In 1998 Wagner returned to the University of Vienna and worked between 1998 and 2002 in the Department of Specific Prophylaxis and Tropical Medicine; 2002-2003 in the Department of Infectious Diseases and Tropical Medicine at the Kaiser Franz Josef Hospital and from 2003 to 2007 again at the Medical University of Vienna in the Department of Specific Prophylaxis and Tropical Medicine and Center for Travel Medicine.
1998 kehrte Wagner an die Universität Wien zurück und arbeitete zwischen 1998 und 2002 in der Abteilung für Spezifische Prophylaxe und Tropenmedizin; 2002–2003 in der Abteilung für Infektionskrankheiten und Tropenmedizin im Kaiser-Franz-Josef-Spital und von 2003 bis 2007 wieder an der Medizinischen Universität Wien in der Abteilung für Spezifische Prophylaxe und Tropenmedizin und Zentrum für Reisemedizin.