At the age of five, the princess caught smallpox, an illness which had previously killed her older brother, Prince Carlo, in 1777 and Prince Giuseppe (who died only a week before Maria Cristina Amelia).
Στην ηλικία των πέντε ετών, η πριγκίπισσα αρρώστησε από ευλογιά, μια ασθένεια που είχε προηγουμένως σκοτώσει τον μεγαλύτερο αδελφό της, τον Πρίγκιπα Κάρλο, το 1777 και τον πρίγκιπα Ιωσήφ (ο οποίος πέθανε μόνο μία εβδομάδα πριν από τη Χριστίνα Αμέλια).