In that case, you get the infection, you're exposed to the bacteria, you're sick, and then you take, say, an antibiotic which cures it, and those drugs are actually working to kill the bacteria.
Nesse caso, pegamos a infecção, estamos expostos à bactéria, ficamos doentes, tomamos  um antibiótico que cura isso, e essas drogas estão trabalhando para matar a bactéria.