Although the university was founded during the Meiji period, it has earlier roots in the Astronomy Agency (天文方; 1684), Shoheizaka Study Office (昌平坂学問所; 1797), and the Western Books Translation Agency (蕃書和解御用; 1811).
Bár az egyetemet a Meiji korszakban alapították, a gyökerei a Csillagászati Ügynökséghez (天文方; 1684), a Shoheizaka Tanulmányi Hivatalhoz (昌平坂学問所; 1797) és a Nyugati Könyvek Fordítói Ügynökségéhez (蕃書和解御用; 1811) nyúlnak vissza.