Bonnesen studied at the University of Copenhagen, where in 1902 he received his Ph.D. (promotion) with thesis Analytiske studier over ikke-euklidisk geometri (Analytic studies of non-Euclidean geometry).
Bonnesen studierte an der Universität Kopenhagen, wo er 1902 mit der Arbeit Analytiske studier over ikke-euklidisk geometri (Analytische Studien über nichteuklidische Geometrie) promoviert wurde.