Although the hologenome theory is still being debated, it has gained a significant degree of popularity within the scientific community as a way of explaining rapid adaptive changes that are difficult to accommodate within a traditional Darwinian framework.
Bár a hologenom-elmélet helyessége máig vita tárgya, a tudományos közösségben jelentős népszerűségre tett szert, mert hihetően megmagyarázza azokra a gyors adaptív változásokat, amiket nehéz beilleszteni a hagyományos darwini elmélet keretébe.