Basically, there's a protein that acts like a scissors and cuts the DNA, and there's an RNA molecule that directs the scissors to any point on the genome you want.
עקרונית, ישנו חלבון שפועל כמו מספריים וחותך את הדנ"א, וישנה מולקולת רנ"א שמכוונת את המספריים לכל חלק רצוי בגנום.