From 1948 Nowakowski was a professor of organ playing and director of the Department of Catholic Church Music at the University of Music in Stuttgart and guested as a conductor with famous orchestras throughout Europe.
Ab 1948 war Nowakowski Professor für Orgelspiel und Leiter der Abteilung Katholische Kirchenmusik an der Musikhochschule Stuttgart und gastierte als Dirigent mit berühmten Orchestern in ganz Europa.