Koenen got his doctorate in 2003 from the University of Tübingen, with a thesis on the topic Rome or Moscow - Germany, the West and the revolution in Russia from 1914 to 1924.
Koenen promovierte 2003 an der Universität Tübingen zum Dr. phil. mit einer Arbeit zum Thema Rom oder Moskau – Deutschland, der Westen und die Revolutionierung Russlands 1914–1924.