in the Provisional Corps, and then commanded the District of the Shenandoah Valley until April 30, 1866, when he was mustered out of the volunteer service.
Efter krigen kommanderede Ayres en division i Det provisoriske Korps, og ledede derefter militærdistriktet Shenandoah indtil den 30. april 1866, da han blev afmønstret den frivillige hær.