Because of its quadratic complexity in time and space, it often cannot be practically applied to large-scale problems and is replaced in favor of less general but computationally more efficient alternatives such as (Gotoh, 1982), (Altschul and Erickson, 1986), and (Myers and Miller, 1988).
Поради својата квадратна комплексност во времето и просторот, овој алгоритам често не може практично да биде применет за поголеми проблеми, па е заменет со помалку општи, но пресметковно поефикасни алтернативи, како што се (Гото, 1982), (Алтшул и Ериксон, 1986), и (Маерс и Милер, 1988).