In the game's story, each ninja school participates in a competition, called the Shinobi Battle Royale, with another school, during which competition one school's team invades another.
A játék története szerint minden nindzsaiskola részt vesz a „Shinobi Battle Royale” elnevezésű versenyen egy másik iskolával, melynek során az egyik iskola csapata megtámadja a másikat.