The referendum's origins lay with the request made by the President of Indonesia, B. J. Habibie, to the United Nations Secretary-General Kofi Annan on 27 January 1999, for the United Nations to hold a referendum, whereby the Indonesian province would be given choice of either greater autonomy within Indonesia or independence.
Το δημοψήφισμα πραγματοποιήθηκε ύστερα από αίτημα του προέδρου της Ινδονησίας Β. Τ. Χαμπίμπι στον Γενικό Γραμματέα των Ηνωμένων Εθνών Κόφι Ανάν στις 27 Ιανουαρίου 1999, ώστε τα Ηνωμένα Έθνη να διεξάγουν δημοψήφισμα, σύμφωνα με το οποίο η Ινδονησιακή επαρχία θα έπρεπε να επιλέξει ανάμεσα σε μεγαλύτερη αυτονομία εντός της Ινδονησίας ή σε ανεξαρτησία της.