Well, first there are strands of magnetic field left inside, but now the superconductor doesn't like them moving around, because their movements dissipate energy, which breaks the superconductivity state.
A mágneses erővonalak a tárgyon belül maradnak, de a szupravezetőnek nem tetszik, ha mozognak, mert a mozgás energiaveszteséggel járna, ez pedig zavarja  a szupravezetés állapotát.