Boletopsis nothofagi is a genetically clearly differentiated representative of the genus Boletopsis, which according to the investigations of Cooper and Leonard separated relatively early from the precursor of most other known species.
B. nothofagi ist ein genetisch klar differenzierter Vertreter der Untergattung Boletopsis, der sich nach den Untersuchungen Coopers und Leonards relativ früh vom Vorläufer der meisten anderen bekannten Arten trennte.