During the process, a civil conflict between the several Timorese political parties erupted, with the left-wing Revolutionary Front for an Independent East Timor (Fretilin) prevailing and being able to control the capital Dili, obliging the Portuguese governor and his staff to move his seat to the Atauro Island.
Κατά τη διάρκεια της διαδικασίας, ξέσπασε εμφύλια σύγκρουση μεταξύ των πολλών πολιτικών κομμάτων του Τιμόρ, με το αριστερό Επαναστατικό Μέτωπο για ένα Ανεξάρτητο Ανατολικό Τιμόρ (Φρετιλίν) να επικρατεί και να είναι σε θέση να ελέγχει την πρωτεύουσα Ντίλι, υποχρεώνοντας την πορτογαλική διοικητή και το προσωπικό του να μετακινήσουν την έδρα τους στο νησί Αταούρο.