There is a very small, but nonzero chance of two different molecules having the same InChIKey, but the probability for duplication of only the first 14 characters has been estimated as only one duplication in 75 databases each containing one billion unique structures.
Υπάρχει μια πολλή μικρή, αλλά όχι μηδενική πιθανότητα δύο διαφορετικά μόρια να έχουν το ίδιο InChIKey, αλλά η πιθανότητα διπλότυπου από μόνο τους πρώτους 14 χαρακτήρες έχει εκτιμηθεί ως μόνο ένα διπλότυπο σε 75 βάσεις δεδομένων που η καθεμιά τους περιέχει ένα δισεκατομμύριο μοναδικές δομές.