This is usually done by first constructing a general global multiple sequence alignment, after which the highly conserved regions are isolated and used to construct a set of profile matrices.
Ова најчесто се прави на тој начин што прво се конструира општо глобално порамнување на повеќе секвенци, по што високо сочуваните региони се изолираат и се користат за конструкција на група на профилни матрици.