A 2008 phylogenetic analysis of parareptiles found Eunotosaurus to be the sister taxon of Milleretta and thus within the family Millerettidae.
Eine phylogenetische Analyse der Parareptilien aus dem Jahr 2008 befand, dass Eunotosaurus ein Schwestertaxon der Milleretta sei und daher in die Familie der Millerettidae zu stellen sei.