From 2007, after retiring from spacecraft operations, Ochoa served as Deputy Director of the Johnson Space Center, helping to manage and direct the Astronaut Office and Aircraft Operations.
משנת 2007, לאחר פרישתה ממשימות החלל, שימשה אוצ'ואה כסגנית מנהלת מרכז החלל של ג'ונסון, וסייעה לנהל את משרד האסטרונאוטים ואת פעילות המטוסים.