When war broke out in 1939, Bywaters returned to Britain, but was not taken into the army because of kidney problems and instead took over Rheumatology at the British Postgraduate Medical School at Hammersmith Hospital.
Bei Kriegsbeginn 1939 kehrte er nach Großbritannien zurück, wurde aber wegen Nierenproblemen nicht in die Armee übernommen und übernahm stattdessen die Rheumatologie an der British Postgraduate Medical School des Hammersmith Hospital.