Thompson has won multiple Eisner Awards, including in 2001 for best painter for Scary Godmother, 2004 for "Best Painter/Multimedia Artist (interior art)" for her work on The Dark Horse Book of Hauntings, and in 2005 for "Best Short Story" for Unfamiliar (from The Dark Horse Book of the Dead) with Evan Dorkin.
Thompson gewann mehrfach den Eisner Award, einschließlich 2001 als „Best painter“ für Scary Godmother, 2004 als „Best Painter/Multimedia Artist (interior art)“ für ihre Arbeit an The Dark Horse Book of Hauntings, und 2005 für „Best Short Story“ für Unfamiliar (aus The Dark Horse Book of the Dead) mit Evan Dorkin.