On 1 December 1989, Bishop Neophyte was elected Rector of the Seminary, and after the restoration of the Academy as Faculty of Theology at Sofia University "St. Kliment Ohridski" on 26 July 1991, he was elected its first dean.
На 1 декември 1989 година епископ Неофит бил избран за ректор на Духовната академија, а потоа реконструкцијата на академијата како богословски факултет при Софискиот универзитет „Свети Климент Охридски“ на 26 јули 1991 година бил избран и за прв декан.