Kiai then moved on to become Director of Amnesty International's Africa Program (1999-2001) and the Africa Director of the International Human Rights Law Group (now Global Rights, 2001-2003) before finally serving as Chairman of the Kenya National Human Rights Commission from 2003 to 2008.
Kiai wurde als nächstes Direktor des Afrika-Programms von Amnesty International (1999–2001) und Afrika-Direktor der Internationalen Rechtsgruppe für Menschenrechte, (jetzt genannt Global Rights, 2001–2003), bevor er schließlich in dem Zeitraum von 2003 bis 2008 als Vorsitzender der Nationalen Menschenrechtskommission in Kenia tätig war.