However, Žemaitija, along with the rest of Lithuania, was occupied by the Soviet Union in 1940 as a result of the secret Molotov–Ribbentrop Pact, which the Nazis soon broke.
Ωστόσο, η Σαμογιτία, μαζί με την υπόλοιπη Λιθουανία, καταλήφθηκε από τη Σοβιετική Ένωση το 1940 ως αποτέλεσμα του μυστικού Γερμανοσοβιετικού Συμφώνου μη Επίθεσης, το οποίο έσπασαν σύντομα οι Ναζί.