Although each method has its individual strengths and weaknesses, all three pairwise methods have difficulty with highly repetitive sequences of low information content - especially where the number of repetitions differ in the two sequences to be aligned.
Иако секоја од методите има свои предности и недостатоци, сите три методи имаат тешкотии со високо повторливи (репетитивни) секвенци со ниско ниво на информациска содржина - особено каде бројот на повторувања се разликуваат во двете секвенци кои треба да се порамнат.