Aegean's first commercial flights were in May 1999 from Athens to Heraklion, Crete and Thessaloniki with 2 brand-new wholly owned British Aerospace Avro RJ100.
Az Aegean első menetrend szerinti járatai 1999 májusában indultak Athénból Heraklionba, Krétára és Thesszalonikibe, két vadonatúj, a cég tulajdonában lévő British Aerospace Avro RJ100 járattal.