Among other subjects, Mueller studied the high-order perturbation theory of quantum chromodynamics (QCD) and tests of QCD "hard" scattering processes of hadrons and QCD in nuclear physics and heavy ion collisions.
Mueller untersuchte unter anderem Störungstheorie hoher Ordnung in der Quantenchromodynamik (QCD) und Tests der QCD in „harten“ Streuprozessen von Hadronen und QCD in der Kernphysik und bei Schwerionenstößen.