The EMN is overseen by a Steering Board, chaired by the Commission and including one representative from the Member States participating in the adoption of Council Decision 2008/381/EC plus, with observer status, representatives from the European Parliament, Frontex, Fundamental Rights Agency, European Asylum Support Office and the EU Anti-Trafficking Coordinator.
Τη γενική εποπτεία του Δικτύου έχει η Διοικούσα Επιτροπή, υπό την προεδρία της Επιτροπής με τη συμμετοχή ενός εκπροσώπου από κάθε Κράτος-Μέλος που συμμετέχει στην εφαρμογή της 2008/381/ΕΚ απόφασης του Συμβουλίου, συν, εκπροσώπων, υπό καθεστώς παρατηρητή, από Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, Frontex, Οργανισμό Θεμελιωδών Δικαιωμάτων (FRA), Ευρωπαϊκό Γραφείο Στήριξης για το Άσυλο (EASO) καθώς και από το Γραφείο του Συντονιστή για την Καταπολέμηση της Εμπορίας Προσώπων.