The guide RNA and the Cas9 protein complex together go bouncing along the genome, and when they find a spot where the guide RNA matches, then it inserts between the two strands of the double helix, it rips them apart, that triggers the Cas9 protein to cut, and all of a sudden, you've got a cell that's in total panic because now it's got a piece of DNA that's broken.
gRNA i białko Cas9 łączą się i jako para poruszają wzdłuż genomu w poszukiwaniu miejsca  do którego pasuje gRNA. Następnie wślizgują się między nici podwójnej helisy i rozrywają ją. To pobudza białko Cas9 do cięcia co powoduje, że komórka zaczyna panikować bo część jej DNA jest uszkodzone.