The important operational difference is that at a Haltepunkt only boarding and disembarking takes place (the train thus only stops), but at railway stations can be shunted or other trains can be awaited.
Der bedeutende betriebliche Unterschied ist, dass an Haltepunkten nur ein- und ausgestiegen wird (der Zug somit nur anhält), aber an Bahnhöfen rangiert werden kann oder andere Züge abgewartet werden können.