On October 20, 2010, President Barack Obama announced that McDonough would be replacing Thomas E. Donilon as Deputy National Security Advisor, who had been promoted to succeed General James L. Jones as National Security Advisor.
Am 22. Oktober 2010 verkündete Präsident Obama, dass McDonough Thomas E. Donilon als Deputy National Security Advisor (Stellvertretender Berater für nationale Sicherheit) ersetzen würde, welcher den Posten aufgab, um General James L. Jones als Berater für nationale Sicherheit zu ersetzen.