As a loyal supporter of the Royalist cause, like many Italian officers Messe soon found himself re-employed, when after the Italian armistice in September 1943, he was made chief of staff of the Italian Co-Belligerent Army (Esercito Cobelligerante Italiano), consisting of those units loyal to King Victor Emmanuel, many of which were reconstituted from Italian POWs and armed by the Allies.
Som loyal støtte af kongehuset fik Messe i lighed med mange andre italienske officerer snart ny beskæftigelse, da han efter den italienske våbenstilstand i september 1943 blev udnævnt til stabschef for de italienske styrker på allieret side (Esercito Cobelligerante Italiana), som bestod af de enheder, som var loyale overfor kong Victor Emmanuel, hvoraf mange blev rekrutteret blandt italienske krigsfanger og udstyret af de allierede.