The guide RNA and the Cas9 protein complex together go bouncing along the genome, and when they find a spot where the guide RNA matches, then it inserts between the two strands of the double helix, it rips them apart, that triggers the Cas9 protein to cut, and all of a sudden, you've got a cell that's in total panic because now it's got a piece of DNA that's broken.
Az irányító RNS és a Cas9 fehérje együttesen végigugrálnak a genomon, és ha egy olyan helyet találnak,  amely egybevág az irányító RNS-sel, akkor az beilleszkedik  a kettős hélix két szála közé, széthúzza őket egymástól, ez pedig megadja a jelet  a Cas9 fehérjének a vágásra. Hirtelen teljesen kétségbeesett sejtet kapunk, mert van benne egy törött DNS-darab.