Dehaene was one of ten people to be awarded the James S. McDonnell Foundation Centennial Fellowship in 1999 for his work on the "Cognitive Neuroscience of Numeracy".
Dehaene egyike annak a tíz embernek, akiket a James S. McDonnell Foundation egymillió dolláros tudományos ösztöndíjjal jutalmazott, melyet „A matematikai készség kognitív neuropszichológiája” (Cognitive Neuroscience of Numeracy) című könyvével érdemelt ki 1999-ben.