These problems can be partially bypassed in "comparative" or homology modeling and fold recognition methods, in which the search space is pruned by the assumption that the protein in question adopts a structure that is close to the experimentally determined structure of another homologous protein.
Овие проблеми можат делумно да се заобиколат со помош на „компаративното“ или хомологно моделирање и методите за препознавање на склопови, во кои просторот за пребарување е редуциран од претпоставката дека испитуваниот протеин би заземал структура која е приближно иста со експериментално утврдената структура на друг хомологен протеин.