The travel and disruption associated with his surveying work left Waterston little time to pursue his studies so he joined the hydrography department of the Admiralty under Francis Beaufort.
Das Reisen in Verbindung mit seiner Vermessungsarbeit ließen Waterston kaum Zeit, seinen Studien nachzugehen, so dass er in die Abteilung für Gewässerkunde der Admiralität unter Francis Beaufort eintrat.