While there is still no absolute agreement, there is a growing consensus that 'metabolomics' places a greater emphasis on metabolic profiling at a cellular or organ level and is primarily concerned with normal endogenous metabolism.
Bár máig nincs teljes egyetértés, a lassan kialakuló konszenzus szerint a „metabolomika” nagyobb hangsúlyt fektet a sejt- vagy szervszintű anyagcsereprofil kialakítására és elsősorban a normális, endogén metabolizmussal foglalkozik.