There is no single Uyghur agenda, and organisations which support the formation of an independent Uyghur state or greater autonomy include both non-violent groups such as the World Uyghur Congress, led by Rabiya Kadeer, who lives in exile, and active terrorist organisations such as the Turkistan Islamic Party (often referred to as the "East Turkestan Islamic Movement" or ETIM) which often see the Uyghur struggle as part of a larger global jihad.
Δεν υπάρχει ενιαία Ουιγουρική ατζέντα, και οργανώσεις που υποστηρίζουν το σχηματισμό ενός ανεξάρτητου Ουιγουρικού κράτους ή μεγαλύτερη αυτονομία για τους Ουιγούρους περιλαμβάνουν τόσο μη βίαιες ομάδες όπως το Παγκόσμιο Ουιγουρικό Συνέδριο, με επικεφαλής τον Ραμπίγια Καντίρ, ο οποίος ζει στην εξορία, και ενεργές τρομοκρατικές οργανώσεις όπως το Ισλαμικό Κόμμα του Τουρκιστάν (που συχνά αναφέρεται ως το "Ισλαμικό Κίνημα του Ανατολικού Τουρκεστάν" ή ΙΚΑΤ), το οποίο συχνά βλέπει τον Ουιγουρικό αγώνα ως μέρος μιας ευρύτερης παγκόσμιας τζιχάντ.