Following their cladistic analysis, Lagenanectes was most closely related to the "Speeton Clay plesiosaur" (a yet undescribed plesiosaur from the Hauterivian of England, and to Callawayasaurus from the Aptian of Colombia.
Laut einer kladistischen Analyse ist Lagenanectes am nächsten mit dem "Speeton Clay plesiosaur" (einem bisher unbeschriebenen Plesiosaurier aus dem Hauterivium von England), sowie mit Callawayasaurus aus dem Aptium von Kolumbien verwandt.