Although the eukaryotic, archaeal and bacterial SECIS elements each share a general hairpin structure, they are not alignable, e.g. an alignment-based scheme to recognize eukaryotic SECIS elements will not be able to recognize archaeal SECIS elements.
Selvom eukaryote, archaeiske og bakterielle SECIS-element alle har den generelle hårnålestruktur er de ikke ensdannede; et skema til at genkende eukaryote SECIS-elementer vil altså ikke være i stand til at genkende archaeiske SECIS-elementer.