In 1993, Marzouki was a founding member of the National Committee for the Defense of Prisoners of Conscience, but he resigned after it was taken over by supporters of the government.
ב-1993 היה מרזוקי אחד מהחברים המייסדים של הוועד הבינלאומי להגנה על אסירים, אולם הוא התפטר בהמשך לאחר שתומכי הממשלה השתלטו על הוועד.