The story is a retelling of events from Assassin's Creed and the beginning of Assassin's Creed II, mostly from Desmond's modern perspective; for example it is revealed that Lucy helped the Templars to kidnap Desmond.
הסיפור מספר מחדש את האירועים בAssassin's Creed וההתחלה של Assassin's Creed II, בעיקר מנקודת המבט המודרנית של דזמונד, לדוגמה לדעתו לוסי עזרה לטמפלרים לחטוף את דזמונד.