In 1990, Alekperov was appointed deputy minister of the Oil and Gas Industry of the Soviet Union and became the youngest deputy energy minister in Soviet history.
Το 1990, ο Αλεκπέροφ διορίστηκε αναπληρωτής υπουργός της βιομηχανίας πετρελαίου και φυσικού αερίου της Σοβιετικής Ένωσης και έγινε ο νεότερος αναπληρωτής υπουργός ενέργειας στη σοβιετική ιστορία.