In 1934, Merton married Suzanne Carhart, with whom he had one son, Robert C. Merton, winner of the 1997 Nobel Prize in economics, and two daughters, Stephanie Merton Tombrello and Vanessa Merton, a professor of law at Pace University School of Law.
1934-ben feleségül vette Suzanne Carhartot, akitől született egy fia, Robert C. Merton, aki 1997-ben gazdasági Nobel-díjat kapott, és két lánya, Stephanie Merton Tombrello és Vanessa Merton, aki jogot tanított a Pace Egyetem Jogi Iskolában.