The guide RNA and the Cas9 protein complex together go bouncing along the genome, and when they find a spot where the guide RNA matches, then it inserts between the two strands of the double helix, it rips them apart, that triggers the Cas9 protein to cut, and all of a sudden, you've got a cell that's in total panic because now it's got a piece of DNA that's broken.
Naváděcí RNA a protein Cas9  se potloukají genomem a jakmile najdou místo, které se shoduje s naváděcí RNA, zasune se mezi dvě vlákna šroubovice, přetrhne je, protein Cas9 se aktivuje, střihne, a najednou máte buňku, která je celá zpanikařená, protože její DNA je teď porušená.