Goikoetxea played 39 times for Spain, making his debut against the Netherlands on 16 February 1983.
גויקוצ'יאה שיחק במדי נבחרת ספרד 39 פעמים, וערך את הופעת הבכורה שלו במשחק נגד נבחרת הולנד ב-16 בפברואר 1983.