In 1866, on Grant's recommendation, Hancock was promoted to major general and was transferred, later that year, to command of the military Department of the Missouri, which included the states of Missouri, Kansas, Colorado, and New Mexico.
Το 1866, κατόπιν συστάσεως του Γκραντ, ο Χάνκοκ προήχθη σε υποστράτηγο και μετατέθηκε, αργότερα στο ίδιο έτος, στη διοίκηση του Στρατιωτικού Διαμερίσματος του Μισσούρι, το οποίο περιελάμβανε τις πολιτείες Μισσούρι, Κάνσας, Κολοράντο και Νέου Μεξικού.